Protein–RNA interactions for Protein: Q04857

Col6a1, Collagen alpha-1(VI) chain, mousemouse

Predictions only

Length 1,025 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Col6a1Q04857 Gm37179-201ENSMUST00000194862 823 ntBASIC22.75■■□□□ 1.23
Col6a1Q04857 Gm36210-201ENSMUST00000210663 1279 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.75■■□□□ 1.23
Col6a1Q04857 Tmem42-202ENSMUST00000213514 631 ntTSL 3 BASIC22.75■■□□□ 1.23
Col6a1Q04857 D130020L05Rik-203ENSMUST00000221044 803 ntTSL 2 BASIC22.75■■□□□ 1.23
Col6a1Q04857 Dlx2-201ENSMUST00000024159 2473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
Col6a1Q04857 Peli3-201ENSMUST00000025834 1971 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
Col6a1Q04857 Agps-202ENSMUST00000111952 2589 ntTSL 2 BASIC22.74■■□□□ 1.23
Col6a1Q04857 Dcaf15-201ENSMUST00000041367 2312 ntTSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
Col6a1Q04857 Gm12251-201ENSMUST00000117893 792 ntBASIC22.74■■□□□ 1.23
Col6a1Q04857 Kti12-201ENSMUST00000102738 1629 ntAPPRIS P1 BASIC22.74■■□□□ 1.23
Col6a1Q04857 Hoxa11-201ENSMUST00000048026 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
Col6a1Q04857 4933431K14Rik-201ENSMUST00000195799 1352 ntBASIC22.74■■□□□ 1.23
Col6a1Q04857 Sdccag3-201ENSMUST00000028293 2031 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
Col6a1Q04857 Gm5577-201ENSMUST00000134600 1434 ntTSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
Col6a1Q04857 Dhrs13-201ENSMUST00000021187 1779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
Col6a1Q04857 Slc25a38-201ENSMUST00000035106 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
Col6a1Q04857 Rdh14-201ENSMUST00000020947 1480 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
Col6a1Q04857 Phlpp1-201ENSMUST00000061047 6226 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
Col6a1Q04857 Mpig6b-202ENSMUST00000174190 729 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
Col6a1Q04857 Cdc34b-202ENSMUST00000188741 1252 ntBASIC22.73■■□□□ 1.23
Col6a1Q04857 1700051O22Rik-202ENSMUST00000195451 638 ntBASIC22.73■■□□□ 1.23
Col6a1Q04857 Cdc34-201ENSMUST00000020550 1266 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
Col6a1Q04857 Cdc34b-201ENSMUST00000021240 1233 ntAPPRIS P1 BASIC22.73■■□□□ 1.23
Col6a1Q04857 AC133650.2-201ENSMUST00000217036 607 ntTSL 3 BASIC22.73■■□□□ 1.23
Col6a1Q04857 CT025689.6-201ENSMUST00000224991 1104 ntBASIC22.73■■□□□ 1.23
Col6a1Q04857 A230087F16Rik-201ENSMUST00000181055 2098 ntTSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
Col6a1Q04857 Borcs6-201ENSMUST00000051888 1862 ntAPPRIS P1 BASIC22.73■■□□□ 1.23
Col6a1Q04857 Pou2f2-204ENSMUST00000108416 1754 ntTSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
Col6a1Q04857 Fcrlb-201ENSMUST00000094337 1284 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
Col6a1Q04857 Ubac1-201ENSMUST00000036509 1852 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
Col6a1Q04857 Pnrc1-201ENSMUST00000049357 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
Col6a1Q04857 Fancf-201ENSMUST00000169357 1691 ntAPPRIS P1 BASIC22.71■■□□□ 1.23
Col6a1Q04857 Gm8773-201ENSMUST00000101627 1268 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
Col6a1Q04857 Gm8770-201ENSMUST00000121113 1109 ntBASIC22.71■■□□□ 1.23
Col6a1Q04857 Fbxl15-202ENSMUST00000177667 1243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
Col6a1Q04857 Acot5-202ENSMUST00000072505 1401 ntTSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
Col6a1Q04857 Auh-204ENSMUST00000120535 1647 ntTSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
Col6a1Q04857 Slc25a1-201ENSMUST00000003622 1678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
Col6a1Q04857 Gm6934-201ENSMUST00000194780 1905 ntBASIC22.7■■□□□ 1.23
Col6a1Q04857 Pitx2-202ENSMUST00000042587 2271 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
Col6a1Q04857 Spcs1-201ENSMUST00000186131 1005 ntTSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
Col6a1Q04857 Gm10657-201ENSMUST00000193528 1031 ntBASIC22.7■■□□□ 1.22
Col6a1Q04857 Cmtm7-204ENSMUST00000216760 665 ntTSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
Col6a1Q04857 Becn1-217ENSMUST00000172233 1493 ntTSL 5 BASIC22.7■■□□□ 1.22
Col6a1Q04857 1810010H24Rik-202ENSMUST00000140447 1677 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.7■■□□□ 1.22
Col6a1Q04857 Gm9934-202ENSMUST00000191246 1713 ntTSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
Col6a1Q04857 Opn3-201ENSMUST00000027809 1913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
Col6a1Q04857 Sdccag3-204ENSMUST00000114102 2193 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
Col6a1Q04857 Notum-202ENSMUST00000106177 2212 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.7■■□□□ 1.22
Col6a1Q04857 Kcnq5-201ENSMUST00000029667 6562 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
