Protein–RNA interactions for Protein: Q3TIX9

Usp39, U4/U6.U5 tri-snRNP-associated protein 2, mousemouse

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Length 564 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Usp39Q3TIX9 Fam163a-201ENSMUST00000015628 3882 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.33□□□□□ -0.6
Usp39Q3TIX9 Fnip1-201ENSMUST00000046835 6255 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.33□□□□□ -0.6
Usp39Q3TIX9 Ccr4-202ENSMUST00000215425 1382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.33□□□□□ -0.6
Usp39Q3TIX9 Psapl1-201ENSMUST00000052224 2548 ntAPPRIS P1 BASIC11.33□□□□□ -0.6
Usp39Q3TIX9 Dgkh-202ENSMUST00000226342 15261 ntAPPRIS P1 BASIC11.33□□□□□ -0.6
Usp39Q3TIX9 Sel1l-204ENSMUST00000167466 5544 ntTSL 1 (best) BASIC11.33□□□□□ -0.6
Usp39Q3TIX9 Gid8-202ENSMUST00000078687 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.33□□□□□ -0.6
Usp39Q3TIX9 Cela2a-201ENSMUST00000102481 1070 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.33□□□□□ -0.6
Usp39Q3TIX9 Mitd1-205ENSMUST00000139725 1175 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.33□□□□□ -0.6
Usp39Q3TIX9 Lypd1-203ENSMUST00000159529 989 ntTSL 2 BASIC11.33□□□□□ -0.6
Usp39Q3TIX9 1700112L15Rik-201ENSMUST00000212067 510 ntBASIC11.33□□□□□ -0.6
Usp39Q3TIX9 Dhrs2-201ENSMUST00000022820 1268 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.33□□□□□ -0.6
Usp39Q3TIX9 Nppc-201ENSMUST00000027449 1042 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.33□□□□□ -0.6
Usp39Q3TIX9 Cga-201ENSMUST00000029975 687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.33□□□□□ -0.6
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Usp39Q3TIX9 Rufy2-203ENSMUST00000122231 2664 ntTSL 5 BASIC11.33□□□□□ -0.6
Usp39Q3TIX9 Mccc1os-202ENSMUST00000137198 2686 ntTSL 1 (best) BASIC11.33□□□□□ -0.6
Usp39Q3TIX9 Slc6a1-201ENSMUST00000032454 4302 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.33□□□□□ -0.6
Usp39Q3TIX9 Meaf6-205ENSMUST00000154689 4550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.33□□□□□ -0.6
Usp39Q3TIX9 Nol3-201ENSMUST00000014920 3176 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.33□□□□□ -0.6
Usp39Q3TIX9 Zbtb24-205ENSMUST00000216656 2476 ntTSL 1 (best) BASIC11.33□□□□□ -0.6
Usp39Q3TIX9 Cyp2s1-201ENSMUST00000043314 2745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.33□□□□□ -0.6
Usp39Q3TIX9 Stra6-202ENSMUST00000085677 2725 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.33□□□□□ -0.6
Usp39Q3TIX9 Ctps2-205ENSMUST00000112302 3223 ntTSL 1 (best) BASIC11.33□□□□□ -0.6
Usp39Q3TIX9 Cyp4f17-201ENSMUST00000165999 1693 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC11.33□□□□□ -0.6
Usp39Q3TIX9 A430033K04Rik-203ENSMUST00000198958 2264 ntTSL 1 (best) BASIC11.33□□□□□ -0.6
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Usp39Q3TIX9 Zfp629-201ENSMUST00000058038 6120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.33□□□□□ -0.6
Usp39Q3TIX9 Unk-201ENSMUST00000021116 3735 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.33□□□□□ -0.6
Usp39Q3TIX9 Ubxn10-201ENSMUST00000105809 2757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.33□□□□□ -0.6
Usp39Q3TIX9 Gucy2e-203ENSMUST00000108665 3645 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC11.33□□□□□ -0.6
Usp39Q3TIX9 Chic1-201ENSMUST00000116547 7375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.33□□□□□ -0.6
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Usp39Q3TIX9 Gm21986-201ENSMUST00000113671 5560 ntTSL 2 BASIC11.33□□□□□ -0.6
Usp39Q3TIX9 Atp6v0a1-201ENSMUST00000044721 4008 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC11.32□□□□□ -0.6
Usp39Q3TIX9 Klhl14-202ENSMUST00000122333 4423 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC11.32□□□□□ -0.6
