Protein–RNA interactions for Protein: Q3U319

Rnf40, E3 ubiquitin-protein ligase BRE1B, mousemouse

Predictions only

Length 1,001 aa.

Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Rnf40Q3U319 Gm15515-201ENSMUST00000117827 822 ntBASIC12.3□□□□□ -0.44
Rnf40Q3U319 Gm13792-201ENSMUST00000121350 423 ntBASIC12.3□□□□□ -0.44
Rnf40Q3U319 Gm16479-201ENSMUST00000121706 932 ntBASIC12.3□□□□□ -0.44
Rnf40Q3U319 Vps53-204ENSMUST00000129256 650 ntTSL 1 (best) BASIC12.3□□□□□ -0.44
Rnf40Q3U319 Gm17227-202ENSMUST00000170286 1016 ntTSL 1 (best) BASIC12.3□□□□□ -0.44
Rnf40Q3U319 Mir669a-7-201ENSMUST00000180364 87 ntBASIC12.3□□□□□ -0.44
Rnf40Q3U319 1700039M10Rik-201ENSMUST00000180397 532 ntTSL 1 (best) BASIC12.3□□□□□ -0.44
Rnf40Q3U319 4833428L15Rik-201ENSMUST00000181230 1259 ntTSL 1 (best) BASIC12.3□□□□□ -0.44
Rnf40Q3U319 2010015M23Rik-201ENSMUST00000181900 1199 ntTSL 1 (best) BASIC12.3□□□□□ -0.44
Rnf40Q3U319 Gm29667-201ENSMUST00000190817 490 ntBASIC12.3□□□□□ -0.44
Rnf40Q3U319 Ndufv3-205ENSMUST00000191598 642 ntTSL 1 (best) BASIC12.3□□□□□ -0.44
Rnf40Q3U319 Gm38092-201ENSMUST00000195600 653 ntBASIC12.3□□□□□ -0.44
Rnf40Q3U319 Mir669a-6-201ENSMUST00000196127 87 ntBASIC12.3□□□□□ -0.44
Rnf40Q3U319 Mir669a-12-201ENSMUST00000197274 87 ntBASIC12.3□□□□□ -0.44
Rnf40Q3U319 Mir669a-5-201ENSMUST00000197439 87 ntBASIC12.3□□□□□ -0.44
Rnf40Q3U319 Mir669a-10-201ENSMUST00000197745 87 ntBASIC12.3□□□□□ -0.44
Rnf40Q3U319 Mir669a-11-201ENSMUST00000197952 87 ntBASIC12.3□□□□□ -0.44
Rnf40Q3U319 Mir669a-4-201ENSMUST00000198665 87 ntBASIC12.3□□□□□ -0.44
Rnf40Q3U319 Hax1-207ENSMUST00000198782 855 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC12.3□□□□□ -0.44
Rnf40Q3U319 Mir669a-9-201ENSMUST00000200087 87 ntBASIC12.3□□□□□ -0.44
Rnf40Q3U319 Mir669a-8-201ENSMUST00000200268 87 ntBASIC12.3□□□□□ -0.44
Rnf40Q3U319 Gm34701-202ENSMUST00000204685 360 ntBASIC12.3□□□□□ -0.44
Rnf40Q3U319 Olfr1415-203ENSMUST00000204766 403 ntTSL 3 BASIC12.3□□□□□ -0.44
Rnf40Q3U319 Bpnt1-205ENSMUST00000210277 1226 ntTSL 5 BASIC12.3□□□□□ -0.44
Rnf40Q3U319 AC133517.2-201ENSMUST00000226820 690 ntBASIC12.3□□□□□ -0.44
Rnf40Q3U319 AC132918.1-201ENSMUST00000227877 925 ntBASIC12.3□□□□□ -0.44
Rnf40Q3U319 Gm24526-201ENSMUST00000082921 158 ntBASIC12.3□□□□□ -0.44
Rnf40Q3U319 Taar7e-201ENSMUST00000092656 1077 ntAPPRIS P1 BASIC12.3□□□□□ -0.44
Rnf40Q3U319 Cpt1c-201ENSMUST00000063761 2793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.3□□□□□ -0.44
Rnf40Q3U319 AC207128.2-201ENSMUST00000223708 1924 ntBASIC12.3□□□□□ -0.44
Rnf40Q3U319 Npy5r-203ENSMUST00000212563 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.3□□□□□ -0.44
Rnf40Q3U319 Rgs8-201ENSMUST00000041776 8474 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.3□□□□□ -0.44
Rnf40Q3U319 Gm44369-201ENSMUST00000204543 2175 ntBASIC12.3□□□□□ -0.44
Rnf40Q3U319 Gm18986-201ENSMUST00000216029 1986 ntBASIC12.3□□□□□ -0.44
Rnf40Q3U319 Hsd17b13-202ENSMUST00000112803 1310 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.3□□□□□ -0.44
Rnf40Q3U319 Oxsm-202ENSMUST00000112624 1586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.3□□□□□ -0.44
Rnf40Q3U319 Ipo4-201ENSMUST00000047131 3846 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.3□□□□□ -0.44
