Protein–RNA interactions for Protein: Q00780

Col8a1, Collagen alpha-1(VIII) chain, mousemouse

Predictions only

Length 744 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Col8a1Q00780 Pla2g1b-201ENSMUST00000031495 557 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.1□□□□□ -0.79
Col8a1Q00780 Acot13-201ENSMUST00000006900 721 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.1□□□□□ -0.79
Col8a1Q00780 n-R5s185-201ENSMUST00000083953 119 ntBASIC10.1□□□□□ -0.79
Col8a1Q00780 Ift140-201ENSMUST00000024983 5489 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.1□□□□□ -0.79
Col8a1Q00780 Snap29-201ENSMUST00000023449 3429 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.1□□□□□ -0.79
Col8a1Q00780 Rap1gds1-202ENSMUST00000098574 3669 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC10.1□□□□□ -0.79
Col8a1Q00780 Cadm1-203ENSMUST00000114547 4444 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC10.1□□□□□ -0.79
Col8a1Q00780 Tesmin-203ENSMUST00000142193 2279 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC10.1□□□□□ -0.79
Col8a1Q00780 Mfsd14b-201ENSMUST00000054730 3251 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC10.1□□□□□ -0.79
Col8a1Q00780 Ddah1-201ENSMUST00000029845 3764 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.1□□□□□ -0.79
Col8a1Q00780 Rapgef6-202ENSMUST00000101206 5864 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC10.1□□□□□ -0.79
Col8a1Q00780 Pcdha2-202ENSMUST00000195590 4645 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC10.1□□□□□ -0.79
Col8a1Q00780 Pcdh8-204ENSMUST00000195355 3704 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC10.1□□□□□ -0.79
Col8a1Q00780 Tspan1-201ENSMUST00000030465 1985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.1□□□□□ -0.79
Col8a1Q00780 Cd33-201ENSMUST00000004728 1962 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC10.1□□□□□ -0.79
Col8a1Q00780 Gm5434-202ENSMUST00000222384 1451 ntBASIC10.1□□□□□ -0.79
Col8a1Q00780 Gm5434-201ENSMUST00000071825 1451 ntBASIC10.1□□□□□ -0.79
Col8a1Q00780 Unk-202ENSMUST00000106452 3696 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC10.1□□□□□ -0.79
Col8a1Q00780 Senp3-201ENSMUST00000005336 2313 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.1□□□□□ -0.79
Col8a1Q00780 Slc4a2-202ENSMUST00000115047 4264 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC10.1□□□□□ -0.79
Col8a1Q00780 Gm18198-201ENSMUST00000204986 1551 ntBASIC10.09□□□□□ -0.79
Col8a1Q00780 Otx1-201ENSMUST00000006071 2789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.09□□□□□ -0.79
Col8a1Q00780 Aff3-203ENSMUST00000095027 5857 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC10.09□□□□□ -0.79
Col8a1Q00780 Ndufs4-201ENSMUST00000022286 1698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.09□□□□□ -0.79
Col8a1Q00780 Capn3-203ENSMUST00000090028 2640 ntTSL 5 BASIC10.09□□□□□ -0.79
Col8a1Q00780 Itga4-201ENSMUST00000099972 9767 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.09□□□□□ -0.79
Col8a1Q00780 Fuca2-201ENSMUST00000060212 2007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.09□□□□□ -0.79
Col8a1Q00780 Acnat1-202ENSMUST00000107697 1446 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC10.09□□□□□ -0.79
Col8a1Q00780 Oprm1-203ENSMUST00000056385 1440 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC10.09□□□□□ -0.79
Col8a1Q00780 Thsd4-202ENSMUST00000098660 8796 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.09□□□□□ -0.79
Col8a1Q00780 Fbxo48-201ENSMUST00000061327 2117 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.09□□□□□ -0.79
