Protein–RNA interactions for Protein: P11260

Lire1, LINE-1 retrotransposable element ORF1 protein, mousemouse

Predictions only

Length 357 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Lire1P11260 Nova2-201ENSMUST00000032571 8372 ntTSL 5 BASIC19.16■□□□□ 0.66
Lire1P11260 Dennd3-201ENSMUST00000043414 5299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
Lire1P11260 Plppr3-201ENSMUST00000092325 2766 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
Lire1P11260 Syt7-203ENSMUST00000169121 6834 ntTSL 5 BASIC19.15■□□□□ 0.66
Lire1P11260 Gm16464-201ENSMUST00000117815 1095 ntBASIC19.15■□□□□ 0.66
Lire1P11260 Efna3-203ENSMUST00000200436 742 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.15■□□□□ 0.66
Lire1P11260 Socs1-201ENSMUST00000038099 1220 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
Lire1P11260 P4htm-201ENSMUST00000006853 1841 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
Lire1P11260 Pgk1-201ENSMUST00000081593 1825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
Lire1P11260 Sephs1-202ENSMUST00000115019 2933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
Lire1P11260 Xk-201ENSMUST00000015486 5076 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
Lire1P11260 Rgs6-202ENSMUST00000161801 2141 ntTSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
Lire1P11260 Slc9a3r2-201ENSMUST00000002572 2118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
Lire1P11260 Bnc2-214ENSMUST00000176612 3963 ntTSL 5 BASIC19.14■□□□□ 0.65
Lire1P11260 Gm26795-201ENSMUST00000180993 1952 ntTSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
Lire1P11260 Wnk2-205ENSMUST00000110097 6882 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.14■□□□□ 0.65
Lire1P11260 Wnk2-203ENSMUST00000091623 6897 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC19.14■□□□□ 0.65
Lire1P11260 Gm28417-201ENSMUST00000185218 785 ntTSL 3 BASIC19.14■□□□□ 0.65
Lire1P11260 Ppp1r14a-202ENSMUST00000207714 755 ntTSL 3 BASIC19.14■□□□□ 0.65
Lire1P11260 Ppp1r14a-201ENSMUST00000048187 950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
Lire1P11260 Ankle2-201ENSMUST00000031474 5215 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
Lire1P11260 Chst12-201ENSMUST00000043050 2331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
Lire1P11260 Gpr162-201ENSMUST00000046893 2676 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
Lire1P11260 Serp2-201ENSMUST00000064517 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
Lire1P11260 Hmg20b-203ENSMUST00000105324 1540 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
Lire1P11260 Dlk2-204ENSMUST00000170271 1783 ntTSL 5 BASIC19.13■□□□□ 0.65
Lire1P11260 Pdzd3-201ENSMUST00000034618 2193 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
Lire1P11260 Paqr3-203ENSMUST00000112969 2257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
Lire1P11260 Fam189a2-201ENSMUST00000096164 2547 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.13■□□□□ 0.65
Lire1P11260 Crtc2-201ENSMUST00000029545 2747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
Lire1P11260 Cpeb3-202ENSMUST00000123727 2411 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
Lire1P11260 Il17re-205ENSMUST00000203661 2118 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
Lire1P11260 Peli3-201ENSMUST00000025834 1971 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
Lire1P11260 Cars2-201ENSMUST00000049461 1902 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
Lire1P11260 Ncoa7-206ENSMUST00000215725 1445 ntTSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
Lire1P11260 Pfdn4-204ENSMUST00000109148 736 ntTSL 3 BASIC19.12■□□□□ 0.65
Lire1P11260 Gm11614-201ENSMUST00000137598 736 ntTSL 5 BASIC19.12■□□□□ 0.65
Lire1P11260 Smco4-203ENSMUST00000215907 994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
Lire1P11260 Plekhj1-201ENSMUST00000036805 1260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
Lire1P11260 Stk19-201ENSMUST00000077477 1120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
Lire1P11260 Clint1-201ENSMUST00000109260 3311 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
Lire1P11260 Vstm2b-201ENSMUST00000044705 2627 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.12■□□□□ 0.65
Lire1P11260 Txnrd2-216ENSMUST00000206606 1809 ntTSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
Lire1P11260 Patz1-203ENSMUST00000094471 2930 ntTSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
Lire1P11260 Msc-201ENSMUST00000027062 1741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
Lire1P11260 Cbfb-201ENSMUST00000052209 2883 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
Lire1P11260 Hoxa11-201ENSMUST00000048026 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
Lire1P11260 Ccdc85c-201ENSMUST00000136175 1302 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.11■□□□□ 0.65
Lire1P11260 Zfp629-208ENSMUST00000151107 583 ntTSL 3 BASIC19.11■□□□□ 0.65
Lire1P11260 Hoxd3os1-204ENSMUST00000156342 796 ntTSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
