Protein–RNA interactions for Protein: Q9ER60

Scn4a, Sodium channel protein type 4 subunit alpha, mousemouse

Predictions only

Length 1,841 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Scn4aQ9ER60 Gtpbp3-201ENSMUST00000007754 2800 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
Scn4aQ9ER60 Twf1-201ENSMUST00000023087 3025 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
Scn4aQ9ER60 Camk2n1-201ENSMUST00000050918 4444 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
Scn4aQ9ER60 Plekhn1-203ENSMUST00000217885 1982 ntTSL 5 BASIC15.63■□□□□ 0.09
Scn4aQ9ER60 Tsc22d3-201ENSMUST00000055738 1974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
Scn4aQ9ER60 Caln1-203ENSMUST00000111288 9327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
Scn4aQ9ER60 Zfp207-206ENSMUST00000165565 2311 ntTSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
Scn4aQ9ER60 4930566F21Rik-201ENSMUST00000201177 1535 ntTSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
Scn4aQ9ER60 Proser3-206ENSMUST00000215288 2465 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.63■□□□□ 0.09
Scn4aQ9ER60 Nectin3-202ENSMUST00000023335 9116 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
Scn4aQ9ER60 Rnf216-209ENSMUST00000200607 3704 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
Scn4aQ9ER60 Hnrnpc-206ENSMUST00000227458 1683 ntAPPRIS ALT1 BASIC15.63■□□□□ 0.09
Scn4aQ9ER60 Rftn2-202ENSMUST00000114428 2012 ntTSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
Scn4aQ9ER60 Zwilch-209ENSMUST00000176299 1831 ntTSL 5 BASIC15.63■□□□□ 0.09
Scn4aQ9ER60 Ssr1-203ENSMUST00000225246 1825 ntBASIC15.63■□□□□ 0.09
Scn4aQ9ER60 Gm13758-201ENSMUST00000118699 743 ntBASIC15.63■□□□□ 0.09
Scn4aQ9ER60 Rpl10a-ps1-201ENSMUST00000120360 654 ntBASIC15.63■□□□□ 0.09
Scn4aQ9ER60 Smt3h2-ps2-201ENSMUST00000122370 288 ntBASIC15.63■□□□□ 0.09
Scn4aQ9ER60 Gm15341-201ENSMUST00000137315 592 ntTSL 3 BASIC15.63■□□□□ 0.09
Scn4aQ9ER60 Gm9630-201ENSMUST00000178304 885 ntBASIC15.63■□□□□ 0.09
Scn4aQ9ER60 Dnajc4-202ENSMUST00000179118 840 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
Scn4aQ9ER60 Gm28345-201ENSMUST00000188769 1139 ntTSL 5 BASIC15.63■□□□□ 0.09
Scn4aQ9ER60 Gm28970-201ENSMUST00000191098 1139 ntTSL 5 BASIC15.63■□□□□ 0.09
Scn4aQ9ER60 Gm31786-201ENSMUST00000212305 564 ntTSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
Scn4aQ9ER60 Tdpoz4-201ENSMUST00000075953 1113 ntAPPRIS P1 BASIC15.63■□□□□ 0.09
Scn4aQ9ER60 Nr2e1-201ENSMUST00000019938 3285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
Scn4aQ9ER60 Arhgap27os3-201ENSMUST00000124462 2729 ntTSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
Scn4aQ9ER60 3110001I22Rik-201ENSMUST00000035426 1611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
Scn4aQ9ER60 Dcaf11-202ENSMUST00000117236 2538 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
Scn4aQ9ER60 Gm595-201ENSMUST00000114928 2122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
Scn4aQ9ER60 Os9-201ENSMUST00000080975 2458 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
Scn4aQ9ER60 Gm4925-202ENSMUST00000168843 1561 ntBASIC15.63■□□□□ 0.09
Scn4aQ9ER60 Jade1-202ENSMUST00000163764 5584 ntTSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
Scn4aQ9ER60 Me1-201ENSMUST00000034989 3288 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
Scn4aQ9ER60 Ppp1cb-201ENSMUST00000015100 5962 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
Scn4aQ9ER60 Actn4-211ENSMUST00000217157 3530 ntTSL 5 BASIC15.62■□□□□ 0.09
Scn4aQ9ER60 Thumpd1-201ENSMUST00000033236 2689 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
Scn4aQ9ER60 Gm35363-201ENSMUST00000209330 1317 ntTSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
Scn4aQ9ER60 Acsf3-202ENSMUST00000212781 2604 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.62■□□□□ 0.09
Scn4aQ9ER60 Tmem201-203ENSMUST00000105687 3697 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
Scn4aQ9ER60 Trgv2-201ENSMUST00000103563 491 ntAPPRIS P1 BASIC15.62■□□□□ 0.09
Scn4aQ9ER60 Gm14021-201ENSMUST00000117683 961 ntBASIC15.62■□□□□ 0.09
Scn4aQ9ER60 Gm14145-201ENSMUST00000133385 508 ntTSL 3 BASIC15.62■□□□□ 0.09
Scn4aQ9ER60 Gm12254-201ENSMUST00000134617 471 ntBASIC15.62■□□□□ 0.09
Scn4aQ9ER60 Gm14146-201ENSMUST00000155885 508 ntTSL 5 BASIC15.62■□□□□ 0.09
Scn4aQ9ER60 AC114645.2-201ENSMUST00000214308 791 ntTSL 3 BASIC15.62■□□□□ 0.09
Scn4aQ9ER60 Gm3791-201ENSMUST00000220790 768 ntBASIC15.62■□□□□ 0.09
Scn4aQ9ER60 Vps25-201ENSMUST00000007533 615 ntTSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
Scn4aQ9ER60 Supt4a-201ENSMUST00000093955 706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
Scn4aQ9ER60 Mccc1os-202ENSMUST00000137198 2686 ntTSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
