Protein–RNA interactions for Protein: Q3UWA4

Trim40, Tripartite motif-containing protein 40, mousemouse

Predictions only

Length 246 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Trim40Q3UWA4 Nipsnap2-201ENSMUST00000086046 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
Trim40Q3UWA4 Catsper2-201ENSMUST00000038073 2247 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
Trim40Q3UWA4 Uba5-201ENSMUST00000035166 2404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
Trim40Q3UWA4 L3mbtl4-201ENSMUST00000093007 2445 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.13■□□□□ 0.65
Trim40Q3UWA4 Spata2-202ENSMUST00000109211 1531 ntTSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
Trim40Q3UWA4 3830408C21Rik-205ENSMUST00000225426 1898 ntBASIC19.13■□□□□ 0.65
Trim40Q3UWA4 Kndc1-202ENSMUST00000121839 2210 ntTSL 2 BASIC19.13■□□□□ 0.65
Trim40Q3UWA4 Lsm12-201ENSMUST00000021297 2256 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
Trim40Q3UWA4 Brsk2-205ENSMUST00000172652 2501 ntTSL 5 BASIC19.12■□□□□ 0.65
Trim40Q3UWA4 Pink1-201ENSMUST00000030536 2375 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
Trim40Q3UWA4 Gm26837-201ENSMUST00000180821 2110 ntTSL 5 BASIC19.12■□□□□ 0.65
Trim40Q3UWA4 Abhd8-201ENSMUST00000008094 1978 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
Trim40Q3UWA4 Shisa6-201ENSMUST00000066679 1578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
Trim40Q3UWA4 Llph-202ENSMUST00000130198 1463 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19.12■□□□□ 0.65
Trim40Q3UWA4 1700034H15Rik-201ENSMUST00000069573 1461 ntTSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
Trim40Q3UWA4 Fgfr2-217ENSMUST00000124096 2425 ntTSL 5 BASIC19.12■□□□□ 0.65
Trim40Q3UWA4 Il17re-205ENSMUST00000203661 2118 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
Trim40Q3UWA4 Ptger3-202ENSMUST00000173533 2097 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
Trim40Q3UWA4 Meg3-207ENSMUST00000143836 1896 ntTSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
Trim40Q3UWA4 Sae1-201ENSMUST00000094815 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
Trim40Q3UWA4 Tmem86a-201ENSMUST00000010451 1831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
Trim40Q3UWA4 Sema6d-204ENSMUST00000078621 6372 ntTSL 5 BASIC19.11■□□□□ 0.65
Trim40Q3UWA4 Hnrnpa3-204ENSMUST00000111964 1654 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
Trim40Q3UWA4 D17Wsu92e-201ENSMUST00000075076 1470 ntTSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
Trim40Q3UWA4 Dnajc19-202ENSMUST00000108195 659 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
Trim40Q3UWA4 Siglecf-206ENSMUST00000206299 2149 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
Trim40Q3UWA4 1110008P14Rik-201ENSMUST00000048792 680 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
Trim40Q3UWA4 Tsen54-201ENSMUST00000021134 1979 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
Trim40Q3UWA4 Zbtb7a-202ENSMUST00000117956 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
Trim40Q3UWA4 Nexmif-201ENSMUST00000056502 5211 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
Trim40Q3UWA4 Btbd17-201ENSMUST00000000206 1717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
Trim40Q3UWA4 Sox17-202ENSMUST00000116652 1512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
Trim40Q3UWA4 Ffar4-201ENSMUST00000067098 1393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
Trim40Q3UWA4 Smim10l2a-201ENSMUST00000068106 2393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
Trim40Q3UWA4 Smagp-202ENSMUST00000172334 952 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.1■□□□□ 0.65
Trim40Q3UWA4 Clpp-201ENSMUST00000002735 1207 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
Trim40Q3UWA4 Gjd3-201ENSMUST00000062931 837 ntAPPRIS P1 BASIC19.1■□□□□ 0.65
Trim40Q3UWA4 Spry1-202ENSMUST00000108107 2773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
Trim40Q3UWA4 Lmtk3-204ENSMUST00000209617 5051 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
Trim40Q3UWA4 Cdk11b-202ENSMUST00000105598 2673 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
Trim40Q3UWA4 Txnrd2-213ENSMUST00000178093 1785 ntTSL 5 BASIC19.09■□□□□ 0.65
Trim40Q3UWA4 Arpc5l-202ENSMUST00000112862 1339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
Trim40Q3UWA4 Lsm4-205ENSMUST00000210987 636 ntTSL 5 BASIC19.09■□□□□ 0.65
Trim40Q3UWA4 Asph-217ENSMUST00000146441 2576 ntTSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
Trim40Q3UWA4 Ntn5-203ENSMUST00000183120 1491 ntTSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
Trim40Q3UWA4 Hrh3-201ENSMUST00000056480 2706 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
Trim40Q3UWA4 Igf2bp2-201ENSMUST00000100052 3899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.65
Trim40Q3UWA4 Fam83d-201ENSMUST00000029183 2266 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.65
Trim40Q3UWA4 Pnrc1-201ENSMUST00000049357 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.65
Trim40Q3UWA4 Tada2b-202ENSMUST00000119916 1321 ntTSL 5 BASIC19.08■□□□□ 0.65