Lire1P11260 Rap1a-202ENSMUST00000197094 782 ntTSL 3 BASIC19.11■□□□□ 0.65
Lire1P11260 Tmem192-203ENSMUST00000209852 1193 ntTSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
Lire1P11260 Borcs6-201ENSMUST00000051888 1862 ntAPPRIS P1 BASIC19.11■□□□□ 0.65
Lire1P11260 Zfp598-201ENSMUST00000047179 3286 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
Lire1P11260 Has1-201ENSMUST00000003762 2090 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
Lire1P11260 Snrpb-201ENSMUST00000103199 1161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
Lire1P11260 Copz2-201ENSMUST00000018816 930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
Lire1P11260 Med25-201ENSMUST00000003049 2619 ntTSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
Lire1P11260 Ift57-201ENSMUST00000046777 2601 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
Lire1P11260 B630019K06Rik-201ENSMUST00000064196 2583 ntAPPRIS P1 BASIC19.1■□□□□ 0.65
Lire1P11260 Ptpn18-201ENSMUST00000027302 1559 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
Lire1P11260 Dlg3-202ENSMUST00000087984 4956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
Lire1P11260 Atmin-201ENSMUST00000109099 4877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
Lire1P11260 Mark2-207ENSMUST00000165286 2975 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.09■□□□□ 0.65
Lire1P11260 Cep68-202ENSMUST00000109596 2171 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
Lire1P11260 Crhr1-201ENSMUST00000093925 2460 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
Lire1P11260 Sdccag3-201ENSMUST00000028293 2031 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
Lire1P11260 Sema6d-203ENSMUST00000077847 6444 ntTSL 5 BASIC19.09■□□□□ 0.65
Lire1P11260 Shisa7-203ENSMUST00000119433 3481 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
Lire1P11260 Anp32e-210ENSMUST00000171368 878 ntTSL 3 BASIC19.09■□□□□ 0.65
Lire1P11260 Ltb-203ENSMUST00000173600 905 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.09■□□□□ 0.65
Lire1P11260 Dynlt1f-201ENSMUST00000179554 807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
Lire1P11260 Gm7417-201ENSMUST00000192950 473 ntBASIC19.09■□□□□ 0.65
Lire1P11260 AC122379.1-201ENSMUST00000220658 355 ntTSL 3 BASIC19.09■□□□□ 0.65
Lire1P11260 Spata5l1-202ENSMUST00000152813 1526 ntTSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
Lire1P11260 Nkx2-5-201ENSMUST00000015723 1525 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
Lire1P11260 Ssc4d-203ENSMUST00000111152 2745 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.09■□□□□ 0.65
Lire1P11260 Sdccag3-203ENSMUST00000114100 2099 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.09■□□□□ 0.65
Lire1P11260 Fam117b-201ENSMUST00000036540 5532 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.65
Lire1P11260 Cbln2-201ENSMUST00000068423 2475 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.65
Lire1P11260 B3galnt2-207ENSMUST00000221974 2439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.64
Lire1P11260 Pafah1b1-201ENSMUST00000021091 5803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.64
Lire1P11260 1700016H13Rik-204ENSMUST00000120688 612 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19.08■□□□□ 0.64
Lire1P11260 Ptms-201ENSMUST00000032216 1149 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.64
Lire1P11260 Gm9833-201ENSMUST00000061419 1830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.64
Lire1P11260 Anapc5-208ENSMUST00000197719 2383 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.64
Lire1P11260 Lsm14a-201ENSMUST00000085585 2944 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.64
Lire1P11260 Wtap-203ENSMUST00000159551 2060 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.08■□□□□ 0.64
Lire1P11260 Mon2-202ENSMUST00000073792 9301 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.08■□□□□ 0.64
Lire1P11260 Dtx4-201ENSMUST00000045521 5765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.64
Lire1P11260 BC022687-201ENSMUST00000037014 1960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.64
Lire1P11260 Ttc14-211ENSMUST00000200271 2724 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.64
Lire1P11260 Lrrc3b-201ENSMUST00000055211 1655 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.64
Lire1P11260 Dip2c-203ENSMUST00000174552 8023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.64
Lire1P11260 Epn1-202ENSMUST00000098845 2565 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
Lire1P11260 Abhd13-202ENSMUST00000139793 5191 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.07■□□□□ 0.64
Lire1P11260 Selenof-201ENSMUST00000082437 1514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
Lire1P11260 Zfp335os-201ENSMUST00000129364 1127 ntTSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
Lire1P11260 4930527J03Rik-201ENSMUST00000094270 543 ntBASIC19.07■□□□□ 0.64
Lire1P11260 Traf3-203ENSMUST00000117269 6972 ntTSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 17.3 ms