Protein–RNA interactions for Protein: Q62318

Trim28, Transcription intermediary factor 1-beta, mousemouse

Predictions only

Length 834 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Trim28Q62318 Mxd1-201ENSMUST00000001184 4666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.91□□□□□ -0.02
Trim28Q62318 Gm22379-201ENSMUST00000157480 131 ntBASIC14.91□□□□□ -0.02
Trim28Q62318 Gm16030-201ENSMUST00000159098 603 ntBASIC14.91□□□□□ -0.02
Trim28Q62318 Gm8723-201ENSMUST00000166076 820 ntBASIC14.91□□□□□ -0.02
Trim28Q62318 Gm8701-201ENSMUST00000169259 874 ntBASIC14.91□□□□□ -0.02
Trim28Q62318 Sst-201ENSMUST00000004480 599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.91□□□□□ -0.02
Trim28Q62318 Kdm4a-202ENSMUST00000097911 4550 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.91□□□□□ -0.02
Trim28Q62318 Fam160a2-201ENSMUST00000048079 3443 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.91□□□□□ -0.02
Trim28Q62318 Ube3a-201ENSMUST00000107537 4911 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.91□□□□□ -0.02
Trim28Q62318 Mrpl3-201ENSMUST00000035177 3972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.91□□□□□ -0.02
Trim28Q62318 Faah-201ENSMUST00000049095 3827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.91□□□□□ -0.02
Trim28Q62318 Gm7278-201ENSMUST00000119836 1401 ntBASIC14.91□□□□□ -0.02
Trim28Q62318 Gm13556-201ENSMUST00000132692 1412 ntTSL 3 BASIC14.91□□□□□ -0.02
Trim28Q62318 Gm29684-201ENSMUST00000220248 1982 ntTSL 1 (best) BASIC14.91□□□□□ -0.02
Trim28Q62318 Olfr1372-ps1-202ENSMUST00000203403 9812 ntTSL 5 BASIC14.91□□□□□ -0.02
Trim28Q62318 Inip-201ENSMUST00000095063 3237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.9□□□□□ -0.02
Trim28Q62318 Gm45218-201ENSMUST00000205533 1678 ntTSL 1 (best) BASIC14.9□□□□□ -0.02
Trim28Q62318 Csf1-202ENSMUST00000118593 3058 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.9□□□□□ -0.02
Trim28Q62318 Pde4b-206ENSMUST00000106907 1374 ntTSL 1 (best) BASIC14.9□□□□□ -0.02
Trim28Q62318 3110062M04Rik-201ENSMUST00000055097 3681 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.9□□□□□ -0.02
Trim28Q62318 Snx29-203ENSMUST00000122168 2096 ntTSL 5 BASIC14.9□□□□□ -0.02
Trim28Q62318 E230029C05Rik-203ENSMUST00000208028 2066 ntBASIC14.9□□□□□ -0.02
Trim28Q62318 Gm12179-201ENSMUST00000118344 1272 ntBASIC14.9□□□□□ -0.02
Trim28Q62318 Gm14497-201ENSMUST00000119537 580 ntBASIC14.9□□□□□ -0.02
Trim28Q62318 Gm15726-201ENSMUST00000144738 509 ntTSL 3 BASIC14.9□□□□□ -0.02
Trim28Q62318 2610316D01Rik-201ENSMUST00000181047 924 ntTSL 1 (best) BASIC14.9□□□□□ -0.02
Trim28Q62318 1110036E04Rik-201ENSMUST00000181151 777 ntTSL 1 (best) BASIC14.9□□□□□ -0.02
Trim28Q62318 Gm26982-201ENSMUST00000182250 1151 ntBASIC14.9□□□□□ -0.02
Trim28Q62318 Gm19166-201ENSMUST00000196041 1063 ntBASIC14.9□□□□□ -0.02
Trim28Q62318 Gm45120-201ENSMUST00000208880 408 ntBASIC14.9□□□□□ -0.02
Trim28Q62318 AC174797.2-202ENSMUST00000225729 568 ntBASIC14.9□□□□□ -0.02
Trim28Q62318 4930555K19Rik-201ENSMUST00000060066 171 ntBASIC14.9□□□□□ -0.02
Trim28Q62318 Snu13-202ENSMUST00000080622 1283 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.9□□□□□ -0.02
Trim28Q62318 Gm25580-201ENSMUST00000083409 327 ntBASIC14.9□□□□□ -0.02
Trim28Q62318 Nxpe5-201ENSMUST00000110929 2312 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC14.9□□□□□ -0.02
