Protein–RNA interactions for Protein: Q4QRL3

Ccdc88b, Coiled-coil domain-containing protein 88B, mousemouse

Predictions only

Length 1,481 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Ccdc88bQ4QRL3 1700030C10Rik-203ENSMUST00000189625 1735 ntTSL 1 (best) BASIC33.93■■■■□ 3.02
Ccdc88bQ4QRL3 Rgs19-201ENSMUST00000002532 1511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.93■■■■□ 3.02
Ccdc88bQ4QRL3 Apcdd1-201ENSMUST00000096554 2799 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.93■■■■□ 3.02
Ccdc88bQ4QRL3 Stmn4-203ENSMUST00000120229 1281 ntTSL 2 BASIC33.93■■■■□ 3.02
Ccdc88bQ4QRL3 D630036H23Rik-201ENSMUST00000171007 940 ntAPPRIS P1 BASIC33.93■■■■□ 3.02
Ccdc88bQ4QRL3 Gm11492-201ENSMUST00000060360 1972 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC33.92■■■■□ 3.02
Ccdc88bQ4QRL3 Ezh2-203ENSMUST00000114616 2670 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC33.92■■■■□ 3.02
Ccdc88bQ4QRL3 Fdx1-201ENSMUST00000034552 875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.92■■■■□ 3.02
Ccdc88bQ4QRL3 Dtd2-202ENSMUST00000085404 1012 ntTSL 1 (best) BASIC33.92■■■■□ 3.02
Ccdc88bQ4QRL3 Cdc20-201ENSMUST00000006565 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.91■■■■□ 3.02
Ccdc88bQ4QRL3 Rpusd3-204ENSMUST00000129047 1045 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.91■■■■□ 3.02
Ccdc88bQ4QRL3 Fbxl15-202ENSMUST00000177667 1243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.91■■■■□ 3.02
Ccdc88bQ4QRL3 Serbp1-216ENSMUST00000205106 1288 ntTSL 5 BASIC33.91■■■■□ 3.02
Ccdc88bQ4QRL3 Hspb1-201ENSMUST00000005077 903 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.91■■■■□ 3.02
Ccdc88bQ4QRL3 Rpusd3-201ENSMUST00000060634 1224 ntTSL 1 (best) BASIC33.91■■■■□ 3.02
Ccdc88bQ4QRL3 Cacybp-201ENSMUST00000014370 2098 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.91■■■■□ 3.02
Ccdc88bQ4QRL3 Kdelr3-201ENSMUST00000010974 1414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.91■■■■□ 3.02
Ccdc88bQ4QRL3 1700086O06Rik-202ENSMUST00000181871 1564 ntTSL 1 (best) BASIC33.9■■■■□ 3.02
Ccdc88bQ4QRL3 Cers5-201ENSMUST00000023762 2096 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC33.9■■■■□ 3.02
Ccdc88bQ4QRL3 Ing2-201ENSMUST00000080353 2812 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.9■■■■□ 3.02
Ccdc88bQ4QRL3 Gm572-201ENSMUST00000105698 1385 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC33.9■■■■□ 3.02
Ccdc88bQ4QRL3 Pkm-201ENSMUST00000034834 2432 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC33.9■■■■□ 3.02
Ccdc88bQ4QRL3 Hnrnpab-201ENSMUST00000074669 2370 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC33.89■■■■□ 3.02
Ccdc88bQ4QRL3 Epb41l4aos-201ENSMUST00000146010 430 ntTSL 1 (best) BASIC33.88■■■■□ 3.01
Ccdc88bQ4QRL3 Pole4-204ENSMUST00000160281 648 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC33.88■■■■□ 3.01
Ccdc88bQ4QRL3 Exosc4-201ENSMUST00000059045 1796 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.88■■■■□ 3.01
Ccdc88bQ4QRL3 Msx3-202ENSMUST00000172775 2070 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.88■■■■□ 3.01
Ccdc88bQ4QRL3 Nabp2-202ENSMUST00000164199 1371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.88■■■■□ 3.01
Ccdc88bQ4QRL3 Prcd-201ENSMUST00000106381 724 ntTSL 3 BASIC33.88■■■■□ 3.01
Ccdc88bQ4QRL3 Gm14207-203ENSMUST00000156538 988 ntTSL 2 BASIC33.88■■■■□ 3.01
Ccdc88bQ4QRL3 Rtn4rl2-201ENSMUST00000054514 1263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.88■■■■□ 3.01
