Protein–RNA interactions for Protein: Q62318

Trim28, Transcription intermediary factor 1-beta, mousemouse

Predictions only

Length 834 aa.

Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Trim28Q62318 Gipc3-201ENSMUST00000045102 3521 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
Trim28Q62318 Col3a1-201ENSMUST00000087883 5564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
Trim28Q62318 Pkp1-201ENSMUST00000027667 4669 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
Trim28Q62318 Emc7-201ENSMUST00000069747 5826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
Trim28Q62318 D030045P18Rik-204ENSMUST00000215085 2186 ntTSL 5 BASIC15.1■□□□□ 0.01
Trim28Q62318 Slc26a6-201ENSMUST00000098376 2402 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.1■□□□□ 0.01
Trim28Q62318 Oprl1-204ENSMUST00000108767 1248 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
Trim28Q62318 Gm8302-201ENSMUST00000119217 852 ntBASIC15.1■□□□□ 0.01
Trim28Q62318 Gm12791-201ENSMUST00000120788 655 ntBASIC15.1■□□□□ 0.01
Trim28Q62318 Tbata-203ENSMUST00000121297 1000 ntTSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
Trim28Q62318 Gstt3-203ENSMUST00000173537 687 ntTSL 3 BASIC15.1■□□□□ 0.01
Trim28Q62318 Gm29292-201ENSMUST00000186169 766 ntTSL 3 BASIC15.1■□□□□ 0.01
Trim28Q62318 1700008A23Rik-201ENSMUST00000191694 691 ntBASIC15.1■□□□□ 0.01
Trim28Q62318 Gm42816-201ENSMUST00000198433 325 ntBASIC15.1■□□□□ 0.01
Trim28Q62318 Gm44759-201ENSMUST00000206057 430 ntTSL 3 BASIC15.1■□□□□ 0.01
Trim28Q62318 Gm45338-201ENSMUST00000209198 820 ntTSL 5 BASIC15.1■□□□□ 0.01
Trim28Q62318 Gm5599-201ENSMUST00000209602 788 ntBASIC15.1■□□□□ 0.01
Trim28Q62318 Hils1-201ENSMUST00000038928 864 ntAPPRIS P1 BASIC15.1■□□□□ 0.01
Trim28Q62318 Atp5h-201ENSMUST00000043931 625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
Trim28Q62318 Lce1e-201ENSMUST00000090867 711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
Trim28Q62318 Rsbn1-201ENSMUST00000051139 4762 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
Trim28Q62318 Bub1-201ENSMUST00000028858 3421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
Trim28Q62318 Eya1-203ENSMUST00000168081 4366 ntTSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
Trim28Q62318 Arfgap1-201ENSMUST00000029092 2714 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
Trim28Q62318 4931429L15Rik-201ENSMUST00000159565 2037 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.1■□□□□ 0.01
Trim28Q62318 Cryz-208ENSMUST00000192462 2505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
Trim28Q62318 Aurkc-203ENSMUST00000207711 1320 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
Trim28Q62318 Slc4a9-202ENSMUST00000115694 2861 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.1■□□□□ 0.01
Trim28Q62318 Gp2-202ENSMUST00000207887 1853 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
Trim28Q62318 Nt5dc2-206ENSMUST00000227794 1858 ntAPPRIS ALT2 BASIC15.1■□□□□ 0.01
Trim28Q62318 Grin1-201ENSMUST00000028335 4238 ntTSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
Trim28Q62318 Usp31-201ENSMUST00000046929 10198 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.09■□□□□ 0.01
Trim28Q62318 Fgd5-201ENSMUST00000089334 6095 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
Trim28Q62318 Matn2-203ENSMUST00000226766 3252 ntBASIC15.09■□□□□ 0.01
Trim28Q62318 Rad54l-202ENSMUST00000102705 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
Trim28Q62318 Kif21b-201ENSMUST00000075164 9115 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.09■□□□□ 0.01
Trim28Q62318 Asz1-201ENSMUST00000010940 1736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
Trim28Q62318 Rbm10-202ENSMUST00000082089 2562 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.09■□□□□ 0.01
Trim28Q62318 Gm43727-201ENSMUST00000198021 2647 ntBASIC15.09■□□□□ 0.01
Trim28Q62318 Reep3-201ENSMUST00000020023 5430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
Trim28Q62318 Nemp1-203ENSMUST00000118728 2362 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
Trim28Q62318 Gm15941-205ENSMUST00000140044 1825 ntTSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
Trim28Q62318 Gm21759-201ENSMUST00000178345 1828 ntBASIC15.09■□□□□ 0.01
Trim28Q62318 0610010K14Rik-206ENSMUST00000108576 576 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.09■□□□□ 0.01
Trim28Q62318 Lpgat1-201ENSMUST00000110855 7233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
Trim28Q62318 Gm13117-201ENSMUST00000120894 691 ntBASIC15.09■□□□□ 0.01
Trim28Q62318 Gm15782-201ENSMUST00000121073 445 ntBASIC15.09■□□□□ 0.01
Trim28Q62318 Vps25-205ENSMUST00000121331 790 ntTSL 2 BASIC15.09■□□□□ 0.01
Trim28Q62318 Gm10169-201ENSMUST00000121822 348 ntBASIC15.09■□□□□ 0.01
