Protein–RNA interactions for Protein: Q9ERP3

Trim54, Tripartite motif-containing protein 54, mousemouse

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Length 366 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Trim54Q9ERP3 Slc9a7-202ENSMUST00000115393 2152 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.18
Trim54Q9ERP3 Serbp1-212ENSMUST00000204294 717 ntTSL 5 BASIC22.39■■□□□ 1.17
Trim54Q9ERP3 Krt8-ps-201ENSMUST00000208495 945 ntBASIC22.39■■□□□ 1.17
Trim54Q9ERP3 Gltpd2-201ENSMUST00000057685 1216 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
Trim54Q9ERP3 Ripply3-201ENSMUST00000023660 1531 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
Trim54Q9ERP3 Arl5a-201ENSMUST00000036541 5239 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
Trim54Q9ERP3 Sox2-201ENSMUST00000099151 2057 ntAPPRIS P1 BASIC22.38■■□□□ 1.17
Trim54Q9ERP3 Peli3-201ENSMUST00000025834 1971 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
Trim54Q9ERP3 Dvl1-208ENSMUST00000168552 2776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
Trim54Q9ERP3 Fuz-214ENSMUST00000209132 853 ntTSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
Trim54Q9ERP3 Arhgap27os2-201ENSMUST00000123812 1390 ntTSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
Trim54Q9ERP3 Eif5a-209ENSMUST00000108612 1259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
Trim54Q9ERP3 Gm43137-201ENSMUST00000198052 594 ntBASIC22.37■■□□□ 1.17
Trim54Q9ERP3 Cuta-201ENSMUST00000025027 639 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
Trim54Q9ERP3 A030001D20Rik-201ENSMUST00000211533 1542 ntTSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
Trim54Q9ERP3 1700026D11Rik-201ENSMUST00000126910 2033 ntTSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
Trim54Q9ERP3 Ggnbp2-202ENSMUST00000100686 2275 ntTSL 5 BASIC22.36■■□□□ 1.17
Trim54Q9ERP3 Ubtf-210ENSMUST00000174302 4692 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.36■■□□□ 1.17
Trim54Q9ERP3 Gm10657-201ENSMUST00000193528 1031 ntBASIC22.36■■□□□ 1.17
Trim54Q9ERP3 Trmt112-201ENSMUST00000088257 957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
Trim54Q9ERP3 Phf23-202ENSMUST00000101526 1706 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
Trim54Q9ERP3 Gm45869-201ENSMUST00000210335 1704 ntTSL 5 BASIC22.36■■□□□ 1.17
Trim54Q9ERP3 Gm20634-201ENSMUST00000090779 2956 ntBASIC22.36■■□□□ 1.17
Trim54Q9ERP3 Sdccag3-204ENSMUST00000114102 2193 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
Trim54Q9ERP3 Dlx2-201ENSMUST00000024159 2473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
Trim54Q9ERP3 Eef1a2-201ENSMUST00000055990 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
Trim54Q9ERP3 Setd6-201ENSMUST00000034096 1707 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
Trim54Q9ERP3 BC004004-202ENSMUST00000120346 1297 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.35■■□□□ 1.17
Trim54Q9ERP3 Kcnma1-215ENSMUST00000190339 890 ntTSL 5 BASIC22.35■■□□□ 1.17
Trim54Q9ERP3 Nol7-205ENSMUST00000222499 756 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
Trim54Q9ERP3 AC104834.1-201ENSMUST00000222611 1056 ntAPPRIS P1 BASIC22.35■■□□□ 1.17
Trim54Q9ERP3 Gm7143-201ENSMUST00000222811 859 ntBASIC22.35■■□□□ 1.17
Trim54Q9ERP3 Krtap5-5-201ENSMUST00000097942 1177 ntAPPRIS P1 BASIC22.35■■□□□ 1.17
Trim54Q9ERP3 Shisa8-201ENSMUST00000179269 1804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
Trim54Q9ERP3 Spint2-201ENSMUST00000098604 1384 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
Trim54Q9ERP3 Qk-201ENSMUST00000042296 6718 ntTSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
Trim54Q9ERP3 9230116N13Rik-201ENSMUST00000181746 2097 ntTSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
Trim54Q9ERP3 2810001G20Rik-202ENSMUST00000146333 959 ntTSL 3 BASIC22.34■■□□□ 1.17
Trim54Q9ERP3 Gclm-206ENSMUST00000178826 1002 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.34■■□□□ 1.17
Trim54Q9ERP3 Hyal2-201ENSMUST00000010191 1893 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
Trim54Q9ERP3 Ccdc9-201ENSMUST00000041010 2379 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
Trim54Q9ERP3 Gm26646-201ENSMUST00000180715 1490 ntTSL 5 BASIC22.34■■□□□ 1.17
Trim54Q9ERP3 Ptpn4-203ENSMUST00000163435 2365 ntTSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
Trim54Q9ERP3 Kctd8-202ENSMUST00000087231 1860 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
Trim54Q9ERP3 Naa20-202ENSMUST00000110000 1142 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
Trim54Q9ERP3 Pnkd-204ENSMUST00000113805 740 ntTSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
Trim54Q9ERP3 Gm1673-201ENSMUST00000094869 477 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
Trim54Q9ERP3 Trafd1-201ENSMUST00000042312 2503 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
Trim54Q9ERP3 Amn-201ENSMUST00000021707 1701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
Trim54Q9ERP3 Tm2d1-202ENSMUST00000102793 1027 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
Trim54Q9ERP3 Tmem9-202ENSMUST00000117950 847 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.32■■□□□ 1.16