Ccdc88bQ4QRL3 Dusp7-201ENSMUST00000172306 3213 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.87■■■■□ 3.01
Ccdc88bQ4QRL3 D830036C21Rik-202ENSMUST00000208263 1548 ntBASIC33.87■■■■□ 3.01
Ccdc88bQ4QRL3 Shc4-202ENSMUST00000110477 1988 ntTSL 1 (best) BASIC33.87■■■■□ 3.01
Ccdc88bQ4QRL3 Rexo5-201ENSMUST00000033218 1966 ntTSL 1 (best) BASIC33.87■■■■□ 3.01
Ccdc88bQ4QRL3 Txnl4a-204ENSMUST00000145963 1756 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.87■■■■□ 3.01
Ccdc88bQ4QRL3 Kazald1-202ENSMUST00000111948 1625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.87■■■■□ 3.01
Ccdc88bQ4QRL3 Rpf2-201ENSMUST00000045114 1853 ntTSL 1 (best) BASIC33.87■■■■□ 3.01
Ccdc88bQ4QRL3 4930519A11Rik-202ENSMUST00000221053 667 ntTSL 3 BASIC33.87■■■■□ 3.01
Ccdc88bQ4QRL3 Lbx1-201ENSMUST00000099401 2484 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.86■■■■□ 3.01
Ccdc88bQ4QRL3 Msto1-201ENSMUST00000107494 2093 ntTSL 1 (best) BASIC33.86■■■■□ 3.01
Ccdc88bQ4QRL3 Morf4l1-202ENSMUST00000169860 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.85■■■■□ 3.01
Ccdc88bQ4QRL3 Bax-205ENSMUST00000211365 801 ntTSL 3 BASIC33.85■■■■□ 3.01
Ccdc88bQ4QRL3 Hmbox1-204ENSMUST00000175905 1715 ntTSL 5 BASIC33.85■■■■□ 3.01
Ccdc88bQ4QRL3 Hoxd4-202ENSMUST00000111980 1494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.85■■■■□ 3.01
Ccdc88bQ4QRL3 Ankrd9-204ENSMUST00000140788 1451 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC33.85■■■■□ 3.01
Ccdc88bQ4QRL3 Pycr2-201ENSMUST00000027802 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.85■■■■□ 3.01
Ccdc88bQ4QRL3 Stk32c-201ENSMUST00000016125 2206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.85■■■■□ 3.01
Ccdc88bQ4QRL3 Fgfbp3-201ENSMUST00000057337 1772 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.85■■■■□ 3.01
Ccdc88bQ4QRL3 Krtap5-4-201ENSMUST00000061403 1046 ntAPPRIS P1 BASIC33.84■■■■□ 3.01
Ccdc88bQ4QRL3 Tlk2-202ENSMUST00000092537 2743 ntTSL 1 (best) BASIC33.84■■■■□ 3.01
Ccdc88bQ4QRL3 Lmo1-202ENSMUST00000207178 912 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC33.83■■■■□ 3.01
Ccdc88bQ4QRL3 Agpat5-201ENSMUST00000033847 2841 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.83■■■■□ 3.01
Ccdc88bQ4QRL3 Tada1-201ENSMUST00000027846 2215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.83■■■■□ 3.01
Ccdc88bQ4QRL3 Camk1-201ENSMUST00000032409 1496 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.83■■■■□ 3.01
Ccdc88bQ4QRL3 AC164629.5-201ENSMUST00000220387 632 ntBASIC33.82■■■■□ 3.01
Ccdc88bQ4QRL3 Akr7a5-201ENSMUST00000073787 1288 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.82■■■■□ 3.01
Ccdc88bQ4QRL3 Cacnb1-205ENSMUST00000107562 1745 ntTSL 1 (best) BASIC33.82■■■■□ 3.01
Ccdc88bQ4QRL3 Bag1-202ENSMUST00000108089 1336 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.82■■■■□ 3
Ccdc88bQ4QRL3 Agap3-201ENSMUST00000024123 3207 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.82■■■■□ 3
Ccdc88bQ4QRL3 St6galnac6-205ENSMUST00000113290 2402 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC33.82■■■■□ 3
Ccdc88bQ4QRL3 Wdr41-208ENSMUST00000222995 1112 ntTSL 5 BASIC33.82■■■■□ 3
Ccdc88bQ4QRL3 Acbd6-202ENSMUST00000080138 993 ntTSL 1 (best) BASIC33.82■■■■□ 3
Ccdc88bQ4QRL3 Ppp1cc-202ENSMUST00000102528 2384 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.82■■■■□ 3
Ccdc88bQ4QRL3 Paip2-203ENSMUST00000115735 1521 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC33.82■■■■□ 3
