Protein–RNA interactions for Protein: Q9ER60

Scn4a, Sodium channel protein type 4 subunit alpha, mousemouse

Predictions only

Length 1,841 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Scn4aQ9ER60 Gm31816-202ENSMUST00000209591 1332 ntTSL 5 BASIC15.94■□□□□ 0.14
Scn4aQ9ER60 Prkx-202ENSMUST00000114044 2639 ntTSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
Scn4aQ9ER60 Exog-201ENSMUST00000035094 3832 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
Scn4aQ9ER60 4732471J01Rik-204ENSMUST00000206436 2430 ntTSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
Scn4aQ9ER60 Slc4a2-201ENSMUST00000080067 4179 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
Scn4aQ9ER60 Aldh5a1-201ENSMUST00000037615 5647 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
Scn4aQ9ER60 Gm12774-201ENSMUST00000117881 416 ntBASIC15.94■□□□□ 0.14
Scn4aQ9ER60 1700095J12Rik-201ENSMUST00000124620 737 ntTSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
Scn4aQ9ER60 Gm16227-201ENSMUST00000160088 563 ntTSL 3 BASIC15.94■□□□□ 0.14
Scn4aQ9ER60 Gm20091-201ENSMUST00000179683 189 ntBASIC15.94■□□□□ 0.14
Scn4aQ9ER60 0610033M10Rik-201ENSMUST00000204546 506 ntTSL 5 BASIC15.94■□□□□ 0.14
Scn4aQ9ER60 AC124503.1-201ENSMUST00000218524 526 ntTSL 3 BASIC15.94■□□□□ 0.14
Scn4aQ9ER60 CT025618.1-203ENSMUST00000227008 589 ntBASIC15.94■□□□□ 0.14
Scn4aQ9ER60 Lcn3-201ENSMUST00000028304 684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
Scn4aQ9ER60 Immt-202ENSMUST00000101301 2299 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
Scn4aQ9ER60 App-203ENSMUST00000226801 3299 ntAPPRIS ALT2 BASIC15.94■□□□□ 0.14
Scn4aQ9ER60 Cd80-201ENSMUST00000099816 1701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
Scn4aQ9ER60 Ripk4-201ENSMUST00000019386 3541 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
Scn4aQ9ER60 Prf1-201ENSMUST00000035419 1968 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
Scn4aQ9ER60 Srsf11-204ENSMUST00000121326 3106 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC15.93■□□□□ 0.14
Scn4aQ9ER60 Bckdk-202ENSMUST00000124533 1792 ntTSL 3 BASIC15.93■□□□□ 0.14
Scn4aQ9ER60 Cadps2-204ENSMUST00000115356 3533 ntTSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
Scn4aQ9ER60 Btnl9-201ENSMUST00000046522 5273 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
Scn4aQ9ER60 Gm18983-201ENSMUST00000222884 2729 ntBASIC15.93■□□□□ 0.14
Scn4aQ9ER60 Arhgap44-203ENSMUST00000093002 3982 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.93■□□□□ 0.14
Scn4aQ9ER60 Txndc11-203ENSMUST00000118679 3523 ntTSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
Scn4aQ9ER60 Prpf40a-206ENSMUST00000209364 2833 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.93■□□□□ 0.14
Scn4aQ9ER60 Exosc9-201ENSMUST00000029269 1617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
Scn4aQ9ER60 Cc2d1b-201ENSMUST00000030320 3303 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
Scn4aQ9ER60 Gm25288-201ENSMUST00000122800 265 ntBASIC15.93■□□□□ 0.14
Scn4aQ9ER60 Gm15412-201ENSMUST00000137193 1096 ntTSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
Scn4aQ9ER60 Gm19927-201ENSMUST00000185792 781 ntBASIC15.93■□□□□ 0.14
Scn4aQ9ER60 Gm8525-201ENSMUST00000189674 861 ntBASIC15.93■□□□□ 0.14
Scn4aQ9ER60 Rp9-204ENSMUST00000216973 796 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC15.93■□□□□ 0.14
Scn4aQ9ER60 Gm18042-201ENSMUST00000219887 790 ntBASIC15.93■□□□□ 0.14
Scn4aQ9ER60 Tcl1b1-202ENSMUST00000222342 664 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.93■□□□□ 0.14
Scn4aQ9ER60 CT010480.4-201ENSMUST00000224654 2283 ntBASIC15.93■□□□□ 0.14
Scn4aQ9ER60 Sfxn1-201ENSMUST00000021930 2783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
Scn4aQ9ER60 Plekha1-203ENSMUST00000120441 3777 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.93■□□□□ 0.14
Scn4aQ9ER60 Slc10a1-201ENSMUST00000095572 1674 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
Scn4aQ9ER60 Gm14243-201ENSMUST00000131401 2172 ntTSL 2 BASIC15.93■□□□□ 0.14
Scn4aQ9ER60 Shc1-203ENSMUST00000107417 3079 ntTSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
Scn4aQ9ER60 Gabpa-201ENSMUST00000009120 4987 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
Scn4aQ9ER60 Sgsm3-208ENSMUST00000139517 2996 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
Scn4aQ9ER60 Lmtk2-201ENSMUST00000041804 8114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
Scn4aQ9ER60 Scg3-201ENSMUST00000034699 2384 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
Scn4aQ9ER60 Gm14866-201ENSMUST00000149206 2118 ntTSL 2 BASIC15.92■□□□□ 0.14
Scn4aQ9ER60 Ulk1-201ENSMUST00000031490 5213 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