Usp39Q3TIX9 Kcnma1-212ENSMUST00000188285 4440 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC11.32□□□□□ -0.6
Usp39Q3TIX9 Fcho1-201ENSMUST00000093444 3073 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC11.32□□□□□ -0.6
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Usp39Q3TIX9 Caln1-202ENSMUST00000111287 2106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.32□□□□□ -0.6
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Usp39Q3TIX9 Megf8-201ENSMUST00000128119 10040 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.32□□□□□ -0.6
Usp39Q3TIX9 Mob3b-201ENSMUST00000102975 6030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.32□□□□□ -0.6
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Usp39Q3TIX9 Styxl1-205ENSMUST00000111164 1243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.32□□□□□ -0.6
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Usp39Q3TIX9 Ntan1-201ENSMUST00000023362 1175 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.32□□□□□ -0.6
Usp39Q3TIX9 Prss34-201ENSMUST00000037453 1216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.32□□□□□ -0.6
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Usp39Q3TIX9 Prune1-201ENSMUST00000015855 3140 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.32□□□□□ -0.6
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Usp39Q3TIX9 Foxred1-201ENSMUST00000043805 2232 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.32□□□□□ -0.6
Usp39Q3TIX9 Zfp773-201ENSMUST00000032622 3028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.32□□□□□ -0.6
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Usp39Q3TIX9 Vps16-201ENSMUST00000028900 3161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.32□□□□□ -0.6
Usp39Q3TIX9 Trhr2-201ENSMUST00000044123 1340 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.32□□□□□ -0.6
Usp39Q3TIX9 Nmrk1-203ENSMUST00000159572 1706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.32□□□□□ -0.6
Usp39Q3TIX9 Hhipl2-201ENSMUST00000065900 2525 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC11.32□□□□□ -0.6
Usp39Q3TIX9 Tcf4-252ENSMUST00000202477 1873 ntTSL 5 BASIC11.32□□□□□ -0.6
Usp39Q3TIX9 Msra-201ENSMUST00000067927 1860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.32□□□□□ -0.6
Usp39Q3TIX9 AC167022.1-201ENSMUST00000218647 1458 ntBASIC11.32□□□□□ -0.6
Usp39Q3TIX9 Bad-201ENSMUST00000025910 1451 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.32□□□□□ -0.6
Usp39Q3TIX9 Sgpp2-201ENSMUST00000036172 4002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.32□□□□□ -0.6
Usp39Q3TIX9 Kifc2-201ENSMUST00000004294 3143 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.31□□□□□ -0.6
Usp39Q3TIX9 Mier3-201ENSMUST00000047412 4243 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.31□□□□□ -0.6
Usp39Q3TIX9 Spata7-203ENSMUST00000101146 1913 ntTSL 1 (best) BASIC11.31□□□□□ -0.6
Usp39Q3TIX9 Mospd2-203ENSMUST00000112248 2487 ntTSL 1 (best) BASIC11.31□□□□□ -0.6
Usp39Q3TIX9 Gm13093-201ENSMUST00000126212 2485 ntTSL 1 (best) BASIC11.31□□□□□ -0.6
Usp39Q3TIX9 Ghsr-201ENSMUST00000057186 4433 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.31□□□□□ -0.6
Usp39Q3TIX9 Aars2-201ENSMUST00000024733 3348 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.31□□□□□ -0.6
Usp39Q3TIX9 Gpr45-201ENSMUST00000114761 1546 ntAPPRIS P1 BASIC11.31□□□□□ -0.6
Usp39Q3TIX9 Gm10787-201ENSMUST00000099552 1548 ntTSL 2 BASIC11.31□□□□□ -0.6
Usp39Q3TIX9 Cyp4f16-208ENSMUST00000169591 2242 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.31□□□□□ -0.6
Usp39Q3TIX9 Tfdp2-204ENSMUST00000179065 2213 ntTSL 1 (best) BASIC11.31□□□□□ -0.6
Usp39Q3TIX9 Col6a4-201ENSMUST00000121963 7371 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC11.31□□□□□ -0.6
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 65.2 ms