Protein–RNA interactions for Protein: Q3U319

Rnf40, E3 ubiquitin-protein ligase BRE1B, mousemouse

Predictions only

Length 1,001 aa.

Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Rnf40Q3U319 Cdadc1-208ENSMUST00000225839 3189 ntAPPRIS ALT2 BASIC12.67□□□□□ -0.38
Rnf40Q3U319 5830417I10Rik-201ENSMUST00000135913 6190 ntBASIC12.67□□□□□ -0.38
Rnf40Q3U319 Setd5-201ENSMUST00000042889 6755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.67□□□□□ -0.38
Rnf40Q3U319 Myo16-201ENSMUST00000042103 6725 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC12.67□□□□□ -0.38
Rnf40Q3U319 AC166359.1-201ENSMUST00000220243 1871 ntBASIC12.67□□□□□ -0.38
Rnf40Q3U319 Ccdc32-201ENSMUST00000036470 1870 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.67□□□□□ -0.38
Rnf40Q3U319 Flnc-201ENSMUST00000065090 9038 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC12.67□□□□□ -0.38
Rnf40Q3U319 Pbrm1-207ENSMUST00000112095 7907 ntTSL 5 BASIC12.67□□□□□ -0.38
Rnf40Q3U319 Gtf3c4-201ENSMUST00000037117 6941 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.67□□□□□ -0.38
Rnf40Q3U319 Gm10339-203ENSMUST00000225409 1671 ntBASIC12.67□□□□□ -0.38
Rnf40Q3U319 CT010498.2-201ENSMUST00000225690 1659 ntAPPRIS P1 BASIC12.67□□□□□ -0.38
Rnf40Q3U319 Ppp2r5c-204ENSMUST00000221074 1971 ntTSL 5 BASIC12.67□□□□□ -0.38
Rnf40Q3U319 Sept9-202ENSMUST00000093907 3616 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.67□□□□□ -0.38
Rnf40Q3U319 Rapgef6-202ENSMUST00000101206 5864 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC12.67□□□□□ -0.38
Rnf40Q3U319 Tex2-201ENSMUST00000042780 4934 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC12.66□□□□□ -0.38
Rnf40Q3U319 Cdc42ep4-202ENSMUST00000106616 3405 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.66□□□□□ -0.38
Rnf40Q3U319 Smtn-203ENSMUST00000075118 3117 ntTSL 1 (best) BASIC12.66□□□□□ -0.38
Rnf40Q3U319 Gm20658-201ENSMUST00000175871 1489 ntTSL 1 (best) BASIC12.66□□□□□ -0.38
Rnf40Q3U319 Atat1-203ENSMUST00000077494 1340 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.66□□□□□ -0.38
Rnf40Q3U319 Aldh4a1-201ENSMUST00000039818 3382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.66□□□□□ -0.38
Rnf40Q3U319 Pitpnb-204ENSMUST00000200298 2632 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC12.66□□□□□ -0.38
Rnf40Q3U319 Grin2b-205ENSMUST00000152012 2461 ntTSL 1 (best) BASIC12.66□□□□□ -0.38
Rnf40Q3U319 Tspan14-202ENSMUST00000224209 2477 ntAPPRIS P1 BASIC12.66□□□□□ -0.38
Rnf40Q3U319 Ikzf2-202ENSMUST00000187184 2013 ntTSL 5 BASIC12.66□□□□□ -0.38
Rnf40Q3U319 Herpud1-201ENSMUST00000034220 1873 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.66□□□□□ -0.38
Rnf40Q3U319 Mroh7-201ENSMUST00000106770 4346 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC12.66□□□□□ -0.38
Rnf40Q3U319 Pigh-203ENSMUST00000217998 2868 ntTSL 1 (best) BASIC12.66□□□□□ -0.38
Rnf40Q3U319 Armt1-203ENSMUST00000118544 5044 ntTSL 1 (best) BASIC12.66□□□□□ -0.38
Rnf40Q3U319 Triobp-203ENSMUST00000109689 7187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.66□□□□□ -0.38
Rnf40Q3U319 Larp1b-205ENSMUST00000191805 1581 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC12.66□□□□□ -0.38
Rnf40Q3U319 1110002L01Rik-202ENSMUST00000168012 3569 ntTSL 2 BASIC12.66□□□□□ -0.38