Trim28Q62318 Pomgnt1-205ENSMUST00000121052 2693 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.9□□□□□ -0.02
Trim28Q62318 Osbp2-201ENSMUST00000070552 4097 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC14.9□□□□□ -0.02
Trim28Q62318 Xpc-201ENSMUST00000032182 3634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.9□□□□□ -0.02
Trim28Q62318 Trmt61b-202ENSMUST00000137830 2572 ntTSL 1 (best) BASIC14.9□□□□□ -0.02
Trim28Q62318 Cyp4f40-201ENSMUST00000165061 1858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.9□□□□□ -0.02
Trim28Q62318 Rsl24d1-201ENSMUST00000034738 1543 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.9□□□□□ -0.02
Trim28Q62318 Prkch-201ENSMUST00000021527 3545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.9□□□□□ -0.02
Trim28Q62318 Gm37542-201ENSMUST00000192563 2832 ntBASIC14.9□□□□□ -0.02
Trim28Q62318 Nfat5-203ENSMUST00000125721 5899 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.9□□□□□ -0.02
Trim28Q62318 AC155245.1-201ENSMUST00000222266 1804 ntBASIC14.89□□□□□ -0.03
Trim28Q62318 Socs6-202ENSMUST00000123826 2921 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.89□□□□□ -0.03
Trim28Q62318 Adgrv1-214ENSMUST00000224088 1492 ntBASIC14.89□□□□□ -0.03
Trim28Q62318 Npl-201ENSMUST00000041874 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.89□□□□□ -0.03
Trim28Q62318 Cog4-201ENSMUST00000034203 2737 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.89□□□□□ -0.03
Trim28Q62318 Kcnn1-204ENSMUST00000212086 2964 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.89□□□□□ -0.03
Trim28Q62318 Hoxa9-201ENSMUST00000048680 3226 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.89□□□□□ -0.03
Trim28Q62318 Etf1-201ENSMUST00000025218 3709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.89□□□□□ -0.03
Trim28Q62318 EU599041-202ENSMUST00000205291 1386 ntTSL 5 BASIC14.89□□□□□ -0.03
Trim28Q62318 Muc3-201ENSMUST00000041226 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.89□□□□□ -0.03
Trim28Q62318 Epb41-208ENSMUST00000105981 5303 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC14.89□□□□□ -0.03
Trim28Q62318 Rtn4-203ENSMUST00000102841 4060 ntTSL 1 (best) BASIC14.89□□□□□ -0.03
Trim28Q62318 Srd5a3-202ENSMUST00000113506 1241 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.89□□□□□ -0.03
Trim28Q62318 Yipf6-202ENSMUST00000113811 930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.89□□□□□ -0.03
Trim28Q62318 Anxa8-202ENSMUST00000120077 1208 ntTSL 1 (best) BASIC14.89□□□□□ -0.03
Trim28Q62318 Gm44696-201ENSMUST00000181943 1229 ntTSL 1 (best) BASIC14.89□□□□□ -0.03
Trim28Q62318 Gm28833-201ENSMUST00000189671 559 ntBASIC14.89□□□□□ -0.03
Trim28Q62318 Dydc1-203ENSMUST00000189865 995 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.89□□□□□ -0.03
Trim28Q62318 Use1-201ENSMUST00000019169 854 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.89□□□□□ -0.03
Trim28Q62318 AC113282.2-201ENSMUST00000224012 945 ntAPPRIS P1 BASIC14.89□□□□□ -0.03
Trim28Q62318 AC113282.3-201ENSMUST00000224757 942 ntAPPRIS P1 BASIC14.89□□□□□ -0.03
Trim28Q62318 Catsperz-201ENSMUST00000057716 781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.89□□□□□ -0.03
Trim28Q62318 Olfr889-201ENSMUST00000072290 945 ntTSL 5 BASIC14.89□□□□□ -0.03
Trim28Q62318 Gm4744-201ENSMUST00000073642 792 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.89□□□□□ -0.03