Col8a1Q00780 Zfp422-202ENSMUST00000079749 3187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.09□□□□□ -0.79
Col8a1Q00780 Smc4-201ENSMUST00000042901 4316 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.09□□□□□ -0.79
Col8a1Q00780 Dnmt1-201ENSMUST00000004202 5367 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC10.09□□□□□ -0.79
Col8a1Q00780 Col18a1-203ENSMUST00000105409 4791 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC10.09□□□□□ -0.79
Col8a1Q00780 Bmp4-202ENSMUST00000100676 1633 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.09□□□□□ -0.79
Col8a1Q00780 Rad51c-201ENSMUST00000007790 1632 ntTSL 1 (best) BASIC10.09□□□□□ -0.79
Col8a1Q00780 Tuba1a-201ENSMUST00000097014 1647 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.09□□□□□ -0.79
Col8a1Q00780 Trav11-201ENSMUST00000103585 343 ntAPPRIS P1 BASIC10.09□□□□□ -0.79
Col8a1Q00780 Trav11d-201ENSMUST00000103648 342 ntAPPRIS P1 BASIC10.09□□□□□ -0.79
Col8a1Q00780 Eif5a-205ENSMUST00000108608 775 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC10.09□□□□□ -0.79
Col8a1Q00780 Crygc-202ENSMUST00000114064 612 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC10.09□□□□□ -0.79
Col8a1Q00780 Gm11619-201ENSMUST00000117474 237 ntBASIC10.09□□□□□ -0.79
Col8a1Q00780 Hmgcll1-202ENSMUST00000117981 1189 ntTSL 5 BASIC10.09□□□□□ -0.79
Col8a1Q00780 AC034099.1-202ENSMUST00000133843 833 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC10.09□□□□□ -0.79
Col8a1Q00780 4931428L18Rik-202ENSMUST00000135245 889 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC10.09□□□□□ -0.79
Col8a1Q00780 Gm13008-201ENSMUST00000142289 507 ntTSL 5 BASIC10.09□□□□□ -0.79
Col8a1Q00780 E030018B13Rik-201ENSMUST00000177638 1015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.09□□□□□ -0.79
Col8a1Q00780 Trav11n-201ENSMUST00000200113 343 ntBASIC10.09□□□□□ -0.79
Col8a1Q00780 Cabcoco1-201ENSMUST00000020103 1262 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC10.09□□□□□ -0.79
Col8a1Q00780 Gm8956-201ENSMUST00000203939 825 ntBASIC10.09□□□□□ -0.79
Col8a1Q00780 Gm46336-201ENSMUST00000221894 279 ntTSL 5 BASIC10.09□□□□□ -0.79
Col8a1Q00780 Zmiz1os1-202ENSMUST00000225188 1223 ntBASIC10.09□□□□□ -0.79
Col8a1Q00780 AC165154.1-201ENSMUST00000226661 340 ntBASIC10.09□□□□□ -0.79
Col8a1Q00780 Dmrtc1c2-201ENSMUST00000087896 1255 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC10.09□□□□□ -0.79
Col8a1Q00780 Gm5537-201ENSMUST00000091117 1252 ntBASIC10.09□□□□□ -0.79
Col8a1Q00780 Brwd1-204ENSMUST00000113829 9843 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC10.09□□□□□ -0.79
Col8a1Q00780 Prx-204ENSMUST00000125990 4298 ntTSL 1 (best) BASIC10.09□□□□□ -0.79
Col8a1Q00780 Pcdhga3-201ENSMUST00000073447 4720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.09□□□□□ -0.79
Col8a1Q00780 Npy5r-203ENSMUST00000212563 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.09□□□□□ -0.79
Col8a1Q00780 Hp1bp3-201ENSMUST00000030541 3311 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC10.09□□□□□ -0.79
Col8a1Q00780 Ciz1-202ENSMUST00000113331 2604 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC10.09□□□□□ -0.79
Col8a1Q00780 Sectm1b-201ENSMUST00000039309 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.09□□□□□ -0.79
Col8a1Q00780 Ppm1b-204ENSMUST00000112307 1499 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC10.09□□□□□ -0.79
Col8a1Q00780 4930588G17Rik-201ENSMUST00000208075 1474 ntTSL 1 (best) BASIC10.09□□□□□ -0.79