Trim54Q9ERP3 Pkig-204ENSMUST00000126182 762 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.32■■□□□ 1.16
Trim54Q9ERP3 Rab42-201ENSMUST00000040411 761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
Trim54Q9ERP3 Gm6139-201ENSMUST00000079261 882 ntBASIC22.32■■□□□ 1.16
Trim54Q9ERP3 Armc10-201ENSMUST00000072896 2221 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
Trim54Q9ERP3 Slc35a2-209ENSMUST00000208397 1374 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.32■■□□□ 1.16
Trim54Q9ERP3 Gm26617-201ENSMUST00000180381 4429 ntTSL 3 BASIC22.32■■□□□ 1.16
Trim54Q9ERP3 Bean1-202ENSMUST00000164076 2423 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
Trim54Q9ERP3 Ubald2-201ENSMUST00000057676 1482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
Trim54Q9ERP3 2310015A10Rik-201ENSMUST00000180643 1399 ntTSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
Trim54Q9ERP3 Gm28050-202ENSMUST00000131029 663 ntTSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
Trim54Q9ERP3 Nsun2-208ENSMUST00000176485 2408 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.31■■□□□ 1.16
Trim54Q9ERP3 2310022A10Rik-205ENSMUST00000187960 1989 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.3■■□□□ 1.16
Trim54Q9ERP3 Lrrc75a-201ENSMUST00000057194 1984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
Trim54Q9ERP3 Lsm14b-201ENSMUST00000055485 2534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
Trim54Q9ERP3 Phf14-203ENSMUST00000115511 3336 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.3■■□□□ 1.16
Trim54Q9ERP3 Slc25a3-203ENSMUST00000164505 1483 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.3■■□□□ 1.16
Trim54Q9ERP3 2700081O15Rik-202ENSMUST00000159348 4989 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.3■■□□□ 1.16
Trim54Q9ERP3 Luc7l3-203ENSMUST00000107821 2050 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.3■■□□□ 1.16
Trim54Q9ERP3 Chkb-201ENSMUST00000023289 1707 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
Trim54Q9ERP3 Hp1bp3-205ENSMUST00000105827 5155 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.29■■□□□ 1.16
Trim54Q9ERP3 Strn3-202ENSMUST00000169503 2791 ntTSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
Trim54Q9ERP3 Foxo3-202ENSMUST00000105501 1316 ntTSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
Trim54Q9ERP3 Pgbd5-204ENSMUST00000140012 3222 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.28■■□□□ 1.16
Trim54Q9ERP3 Pigp-204ENSMUST00000113914 912 ntTSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
Trim54Q9ERP3 Gm6569-201ENSMUST00000154520 811 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.28■■□□□ 1.16
Trim54Q9ERP3 Pigx-210ENSMUST00000155966 963 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.28■■□□□ 1.16
Trim54Q9ERP3 Mir7075-201ENSMUST00000184187 82 ntBASIC22.28■■□□□ 1.16
Trim54Q9ERP3 Gm2464-202ENSMUST00000194841 877 ntTSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
Trim54Q9ERP3 Gm3448-202ENSMUST00000097400 747 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.28■■□□□ 1.16
Trim54Q9ERP3 Klhl22-201ENSMUST00000117192 2754 ntTSL 5 BASIC22.27■■□□□ 1.16
Trim54Q9ERP3 Csf2ra-201ENSMUST00000076046 1849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
Trim54Q9ERP3 Gng5-203ENSMUST00000119130 593 ntTSL 2 BASIC22.27■■□□□ 1.16
Trim54Q9ERP3 Far2os2-201ENSMUST00000149815 980 ntTSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
Trim54Q9ERP3 Rnf187-201ENSMUST00000094151 1949 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
Trim54Q9ERP3 Arpc2-202ENSMUST00000113819 1313 ntTSL 5 BASIC22.27■■□□□ 1.16
Trim54Q9ERP3 Acsl6-209ENSMUST00000108904 2594 ntTSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
Trim54Q9ERP3 Rxrb-203ENSMUST00000173354 1743 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
Trim54Q9ERP3 Wipi1-202ENSMUST00000103060 2050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
Trim54Q9ERP3 Dus1l-209ENSMUST00000167023 1909 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
Trim54Q9ERP3 AC153962.1-201ENSMUST00000218530 1948 ntBASIC22.26■■□□□ 1.15
Trim54Q9ERP3 Dus1l-201ENSMUST00000026151 1930 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.26■■□□□ 1.15
Trim54Q9ERP3 Rims1-209ENSMUST00000218140 1434 ntTSL 5 BASIC22.26■■□□□ 1.15
Trim54Q9ERP3 Snx16-203ENSMUST00000195822 1084 ntTSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
Trim54Q9ERP3 Dcbld2-201ENSMUST00000046663 6561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
Trim54Q9ERP3 Ube2q1-201ENSMUST00000038356 3077 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
Trim54Q9ERP3 Cdkl3-205ENSMUST00000109078 2216 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
Trim54Q9ERP3 A230087F16Rik-201ENSMUST00000181055 2098 ntTSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
Trim54Q9ERP3 Tmem143-201ENSMUST00000069772 2297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
Trim54Q9ERP3 Insm2-201ENSMUST00000051857 2660 ntAPPRIS P1 BASIC22.25■■□□□ 1.15
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 33.9 ms