Protein–RNA interactions for Protein: Q4QRL3

Ccdc88b, Coiled-coil domain-containing protein 88B, mousemouse

Predictions only

Length 1,481 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Ccdc88bQ4QRL3 AC166356.1-201ENSMUST00000228236 1426 ntBASIC34.08■■■■□ 3.05
Ccdc88bQ4QRL3 Trnau1ap-201ENSMUST00000030730 1130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.08■■■■□ 3.05
Ccdc88bQ4QRL3 Prkar2b-201ENSMUST00000003079 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.08■■■■□ 3.05
Ccdc88bQ4QRL3 Rnf149-201ENSMUST00000062525 2492 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.08■■■■□ 3.05
Ccdc88bQ4QRL3 Dusp26-201ENSMUST00000036631 1938 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.08■■■■□ 3.05
Ccdc88bQ4QRL3 Tmem114-201ENSMUST00000023400 1406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.08■■■■□ 3.05
Ccdc88bQ4QRL3 Bola1-202ENSMUST00000107099 995 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC34.07■■■■□ 3.05
Ccdc88bQ4QRL3 Rbp4-202ENSMUST00000112335 930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.07■■■■□ 3.05
Ccdc88bQ4QRL3 Paip2-204ENSMUST00000115736 857 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC34.07■■■■□ 3.05
Ccdc88bQ4QRL3 Gm11586-201ENSMUST00000123060 566 ntTSL 2 BASIC34.07■■■■□ 3.05
Ccdc88bQ4QRL3 Bola1-201ENSMUST00000016087 729 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.07■■■■□ 3.05
Ccdc88bQ4QRL3 Bola1-203ENSMUST00000177442 692 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC34.07■■■■□ 3.05
Ccdc88bQ4QRL3 Tor3a-208ENSMUST00000190607 453 ntTSL 3 BASIC34.07■■■■□ 3.05
Ccdc88bQ4QRL3 Phax-202ENSMUST00000130163 1386 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC34.07■■■■□ 3.05
Ccdc88bQ4QRL3 Fndc5-201ENSMUST00000102600 2763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.07■■■■□ 3.04
Ccdc88bQ4QRL3 Gm16286-205ENSMUST00000127234 1755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.07■■■■□ 3.04
Ccdc88bQ4QRL3 1700012B09Rik-201ENSMUST00000060330 688 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC34.07■■■■□ 3.04
Ccdc88bQ4QRL3 Gm3448-202ENSMUST00000097400 747 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC34.07■■■■□ 3.04
Ccdc88bQ4QRL3 Rragc-201ENSMUST00000030399 2593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.07■■■■□ 3.04
Ccdc88bQ4QRL3 Nfu1-202ENSMUST00000117583 950 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC34.06■■■■□ 3.04
Ccdc88bQ4QRL3 Sumo2-205ENSMUST00000121185 911 ntTSL 3 BASIC34.06■■■■□ 3.04
Ccdc88bQ4QRL3 Cavin3-201ENSMUST00000047040 1662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.06■■■■□ 3.04
Ccdc88bQ4QRL3 Ankrd13d-201ENSMUST00000056888 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.05■■■■□ 3.04
Ccdc88bQ4QRL3 Slc27a3-201ENSMUST00000029541 2259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.05■■■■□ 3.04
Ccdc88bQ4QRL3 Barhl1-202ENSMUST00000113847 2160 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.05■■■■□ 3.04
Ccdc88bQ4QRL3 Map2k2-202ENSMUST00000105331 1556 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC34.05■■■■□ 3.04
Ccdc88bQ4QRL3 Tmem9-202ENSMUST00000117950 847 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC34.05■■■■□ 3.04
Ccdc88bQ4QRL3 Gm21168-201ENSMUST00000199646 1096 ntBASIC34.05■■■■□ 3.04
Ccdc88bQ4QRL3 Trp53rka-201ENSMUST00000039007 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.05■■■■□ 3.04
Ccdc88bQ4QRL3 Ppp4r1l-ps-204ENSMUST00000140992 367 ntTSL 3 BASIC34.04■■■■□ 3.04
Ccdc88bQ4QRL3 Ypel3-210ENSMUST00000170882 1050 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC34.04■■■■□ 3.04