Scn4aQ9ER60 Bhlhb9-204ENSMUST00000180025 2812 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.92■□□□□ 0.14
Scn4aQ9ER60 Slc37a1-201ENSMUST00000165149 3354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
Scn4aQ9ER60 Nrf1-220ENSMUST00000170535 1527 ntTSL 5 BASIC15.92■□□□□ 0.14
Scn4aQ9ER60 Gm36235-201ENSMUST00000223158 1694 ntTSL 5 BASIC15.92■□□□□ 0.14
Scn4aQ9ER60 Scgb1b29-201ENSMUST00000108094 282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
Scn4aQ9ER60 Gm26943-201ENSMUST00000182295 957 ntBASIC15.92■□□□□ 0.14
Scn4aQ9ER60 Gm5851-201ENSMUST00000194132 1204 ntBASIC15.92■□□□□ 0.14
Scn4aQ9ER60 Gm44640-201ENSMUST00000206894 247 ntBASIC15.92■□□□□ 0.14
Scn4aQ9ER60 Gm7727-201ENSMUST00000219830 671 ntBASIC15.92■□□□□ 0.14
Scn4aQ9ER60 Vasp-201ENSMUST00000032561 2215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
Scn4aQ9ER60 Clec16a-205ENSMUST00000115827 2949 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
Scn4aQ9ER60 4930579F01Rik-202ENSMUST00000199293 1598 ntTSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
Scn4aQ9ER60 Cdc42-202ENSMUST00000051477 2108 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
Scn4aQ9ER60 C77080-201ENSMUST00000052602 5187 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
Scn4aQ9ER60 Col26a1-201ENSMUST00000057497 2724 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
Scn4aQ9ER60 Gm42416-201ENSMUST00000115661 2856 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.92■□□□□ 0.14
Scn4aQ9ER60 Ric8b-201ENSMUST00000038523 3069 ntTSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
Scn4aQ9ER60 Csnk1g1-212ENSMUST00000206048 2073 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.92■□□□□ 0.14
Scn4aQ9ER60 Krt26-201ENSMUST00000100482 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
Scn4aQ9ER60 Gm13580-201ENSMUST00000131457 566 ntTSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
Scn4aQ9ER60 Fhit-204ENSMUST00000161302 860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
Scn4aQ9ER60 Higd1c-202ENSMUST00000177211 555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
Scn4aQ9ER60 Ralgps2-209ENSMUST00000189316 2924 ntTSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
Scn4aQ9ER60 Gm37009-201ENSMUST00000193297 361 ntBASIC15.91■□□□□ 0.14
Scn4aQ9ER60 Gm35611-201ENSMUST00000205323 799 ntTSL 3 BASIC15.91■□□□□ 0.14
Scn4aQ9ER60 AC132384.2-201ENSMUST00000218018 526 ntBASIC15.91■□□□□ 0.14
Scn4aQ9ER60 Gm12216-207ENSMUST00000220191 1073 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC15.91■□□□□ 0.14
Scn4aQ9ER60 AC154435.1-201ENSMUST00000223938 959 ntBASIC15.91■□□□□ 0.14
Scn4aQ9ER60 AC133517.1-201ENSMUST00000225825 594 ntBASIC15.91■□□□□ 0.14
Scn4aQ9ER60 Pphln1-204ENSMUST00000165935 3473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
Scn4aQ9ER60 3000002C10Rik-201ENSMUST00000125451 1614 ntTSL 2 BASIC15.91■□□□□ 0.14
Scn4aQ9ER60 Steap3-204ENSMUST00000112643 2873 ntTSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
Scn4aQ9ER60 Acat2-201ENSMUST00000007005 2250 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
Scn4aQ9ER60 Crocc-203ENSMUST00000102491 6582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
Scn4aQ9ER60 Ms4a6b-201ENSMUST00000025580 1687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
Scn4aQ9ER60 Minos1-203ENSMUST00000143971 2549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
Scn4aQ9ER60 Mknk1-201ENSMUST00000019677 2543 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
Scn4aQ9ER60 Gm10676-201ENSMUST00000098778 3221 ntBASIC15.91■□□□□ 0.14
Scn4aQ9ER60 Gm11405-201ENSMUST00000118689 1556 ntBASIC15.91■□□□□ 0.14
Scn4aQ9ER60 Gm9-201ENSMUST00000101636 817 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
Scn4aQ9ER60 Ighv13-1-201ENSMUST00000103480 294 ntBASIC15.91■□□□□ 0.14
Scn4aQ9ER60 Tnnt3-203ENSMUST00000105941 747 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
Scn4aQ9ER60 Tnnt3-204ENSMUST00000105942 720 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
Scn4aQ9ER60 Tnnt3-205ENSMUST00000105943 720 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
Scn4aQ9ER60 Tnnt3-207ENSMUST00000105945 747 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
Scn4aQ9ER60 Tnnt3-208ENSMUST00000105946 765 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
Scn4aQ9ER60 Gm14071-201ENSMUST00000117817 509 ntBASIC15.91■□□□□ 0.14
Scn4aQ9ER60 Gm14148-201ENSMUST00000122433 1008 ntBASIC15.91■□□□□ 0.14
Scn4aQ9ER60 Gm8464-202ENSMUST00000146697 1142 ntBASIC15.91■□□□□ 0.14
Scn4aQ9ER60 Gm4750-201ENSMUST00000151942 1142 ntBASIC15.91■□□□□ 0.14
Scn4aQ9ER60 Gm26550-201ENSMUST00000180699 1184 ntTSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
Scn4aQ9ER60 Gm42863-201ENSMUST00000197875 2958 ntBASIC15.91■□□□□ 0.14
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 50.3 ms