Protein–RNA interactions for Protein: Q9CQ56

Use1, Vesicle transport protein USE1, mousemouse

Predictions only

Length 270 aa.

Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Use1Q9CQ56 2010320M18Rik-201ENSMUST00000191396 1009 ntBASIC11□□□□□ -0.65
Use1Q9CQ56 Gm38314-201ENSMUST00000195709 625 ntBASIC11□□□□□ -0.65
Use1Q9CQ56 Crip2-202ENSMUST00000196015 772 ntTSL 3 BASIC11□□□□□ -0.65
Use1Q9CQ56 Gm2420-203ENSMUST00000202748 447 ntTSL 5 BASIC11□□□□□ -0.65
Use1Q9CQ56 Gm2553-201ENSMUST00000215986 605 ntBASIC11□□□□□ -0.65
Use1Q9CQ56 AC153954.1-201ENSMUST00000216959 255 ntBASIC11□□□□□ -0.65
Use1Q9CQ56 AC153962.4-201ENSMUST00000217878 242 ntBASIC11□□□□□ -0.65
Use1Q9CQ56 Ifi30-202ENSMUST00000222087 981 ntTSL 1 (best) BASIC11□□□□□ -0.65
Use1Q9CQ56 Gzmn-202ENSMUST00000225535 989 ntBASIC11□□□□□ -0.65
Use1Q9CQ56 Isoc2b-201ENSMUST00000064547 1080 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11□□□□□ -0.65
Use1Q9CQ56 Ccdc70-202ENSMUST00000070649 961 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11□□□□□ -0.65
Use1Q9CQ56 Ptgfr-201ENSMUST00000029670 6624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11□□□□□ -0.65
Use1Q9CQ56 Fam170a-201ENSMUST00000039121 1342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11□□□□□ -0.65
Use1Q9CQ56 Gm37931-201ENSMUST00000194686 2866 ntBASIC11□□□□□ -0.65
Use1Q9CQ56 Ccdc183-201ENSMUST00000028309 1719 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC11□□□□□ -0.65
Use1Q9CQ56 Gm44755-201ENSMUST00000207830 2102 ntBASIC11□□□□□ -0.65
Use1Q9CQ56 A130077B15Rik-201ENSMUST00000219429 2547 ntTSL 1 (best) BASIC11□□□□□ -0.65
Use1Q9CQ56 Pip4k2c-201ENSMUST00000013970 3307 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11□□□□□ -0.65
Use1Q9CQ56 Nop16-201ENSMUST00000026987 1756 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11□□□□□ -0.65
Use1Q9CQ56 Dbh-201ENSMUST00000000910 2552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11□□□□□ -0.65
Use1Q9CQ56 Miga2-201ENSMUST00000077977 3381 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11□□□□□ -0.65
Use1Q9CQ56 Camk2a-203ENSMUST00000102888 4970 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11□□□□□ -0.65
Use1Q9CQ56 Clcn4-201ENSMUST00000000619 4607 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11□□□□□ -0.65
Use1Q9CQ56 Ftsj1-201ENSMUST00000033513 3425 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11□□□□□ -0.65
Use1Q9CQ56 Kifc5b-201ENSMUST00000078961 2627 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC11□□□□□ -0.65
Use1Q9CQ56 Ttc29-202ENSMUST00000109902 1416 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC11□□□□□ -0.65
Use1Q9CQ56 Gpr179-201ENSMUST00000093942 9219 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC11□□□□□ -0.65
Use1Q9CQ56 Lin52-201ENSMUST00000137170 2270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11□□□□□ -0.65
Use1Q9CQ56 Oas1f-201ENSMUST00000057814 1480 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11□□□□□ -0.65
Use1Q9CQ56 Lrrn4-201ENSMUST00000049787 3715 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.99□□□□□ -0.65
Use1Q9CQ56 Cd2bp2-207ENSMUST00000206026 2906 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.99□□□□□ -0.65
Use1Q9CQ56 Rab19-201ENSMUST00000031986 1575 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.99□□□□□ -0.65
