Protein–RNA interactions for Protein: Q62318

Trim28, Transcription intermediary factor 1-beta, mousemouse

Predictions only

Length 834 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Trim28Q62318 Reps1-201ENSMUST00000126390 2595 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
Trim28Q62318 Dolpp1-203ENSMUST00000123202 2294 ntTSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
Trim28Q62318 Dolpp1-201ENSMUST00000028209 2251 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
Trim28Q62318 Chit1-202ENSMUST00000159963 1815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
Trim28Q62318 Etv3-202ENSMUST00000119109 5309 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
Trim28Q62318 Gm17213-201ENSMUST00000165161 1360 ntBASIC15.38■□□□□ 0.05
Trim28Q62318 9930014A18Rik-201ENSMUST00000180730 3074 ntTSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
Trim28Q62318 Specc1-212ENSMUST00000202178 2932 ntTSL 5 BASIC15.38■□□□□ 0.05
Trim28Q62318 Wdr54-205ENSMUST00000153148 4634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
Trim28Q62318 B4galt4-201ENSMUST00000023482 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
Trim28Q62318 Fbxo25-204ENSMUST00000209913 2035 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
Trim28Q62318 Rufy2-203ENSMUST00000122231 2664 ntTSL 5 BASIC15.38■□□□□ 0.05
Trim28Q62318 Gm18642-201ENSMUST00000206642 1400 ntBASIC15.38■□□□□ 0.05
Trim28Q62318 Gm4294-201ENSMUST00000105169 614 ntBASIC15.38■□□□□ 0.05
Trim28Q62318 Avpr2-203ENSMUST00000114395 936 ntTSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
Trim28Q62318 Gm14071-201ENSMUST00000117817 509 ntBASIC15.38■□□□□ 0.05
Trim28Q62318 Gm11500-201ENSMUST00000118237 601 ntBASIC15.38■□□□□ 0.05
Trim28Q62318 Gm1848-201ENSMUST00000120711 789 ntBASIC15.38■□□□□ 0.05
Trim28Q62318 Gm13166-201ENSMUST00000123828 940 ntTSL 5 BASIC15.38■□□□□ 0.05
Trim28Q62318 Gm13236-201ENSMUST00000153010 940 ntTSL 5 BASIC15.38■□□□□ 0.05
Trim28Q62318 Lyzl4os-202ENSMUST00000156364 726 ntTSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
Trim28Q62318 Higd1c-201ENSMUST00000175683 507 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.38■□□□□ 0.05
Trim28Q62318 Insig2-214ENSMUST00000186915 674 ntTSL 3 BASIC15.38■□□□□ 0.05
Trim28Q62318 Gm28345-201ENSMUST00000188769 1139 ntTSL 5 BASIC15.38■□□□□ 0.05
Trim28Q62318 Gm28970-201ENSMUST00000191098 1139 ntTSL 5 BASIC15.38■□□□□ 0.05
Trim28Q62318 Mrps34-201ENSMUST00000043907 918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
Trim28Q62318 Adcyap1-201ENSMUST00000064775 2088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
Trim28Q62318 Gdpd5-208ENSMUST00000213887 2711 ntTSL 5 BASIC15.38■□□□□ 0.05
Trim28Q62318 A730020E08Rik-201ENSMUST00000180421 3387 ntTSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
Trim28Q62318 Cdip1-203ENSMUST00000118703 2554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
Trim28Q62318 Pla2g3-202ENSMUST00000064265 2566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
Trim28Q62318 Phka1-204ENSMUST00000119229 6025 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.38■□□□□ 0.05
Trim28Q62318 Wnt16-202ENSMUST00000128245 3285 ntTSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
Trim28Q62318 Unc45a-201ENSMUST00000032748 3260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
Trim28Q62318 Katnal2-207ENSMUST00000137354 1482 ntTSL 5 BASIC15.38■□□□□ 0.05
Trim28Q62318 Spdye4a-203ENSMUST00000195900 1496 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.38■□□□□ 0.05
Trim28Q62318 Tgfbr3-201ENSMUST00000031224 6087 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
Trim28Q62318 Synj2-202ENSMUST00000080283 4793 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
Trim28Q62318 Hnrnpa2b1-202ENSMUST00000090002 1662 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.38■□□□□ 0.05
Trim28Q62318 Snph-201ENSMUST00000028951 4730 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
Trim28Q62318 Phyhipl-201ENSMUST00000046513 2877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
Trim28Q62318 Lysmd1-201ENSMUST00000066386 2394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
Trim28Q62318 Trpv4-205ENSMUST00000112225 3226 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.38■□□□□ 0.05
Trim28Q62318 Herc3-201ENSMUST00000031823 3596 ntTSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
Trim28Q62318 Trpm1-210ENSMUST00000205731 2575 ntTSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
Trim28Q62318 Prkaca-202ENSMUST00000211558 1399 ntTSL 5 BASIC15.37■□□□□ 0.05
Trim28Q62318 Fga-201ENSMUST00000029630 2083 ntTSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
Trim28Q62318 A630075F10Rik-201ENSMUST00000180895 1913 ntTSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
Trim28Q62318 Cdh11-201ENSMUST00000075190 5647 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