Trim40Q3UWA4 Gm13594-201ENSMUST00000137582 476 ntTSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.64
Trim40Q3UWA4 Cox11-201ENSMUST00000020851 1224 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.64
Trim40Q3UWA4 Maml1-201ENSMUST00000059458 5528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.64
Trim40Q3UWA4 Pbx1-206ENSMUST00000176790 1828 ntTSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.64
Trim40Q3UWA4 Zbtb10-201ENSMUST00000155203 7414 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.08■□□□□ 0.64
Trim40Q3UWA4 Tmie-201ENSMUST00000050958 2802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.64
Trim40Q3UWA4 Homer2-201ENSMUST00000026922 1736 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.64
Trim40Q3UWA4 Kansl1-204ENSMUST00000106972 5427 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.08■□□□□ 0.64
Trim40Q3UWA4 Rexo5-201ENSMUST00000033218 1966 ntTSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.64
Trim40Q3UWA4 Gsx2-201ENSMUST00000040477 1665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.64
Trim40Q3UWA4 Man2c1os-201ENSMUST00000125333 1910 ntTSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.64
Trim40Q3UWA4 Nrl-203ENSMUST00000178694 1928 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.64
Trim40Q3UWA4 Patz1-203ENSMUST00000094471 2930 ntTSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
Trim40Q3UWA4 Bcl3-201ENSMUST00000120537 1850 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
Trim40Q3UWA4 Gm9725-202ENSMUST00000166229 2326 ntTSL 5 BASIC19.07■□□□□ 0.64
Trim40Q3UWA4 Shisa8-201ENSMUST00000179269 1804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
Trim40Q3UWA4 AC158990.1-201ENSMUST00000221450 2016 ntBASIC19.07■□□□□ 0.64
Trim40Q3UWA4 Pdlim4-201ENSMUST00000018755 1182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
Trim40Q3UWA4 Card19-201ENSMUST00000048946 804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
Trim40Q3UWA4 Mgat2-201ENSMUST00000060579 2614 ntAPPRIS P1 BASIC19.07■□□□□ 0.64
Trim40Q3UWA4 Bnc2-214ENSMUST00000176612 3963 ntTSL 5 BASIC19.07■□□□□ 0.64
Trim40Q3UWA4 Dusp2-201ENSMUST00000028846 1617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
Trim40Q3UWA4 Gab1-201ENSMUST00000034150 4870 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
Trim40Q3UWA4 AC122428.2-201ENSMUST00000216321 1832 ntBASIC19.07■□□□□ 0.64
Trim40Q3UWA4 Slc22a23-201ENSMUST00000040336 6251 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
Trim40Q3UWA4 Rab1a-203ENSMUST00000109602 2626 ntTSL 5 BASIC19.06■□□□□ 0.64
Trim40Q3UWA4 Dact2-201ENSMUST00000053218 2808 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
Trim40Q3UWA4 Fam49b-202ENSMUST00000164532 1770 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
Trim40Q3UWA4 Siah1b-201ENSMUST00000037928 1783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
Trim40Q3UWA4 Gm16933-201ENSMUST00000141741 2169 ntTSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
Trim40Q3UWA4 Rnpep-201ENSMUST00000074357 2171 ntTSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
Trim40Q3UWA4 Rpl38-203ENSMUST00000106599 457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
Trim40Q3UWA4 Nsd1-206ENSMUST00000224918 1001 ntBASIC19.06■□□□□ 0.64
Trim40Q3UWA4 Lgals3-201ENSMUST00000142734 1419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
Trim40Q3UWA4 Ahcyl1-201ENSMUST00000029490 3863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.05■□□□□ 0.64
Trim40Q3UWA4 Zfp668-202ENSMUST00000106261 2410 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.05■□□□□ 0.64
Trim40Q3UWA4 Spg7-211ENSMUST00000153285 2481 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.05■□□□□ 0.64
Trim40Q3UWA4 Ak2-202ENSMUST00000102604 1781 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.05■□□□□ 0.64
Trim40Q3UWA4 Mreg-201ENSMUST00000048860 2284 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.05■□□□□ 0.64
Trim40Q3UWA4 Upf1-201ENSMUST00000075666 4618 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.04■□□□□ 0.64
Trim40Q3UWA4 Stk35-201ENSMUST00000165413 2882 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.04■□□□□ 0.64
Trim40Q3UWA4 Auh-204ENSMUST00000120535 1647 ntTSL 1 (best) BASIC19.04■□□□□ 0.64
Trim40Q3UWA4 Zfp287-205ENSMUST00000150336 1605 ntTSL 1 (best) BASIC19.04■□□□□ 0.64
Trim40Q3UWA4 Usp2-202ENSMUST00000065461 2057 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.04■□□□□ 0.64
Trim40Q3UWA4 Hdgfl3-202ENSMUST00000107305 5887 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.04■□□□□ 0.64
Trim40Q3UWA4 Gm15334-201ENSMUST00000131421 325 ntTSL 3 BASIC19.04■□□□□ 0.64
Trim40Q3UWA4 Tceal6-201ENSMUST00000033783 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.04■□□□□ 0.64
Trim40Q3UWA4 Setd6-201ENSMUST00000034096 1707 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.04■□□□□ 0.64
Trim40Q3UWA4 Eva1b-203ENSMUST00000106152 1364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.04■□□□□ 0.64
Trim40Q3UWA4 Rab3il1-201ENSMUST00000113161 2225 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC19.04■□□□□ 0.64
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 24.4 ms