Protein–RNA interactions for Protein: Q9CWT6

Ddx28, Probable ATP-dependent RNA helicase DDX28, mousemouse

Known RBP Predictions only

Length 540 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Ddx28Q9CWT6 Nrg1-206ENSMUST00000208205 2645 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC11.16□□□□□ -0.62
Ddx28Q9CWT6 0610010K14Rik-203ENSMUST00000100950 545 ntTSL 2 BASIC11.16□□□□□ -0.62
Ddx28Q9CWT6 Toe1-202ENSMUST00000106455 1209 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.16□□□□□ -0.62
Ddx28Q9CWT6 Upk3bl-202ENSMUST00000111137 1119 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.16□□□□□ -0.62
Ddx28Q9CWT6 Mir1247-201ENSMUST00000116706 82 ntBASIC11.16□□□□□ -0.62
Ddx28Q9CWT6 Gm12329-201ENSMUST00000120829 1007 ntBASIC11.16□□□□□ -0.62
Ddx28Q9CWT6 Gm13563-201ENSMUST00000125518 643 ntTSL 3 BASIC11.16□□□□□ -0.62
Ddx28Q9CWT6 Gm16302-201ENSMUST00000159268 428 ntTSL 3 BASIC11.16□□□□□ -0.62
Ddx28Q9CWT6 Lrrc27-201ENSMUST00000016124 2113 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.16□□□□□ -0.62
Ddx28Q9CWT6 Pyy-204ENSMUST00000177304 551 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC11.16□□□□□ -0.62
Ddx28Q9CWT6 Cox6b2-204ENSMUST00000182173 391 ntTSL 2 BASIC11.16□□□□□ -0.62
Ddx28Q9CWT6 Gm6007-201ENSMUST00000208170 823 ntBASIC11.16□□□□□ -0.62
Ddx28Q9CWT6 Gm6013-201ENSMUST00000212264 699 ntBASIC11.16□□□□□ -0.62
Ddx28Q9CWT6 AC112680.3-201ENSMUST00000215297 488 ntTSL 3 BASIC11.16□□□□□ -0.62
Ddx28Q9CWT6 AC125209.1-201ENSMUST00000225812 766 ntBASIC11.16□□□□□ -0.62
Ddx28Q9CWT6 AC140406.1-201ENSMUST00000226481 465 ntBASIC11.16□□□□□ -0.62
Ddx28Q9CWT6 Mon2-201ENSMUST00000037557 5511 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.16□□□□□ -0.62
Ddx28Q9CWT6 Alkbh3-201ENSMUST00000040005 1228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.16□□□□□ -0.62
Ddx28Q9CWT6 Gpr31b-201ENSMUST00000091648 960 ntAPPRIS P1 BASIC11.16□□□□□ -0.62
Ddx28Q9CWT6 Tshz3-201ENSMUST00000021641 5098 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.16□□□□□ -0.62
Ddx28Q9CWT6 Pif1-203ENSMUST00000134538 3395 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.16□□□□□ -0.62
Ddx28Q9CWT6 Cr1l-201ENSMUST00000075451 1651 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC11.16□□□□□ -0.62
Ddx28Q9CWT6 Stxbp5l-201ENSMUST00000023526 3344 ntTSL 1 (best) BASIC11.16□□□□□ -0.62
Ddx28Q9CWT6 Gm37333-201ENSMUST00000192904 2251 ntBASIC11.16□□□□□ -0.62
Ddx28Q9CWT6 Calhm2-201ENSMUST00000035822 2458 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.16□□□□□ -0.62
Ddx28Q9CWT6 Ehd2-201ENSMUST00000098799 5119 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.16□□□□□ -0.62
Ddx28Q9CWT6 Plce1-204ENSMUST00000182481 8357 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC11.16□□□□□ -0.62
Ddx28Q9CWT6 Sgce-209ENSMUST00000133306 1619 ntTSL 1 (best) BASIC11.16□□□□□ -0.62
Ddx28Q9CWT6 Gm45828-201ENSMUST00000206938 1836 ntBASIC11.16□□□□□ -0.62
Ddx28Q9CWT6 Npnt-203ENSMUST00000093971 1830 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.16□□□□□ -0.62
Ddx28Q9CWT6 4732490B19Rik-201ENSMUST00000130373 2446 ntTSL 1 (best) BASIC11.16□□□□□ -0.62
Ddx28Q9CWT6 Cstf3-201ENSMUST00000028599 2817 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.16□□□□□ -0.62
Ddx28Q9CWT6 Gm17281-201ENSMUST00000180732 3589 ntTSL 1 (best) BASIC11.16□□□□□ -0.62
Ddx28Q9CWT6 Nell2-202ENSMUST00000166170 3366 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC11.16□□□□□ -0.62