Rnf40Q3U319 Tnfaip3-201ENSMUST00000019997 4422 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.66□□□□□ -0.38
Rnf40Q3U319 Gm24231-201ENSMUST00000104315 133 ntBASIC12.66□□□□□ -0.38
Rnf40Q3U319 Gm12384-201ENSMUST00000119228 919 ntBASIC12.66□□□□□ -0.38
Rnf40Q3U319 Pdpn-202ENSMUST00000119654 762 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC12.66□□□□□ -0.38
Rnf40Q3U319 Snap47-202ENSMUST00000120940 1192 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.66□□□□□ -0.38
Rnf40Q3U319 Gm15384-201ENSMUST00000138832 486 ntTSL 5 BASIC12.66□□□□□ -0.38
Rnf40Q3U319 Gm28941-201ENSMUST00000185536 1017 ntBASIC12.66□□□□□ -0.38
Rnf40Q3U319 Gm29018-201ENSMUST00000188707 925 ntTSL 3 BASIC12.66□□□□□ -0.38
Rnf40Q3U319 5330425B07Rik-201ENSMUST00000196714 1027 ntBASIC12.66□□□□□ -0.38
Rnf40Q3U319 Gm7774-201ENSMUST00000200064 533 ntBASIC12.66□□□□□ -0.38
Rnf40Q3U319 Gm44760-201ENSMUST00000206375 1173 ntBASIC12.66□□□□□ -0.38
Rnf40Q3U319 Gm45074-201ENSMUST00000209091 1240 ntBASIC12.66□□□□□ -0.38
Rnf40Q3U319 Gm44582-201ENSMUST00000209125 445 ntBASIC12.66□□□□□ -0.38
Rnf40Q3U319 Gm29208-205ENSMUST00000214517 1056 ntTSL 5 BASIC12.66□□□□□ -0.38
Rnf40Q3U319 Dad1-201ENSMUST00000022781 878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.66□□□□□ -0.38
Rnf40Q3U319 Rbfox2-208ENSMUST00000227930 1218 ntBASIC12.66□□□□□ -0.38
Rnf40Q3U319 Pecr-201ENSMUST00000027381 1186 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC12.66□□□□□ -0.38
Rnf40Q3U319 Tgif2-ps2-201ENSMUST00000061746 711 ntBASIC12.66□□□□□ -0.38
Rnf40Q3U319 Rad17-201ENSMUST00000022136 2839 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.66□□□□□ -0.38
Rnf40Q3U319 Alx1-203ENSMUST00000167156 2689 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC12.66□□□□□ -0.38
Rnf40Q3U319 Osbp2-201ENSMUST00000070552 4097 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC12.66□□□□□ -0.38
Rnf40Q3U319 Kalrn-209ENSMUST00000114963 3207 ntTSL 5 BASIC12.66□□□□□ -0.38
Rnf40Q3U319 Bicra-204ENSMUST00000210781 5975 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC12.66□□□□□ -0.38
Rnf40Q3U319 Wsb2-202ENSMUST00000111959 1526 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.66□□□□□ -0.38
Rnf40Q3U319 Ywhaq-201ENSMUST00000049531 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.66□□□□□ -0.38
Rnf40Q3U319 Tex2-202ENSMUST00000103070 2645 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.66□□□□□ -0.38
Rnf40Q3U319 Gm26563-202ENSMUST00000181152 1931 ntTSL 5 BASIC12.66□□□□□ -0.38
Rnf40Q3U319 Gm10544-202ENSMUST00000181887 1923 ntTSL 1 (best) BASIC12.66□□□□□ -0.38
Rnf40Q3U319 Gm43522-201ENSMUST00000196697 1922 ntBASIC12.66□□□□□ -0.38
Rnf40Q3U319 Pou5f1-201ENSMUST00000025271 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.66□□□□□ -0.38
Rnf40Q3U319 Sirt5-201ENSMUST00000066804 1367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.66□□□□□ -0.38
Rnf40Q3U319 Tirap-203ENSMUST00000176531 2310 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.66□□□□□ -0.38
Rnf40Q3U319 Lgals8-201ENSMUST00000099820 2736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.66□□□□□ -0.38
Rnf40Q3U319 C530044C16Rik-201ENSMUST00000204275 1624 ntTSL 1 (best) BASIC12.66□□□□□ -0.38
Rnf40Q3U319 5033428I22Rik-201ENSMUST00000181638 2040 ntTSL 1 (best) BASIC12.66□□□□□ -0.38
Rnf40Q3U319 Sorcs1-202ENSMUST00000111756 3617 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC12.66□□□□□ -0.38