Rnf40Q3U319 Dennd4a-201ENSMUST00000038890 8645 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC12.3□□□□□ -0.44
Rnf40Q3U319 Slc25a44-202ENSMUST00000168755 3418 ntTSL 1 (best) BASIC12.3□□□□□ -0.44
Rnf40Q3U319 Grem1-201ENSMUST00000099575 4148 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.3□□□□□ -0.44
Rnf40Q3U319 Asb15-201ENSMUST00000031696 2088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.3□□□□□ -0.44
Rnf40Q3U319 Zfp36-201ENSMUST00000051241 2790 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC12.3□□□□□ -0.44
Rnf40Q3U319 AC122197.2-201ENSMUST00000219196 1635 ntBASIC12.29□□□□□ -0.44
Rnf40Q3U319 Ckap2-201ENSMUST00000046916 2593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.29□□□□□ -0.44
Rnf40Q3U319 Pnkd-202ENSMUST00000087225 2859 ntTSL 1 (best) BASIC12.29□□□□□ -0.44
Rnf40Q3U319 Csnk1a1-204ENSMUST00000165123 4083 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC12.29□□□□□ -0.44
Rnf40Q3U319 Tia1-206ENSMUST00000113713 3108 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.29□□□□□ -0.44
Rnf40Q3U319 Slc1a4-201ENSMUST00000004634 3872 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.29□□□□□ -0.44
Rnf40Q3U319 Gtf3c1-204ENSMUST00000205659 6570 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC12.29□□□□□ -0.44
Rnf40Q3U319 Plxna4os1-201ENSMUST00000150314 1977 ntTSL 1 (best) BASIC12.29□□□□□ -0.44
Rnf40Q3U319 Dcaf12l1-202ENSMUST00000115056 3495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.29□□□□□ -0.44
Rnf40Q3U319 Tacc2-205ENSMUST00000207282 3464 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.29□□□□□ -0.44
Rnf40Q3U319 Map3k12-208ENSMUST00000171565 4318 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.29□□□□□ -0.44
Rnf40Q3U319 Spsb1-202ENSMUST00000105684 1002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.29□□□□□ -0.44
Rnf40Q3U319 Pmvk-202ENSMUST00000107410 652 ntTSL 5 BASIC12.29□□□□□ -0.44
Rnf40Q3U319 Gm23884-201ENSMUST00000122687 294 ntBASIC12.29□□□□□ -0.44
Rnf40Q3U319 Gm6047-201ENSMUST00000167221 574 ntBASIC12.29□□□□□ -0.44
Rnf40Q3U319 Gm27331-201ENSMUST00000183705 60 ntBASIC12.29□□□□□ -0.44
Rnf40Q3U319 Mir6977-201ENSMUST00000184960 64 ntBASIC12.29□□□□□ -0.44
Rnf40Q3U319 Gm32999-201ENSMUST00000192693 562 ntBASIC12.29□□□□□ -0.44
Rnf40Q3U319 Gm42452-201ENSMUST00000199749 617 ntBASIC12.29□□□□□ -0.44
Rnf40Q3U319 Gm6007-201ENSMUST00000208170 823 ntBASIC12.29□□□□□ -0.44
Rnf40Q3U319 Coq7-205ENSMUST00000209146 799 ntTSL 3 BASIC12.29□□□□□ -0.44
Rnf40Q3U319 Gm7730-201ENSMUST00000212486 454 ntBASIC12.29□□□□□ -0.44
Rnf40Q3U319 1700124M09Rik-201ENSMUST00000217047 305 ntTSL 1 (best) BASIC12.29□□□□□ -0.44
Rnf40Q3U319 Gm18473-201ENSMUST00000220543 868 ntBASIC12.29□□□□□ -0.44
Rnf40Q3U319 4930480M12Rik-201ENSMUST00000221084 550 ntTSL 1 (best) BASIC12.29□□□□□ -0.44
Rnf40Q3U319 AC121567.1-201ENSMUST00000227213 842 ntBASIC12.29□□□□□ -0.44
Rnf40Q3U319 U2af1l4-201ENSMUST00000043273 884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.29□□□□□ -0.44
Rnf40Q3U319 Vpreb3-201ENSMUST00000000926 625 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC12.29□□□□□ -0.44