Ccdc88bQ4QRL3 Prr3-204ENSMUST00000172900 439 ntTSL 2 BASIC34.04■■■■□ 3.04
Ccdc88bQ4QRL3 Gm26881-201ENSMUST00000180426 593 ntTSL 1 (best) BASIC34.04■■■■□ 3.04
Ccdc88bQ4QRL3 Gm43759-201ENSMUST00000196925 1261 ntBASIC34.04■■■■□ 3.04
Ccdc88bQ4QRL3 Rbfox3-204ENSMUST00000106278 1542 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC34.04■■■■□ 3.04
Ccdc88bQ4QRL3 Creb1-204ENSMUST00000185594 1569 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC34.04■■■■□ 3.04
Ccdc88bQ4QRL3 Akt1s1-203ENSMUST00000107882 1160 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC34.03■■■■□ 3.04
Ccdc88bQ4QRL3 Taf3-203ENSMUST00000114907 695 ntTSL 1 (best) BASIC34.03■■■■□ 3.04
Ccdc88bQ4QRL3 Apoe-205ENSMUST00000173739 1221 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.03■■■■□ 3.04
Ccdc88bQ4QRL3 Apoe-209ENSMUST00000174355 1104 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC34.03■■■■□ 3.04
Ccdc88bQ4QRL3 Apoe-201ENSMUST00000003066 1128 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC34.03■■■■□ 3.04
Ccdc88bQ4QRL3 Fabp3-201ENSMUST00000070532 823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.03■■■■□ 3.04
Ccdc88bQ4QRL3 Gm14486-201ENSMUST00000144704 644 ntTSL 3 BASIC34.02■■■■□ 3.04
Ccdc88bQ4QRL3 Wdr70-203ENSMUST00000227371 1130 ntBASIC34.02■■■■□ 3.04
Ccdc88bQ4QRL3 Dact1-202ENSMUST00000150639 2448 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC34.02■■■■□ 3.04
Ccdc88bQ4QRL3 Ltk-201ENSMUST00000028759 3080 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC34.02■■■■□ 3.04
Ccdc88bQ4QRL3 Gm6085-201ENSMUST00000182774 1470 ntBASIC34.02■■■■□ 3.04
Ccdc88bQ4QRL3 Phactr2-202ENSMUST00000105543 2735 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC34.02■■■■□ 3.04
Ccdc88bQ4QRL3 Ugp2-201ENSMUST00000060895 2044 ntTSL 1 (best) BASIC34.02■■■■□ 3.04
Ccdc88bQ4QRL3 Prodh-206ENSMUST00000139861 677 ntTSL 1 (best) BASIC34.01■■■■□ 3.04
Ccdc88bQ4QRL3 Scrt2-201ENSMUST00000064061 3395 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC34.01■■■■□ 3.04
Ccdc88bQ4QRL3 Mgrn1-202ENSMUST00000070658 3290 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC34.01■■■■□ 3.04
Ccdc88bQ4QRL3 Coq10a-201ENSMUST00000043211 1421 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC34.01■■■■□ 3.03
Ccdc88bQ4QRL3 Gpr62-201ENSMUST00000164834 1977 ntAPPRIS P1 BASIC34.01■■■■□ 3.03
Ccdc88bQ4QRL3 Paip2-205ENSMUST00000115737 713 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC34.01■■■■□ 3.03
Ccdc88bQ4QRL3 Gm8493-201ENSMUST00000196881 489 ntBASIC34.01■■■■□ 3.03
Ccdc88bQ4QRL3 Mrpl2-201ENSMUST00000002844 1031 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC34.01■■■■□ 3.03
Ccdc88bQ4QRL3 Gm5576-201ENSMUST00000075809 1236 ntBASIC34.01■■■■□ 3.03
Ccdc88bQ4QRL3 AC164441.1-202ENSMUST00000223430 442 ntTSL 2 BASIC34■■■■□ 3.03
Ccdc88bQ4QRL3 Ube2b-201ENSMUST00000020657 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.99■■■■□ 3.03
Ccdc88bQ4QRL3 1110004F10Rik-201ENSMUST00000032899 1479 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.99■■■■□ 3.03
Ccdc88bQ4QRL3 Lmo2-208ENSMUST00000170926 1529 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC33.99■■■■□ 3.03
Ccdc88bQ4QRL3 Nr2c2ap-201ENSMUST00000095273 1161 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC33.99■■■■□ 3.03
Ccdc88bQ4QRL3 Pla2g12a-201ENSMUST00000029629 1561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.99■■■■□ 3.03
Ccdc88bQ4QRL3 Ccdc92-201ENSMUST00000036206 2473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.99■■■■□ 3.03
Ccdc88bQ4QRL3 Ltb4r2-201ENSMUST00000044554 1439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.98■■■■□ 3.03