Trim28Q62318 Xkr8-201ENSMUST00000045550 4245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
Trim28Q62318 Pisd-203ENSMUST00000120591 2491 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.37■□□□□ 0.05
Trim28Q62318 Scn4b-201ENSMUST00000060125 4982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
Trim28Q62318 Gm44190-201ENSMUST00000205083 1401 ntBASIC15.37■□□□□ 0.05
Trim28Q62318 Rbms3-201ENSMUST00000044901 1983 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
Trim28Q62318 2410002F23Rik-205ENSMUST00000107949 3610 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.37■□□□□ 0.05
Trim28Q62318 9130019O22Rik-202ENSMUST00000164345 2735 ntTSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
Trim28Q62318 Gm10479-201ENSMUST00000101568 318 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.37■□□□□ 0.05
Trim28Q62318 1600010M07Rik-202ENSMUST00000188662 654 ntTSL 2 BASIC15.37■□□□□ 0.05
Trim28Q62318 4930477O15Rik-201ENSMUST00000196484 1089 ntBASIC15.37■□□□□ 0.05
Trim28Q62318 Gm42657-201ENSMUST00000201746 211 ntBASIC15.37■□□□□ 0.05
Trim28Q62318 Gm4657-201ENSMUST00000213839 787 ntTSL 3 BASIC15.37■□□□□ 0.05
Trim28Q62318 AC154257.1-202ENSMUST00000224729 843 ntBASIC15.37■□□□□ 0.05
Trim28Q62318 Cmbl-201ENSMUST00000070918 1155 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
Trim28Q62318 Arhgap28-201ENSMUST00000024840 5322 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
Trim28Q62318 AC164702.1-201ENSMUST00000220135 2212 ntBASIC15.37■□□□□ 0.05
Trim28Q62318 Iqcc-201ENSMUST00000046675 2639 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.37■□□□□ 0.05
Trim28Q62318 Polm-202ENSMUST00000109837 2697 ntTSL 5 BASIC15.37■□□□□ 0.05
Trim28Q62318 Olfr1419-202ENSMUST00000213954 2918 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.37■□□□□ 0.05
Trim28Q62318 Upk3b-201ENSMUST00000062606 3530 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
Trim28Q62318 Bbs5-202ENSMUST00000112286 1397 ntTSL 5 BASIC15.36■□□□□ 0.05
Trim28Q62318 Tuft1-201ENSMUST00000006123 2631 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
Trim28Q62318 Usp19-210ENSMUST00000193678 4517 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
Trim28Q62318 Nrg1-211ENSMUST00000208497 2096 ntTSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
Trim28Q62318 Emp1-206ENSMUST00000205156 2911 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.36■□□□□ 0.05
Trim28Q62318 Prkag3-201ENSMUST00000081636 2341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
Trim28Q62318 Gm14395-201ENSMUST00000120494 563 ntBASIC15.36■□□□□ 0.05
Trim28Q62318 Tro-208ENSMUST00000164071 891 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.36■□□□□ 0.05
Trim28Q62318 Gm37905-201ENSMUST00000195310 341 ntBASIC15.36■□□□□ 0.05
Trim28Q62318 Olfr1415-203ENSMUST00000204766 403 ntTSL 3 BASIC15.36■□□□□ 0.05
Trim28Q62318 Timm10b-210ENSMUST00000209588 373 ntTSL 3 BASIC15.36■□□□□ 0.05
Trim28Q62318 AC159462.1-201ENSMUST00000214822 687 ntTSL 5 BASIC15.36■□□□□ 0.05
Trim28Q62318 4930448E22Rik-203ENSMUST00000215349 299 ntTSL 3 BASIC15.36■□□□□ 0.05
Trim28Q62318 Gm3285-201ENSMUST00000218443 908 ntAPPRIS P1 BASIC15.36■□□□□ 0.05
Trim28Q62318 Gm46336-201ENSMUST00000221894 279 ntTSL 5 BASIC15.36■□□□□ 0.05
Trim28Q62318 Pgpep1l-201ENSMUST00000032770 953 ntTSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
Trim28Q62318 Hnrnpf-201ENSMUST00000035493 2147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
Trim28Q62318 Uqcc1-201ENSMUST00000006036 808 ntTSL 5 BASIC15.36■□□□□ 0.05
Trim28Q62318 Gm23105-201ENSMUST00000083719 134 ntBASIC15.36■□□□□ 0.05
Trim28Q62318 Gm4409-201ENSMUST00000130734 1919 ntTSL 2 BASIC15.36■□□□□ 0.05
Trim28Q62318 Tle1-201ENSMUST00000030095 2569 ntTSL 5 BASIC15.36■□□□□ 0.05
Trim28Q62318 4930555B11Rik-201ENSMUST00000123210 1533 ntTSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
Trim28Q62318 Gm13553-201ENSMUST00000133025 1970 ntTSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
Trim28Q62318 Catsper3-201ENSMUST00000021961 1330 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
Trim28Q62318 Synj1-203ENSMUST00000121759 7090 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC15.36■□□□□ 0.05
Trim28Q62318 1700010I14Rik-201ENSMUST00000024650 1769 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
Trim28Q62318 Ntrk2-208ENSMUST00000225583 2719 ntBASIC15.36■□□□□ 0.05
Trim28Q62318 Tmprss4-201ENSMUST00000034599 2284 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
Trim28Q62318 Lgals3bp-201ENSMUST00000043722 2330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
Trim28Q62318 Rbm48-201ENSMUST00000042753 2368 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
Trim28Q62318 Foxred2-201ENSMUST00000016696 4793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 47.3 ms