Use1Q9CQ56 Ccnb1-201ENSMUST00000072119 2489 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC10.99□□□□□ -0.65
Use1Q9CQ56 Tspan32-203ENSMUST00000082008 1587 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC10.99□□□□□ -0.65
Use1Q9CQ56 Egr2-201ENSMUST00000048289 2965 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC10.99□□□□□ -0.65
Use1Q9CQ56 Gm7841-201ENSMUST00000122108 1629 ntBASIC10.99□□□□□ -0.65
Use1Q9CQ56 Tcirg1-204ENSMUST00000126070 3041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.99□□□□□ -0.65
Use1Q9CQ56 AC173482.6-201ENSMUST00000225889 1741 ntBASIC10.99□□□□□ -0.65
Use1Q9CQ56 Tubgcp4-201ENSMUST00000039541 4206 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC10.99□□□□□ -0.65
Use1Q9CQ56 Gpr155-203ENSMUST00000112043 3284 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC10.99□□□□□ -0.65
Use1Q9CQ56 Rpl35a-204ENSMUST00000115078 500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.99□□□□□ -0.65
Use1Q9CQ56 Rhox7-ps1-201ENSMUST00000117595 806 ntBASIC10.99□□□□□ -0.65
Use1Q9CQ56 Eef1akmt2-202ENSMUST00000120425 573 ntTSL 3 BASIC10.99□□□□□ -0.65
Use1Q9CQ56 Gm11660-201ENSMUST00000120955 412 ntBASIC10.99□□□□□ -0.65
Use1Q9CQ56 Gm15635-202ENSMUST00000131160 917 ntTSL 3 BASIC10.99□□□□□ -0.65
Use1Q9CQ56 Gm13869-201ENSMUST00000146978 1054 ntTSL 1 (best) BASIC10.99□□□□□ -0.65
Use1Q9CQ56 Atpif1-203ENSMUST00000152993 462 ntTSL 2 BASIC10.99□□□□□ -0.65
Use1Q9CQ56 Gm6548-201ENSMUST00000167498 1165 ntBASIC10.99□□□□□ -0.65
Use1Q9CQ56 Gm17334-201ENSMUST00000170390 907 ntAPPRIS P1 BASIC10.99□□□□□ -0.65
Use1Q9CQ56 Gm2991-201ENSMUST00000173338 480 ntBASIC10.99□□□□□ -0.65
Use1Q9CQ56 Tmem52-205ENSMUST00000178238 968 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC10.99□□□□□ -0.65
Use1Q9CQ56 Rpl36-ps4-201ENSMUST00000179601 354 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC10.99□□□□□ -0.65
Use1Q9CQ56 Gm45691-201ENSMUST00000206905 1120 ntBASIC10.99□□□□□ -0.65
Use1Q9CQ56 Gm9368-201ENSMUST00000219348 831 ntBASIC10.99□□□□□ -0.65
Use1Q9CQ56 AC121960.1-201ENSMUST00000227982 564 ntBASIC10.99□□□□□ -0.65
Use1Q9CQ56 Gm5455-201ENSMUST00000058710 715 ntBASIC10.99□□□□□ -0.65
Use1Q9CQ56 Zcchc8-204ENSMUST00000196282 4350 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC10.99□□□□□ -0.65
Use1Q9CQ56 Myh10-204ENSMUST00000108673 1315 ntTSL 1 (best) BASIC10.99□□□□□ -0.65
Use1Q9CQ56 Igf1-204ENSMUST00000121161 1344 ntTSL 1 (best) BASIC10.99□□□□□ -0.65
Use1Q9CQ56 Ttc30a2-201ENSMUST00000099995 2431 ntAPPRIS P1 BASIC10.99□□□□□ -0.65
Use1Q9CQ56 Kirrel3-209ENSMUST00000190549 3074 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC10.99□□□□□ -0.65
Use1Q9CQ56 Gm14169-201ENSMUST00000124676 2519 ntTSL 1 (best) BASIC10.99□□□□□ -0.65
Use1Q9CQ56 AC171277.1-201ENSMUST00000216902 1441 ntBASIC10.99□□□□□ -0.65
Use1Q9CQ56 Gpcpd1-205ENSMUST00000110142 3703 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC10.99□□□□□ -0.65
Use1Q9CQ56 Slc38a3-202ENSMUST00000167868 3151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.99□□□□□ -0.65
Use1Q9CQ56 H2-Q1-201ENSMUST00000073208 2024 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC10.99□□□□□ -0.65
Use1Q9CQ56 4930488L21Rik-201ENSMUST00000181864 3244 ntTSL 1 (best) BASIC10.99□□□□□ -0.65
Use1Q9CQ56 Gpr18-201ENSMUST00000055475 1498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.99□□□□□ -0.65