Ddx28Q9CWT6 Rab3a-203ENSMUST00000110092 1556 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.16□□□□□ -0.62
Ddx28Q9CWT6 Mob1a-201ENSMUST00000038658 4119 ntTSL 1 (best) BASIC11.16□□□□□ -0.62
Ddx28Q9CWT6 Nfic-201ENSMUST00000020461 3348 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.15□□□□□ -0.62
Ddx28Q9CWT6 Gm13135-201ENSMUST00000117628 3121 ntBASIC11.15□□□□□ -0.62
Ddx28Q9CWT6 Tbc1d17-201ENSMUST00000047085 8750 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.15□□□□□ -0.62
Ddx28Q9CWT6 4931428F04Rik-201ENSMUST00000014981 3492 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.15□□□□□ -0.62
Ddx28Q9CWT6 Arhgap1-204ENSMUST00000111331 2883 ntTSL 1 (best) BASIC11.15□□□□□ -0.62
Ddx28Q9CWT6 Hnrnpa2b1-203ENSMUST00000114459 1728 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC11.15□□□□□ -0.62
Ddx28Q9CWT6 Taz-204ENSMUST00000124200 1742 ntTSL 1 (best) BASIC11.15□□□□□ -0.62
Ddx28Q9CWT6 Zfp689-201ENSMUST00000053392 3621 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.15□□□□□ -0.62
Ddx28Q9CWT6 Zcchc8-204ENSMUST00000196282 4350 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC11.15□□□□□ -0.62
Ddx28Q9CWT6 Map4-204ENSMUST00000164930 4925 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.15□□□□□ -0.62
Ddx28Q9CWT6 2310026I22Rik-201ENSMUST00000180941 1300 ntTSL 1 (best) BASIC11.15□□□□□ -0.62
Ddx28Q9CWT6 Rbm4-206ENSMUST00000180248 2610 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.15□□□□□ -0.62
Ddx28Q9CWT6 Pxn-214ENSMUST00000212819 1689 ntTSL 5 BASIC11.15□□□□□ -0.62
Ddx28Q9CWT6 Thoc5-201ENSMUST00000038237 2235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.15□□□□□ -0.62
Ddx28Q9CWT6 Tubgcp6-201ENSMUST00000041656 5357 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC11.15□□□□□ -0.62
Ddx28Q9CWT6 F730043M19Rik-204ENSMUST00000148740 3312 ntTSL 1 (best) BASIC11.15□□□□□ -0.62
Ddx28Q9CWT6 Ncdn-201ENSMUST00000030637 3681 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.15□□□□□ -0.62
Ddx28Q9CWT6 Gm28035-201ENSMUST00000139454 4238 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC11.15□□□□□ -0.62
Ddx28Q9CWT6 Crispld2-202ENSMUST00000108972 2928 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.15□□□□□ -0.62
Ddx28Q9CWT6 Csk-204ENSMUST00000215396 2390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.15□□□□□ -0.62
Ddx28Q9CWT6 Pmp22-204ENSMUST00000108702 1822 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC11.15□□□□□ -0.62
Ddx28Q9CWT6 Rab17-201ENSMUST00000027529 1831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.15□□□□□ -0.62
Ddx28Q9CWT6 Ighv8-9-201ENSMUST00000103533 301 ntAPPRIS P1 BASIC11.15□□□□□ -0.62
Ddx28Q9CWT6 Ighv8-13-201ENSMUST00000103542 303 ntAPPRIS ALT2 BASIC11.15□□□□□ -0.62
Ddx28Q9CWT6 Rps19-203ENSMUST00000108430 774 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.15□□□□□ -0.62
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Ddx28Q9CWT6 6330418K02Rik-201ENSMUST00000124298 743 ntTSL 1 (best) BASIC11.15□□□□□ -0.62
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Ddx28Q9CWT6 Gm833-201ENSMUST00000143133 884 ntTSL 1 (best) BASIC11.15□□□□□ -0.62
Ddx28Q9CWT6 Mrps24-205ENSMUST00000154330 995 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.15□□□□□ -0.62
Ddx28Q9CWT6 Tex9-206ENSMUST00000183574 1264 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.15□□□□□ -0.62
