Protein–RNA interactions for Protein: P39061

Col18a1, Collagen alpha-1(XVIII) chain, mousemouse

Predictions only

Length 1,774 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Col18a1P39061 Ip6k1-208ENSMUST00000176854 2251 ntTSL 1 (best) BASIC28.36■■■□□ 2.13
Col18a1P39061 Tmem234-201ENSMUST00000102591 1437 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.36■■■□□ 2.13
Col18a1P39061 Pold2-201ENSMUST00000102922 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.35■■■□□ 2.13
Col18a1P39061 Zfp629-207ENSMUST00000134446 670 ntTSL 1 (best) BASIC28.35■■■□□ 2.13
Col18a1P39061 1700081N11Rik-202ENSMUST00000221447 569 ntTSL 3 BASIC28.35■■■□□ 2.13
Col18a1P39061 Crb3-202ENSMUST00000097299 1206 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.35■■■□□ 2.13
Col18a1P39061 E130309D02Rik-201ENSMUST00000046418 2208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.35■■■□□ 2.13
Col18a1P39061 Rgs19-201ENSMUST00000002532 1511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.35■■■□□ 2.13
Col18a1P39061 Fbxw2-204ENSMUST00000113077 1670 ntTSL 5 BASIC28.34■■■□□ 2.13
Col18a1P39061 Sco2-201ENSMUST00000167643 1143 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.34■■■□□ 2.13
Col18a1P39061 Gm10602-201ENSMUST00000098239 609 ntBASIC28.34■■■□□ 2.13
Col18a1P39061 Gm21988-202ENSMUST00000176268 1621 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC28.34■■■□□ 2.13
Col18a1P39061 Nfe2l3-203ENSMUST00000160133 1125 ntTSL 1 (best) BASIC28.34■■■□□ 2.13
Col18a1P39061 Fkbp8-201ENSMUST00000075491 1698 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
Col18a1P39061 Taf11-202ENSMUST00000114848 2207 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
Col18a1P39061 Ndufb2-202ENSMUST00000119379 455 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
Col18a1P39061 3110082J24Rik-201ENSMUST00000127749 327 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.33■■■□□ 2.13
Col18a1P39061 Tssk6-201ENSMUST00000050373 1335 ntAPPRIS P1 BASIC28.33■■■□□ 2.12
Col18a1P39061 Rab3il1-202ENSMUST00000117641 2004 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
Col18a1P39061 Lypla1-208ENSMUST00000150971 877 ntTSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
Col18a1P39061 Snx12-204ENSMUST00000156473 1114 ntTSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
Col18a1P39061 Tfeb-202ENSMUST00000086932 2342 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.31■■■□□ 2.12
Col18a1P39061 Hnrnpab-202ENSMUST00000101249 2013 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.31■■■□□ 2.12
Col18a1P39061 Polr3gl-201ENSMUST00000091924 1427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.31■■■□□ 2.12
Col18a1P39061 D830036C21Rik-202ENSMUST00000208263 1548 ntBASIC28.31■■■□□ 2.12
Col18a1P39061 Acot8-202ENSMUST00000103094 1152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.31■■■□□ 2.12
Col18a1P39061 Gm10653-202ENSMUST00000139570 835 ntBASIC28.31■■■□□ 2.12
Col18a1P39061 Acot8-201ENSMUST00000017451 1055 ntTSL 1 (best) BASIC28.31■■■□□ 2.12
Col18a1P39061 Sds-201ENSMUST00000066540 1207 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.31■■■□□ 2.12
Col18a1P39061 Slc39a13-201ENSMUST00000073575 2469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.31■■■□□ 2.12
Col18a1P39061 C1ql2-201ENSMUST00000037286 2000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.31■■■□□ 2.12
Col18a1P39061 A230065N10Rik-201ENSMUST00000172178 1028 ntBASIC28.3■■■□□ 2.12
Col18a1P39061 D830036C21Rik-201ENSMUST00000207444 453 ntTSL 3 BASIC28.3■■■□□ 2.12
Col18a1P39061 H2-Ke6-201ENSMUST00000045467 965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.3■■■□□ 2.12
Col18a1P39061 Zfp428-201ENSMUST00000071361 1182 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.3■■■□□ 2.12
Col18a1P39061 Hoxc8-201ENSMUST00000001703 1868 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.3■■■□□ 2.12
Col18a1P39061 Rfxap-201ENSMUST00000044373 2162 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.3■■■□□ 2.12
Col18a1P39061 Egr4-201ENSMUST00000095759 2148 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.3■■■□□ 2.12
Col18a1P39061 Ccne1-201ENSMUST00000108023 2000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.3■■■□□ 2.12
Col18a1P39061 Tpst2-201ENSMUST00000031287 1835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.3■■■□□ 2.12
Col18a1P39061 Fam212b-202ENSMUST00000098273 1868 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.3■■■□□ 2.12
Col18a1P39061 Arl2bp-202ENSMUST00000109527 1133 ntTSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
Col18a1P39061 Tmem147-201ENSMUST00000006478 870 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
Col18a1P39061 Crh-201ENSMUST00000061294 1320 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
Col18a1P39061 G630030J09Rik-201ENSMUST00000181958 2135 ntTSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
Col18a1P39061 Eif2b3-203ENSMUST00000106448 1555 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.29■■■□□ 2.12
Col18a1P39061 H2afj-201ENSMUST00000074556 1831 ntAPPRIS P2 BASIC28.29■■■□□ 2.12
Col18a1P39061 Ankrd9-205ENSMUST00000142012 1226 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.29■■■□□ 2.12
Col18a1P39061 Tusc2-203ENSMUST00000193418 410 ntTSL 3 BASIC28.29■■■□□ 2.12
