Protein–RNA interactions for Protein: Q9CWT6

Ddx28, Probable ATP-dependent RNA helicase DDX28, mousemouse

Known RBP Predictions only

Length 540 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Ddx28Q9CWT6 Eml5-201ENSMUST00000065716 9482 ntTSL 5 BASIC11.3□□□□□ -0.6
Ddx28Q9CWT6 Plekhd1-201ENSMUST00000140770 3535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.3□□□□□ -0.6
Ddx28Q9CWT6 Rpgrip1-202ENSMUST00000111603 5380 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC11.3□□□□□ -0.6
Ddx28Q9CWT6 Fibcd1-201ENSMUST00000028188 4751 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.3□□□□□ -0.6
Ddx28Q9CWT6 Sgk1-213ENSMUST00000164659 2602 ntTSL 5 BASIC11.3□□□□□ -0.6
Ddx28Q9CWT6 Togaram1-207ENSMUST00000223166 6386 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.3□□□□□ -0.6
Ddx28Q9CWT6 Lcor-201ENSMUST00000067795 4810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.3□□□□□ -0.6
Ddx28Q9CWT6 Zcchc18-202ENSMUST00000101227 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.3□□□□□ -0.6
Ddx28Q9CWT6 9330199G10Rik-202ENSMUST00000221607 1728 ntTSL 1 (best) BASIC11.3□□□□□ -0.6
Ddx28Q9CWT6 Napsa-201ENSMUST00000002274 1560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.3□□□□□ -0.6
Ddx28Q9CWT6 Ank1-204ENSMUST00000117270 5652 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC11.3□□□□□ -0.6
Ddx28Q9CWT6 Tenm2-208ENSMUST00000163524 8668 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC11.3□□□□□ -0.6
Ddx28Q9CWT6 4930550C17Rik-201ENSMUST00000181629 1411 ntTSL 1 (best) BASIC11.3□□□□□ -0.6
Ddx28Q9CWT6 E130114P18Rik-202ENSMUST00000107068 1132 ntAPPRIS P5 TSL 3 BASIC11.3□□□□□ -0.6
Ddx28Q9CWT6 Fgf8-203ENSMUST00000111924 630 ntTSL 5 BASIC11.3□□□□□ -0.6
Ddx28Q9CWT6 Dgcr6-203ENSMUST00000143343 1280 ntTSL 1 (best) BASIC11.3□□□□□ -0.6
Ddx28Q9CWT6 1110018N20Rik-202ENSMUST00000147446 1162 ntTSL 1 (best) BASIC11.3□□□□□ -0.6
Ddx28Q9CWT6 Gm12678-201ENSMUST00000154177 692 ntTSL 1 (best) BASIC11.3□□□□□ -0.6
Ddx28Q9CWT6 Cabp2-202ENSMUST00000159556 781 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.3□□□□□ -0.6
Ddx28Q9CWT6 Crip2-206ENSMUST00000200380 864 ntTSL 3 BASIC11.3□□□□□ -0.6
Ddx28Q9CWT6 Gm18584-201ENSMUST00000203098 964 ntBASIC11.3□□□□□ -0.6
Ddx28Q9CWT6 Asb9-201ENSMUST00000033756 1139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.3□□□□□ -0.6
Ddx28Q9CWT6 Chchd1-201ENSMUST00000071215 616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.3□□□□□ -0.6
Ddx28Q9CWT6 Git1-201ENSMUST00000037285 3512 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC11.3□□□□□ -0.6
Ddx28Q9CWT6 5830417I10Rik-201ENSMUST00000135913 6190 ntBASIC11.3□□□□□ -0.6
Ddx28Q9CWT6 Tnip1-202ENSMUST00000102730 2787 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.3□□□□□ -0.6
Ddx28Q9CWT6 Topbp1-201ENSMUST00000035164 5224 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.3□□□□□ -0.6
Ddx28Q9CWT6 Arhgef9-206ENSMUST00000113884 3784 ntTSL 5 BASIC11.3□□□□□ -0.6
Ddx28Q9CWT6 Smtn-203ENSMUST00000075118 3117 ntTSL 1 (best) BASIC11.3□□□□□ -0.6
Ddx28Q9CWT6 Fam118b-203ENSMUST00000121564 1962 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.3□□□□□ -0.6