Use1Q9CQ56 Slc26a11-201ENSMUST00000050880 2695 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.99□□□□□ -0.65
Use1Q9CQ56 Msh5-202ENSMUST00000097338 2678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.99□□□□□ -0.65
Use1Q9CQ56 St14-201ENSMUST00000034478 3259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.99□□□□□ -0.65
Use1Q9CQ56 Pdp2-201ENSMUST00000059588 5692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.99□□□□□ -0.65
Use1Q9CQ56 Slc12a9-201ENSMUST00000039991 3330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.99□□□□□ -0.65
Use1Q9CQ56 Fnbp1l-201ENSMUST00000162409 5198 ntTSL 5 BASIC10.99□□□□□ -0.65
Use1Q9CQ56 Thbs2-201ENSMUST00000170872 5922 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.99□□□□□ -0.65
Use1Q9CQ56 Pip5kl1-201ENSMUST00000055304 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.99□□□□□ -0.65
Use1Q9CQ56 Trmt2a-207ENSMUST00000140206 3520 ntTSL 1 (best) BASIC10.98□□□□□ -0.65
Use1Q9CQ56 Steap3-201ENSMUST00000112639 2931 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.98□□□□□ -0.65
Use1Q9CQ56 Tfr2-201ENSMUST00000031729 2926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.98□□□□□ -0.65
Use1Q9CQ56 Pkn1-208ENSMUST00000144258 2995 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC10.98□□□□□ -0.65
Use1Q9CQ56 Ppp1r16b-203ENSMUST00000103116 6370 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC10.98□□□□□ -0.65
Use1Q9CQ56 Ccdc97-201ENSMUST00000002683 3032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.98□□□□□ -0.65
Use1Q9CQ56 Ank3-204ENSMUST00000092432 5832 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC10.98□□□□□ -0.65
Use1Q9CQ56 Ifi47-202ENSMUST00000109202 1773 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC10.98□□□□□ -0.65
Use1Q9CQ56 Gm43807-201ENSMUST00000200678 1781 ntBASIC10.98□□□□□ -0.65
Use1Q9CQ56 Robo4-201ENSMUST00000102895 3226 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC10.98□□□□□ -0.65
Use1Q9CQ56 Traf7-202ENSMUST00000088464 2504 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC10.98□□□□□ -0.65
Use1Q9CQ56 AC107453.4-201ENSMUST00000227068 1817 ntBASIC10.98□□□□□ -0.65
Use1Q9CQ56 Rabgef1-203ENSMUST00000119797 2690 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.98□□□□□ -0.65
Use1Q9CQ56 Eno1-201ENSMUST00000080149 1902 ntTSL 1 (best) BASIC10.98□□□□□ -0.65
Use1Q9CQ56 Vps54-202ENSMUST00000109578 4273 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC10.98□□□□□ -0.65
Use1Q9CQ56 Rbm3-204ENSMUST00000115617 1152 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC10.98□□□□□ -0.65
Use1Q9CQ56 Hsbp1l1-201ENSMUST00000166219 1251 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.98□□□□□ -0.65
Use1Q9CQ56 1700037C18Rik-205ENSMUST00000177323 915 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC10.98□□□□□ -0.65
Use1Q9CQ56 Krtap16-3-201ENSMUST00000179707 601 ntAPPRIS P1 BASIC10.98□□□□□ -0.65
Use1Q9CQ56 Gm27501-201ENSMUST00000183599 107 ntBASIC10.98□□□□□ -0.65
Use1Q9CQ56 Gm29054-201ENSMUST00000187589 1185 ntTSL 1 (best) BASIC10.98□□□□□ -0.65
Use1Q9CQ56 2010106C02Rik-201ENSMUST00000191222 660 ntTSL 1 (best) BASIC10.98□□□□□ -0.65
Use1Q9CQ56 Gm32999-201ENSMUST00000192693 562 ntBASIC10.98□□□□□ -0.65
Use1Q9CQ56 Gm6621-201ENSMUST00000193251 772 ntBASIC10.98□□□□□ -0.65
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 63.9 ms