Col18a1P39061 Jsrp1-203ENSMUST00000181039 1108 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.28■■■□□ 2.12
Col18a1P39061 Ntsr2-202ENSMUST00000220892 846 ntTSL 3 BASIC28.28■■■□□ 2.12
Col18a1P39061 Specc1-215ENSMUST00000202744 674 ntTSL 3 BASIC28.27■■■□□ 2.12
Col18a1P39061 Evl-202ENSMUST00000077735 2121 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
Col18a1P39061 Kcnip1-203ENSMUST00000109340 1840 ntTSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
Col18a1P39061 Grtp1-207ENSMUST00000211128 1416 ntTSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
Col18a1P39061 Tmem53-201ENSMUST00000062824 991 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
Col18a1P39061 Mgll-202ENSMUST00000113581 1308 ntTSL 5 BASIC28.26■■■□□ 2.12
Col18a1P39061 Wdsub1-202ENSMUST00000102751 1526 ntTSL 1 (best) BASIC28.26■■■□□ 2.11
Col18a1P39061 Vapa-201ENSMUST00000024897 1640 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.26■■■□□ 2.11
Col18a1P39061 St3gal5-202ENSMUST00000114112 2439 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.26■■■□□ 2.11
Col18a1P39061 Emc10-202ENSMUST00000118808 1872 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.26■■■□□ 2.11
Col18a1P39061 Rcc1l-201ENSMUST00000076228 2321 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.25■■■□□ 2.11
Col18a1P39061 Sdf2l1-201ENSMUST00000023453 1108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.25■■■□□ 2.11
Col18a1P39061 1700023F06Rik-202ENSMUST00000107026 1127 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
Col18a1P39061 Gm10153-201ENSMUST00000084415 522 ntTSL 5 BASIC28.24■■■□□ 2.11
Col18a1P39061 Avl9-203ENSMUST00000177249 1614 ntTSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
Col18a1P39061 Deptor-203ENSMUST00000100660 1377 ntTSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
Col18a1P39061 Acot3-202ENSMUST00000120927 1854 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
Col18a1P39061 Gm42778-201ENSMUST00000199644 553 ntBASIC28.24■■■□□ 2.11
Col18a1P39061 AC161052.2-201ENSMUST00000220969 1375 ntTSL 5 BASIC28.23■■■□□ 2.11
Col18a1P39061 Lmo2-208ENSMUST00000170926 1529 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.23■■■□□ 2.11
Col18a1P39061 1810059C17Rik-201ENSMUST00000125173 487 ntTSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
Col18a1P39061 Tceanc2-201ENSMUST00000030362 935 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.23■■■□□ 2.11
Col18a1P39061 Vgll2-201ENSMUST00000058347 966 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
Col18a1P39061 Cdkn2aipnl-201ENSMUST00000102763 1832 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
Col18a1P39061 Tinagl1-209ENSMUST00000175992 1847 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.23■■■□□ 2.11
Col18a1P39061 4930412F12Rik-201ENSMUST00000211700 1471 ntBASIC28.23■■■□□ 2.11
Col18a1P39061 Gm12441-201ENSMUST00000121806 588 ntBASIC28.22■■■□□ 2.11
Col18a1P39061 Lsm2-201ENSMUST00000007266 873 ntTSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
Col18a1P39061 Gm26995-201ENSMUST00000182216 1306 ntTSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
Col18a1P39061 Rabgap1l-216ENSMUST00000195442 1877 ntTSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
Col18a1P39061 Tmem203-201ENSMUST00000104998 854 ntAPPRIS P1 BASIC28.22■■■□□ 2.11
Col18a1P39061 Gm11421-201ENSMUST00000122124 294 ntBASIC28.22■■■□□ 2.11
Col18a1P39061 Rbks-201ENSMUST00000031018 1042 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
Col18a1P39061 Gmds-201ENSMUST00000041859 1713 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
Col18a1P39061 Stmn4-201ENSMUST00000074523 1303 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
Col18a1P39061 Sp5-201ENSMUST00000100043 2100 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.2■■■□□ 2.11
Col18a1P39061 Fam118b-201ENSMUST00000059057 1860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.2■■■□□ 2.11
Col18a1P39061 Csf2ra-201ENSMUST00000076046 1849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.2■■■□□ 2.1
Col18a1P39061 Stub1-201ENSMUST00000044911 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.2■■■□□ 2.1
Col18a1P39061 Ei24-202ENSMUST00000163192 2309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.2■■■□□ 2.1
Col18a1P39061 Kctd17-206ENSMUST00000162517 901 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC28.19■■■□□ 2.1
Col18a1P39061 Kctd17-209ENSMUST00000166142 826 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.19■■■□□ 2.1
Col18a1P39061 C430014B12Rik-202ENSMUST00000186858 657 ntTSL 2 BASIC28.19■■■□□ 2.1
Col18a1P39061 Gm4881-201ENSMUST00000206705 1152 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.19■■■□□ 2.1
Col18a1P39061 Aurkb-202ENSMUST00000108666 1831 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.19■■■□□ 2.1
Col18a1P39061 Ildr2-206ENSMUST00000194964 2467 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.19■■■□□ 2.1
Col18a1P39061 Shisa8-201ENSMUST00000179269 1804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.19■■■□□ 2.1
Col18a1P39061 Dhrs13-201ENSMUST00000021187 1779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.19■■■□□ 2.1
Col18a1P39061 Adssl1-201ENSMUST00000021726 1777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.19■■■□□ 2.1
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 16.4 ms