Scn4aQ9ER60 Gm30238-201ENSMUST00000195528 2603 ntBASIC15.62■□□□□ 0.09
Scn4aQ9ER60 Araf-202ENSMUST00000120356 1520 ntTSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
Scn4aQ9ER60 Adgrb2-201ENSMUST00000030571 4734 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.62■□□□□ 0.09
Scn4aQ9ER60 Gm5472-201ENSMUST00000178604 1678 ntBASIC15.62■□□□□ 0.09
Scn4aQ9ER60 Gm14005-209ENSMUST00000224993 1832 ntBASIC15.62■□□□□ 0.09
Scn4aQ9ER60 Nat8f3-201ENSMUST00000050780 1821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
Scn4aQ9ER60 Nek3-204ENSMUST00000178324 1989 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
Scn4aQ9ER60 Trim61-201ENSMUST00000078409 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
Scn4aQ9ER60 Necab1-202ENSMUST00000108273 2135 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
Scn4aQ9ER60 Rnf139-201ENSMUST00000036904 4348 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
Scn4aQ9ER60 C230034O21Rik-201ENSMUST00000153659 2836 ntTSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
Scn4aQ9ER60 Ppid-201ENSMUST00000029382 1752 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
Scn4aQ9ER60 Gm36211-201ENSMUST00000198171 1497 ntTSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
Scn4aQ9ER60 Gm37269-201ENSMUST00000193906 1891 ntBASIC15.62■□□□□ 0.09
Scn4aQ9ER60 Wdr31-202ENSMUST00000107452 1437 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
Scn4aQ9ER60 Actg2-202ENSMUST00000121731 1273 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.61■□□□□ 0.09
Scn4aQ9ER60 Gm6038-201ENSMUST00000154310 948 ntBASIC15.61■□□□□ 0.09
Scn4aQ9ER60 Gal3st2b-201ENSMUST00000177958 1191 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
Scn4aQ9ER60 Gm17733-201ENSMUST00000181883 1048 ntTSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
Scn4aQ9ER60 Olfr1212-201ENSMUST00000055895 936 ntAPPRIS P1 BASIC15.61■□□□□ 0.09
Scn4aQ9ER60 Vmn1r222-201ENSMUST00000077116 1054 ntAPPRIS P1 BASIC15.61■□□□□ 0.09
Scn4aQ9ER60 Elobl-202ENSMUST00000082339 300 ntBASIC15.61■□□□□ 0.09
Scn4aQ9ER60 A130077B15Rik-201ENSMUST00000219429 2547 ntTSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
Scn4aQ9ER60 Tbcel-201ENSMUST00000066148 5000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
Scn4aQ9ER60 Klhl38-201ENSMUST00000022985 2212 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
Scn4aQ9ER60 Pou2f2-209ENSMUST00000175774 7047 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
Scn4aQ9ER60 Tspan12-201ENSMUST00000031678 2490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
Scn4aQ9ER60 Gm853-201ENSMUST00000023884 2314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
Scn4aQ9ER60 9530059O14Rik-204ENSMUST00000215759 1606 ntTSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
Scn4aQ9ER60 Hcls1-201ENSMUST00000023531 2016 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
Scn4aQ9ER60 Slc35a2-202ENSMUST00000115660 3094 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
Scn4aQ9ER60 BC024139-202ENSMUST00000089654 2926 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
Scn4aQ9ER60 Pgap2-204ENSMUST00000120879 2141 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
Scn4aQ9ER60 Gm7790-201ENSMUST00000118716 1310 ntBASIC15.61■□□□□ 0.09
Scn4aQ9ER60 Gm28453-201ENSMUST00000185556 1323 ntTSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
Scn4aQ9ER60 Larp1-201ENSMUST00000071487 6614 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.61■□□□□ 0.09
Scn4aQ9ER60 Kcna1-202ENSMUST00000203094 3150 ntAPPRIS P1 BASIC15.61■□□□□ 0.09
Scn4aQ9ER60 Setdb2-201ENSMUST00000095775 3034 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.61■□□□□ 0.09
Scn4aQ9ER60 Agap1-204ENSMUST00000190096 4078 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
Scn4aQ9ER60 C130083M11Rik-201ENSMUST00000197171 2072 ntTSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
Scn4aQ9ER60 Grm5-204ENSMUST00000155358 4500 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
Scn4aQ9ER60 Gm15727-201ENSMUST00000122416 437 ntBASIC15.61■□□□□ 0.09
Scn4aQ9ER60 1810058I24Rik-201ENSMUST00000130875 690 ntTSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
Scn4aQ9ER60 2010204K13Rik-203ENSMUST00000150671 885 ntTSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
Scn4aQ9ER60 Gm23479-201ENSMUST00000158876 122 ntBASIC15.61■□□□□ 0.09
Scn4aQ9ER60 Gm42208-201ENSMUST00000198215 670 ntTSL 3 BASIC15.61■□□□□ 0.09
Scn4aQ9ER60 Mrps18b-201ENSMUST00000025305 1079 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
Scn4aQ9ER60 Olfr128-201ENSMUST00000080231 1050 ntAPPRIS P1 BASIC15.61■□□□□ 0.09
Scn4aQ9ER60 Tspan8-202ENSMUST00000080630 1156 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
Scn4aQ9ER60 Rhot1-204ENSMUST00000092857 3687 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 36.7 ms