Rnf40Q3U319 Gm11563-201ENSMUST00000092695 1012 ntAPPRIS P1 BASIC12.29□□□□□ -0.44
Rnf40Q3U319 Gm17229-201ENSMUST00000097355 1138 ntTSL 1 (best) BASIC12.29□□□□□ -0.44
Rnf40Q3U319 Pnmal2-201ENSMUST00000094807 4147 ntAPPRIS P1 BASIC12.29□□□□□ -0.44
Rnf40Q3U319 Chil1-207ENSMUST00000153856 1839 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.29□□□□□ -0.44
Rnf40Q3U319 Fam149a-201ENSMUST00000093526 5469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.29□□□□□ -0.44
Rnf40Q3U319 Capza1-201ENSMUST00000094028 3193 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.29□□□□□ -0.44
Rnf40Q3U319 AC159621.2-201ENSMUST00000223519 1326 ntBASIC12.29□□□□□ -0.44
Rnf40Q3U319 4933435G04Rik-201ENSMUST00000205892 2108 ntBASIC12.29□□□□□ -0.44
Rnf40Q3U319 Zfp617-201ENSMUST00000119003 2920 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.29□□□□□ -0.44
Rnf40Q3U319 Myh1-201ENSMUST00000018637 5938 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC12.29□□□□□ -0.44
Rnf40Q3U319 Ctdspl2-203ENSMUST00000110574 1616 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC12.29□□□□□ -0.44
Rnf40Q3U319 Idi1-201ENSMUST00000169314 3027 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.29□□□□□ -0.44
Rnf40Q3U319 Tmcc1-208ENSMUST00000173140 1910 ntTSL 5 BASIC12.29□□□□□ -0.44
Rnf40Q3U319 Tyw1-201ENSMUST00000040213 3044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.29□□□□□ -0.44
Rnf40Q3U319 Usp20-201ENSMUST00000061544 1360 ntTSL 1 (best) BASIC12.29□□□□□ -0.44
Rnf40Q3U319 Pafah1b2-201ENSMUST00000172450 6873 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.28□□□□□ -0.44
Rnf40Q3U319 Sel1l-201ENSMUST00000021347 6300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.28□□□□□ -0.44
Rnf40Q3U319 Asb7-202ENSMUST00000124899 4928 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.28□□□□□ -0.44
Rnf40Q3U319 Cbl-211ENSMUST00000206720 11372 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC12.28□□□□□ -0.44
Rnf40Q3U319 Ltbp2-201ENSMUST00000002073 6769 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC12.28□□□□□ -0.44
Rnf40Q3U319 Pex13-201ENSMUST00000020523 4146 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.28□□□□□ -0.44
Rnf40Q3U319 Nop16-201ENSMUST00000026987 1756 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.28□□□□□ -0.44
Rnf40Q3U319 Ranbp10-201ENSMUST00000041400 5308 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.28□□□□□ -0.44
Rnf40Q3U319 Morc3-206ENSMUST00000202261 4175 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.28□□□□□ -0.44
Rnf40Q3U319 Morc3-201ENSMUST00000044068 4178 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC12.28□□□□□ -0.44
Rnf40Q3U319 Gm8146-201ENSMUST00000192106 1847 ntBASIC12.28□□□□□ -0.44
Rnf40Q3U319 Enpp4-201ENSMUST00000024757 4560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.28□□□□□ -0.44
Rnf40Q3U319 Fer1l4-201ENSMUST00000109611 6106 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC12.28□□□□□ -0.44
Rnf40Q3U319 Nell2-202ENSMUST00000166170 3366 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC12.28□□□□□ -0.44
Rnf40Q3U319 Adra2b-202ENSMUST00000104934 4014 ntAPPRIS ALT2 BASIC12.28□□□□□ -0.44
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 43.9 ms