Trim28Q62318 Gm13306-201ENSMUST00000098122 418 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.89□□□□□ -0.03
Trim28Q62318 Acsl6-208ENSMUST00000108899 1662 ntTSL 1 (best) BASIC14.89□□□□□ -0.03
Trim28Q62318 Oprm1-205ENSMUST00000078634 1695 ntTSL 1 (best) BASIC14.89□□□□□ -0.03
Trim28Q62318 Dag1-204ENSMUST00000191899 5662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.89□□□□□ -0.03
Trim28Q62318 Prrc2a-206ENSMUST00000174805 6741 ntTSL 1 (best) BASIC14.89□□□□□ -0.03
Trim28Q62318 Pcdhga12-201ENSMUST00000044851 5080 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.89□□□□□ -0.03
Trim28Q62318 Brd3-210ENSMUST00000164296 2791 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC14.89□□□□□ -0.03
Trim28Q62318 Crybg2-213ENSMUST00000227683 5578 ntAPPRIS ALT2 BASIC14.89□□□□□ -0.03
Trim28Q62318 Olfr648-202ENSMUST00000216612 2929 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.89□□□□□ -0.03
Trim28Q62318 Mmel1-203ENSMUST00000105634 2669 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.89□□□□□ -0.03
Trim28Q62318 Nfe2l1-210ENSMUST00000167110 3547 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14.88□□□□□ -0.03
Trim28Q62318 Cntd1-201ENSMUST00000103107 2335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.88□□□□□ -0.03
Trim28Q62318 Cry2-201ENSMUST00000090559 3976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.88□□□□□ -0.03
Trim28Q62318 Ino80c-204ENSMUST00000153360 2498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.88□□□□□ -0.03
Trim28Q62318 Ephb1-202ENSMUST00000085169 4101 ntTSL 1 (best) BASIC14.88□□□□□ -0.03
Trim28Q62318 Spata7-201ENSMUST00000048402 2052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.88□□□□□ -0.03
Trim28Q62318 Apol9a-202ENSMUST00000089452 1527 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.88□□□□□ -0.03
Trim28Q62318 Tmed8-201ENSMUST00000037418 7409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.88□□□□□ -0.03
Trim28Q62318 Ints7-201ENSMUST00000045450 5347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.88□□□□□ -0.03
Trim28Q62318 Gm10848-201ENSMUST00000192361 1811 ntTSL 2 BASIC14.88□□□□□ -0.03
Trim28Q62318 Stxbp5l-204ENSMUST00000114781 3544 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.88□□□□□ -0.03
Trim28Q62318 Fam217b-201ENSMUST00000094251 4541 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.88□□□□□ -0.03
Trim28Q62318 Gtf2h5-202ENSMUST00000100955 879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.88□□□□□ -0.03
Trim28Q62318 Fam3a-204ENSMUST00000114141 1243 ntTSL 5 BASIC14.88□□□□□ -0.03
Trim28Q62318 Rhox3c-202ENSMUST00000115189 648 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.88□□□□□ -0.03
Trim28Q62318 Gm4917-201ENSMUST00000121452 650 ntBASIC14.88□□□□□ -0.03
Trim28Q62318 Gm12628-201ENSMUST00000122193 382 ntBASIC14.88□□□□□ -0.03
Trim28Q62318 Fam187b-203ENSMUST00000129773 1213 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.88□□□□□ -0.03
Trim28Q62318 Rhox3a2-204ENSMUST00000184565 823 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.88□□□□□ -0.03
Trim28Q62318 1700088E04Rik-211ENSMUST00000190730 691 ntTSL 1 (best) BASIC14.88□□□□□ -0.03
Trim28Q62318 Gm42655-201ENSMUST00000202782 1134 ntBASIC14.88□□□□□ -0.03
Trim28Q62318 AC153887.1-201ENSMUST00000219154 1253 ntTSL 5 BASIC14.88□□□□□ -0.03
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 35.1 ms