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Ddx28Q9CWT6 Stambp-ps1-201ENSMUST00000209280 1208 ntBASIC11.15□□□□□ -0.62
Ddx28Q9CWT6 Timm9-203ENSMUST00000220482 859 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC11.15□□□□□ -0.62
Ddx28Q9CWT6 4930447A16Rik-201ENSMUST00000022897 587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.15□□□□□ -0.62
Ddx28Q9CWT6 U2af1l4-201ENSMUST00000043273 884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.15□□□□□ -0.62
Ddx28Q9CWT6 Lim2-201ENSMUST00000004732 884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.15□□□□□ -0.62
Ddx28Q9CWT6 Cryba4-201ENSMUST00000086629 746 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.15□□□□□ -0.62
Ddx28Q9CWT6 Spaca4-201ENSMUST00000094424 707 ntAPPRIS P1 BASIC11.15□□□□□ -0.62
Ddx28Q9CWT6 Prr36-201ENSMUST00000168386 4616 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC11.15□□□□□ -0.62
Ddx28Q9CWT6 Caprin1-202ENSMUST00000111147 4069 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.15□□□□□ -0.62
Ddx28Q9CWT6 Mettl8-202ENSMUST00000100037 2254 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.15□□□□□ -0.62
Ddx28Q9CWT6 Pak6-202ENSMUST00000110853 3677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.15□□□□□ -0.62
Ddx28Q9CWT6 Cyp4f39-201ENSMUST00000003413 1599 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC11.15□□□□□ -0.62
Ddx28Q9CWT6 Wdr89-201ENSMUST00000062370 2979 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.15□□□□□ -0.62
Ddx28Q9CWT6 Fhdc1-201ENSMUST00000091002 4162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.15□□□□□ -0.63
Ddx28Q9CWT6 Jmjd8-201ENSMUST00000026832 2091 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC11.15□□□□□ -0.63
Ddx28Q9CWT6 Ank2-217ENSMUST00000182610 2231 ntTSL 1 (best) BASIC11.15□□□□□ -0.63
Ddx28Q9CWT6 Cct5-201ENSMUST00000022842 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.15□□□□□ -0.63
Ddx28Q9CWT6 Pex1-201ENSMUST00000006061 4433 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.15□□□□□ -0.63
Ddx28Q9CWT6 Inip-201ENSMUST00000095063 3237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.14□□□□□ -0.63
Ddx28Q9CWT6 Htr1b-202ENSMUST00000183482 4724 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC11.14□□□□□ -0.63
Ddx28Q9CWT6 Ets2-201ENSMUST00000023612 3890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.14□□□□□ -0.63
Ddx28Q9CWT6 Pla2g16-202ENSMUST00000136465 3048 ntTSL 1 (best) BASIC11.14□□□□□ -0.63
Ddx28Q9CWT6 Grip2-201ENSMUST00000159684 3006 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC11.14□□□□□ -0.63
Ddx28Q9CWT6 Rph3al-201ENSMUST00000021208 1690 ntTSL 1 (best) BASIC11.14□□□□□ -0.63
Ddx28Q9CWT6 Haus6-201ENSMUST00000070607 6158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.14□□□□□ -0.63
Ddx28Q9CWT6 Bcar3-201ENSMUST00000029766 3311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.14□□□□□ -0.63
Ddx28Q9CWT6 Egfl7-201ENSMUST00000100290 1348 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.14□□□□□ -0.63
Ddx28Q9CWT6 P2rx1-201ENSMUST00000021141 2486 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.14□□□□□ -0.63
Ddx28Q9CWT6 Mamld1-201ENSMUST00000082088 4796 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC11.14□□□□□ -0.63
Ddx28Q9CWT6 Gm43937-201ENSMUST00000204640 3122 ntBASIC11.14□□□□□ -0.63
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 49.6 ms