Col8a1Q00780 Wnt7b-202ENSMUST00000109424 3492 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC10.09□□□□□ -0.79
Col8a1Q00780 Paupar-201ENSMUST00000194826 3482 ntBASIC10.09□□□□□ -0.79
Col8a1Q00780 Ttc33-203ENSMUST00000118193 1671 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.09□□□□□ -0.79
Col8a1Q00780 Celsr3-207ENSMUST00000213524 9930 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC10.09□□□□□ -0.79
Col8a1Q00780 Ednrb-203ENSMUST00000227824 2669 ntAPPRIS P1 BASIC10.09□□□□□ -0.79
Col8a1Q00780 Otud7b-202ENSMUST00000090785 8101 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.09□□□□□ -0.79
Col8a1Q00780 Zfp641-201ENSMUST00000023722 4212 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC10.09□□□□□ -0.79
Col8a1Q00780 Chac2-202ENSMUST00000101394 1315 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC10.08□□□□□ -0.8
Col8a1Q00780 Ndufaf1-203ENSMUST00000110802 1308 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC10.08□□□□□ -0.8
Col8a1Q00780 Tfb2m-201ENSMUST00000027769 2449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.08□□□□□ -0.8
Col8a1Q00780 Slc26a5-201ENSMUST00000030878 2962 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.08□□□□□ -0.8
Col8a1Q00780 Plekha5-201ENSMUST00000087622 7382 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC10.08□□□□□ -0.8
Col8a1Q00780 Snx14-207ENSMUST00000174806 3082 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC10.08□□□□□ -0.8
Col8a1Q00780 Retreg1-206ENSMUST00000228306 1430 ntBASIC10.08□□□□□ -0.8
Col8a1Q00780 Fig4-201ENSMUST00000043814 3282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.08□□□□□ -0.8
Col8a1Q00780 Rbm39-201ENSMUST00000029149 2711 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC10.08□□□□□ -0.8
Col8a1Q00780 Lyar-202ENSMUST00000114106 1504 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC10.08□□□□□ -0.8
Col8a1Q00780 Dpp9-201ENSMUST00000038794 3374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.08□□□□□ -0.8
Col8a1Q00780 Cyb5rl-202ENSMUST00000106756 1604 ntTSL 1 (best) BASIC10.08□□□□□ -0.8
Col8a1Q00780 Fam173b-203ENSMUST00000161061 2364 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC10.08□□□□□ -0.8
Col8a1Q00780 Npnt-203ENSMUST00000093971 1830 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC10.08□□□□□ -0.8
Col8a1Q00780 Ntsr1-202ENSMUST00000170448 2594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.08□□□□□ -0.8
Col8a1Q00780 Slc6a18-208ENSMUST00000222029 2005 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC10.08□□□□□ -0.8
Col8a1Q00780 Gm42416-201ENSMUST00000115661 2856 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC10.08□□□□□ -0.8
Col8a1Q00780 Gm14807-201ENSMUST00000116640 983 ntBASIC10.08□□□□□ -0.8
Col8a1Q00780 Gm15003-201ENSMUST00000118884 446 ntBASIC10.08□□□□□ -0.8
Col8a1Q00780 Gm14942-201ENSMUST00000119642 336 ntBASIC10.08□□□□□ -0.8
Col8a1Q00780 Gm13822-201ENSMUST00000127563 346 ntTSL 3 BASIC10.08□□□□□ -0.8
Col8a1Q00780 Gm13546-201ENSMUST00000135735 401 ntTSL 5 BASIC10.08□□□□□ -0.8
Col8a1Q00780 Gm11752-201ENSMUST00000143291 510 ntTSL 2 BASIC10.08□□□□□ -0.8
Col8a1Q00780 Ighv1-76-201ENSMUST00000169155 294 ntAPPRIS P1 BASIC10.08□□□□□ -0.8
Col8a1Q00780 Ighv1-62-1-202ENSMUST00000171270 90 ntAPPRIS P1 BASIC10.08□□□□□ -0.8
Col8a1Q00780 Olfr755-ps1-201ENSMUST00000173568 910 ntBASIC10.08□□□□□ -0.8
Col8a1Q00780 Gm8815-201ENSMUST00000173809 620 ntBASIC10.08□□□□□ -0.8
Col8a1Q00780 Gm27241-202ENSMUST00000185013 570 ntTSL 2 BASIC10.08□□□□□ -0.8
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 72 ms