Ccdc88bQ4QRL3 Selenos-205ENSMUST00000206575 1157 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC33.81■■■■□ 3
Ccdc88bQ4QRL3 Slc35a2-201ENSMUST00000096514 1757 ntTSL 5 BASIC33.8■■■■□ 3
Ccdc88bQ4QRL3 Nr0b1-201ENSMUST00000026036 1808 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.8■■■■□ 3
Ccdc88bQ4QRL3 Aktip-201ENSMUST00000109609 1171 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.8■■■■□ 3
Ccdc88bQ4QRL3 Usp21-203ENSMUST00000111306 2185 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC33.8■■■■□ 3
Ccdc88bQ4QRL3 Gm20421-201ENSMUST00000153344 672 ntTSL 3 BASIC33.8■■■■□ 3
Ccdc88bQ4QRL3 AB124611-203ENSMUST00000173769 1188 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC33.8■■■■□ 3
Ccdc88bQ4QRL3 Gm26766-202ENSMUST00000227544 2347 ntBASIC33.8■■■■□ 3
Ccdc88bQ4QRL3 Spcs1-207ENSMUST00000228767 1008 ntBASIC33.79■■■■□ 3
Ccdc88bQ4QRL3 Kctd17-201ENSMUST00000089414 1180 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC33.79■■■■□ 3
Ccdc88bQ4QRL3 Cog1-202ENSMUST00000063776 1476 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.79■■■■□ 3
Ccdc88bQ4QRL3 Hyi-201ENSMUST00000006562 910 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC33.78■■■■□ 3
Ccdc88bQ4QRL3 Dnajb2-206ENSMUST00000187058 1732 ntTSL 1 (best) BASIC33.78■■■■□ 3
Ccdc88bQ4QRL3 Gmds-201ENSMUST00000041859 1713 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.77■■■■□ 3
Ccdc88bQ4QRL3 Bsg-201ENSMUST00000067036 1526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.77■■■■□ 3
Ccdc88bQ4QRL3 Slc18a3-201ENSMUST00000191501 2413 ntAPPRIS P1 BASIC33.77■■■■□ 3
Ccdc88bQ4QRL3 Hist1h2bp-201ENSMUST00000102982 469 ntAPPRIS P1 BASIC33.76■■■■□ 3
Ccdc88bQ4QRL3 Gm27151-202ENSMUST00000185015 1145 ntTSL 5 BASIC33.76■■■■□ 3
Ccdc88bQ4QRL3 Gm12063-201ENSMUST00000148087 715 ntTSL 2 BASIC33.76■■■□□ 2.99
Ccdc88bQ4QRL3 Hnrnpa3-204ENSMUST00000111964 1654 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC33.75■■■□□ 2.99
Ccdc88bQ4QRL3 Arhgap27-202ENSMUST00000092557 1504 ntTSL 2 BASIC33.75■■■□□ 2.99
Ccdc88bQ4QRL3 Gpatch3-201ENSMUST00000030662 2004 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.75■■■□□ 2.99
Ccdc88bQ4QRL3 Gm37564-201ENSMUST00000195000 330 ntTSL 5 BASIC33.75■■■□□ 2.99
Ccdc88bQ4QRL3 Bag5-202ENSMUST00000160576 1852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.75■■■□□ 2.99
Ccdc88bQ4QRL3 Abhd17b-201ENSMUST00000052556 2475 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC33.74■■■□□ 2.99
Ccdc88bQ4QRL3 Mindy2-202ENSMUST00000213380 2521 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.74■■■□□ 2.99
Ccdc88bQ4QRL3 Gm7160-202ENSMUST00000188519 1027 ntBASIC33.74■■■□□ 2.99
Ccdc88bQ4QRL3 Gm44731-201ENSMUST00000203086 542 ntTSL 3 BASIC33.74■■■□□ 2.99
Ccdc88bQ4QRL3 Mob2-205ENSMUST00000211000 1646 ntTSL 5 BASIC33.74■■■□□ 2.99
Ccdc88bQ4QRL3 Lrp2-202ENSMUST00000092551 2228 ntTSL 1 (best) BASIC33.73■■■□□ 2.99
Ccdc88bQ4QRL3 Gtsf1-201ENSMUST00000023129 819 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.73■■■□□ 2.99
Ccdc88bQ4QRL3 Agmat-201ENSMUST00000038161 1407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.73■■■□□ 2.99
Ccdc88bQ4QRL3 Eif2ak4-207ENSMUST00000110877 2134 ntTSL 1 (best) BASIC33.73■■■□□ 2.99
Ccdc88bQ4QRL3 Gm5913-201ENSMUST00000119397 1399 ntBASIC33.72■■■□□ 2.99
Ccdc88bQ4QRL3 Srsf1-202ENSMUST00000107920 1209 ntTSL 5 BASIC33.72■■■□□ 2.99
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 16 ms