Ddx28Q9CWT6 Dna2-203ENSMUST00000131422 4122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.3□□□□□ -0.6
Ddx28Q9CWT6 Atg7-210ENSMUST00000182793 2459 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.3□□□□□ -0.6
Ddx28Q9CWT6 Gm43579-201ENSMUST00000202387 1307 ntBASIC11.3□□□□□ -0.6
Ddx28Q9CWT6 Rps13-203ENSMUST00000205490 1317 ntTSL 1 (best) BASIC11.3□□□□□ -0.6
Ddx28Q9CWT6 Gm5780-201ENSMUST00000217774 1834 ntBASIC11.3□□□□□ -0.6
Ddx28Q9CWT6 Zfand2a-201ENSMUST00000079996 3169 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.3□□□□□ -0.6
Ddx28Q9CWT6 Trpv1-203ENSMUST00000108470 2667 ntTSL 5 BASIC11.3□□□□□ -0.6
Ddx28Q9CWT6 Ttc33-203ENSMUST00000118193 1671 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.3□□□□□ -0.6
Ddx28Q9CWT6 Trim23-203ENSMUST00000069187 3546 ntTSL 1 (best) BASIC11.3□□□□□ -0.6
Ddx28Q9CWT6 Rhoj-203ENSMUST00000118966 4892 ntTSL 1 (best) BASIC11.3□□□□□ -0.6
Ddx28Q9CWT6 Hhipl2-201ENSMUST00000065900 2525 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC11.3□□□□□ -0.6
Ddx28Q9CWT6 Trmt1-204ENSMUST00000109768 2044 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.3□□□□□ -0.6
Ddx28Q9CWT6 Tifa-203ENSMUST00000164447 1538 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.3□□□□□ -0.6
Ddx28Q9CWT6 Gm37827-201ENSMUST00000194486 1542 ntBASIC11.3□□□□□ -0.6
Ddx28Q9CWT6 Bub3-203ENSMUST00000207442 3414 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC11.29□□□□□ -0.6
Ddx28Q9CWT6 Mcf2l-217ENSMUST00000145067 5313 ntTSL 1 (best) BASIC11.29□□□□□ -0.6
Ddx28Q9CWT6 Meltf-201ENSMUST00000023464 4133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.29□□□□□ -0.6
Ddx28Q9CWT6 Gm20671-201ENSMUST00000144673 1731 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC11.29□□□□□ -0.6
Ddx28Q9CWT6 Gtf2f1-201ENSMUST00000002733 1717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.29□□□□□ -0.6
Ddx28Q9CWT6 Mapk3-203ENSMUST00000091328 1716 ntTSL 1 (best) BASIC11.29□□□□□ -0.6
Ddx28Q9CWT6 Olfr5-202ENSMUST00000209866 2980 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC11.29□□□□□ -0.6
Ddx28Q9CWT6 Hpcal4-201ENSMUST00000059667 4931 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.29□□□□□ -0.6
Ddx28Q9CWT6 Zfp687-201ENSMUST00000019482 4632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.29□□□□□ -0.6
Ddx28Q9CWT6 Angpt4-201ENSMUST00000028955 2335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.29□□□□□ -0.6
Ddx28Q9CWT6 Gm37931-201ENSMUST00000194686 2866 ntBASIC11.29□□□□□ -0.6
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Ddx28Q9CWT6 Pcdhga10-201ENSMUST00000193404 4732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.29□□□□□ -0.6
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Ddx28Q9CWT6 1700042G07Rik-201ENSMUST00000106492 385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.29□□□□□ -0.6
Ddx28Q9CWT6 Glrx2-202ENSMUST00000111957 580 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.29□□□□□ -0.6
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Ddx28Q9CWT6 Gm16191-202ENSMUST00000148464 484 ntTSL 1 (best) BASIC11.29□□□□□ -0.6
Ddx28Q9CWT6 Asgr1-201ENSMUST00000018699 1259 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.29□□□□□ -0.6
