Protein–RNA interactions for Protein: Q9CQ56

Use1, Vesicle transport protein USE1, mousemouse

Predictions only

Length 270 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Use1Q9CQ56 Nppc-201ENSMUST00000027449 1042 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.79□□□□□ -0.68
Use1Q9CQ56 4930564D02Rik-201ENSMUST00000070584 737 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.79□□□□□ -0.68
Use1Q9CQ56 Olfr61-201ENSMUST00000084455 936 ntAPPRIS P1 BASIC10.79□□□□□ -0.68
Use1Q9CQ56 Cfap100-207ENSMUST00000165673 2072 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC10.79□□□□□ -0.68
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Use1Q9CQ56 Nono-201ENSMUST00000033673 2562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.79□□□□□ -0.68
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Use1Q9CQ56 Pcdh18-201ENSMUST00000035931 5168 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.79□□□□□ -0.68
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Use1Q9CQ56 Apol9a-201ENSMUST00000081776 1475 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.79□□□□□ -0.68
Use1Q9CQ56 Dync1i2-201ENSMUST00000081710 2631 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC10.79□□□□□ -0.68
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Use1Q9CQ56 Tob2-201ENSMUST00000050467 3994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.79□□□□□ -0.68
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Use1Q9CQ56 Il33-202ENSMUST00000120388 2537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.79□□□□□ -0.68
Use1Q9CQ56 Topors-201ENSMUST00000042575 3856 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.79□□□□□ -0.68
Use1Q9CQ56 Atl2-202ENSMUST00000112437 3371 ntTSL 1 (best) BASIC10.79□□□□□ -0.68
Use1Q9CQ56 Lamb1-205ENSMUST00000169088 5557 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC10.79□□□□□ -0.68
Use1Q9CQ56 Hgs-203ENSMUST00000106205 2898 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC10.79□□□□□ -0.68
Use1Q9CQ56 Aldh3a2-201ENSMUST00000066277 2892 ntTSL 2 BASIC10.79□□□□□ -0.68
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Use1Q9CQ56 Ccnt2-201ENSMUST00000027587 6738 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC10.78□□□□□ -0.68
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Use1Q9CQ56 Ddx54-201ENSMUST00000031598 4322 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.78□□□□□ -0.68
Use1Q9CQ56 Nipbl-201ENSMUST00000052965 8815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.78□□□□□ -0.68
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Use1Q9CQ56 Zmynd11-203ENSMUST00000110634 3824 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC10.78□□□□□ -0.68
Use1Q9CQ56 Brat1-201ENSMUST00000041588 3333 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC10.78□□□□□ -0.68
Use1Q9CQ56 Slc6a18-201ENSMUST00000022105 2839 ntTSL 1 (best) BASIC10.78□□□□□ -0.68
Use1Q9CQ56 5031434O11Rik-201ENSMUST00000180404 3731 ntTSL 1 (best) BASIC10.78□□□□□ -0.68
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Use1Q9CQ56 Zfp235-201ENSMUST00000056549 3373 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.78□□□□□ -0.68
Use1Q9CQ56 1700088E04Rik-212ENSMUST00000190959 1403 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC10.78□□□□□ -0.68
Use1Q9CQ56 Col4a3-201ENSMUST00000113457 8554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.78□□□□□ -0.68
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Use1Q9CQ56 Hopx-202ENSMUST00000113453 1113 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.78□□□□□ -0.68
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Use1Q9CQ56 Pcbd2-202ENSMUST00000124968 546 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.78□□□□□ -0.68
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Use1Q9CQ56 Mettl14-204ENSMUST00000174323 4202 ntTSL 1 (best) BASIC10.78□□□□□ -0.68
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Use1Q9CQ56 Map7d2-202ENSMUST00000112470 1350 ntTSL 1 (best) BASIC10.77□□□□□ -0.68
Use1Q9CQ56 Ctsb-201ENSMUST00000006235 4743 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.77□□□□□ -0.68
Use1Q9CQ56 Tbrg1-201ENSMUST00000117654 1984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.77□□□□□ -0.68
Use1Q9CQ56 Svop-201ENSMUST00000058472 3379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.77□□□□□ -0.68
Use1Q9CQ56 Syne3-202ENSMUST00000095439 3357 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC10.77□□□□□ -0.68
Use1Q9CQ56 Ly75-201ENSMUST00000028362 5172 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC10.77□□□□□ -0.68
Use1Q9CQ56 Atp1a3-201ENSMUST00000080882 3621 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.77□□□□□ -0.68
Use1Q9CQ56 Tns1-209ENSMUST00000187691 2813 ntTSL 1 (best) BASIC10.77□□□□□ -0.68
Use1Q9CQ56 Nap1l3-201ENSMUST00000079490 2837 ntAPPRIS P1 BASIC10.77□□□□□ -0.68
Use1Q9CQ56 AC125374.1-201ENSMUST00000213573 1400 ntBASIC10.77□□□□□ -0.68
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Use1Q9CQ56 Pfkfb2-208ENSMUST00000187089 1690 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC10.77□□□□□ -0.69
Use1Q9CQ56 Hbs1l-209ENSMUST00000219915 2733 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC10.77□□□□□ -0.69
Use1Q9CQ56 Tspan18-202ENSMUST00000111265 3751 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC10.77□□□□□ -0.69
Use1Q9CQ56 Adcy8-202ENSMUST00000228014 6900 ntAPPRIS ALT2 BASIC10.77□□□□□ -0.69
Use1Q9CQ56 AU015791-201ENSMUST00000223443 1457 ntTSL 1 (best) BASIC10.77□□□□□ -0.69
Use1Q9CQ56 Nme1-203ENSMUST00000135884 3181 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.77□□□□□ -0.69
Use1Q9CQ56 Lig1-211ENSMUST00000177588 3174 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC10.77□□□□□ -0.69
Use1Q9CQ56 Gm14190-201ENSMUST00000105073 153 ntAPPRIS P1 BASIC10.77□□□□□ -0.69
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 44 ms