Rnf40Q3U319 Sorcs1-207ENSMUST00000211008 3617 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC12.66□□□□□ -0.38
Rnf40Q3U319 Dnd1-201ENSMUST00000061522 1451 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.65□□□□□ -0.38
Rnf40Q3U319 4931406C07Rik-202ENSMUST00000178977 2650 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.65□□□□□ -0.38
Rnf40Q3U319 Sema3g-201ENSMUST00000090180 4540 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.65□□□□□ -0.38
Rnf40Q3U319 Shoc2-201ENSMUST00000025932 4106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.65□□□□□ -0.38
Rnf40Q3U319 Hbp1-206ENSMUST00000176103 1319 ntTSL 1 (best) BASIC12.65□□□□□ -0.38
Rnf40Q3U319 Mfsd14b-203ENSMUST00000155487 3832 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.65□□□□□ -0.38
Rnf40Q3U319 Hk2-201ENSMUST00000000642 5513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.65□□□□□ -0.38
Rnf40Q3U319 Ldb3-203ENSMUST00000022330 1586 ntTSL 1 (best) BASIC12.65□□□□□ -0.38
Rnf40Q3U319 Rita1-201ENSMUST00000031599 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.65□□□□□ -0.38
Rnf40Q3U319 Stab1-201ENSMUST00000036618 7999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.65□□□□□ -0.38
Rnf40Q3U319 4632404M16Rik-201ENSMUST00000197326 2882 ntBASIC12.65□□□□□ -0.38
Rnf40Q3U319 Nuak2-202ENSMUST00000082125 3107 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC12.65□□□□□ -0.38
Rnf40Q3U319 Gm29100-201ENSMUST00000187564 4410 ntBASIC12.65□□□□□ -0.38
Rnf40Q3U319 Actrt2-201ENSMUST00000060062 1435 ntAPPRIS P1 BASIC12.65□□□□□ -0.38
Rnf40Q3U319 Ppp4r1-201ENSMUST00000073104 3850 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC12.65□□□□□ -0.38
Rnf40Q3U319 Phyhd1-212ENSMUST00000154647 1678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.65□□□□□ -0.38
Rnf40Q3U319 Ptbp1-202ENSMUST00000095457 2598 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.65□□□□□ -0.38
Rnf40Q3U319 Plekha7-202ENSMUST00000181981 4633 ntTSL 1 (best) BASIC12.65□□□□□ -0.38
Rnf40Q3U319 Tmub2-201ENSMUST00000036376 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.65□□□□□ -0.38
Rnf40Q3U319 Ces3b-201ENSMUST00000074403 1907 ntTSL 1 (best) BASIC12.65□□□□□ -0.38
Rnf40Q3U319 Exd1-201ENSMUST00000060009 6042 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.65□□□□□ -0.38
Rnf40Q3U319 Krtap4-6-201ENSMUST00000100476 918 ntAPPRIS P1 BASIC12.65□□□□□ -0.38
Rnf40Q3U319 Hmgcll1-202ENSMUST00000117981 1189 ntTSL 5 BASIC12.65□□□□□ -0.38
Rnf40Q3U319 Gm4875-201ENSMUST00000118257 786 ntBASIC12.65□□□□□ -0.38
Rnf40Q3U319 Gm14508-201ENSMUST00000127049 901 ntTSL 1 (best) BASIC12.65□□□□□ -0.38
Rnf40Q3U319 4930551O13Rik-201ENSMUST00000145585 1065 ntTSL 1 (best) BASIC12.65□□□□□ -0.38
Rnf40Q3U319 Stx5a-219ENSMUST00000177373 995 ntTSL 5 BASIC12.65□□□□□ -0.38
Rnf40Q3U319 4930478K11Rik-201ENSMUST00000181875 715 ntTSL 1 (best) BASIC12.65□□□□□ -0.38
Rnf40Q3U319 Gm27680-201ENSMUST00000184192 160 ntBASIC12.65□□□□□ -0.38
Rnf40Q3U319 Cyb561d2-205ENSMUST00000195235 1162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.65□□□□□ -0.38
Rnf40Q3U319 C030018K13Rik-202ENSMUST00000196829 712 ntTSL 3 BASIC12.65□□□□□ -0.38
Rnf40Q3U319 Gm40123-201ENSMUST00000198175 1027 ntTSL 1 (best) BASIC12.65□□□□□ -0.38
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 35.1 ms