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Ddx28Q9CWT6 Naa10-201ENSMUST00000033763 962 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.29□□□□□ -0.6
Ddx28Q9CWT6 Cox7a2-201ENSMUST00000034881 659 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.29□□□□□ -0.6
Ddx28Q9CWT6 Olfr1368-201ENSMUST00000055298 1064 ntAPPRIS P1 BASIC11.29□□□□□ -0.6
Ddx28Q9CWT6 Prss2-201ENSMUST00000070380 815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.29□□□□□ -0.6
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Ddx28Q9CWT6 Mmgt2-203ENSMUST00000129162 1828 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC11.29□□□□□ -0.6
Ddx28Q9CWT6 AC131068.2-201ENSMUST00000226175 1453 ntBASIC11.29□□□□□ -0.6
Ddx28Q9CWT6 Wdr26-208ENSMUST00000162963 6452 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC11.29□□□□□ -0.6
Ddx28Q9CWT6 Gjb2-201ENSMUST00000055698 2406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.29□□□□□ -0.6
Ddx28Q9CWT6 Gm20425-201ENSMUST00000166836 3028 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC11.29□□□□□ -0.6
Ddx28Q9CWT6 Art3-204ENSMUST00000119587 1310 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.29□□□□□ -0.6
Ddx28Q9CWT6 Slitrk3-202ENSMUST00000192477 4592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.29□□□□□ -0.6
Ddx28Q9CWT6 Plekhg5-204ENSMUST00000118648 3818 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC11.29□□□□□ -0.6
Ddx28Q9CWT6 Chd3-202ENSMUST00000108661 7261 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC11.29□□□□□ -0.6
Ddx28Q9CWT6 Gm14698-201ENSMUST00000096420 4226 ntAPPRIS P1 BASIC11.29□□□□□ -0.6
Ddx28Q9CWT6 Slc44a2-201ENSMUST00000034697 3456 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC11.29□□□□□ -0.6
Ddx28Q9CWT6 Hnrnpf-201ENSMUST00000035493 2147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.29□□□□□ -0.6
Ddx28Q9CWT6 Gm9200-201ENSMUST00000118513 1354 ntBASIC11.28□□□□□ -0.6
Ddx28Q9CWT6 Gm37885-201ENSMUST00000192568 1391 ntTSL 1 (best) BASIC11.28□□□□□ -0.6
Ddx28Q9CWT6 Fam107b-201ENSMUST00000027965 3156 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.28□□□□□ -0.6
Ddx28Q9CWT6 Cacna1c-205ENSMUST00000112825 7577 ntTSL 1 (best) BASIC11.28□□□□□ -0.6
Ddx28Q9CWT6 Arvcf-202ENSMUST00000115610 3829 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC11.28□□□□□ -0.6
Ddx28Q9CWT6 Plekhb1-203ENSMUST00000107044 1806 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC11.28□□□□□ -0.6
Ddx28Q9CWT6 Gm43823-201ENSMUST00000197391 1808 ntBASIC11.28□□□□□ -0.6
Ddx28Q9CWT6 Caln1-201ENSMUST00000086029 1801 ntTSL 1 (best) BASIC11.28□□□□□ -0.6
Ddx28Q9CWT6 Kif1a-201ENSMUST00000086819 5097 ntTSL 1 (best) BASIC11.28□□□□□ -0.6
Ddx28Q9CWT6 Gm13293-201ENSMUST00000131188 1615 ntTSL 1 (best) BASIC11.28□□□□□ -0.6
Ddx28Q9CWT6 Pcdhb17-201ENSMUST00000053856 4660 ntAPPRIS P1 BASIC11.28□□□□□ -0.6
Ddx28Q9CWT6 Gm7789-202ENSMUST00000211273 1400 ntBASIC11.28□□□□□ -0.6
Ddx28Q9CWT6 Casc1-203ENSMUST00000111728 2682 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC11.28□□□□□ -0.6
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 119.8 ms