Trim28Q62318 Gm42791-202ENSMUST00000147473 727 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.09■□□□□ 0.01
Trim28Q62318 Gm38389-201ENSMUST00000147871 653 ntTSL 3 BASIC15.09■□□□□ 0.01
Trim28Q62318 AC158605.1-201ENSMUST00000156803 764 ntTSL 3 BASIC15.09■□□□□ 0.01
Trim28Q62318 Gm28324-201ENSMUST00000187913 264 ntBASIC15.09■□□□□ 0.01
Trim28Q62318 Gm3017-201ENSMUST00000203603 1126 ntBASIC15.09■□□□□ 0.01
Trim28Q62318 Cdipt-204ENSMUST00000206346 806 ntTSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
Trim28Q62318 Gm45758-201ENSMUST00000212448 1006 ntBASIC15.09■□□□□ 0.01
Trim28Q62318 1700011B04Rik-204ENSMUST00000220859 422 ntTSL 5 BASIC15.09■□□□□ 0.01
Trim28Q62318 AC153152.3-201ENSMUST00000222188 1135 ntBASIC15.09■□□□□ 0.01
Trim28Q62318 Cmtm2a-201ENSMUST00000034344 1081 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
Trim28Q62318 Tas2r125-201ENSMUST00000076119 937 ntAPPRIS P1 BASIC15.09■□□□□ 0.01
Trim28Q62318 Uba52-201ENSMUST00000081940 541 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.09■□□□□ 0.01
Trim28Q62318 Ddo-202ENSMUST00000213442 2408 ntTSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
Trim28Q62318 Gm4593-201ENSMUST00000205334 1555 ntTSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
Trim28Q62318 Anxa9-202ENSMUST00000107183 1872 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
Trim28Q62318 Ptdss2-201ENSMUST00000026568 3624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
Trim28Q62318 Steap3-202ENSMUST00000112640 2752 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
Trim28Q62318 Pde4b-203ENSMUST00000097950 2756 ntTSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
Trim28Q62318 Nudt13-203ENSMUST00000223663 1633 ntAPPRIS P1 BASIC15.09■□□□□ 0.01
Trim28Q62318 Hmgcs2-202ENSMUST00000120541 2524 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
Trim28Q62318 Nxph1-202ENSMUST00000160300 2815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
Trim28Q62318 Trim46-201ENSMUST00000041022 3122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
Trim28Q62318 Ddx42-201ENSMUST00000021046 4011 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
Trim28Q62318 Cbx7-203ENSMUST00000109616 2899 ntTSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
Trim28Q62318 Sparc-207ENSMUST00000213866 1366 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.09■□□□□ 0.01
Trim28Q62318 Pcdha11-201ENSMUST00000115658 5359 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
Trim28Q62318 Wapl-202ENSMUST00000090027 4185 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.09■□□□□ 0.01
Trim28Q62318 1700123L14Rik-201ENSMUST00000090061 1747 ntAPPRIS P1 BASIC15.09■□□□□ 0.01
Trim28Q62318 Gm9008-201ENSMUST00000097218 2353 ntAPPRIS P1 BASIC15.09■□□□□ 0.01
Trim28Q62318 Arhgef16-207ENSMUST00000169623 2474 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0.01
Trim28Q62318 Slc35a4-201ENSMUST00000036158 2462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0.01
Trim28Q62318 S1pr3-201ENSMUST00000087978 4463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0.01
Trim28Q62318 Epb41l5-208ENSMUST00000191046 6870 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0.01
Trim28Q62318 Cplx2-201ENSMUST00000026985 4928 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.08■□□□□ 0.01
Trim28Q62318 Uhrf1bp1l-201ENSMUST00000020112 6448 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
Trim28Q62318 Cnst-201ENSMUST00000040706 4709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
Trim28Q62318 Ppp2r1b-202ENSMUST00000114437 3430 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
Trim28Q62318 Spem2-201ENSMUST00000056941 1640 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
Trim28Q62318 Ighv10-3-201ENSMUST00000103495 377 ntAPPRIS P1 BASIC15.08■□□□□ 0
Trim28Q62318 Gm25063-201ENSMUST00000104666 94 ntBASIC15.08■□□□□ 0
Trim28Q62318 Rbm3-205ENSMUST00000115619 969 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC15.08■□□□□ 0
Trim28Q62318 Gm16323-201ENSMUST00000134920 556 ntTSL 3 BASIC15.08■□□□□ 0
Trim28Q62318 Gm6407-201ENSMUST00000176468 549 ntBASIC15.08■□□□□ 0
Trim28Q62318 Gm16938-201ENSMUST00000180517 464 ntTSL 5 BASIC15.08■□□□□ 0
Trim28Q62318 A930036K24Rik-201ENSMUST00000194146 1200 ntBASIC15.08■□□□□ 0
Trim28Q62318 Nt5dc1-206ENSMUST00000213269 802 ntTSL 5 BASIC15.08■□□□□ 0
Trim28Q62318 Fkbpl-201ENSMUST00000036720 1270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
Trim28Q62318 Tmem168-201ENSMUST00000031554 4587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
Trim28Q62318 Gm44241-201ENSMUST00000203230 1662 ntBASIC15.08■□□□□ 0
Trim28Q62318 Ndrg2-201ENSMUST00000004673 2099 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
Trim28Q62318 Clec4a3-201ENSMUST00000088468 1300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 31.4 ms