Col6a1Q04857 Actr3b-201ENSMUST00000088244 1712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
Col6a1Q04857 Hist1h2bp-201ENSMUST00000102982 469 ntAPPRIS P1 BASIC22.69■■□□□ 1.22
Col6a1Q04857 Oxld1-201ENSMUST00000044007 813 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
Col6a1Q04857 Cic-202ENSMUST00000163320 6096 ntTSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
Col6a1Q04857 Cic-201ENSMUST00000005578 6099 ntTSL 5 BASIC22.69■■□□□ 1.22
Col6a1Q04857 Hand2-201ENSMUST00000040104 2351 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
Col6a1Q04857 Ppp1r12c-201ENSMUST00000013886 2983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
Col6a1Q04857 Oaz1-201ENSMUST00000060987 1071 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
Col6a1Q04857 Xbp1-201ENSMUST00000063084 2129 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
Col6a1Q04857 Chrac1-201ENSMUST00000089765 871 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
Col6a1Q04857 Epb41l4b-201ENSMUST00000030142 3247 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
Col6a1Q04857 Inafm2-201ENSMUST00000149978 3053 ntAPPRIS P1 BASIC22.68■■□□□ 1.22
Col6a1Q04857 Dmrt3-201ENSMUST00000048935 2390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
Col6a1Q04857 Camk1-201ENSMUST00000032409 1496 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
Col6a1Q04857 Htra1-201ENSMUST00000006367 2041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
Col6a1Q04857 Ppa1-201ENSMUST00000020286 1364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
Col6a1Q04857 Cdc42bpb-201ENSMUST00000041965 6714 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
Col6a1Q04857 Gm42642-201ENSMUST00000200683 355 ntBASIC22.67■■□□□ 1.22
Col6a1Q04857 Cuta-201ENSMUST00000025027 639 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
Col6a1Q04857 Wtap-203ENSMUST00000159551 2060 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.67■■□□□ 1.22
Col6a1Q04857 Dennd5a-201ENSMUST00000080437 5004 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
Col6a1Q04857 Rnaseh1-201ENSMUST00000020959 1455 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
Col6a1Q04857 Rab21-201ENSMUST00000020343 4602 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
Col6a1Q04857 Pithd1-201ENSMUST00000105851 1700 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
Col6a1Q04857 Mcub-201ENSMUST00000029624 1318 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
Col6a1Q04857 Sohlh1-201ENSMUST00000076989 1289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
Col6a1Q04857 Eml4-202ENSMUST00000096766 5445 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
Col6a1Q04857 Siah1b-202ENSMUST00000071667 1712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
Col6a1Q04857 Coq10a-201ENSMUST00000043211 1421 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.65■■□□□ 1.22
Col6a1Q04857 Sdccag3-203ENSMUST00000114100 2099 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.64■■□□□ 1.22
Col6a1Q04857 Syt6-204ENSMUST00000118563 1843 ntTSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.22
Col6a1Q04857 Pla2g12a-201ENSMUST00000029629 1561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.22
Col6a1Q04857 Mfsd4b2-201ENSMUST00000045526 2285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.22
Col6a1Q04857 Gm26833-201ENSMUST00000180899 440 ntBASIC22.64■■□□□ 1.21
Col6a1Q04857 Slc25a41-201ENSMUST00000058661 1225 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
Col6a1Q04857 Mpnd-204ENSMUST00000149441 1701 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
Col6a1Q04857 Nrbp2-208ENSMUST00000228366 1863 ntAPPRIS P1 BASIC22.64■■□□□ 1.21
Col6a1Q04857 Ccdc177-201ENSMUST00000073251 5775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
Col6a1Q04857 4933440N22Rik-202ENSMUST00000204444 1952 ntBASIC22.63■■□□□ 1.21
Col6a1Q04857 Gabpb1-203ENSMUST00000103226 1338 ntTSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
Col6a1Q04857 A030001D20Rik-201ENSMUST00000211533 1542 ntTSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
Col6a1Q04857 AC164550.2-201ENSMUST00000219127 2086 ntTSL 5 BASIC22.63■■□□□ 1.21
Col6a1Q04857 Gm10941-201ENSMUST00000105408 708 ntTSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
Col6a1Q04857 Gm28050-202ENSMUST00000131029 663 ntTSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
Col6a1Q04857 Gm12063-201ENSMUST00000148087 715 ntTSL 2 BASIC22.63■■□□□ 1.21
Col6a1Q04857 AC099934.2-201ENSMUST00000196389 70 ntBASIC22.63■■□□□ 1.21
Col6a1Q04857 AC156953.1-201ENSMUST00000196953 70 ntBASIC22.63■■□□□ 1.21
Col6a1Q04857 AC157822.2-201ENSMUST00000200291 70 ntBASIC22.63■■□□□ 1.21
Col6a1Q04857 Tmem171-201ENSMUST00000064347 1161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
Col6a1Q04857 Arhgap27os2-201ENSMUST00000123812 1390 ntTSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 29.1 ms