Ccdc88bQ4QRL3 Lrfn1-201ENSMUST00000055110 1479 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC33.98■■■■□ 3.03
Ccdc88bQ4QRL3 Aatf-201ENSMUST00000018841 1822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.98■■■■□ 3.03
Ccdc88bQ4QRL3 Cbln2-204ENSMUST00000169470 2201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.98■■■■□ 3.03
Ccdc88bQ4QRL3 Stx18-202ENSMUST00000042146 1473 ntTSL 1 (best) BASIC33.98■■■■□ 3.03
Ccdc88bQ4QRL3 Klc1-201ENSMUST00000084941 2504 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC33.97■■■■□ 3.03
Ccdc88bQ4QRL3 Naa20-202ENSMUST00000110000 1142 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.97■■■■□ 3.03
Ccdc88bQ4QRL3 H2-Q7-204ENSMUST00000116598 1134 ntTSL 5 BASIC33.97■■■■□ 3.03
Ccdc88bQ4QRL3 Gng5-203ENSMUST00000119130 593 ntTSL 2 BASIC33.97■■■■□ 3.03
Ccdc88bQ4QRL3 Gm13790-201ENSMUST00000156209 473 ntTSL 3 BASIC33.97■■■■□ 3.03
Ccdc88bQ4QRL3 Fam168b-208ENSMUST00000191307 844 ntTSL 2 BASIC33.97■■■■□ 3.03
Ccdc88bQ4QRL3 Tusc2-203ENSMUST00000193418 410 ntTSL 3 BASIC33.97■■■■□ 3.03
Ccdc88bQ4QRL3 Rbp4-201ENSMUST00000025951 1243 ntTSL 1 (best) BASIC33.97■■■■□ 3.03
Ccdc88bQ4QRL3 Pop7-201ENSMUST00000031728 881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.97■■■■□ 3.03
Ccdc88bQ4QRL3 Cox6a1-201ENSMUST00000040154 571 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.97■■■■□ 3.03
Ccdc88bQ4QRL3 Cryzl1-203ENSMUST00000117644 1727 ntTSL 1 (best) BASIC33.97■■■■□ 3.03
Ccdc88bQ4QRL3 Rell2-212ENSMUST00000177058 1762 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC33.96■■■■□ 3.03
Ccdc88bQ4QRL3 Rasl11b-201ENSMUST00000051937 1812 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.96■■■■□ 3.03
Ccdc88bQ4QRL3 Gsc-201ENSMUST00000021513 1268 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.96■■■■□ 3.03
Ccdc88bQ4QRL3 Ergic1-206ENSMUST00000167662 2754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.96■■■■□ 3.03
Ccdc88bQ4QRL3 Ing1-201ENSMUST00000054399 2814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.96■■■■□ 3.03
Ccdc88bQ4QRL3 Ly6h-206ENSMUST00000156032 752 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC33.95■■■■□ 3.03
Ccdc88bQ4QRL3 Ly6h-201ENSMUST00000023241 906 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC33.95■■■■□ 3.03
Ccdc88bQ4QRL3 Uqcrfs1-201ENSMUST00000042834 1363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.95■■■■□ 3.03
Ccdc88bQ4QRL3 Maf1-211ENSMUST00000161527 1743 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC33.95■■■■□ 3.03
Ccdc88bQ4QRL3 Tbxa2r-201ENSMUST00000105325 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.95■■■■□ 3.03
Ccdc88bQ4QRL3 Rps2-208ENSMUST00000170715 998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.95■■■■□ 3.02
Ccdc88bQ4QRL3 Spcs1-204ENSMUST00000226782 949 ntBASIC33.95■■■■□ 3.02
Ccdc88bQ4QRL3 AC158777.2-201ENSMUST00000228787 398 ntAPPRIS P1 BASIC33.95■■■■□ 3.02
Ccdc88bQ4QRL3 Stk3-202ENSMUST00000067033 2471 ntTSL 1 (best) BASIC33.95■■■■□ 3.02
Ccdc88bQ4QRL3 Trmt112-201ENSMUST00000088257 957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.95■■■■□ 3.02
Ccdc88bQ4QRL3 Rabgap1l-216ENSMUST00000195442 1877 ntTSL 1 (best) BASIC33.94■■■■□ 3.02
Ccdc88bQ4QRL3 Srp19-202ENSMUST00000119329 613 ntTSL 2 BASIC33.94■■■■□ 3.02
Ccdc88bQ4QRL3 2410002F23Rik-201ENSMUST00000055858 1982 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC33.93■■■■□ 3.02
Ccdc88bQ4QRL3 Abhd12-201ENSMUST00000056149 1999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.93■■■■□ 3.02
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 9.7 ms