Protein–RNA interactions for Protein: Q9ERP3

Trim54, Tripartite motif-containing protein 54, mousemouse

Predictions only

Length 366 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Trim54Q9ERP3 Fam198a-202ENSMUST00000213773 2088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.1□□□□□ -0.31
Trim54Q9ERP3 Madd-209ENSMUST00000111371 5816 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.1□□□□□ -0.31
Trim54Q9ERP3 Madd-210ENSMUST00000111372 5813 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.1□□□□□ -0.31
Trim54Q9ERP3 Serpinb12-201ENSMUST00000081277 1689 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.1□□□□□ -0.31
Trim54Q9ERP3 Gm26286-201ENSMUST00000104166 134 ntBASIC13.1□□□□□ -0.31
Trim54Q9ERP3 Gm23912-201ENSMUST00000104687 87 ntBASIC13.1□□□□□ -0.31
Trim54Q9ERP3 Skap1-206ENSMUST00000107663 742 ntTSL 3 BASIC13.1□□□□□ -0.31
Trim54Q9ERP3 Gm11511-201ENSMUST00000118146 540 ntBASIC13.1□□□□□ -0.31
Trim54Q9ERP3 Gm15131-201ENSMUST00000119124 595 ntBASIC13.1□□□□□ -0.31
Trim54Q9ERP3 Gm12164-201ENSMUST00000121695 551 ntBASIC13.1□□□□□ -0.31
Trim54Q9ERP3 Gm14235-201ENSMUST00000142445 366 ntTSL 3 BASIC13.1□□□□□ -0.31
Trim54Q9ERP3 1110038B12Rik-208ENSMUST00000174714 520 ntTSL 2 BASIC13.1□□□□□ -0.31
Trim54Q9ERP3 Gm8343-201ENSMUST00000182705 994 ntBASIC13.1□□□□□ -0.31
Trim54Q9ERP3 Cyb561-206ENSMUST00000184086 1130 ntTSL 5 BASIC13.1□□□□□ -0.31
Trim54Q9ERP3 Mir7032-201ENSMUST00000185154 79 ntBASIC13.1□□□□□ -0.31
Trim54Q9ERP3 AC125486.1-201ENSMUST00000218701 320 ntBASIC13.1□□□□□ -0.31
Trim54Q9ERP3 Zfp36l1-203ENSMUST00000218835 292 ntTSL 3 BASIC13.1□□□□□ -0.31
Trim54Q9ERP3 AC169036.1-201ENSMUST00000227994 296 ntBASIC13.1□□□□□ -0.31
Trim54Q9ERP3 Ngdn-201ENSMUST00000022815 1200 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.1□□□□□ -0.31
Trim54Q9ERP3 Mlf1-201ENSMUST00000061322 1113 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC13.1□□□□□ -0.31
Trim54Q9ERP3 Cthrc1-201ENSMUST00000067072 1166 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.1□□□□□ -0.31
Trim54Q9ERP3 Tmc4-202ENSMUST00000121743 2204 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.1□□□□□ -0.31
Trim54Q9ERP3 Cyp2c53-ps-203ENSMUST00000176493 1443 ntTSL 1 (best) BASIC13.1□□□□□ -0.31
Trim54Q9ERP3 Npepps-219ENSMUST00000172108 2924 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.1□□□□□ -0.31
Trim54Q9ERP3 Atg7-212ENSMUST00000182902 2543 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC13.1□□□□□ -0.31
Trim54Q9ERP3 Ercc8-201ENSMUST00000054835 2111 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.1□□□□□ -0.31
Trim54Q9ERP3 Vmn1r45-207ENSMUST00000228492 2849 ntBASIC13.1□□□□□ -0.31
Trim54Q9ERP3 Cacna1c-201ENSMUST00000075591 7584 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.1□□□□□ -0.31
Trim54Q9ERP3 Gm4735-201ENSMUST00000138679 1302 ntBASIC13.1□□□□□ -0.31
Trim54Q9ERP3 D930032P07Rik-201ENSMUST00000181393 1314 ntTSL 1 (best) BASIC13.1□□□□□ -0.31
Trim54Q9ERP3 Gm5855-201ENSMUST00000200240 1305 ntBASIC13.1□□□□□ -0.31
Trim54Q9ERP3 Pdxdc1-204ENSMUST00000115804 2880 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.1□□□□□ -0.31
Trim54Q9ERP3 Ttyh1-202ENSMUST00000079415 2882 ntTSL 1 (best) BASIC13.1□□□□□ -0.31
Trim54Q9ERP3 Rec8-201ENSMUST00000002395 2184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.1□□□□□ -0.31
Trim54Q9ERP3 Prkce-201ENSMUST00000097274 3161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.1□□□□□ -0.31
Trim54Q9ERP3 A630014C17Rik-201ENSMUST00000150973 2984 ntTSL 1 (best) BASIC13.09□□□□□ -0.31
Trim54Q9ERP3 Mapkapk5-204ENSMUST00000111783 1513 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.09□□□□□ -0.31
Trim54Q9ERP3 Fam160a2-201ENSMUST00000048079 3443 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.09□□□□□ -0.31
Trim54Q9ERP3 Eps8l3-201ENSMUST00000037375 2271 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.09□□□□□ -0.31
Trim54Q9ERP3 Gm26678-201ENSMUST00000181057 3025 ntTSL 5 BASIC13.09□□□□□ -0.31
Trim54Q9ERP3 Sun2-203ENSMUST00000100439 3768 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.09□□□□□ -0.31
Trim54Q9ERP3 Cacna1c-203ENSMUST00000112790 7631 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.09□□□□□ -0.31
Trim54Q9ERP3 Pogk-202ENSMUST00000128861 4848 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.09□□□□□ -0.31
Trim54Q9ERP3 Kcnt1-201ENSMUST00000037580 5881 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.09□□□□□ -0.31
Trim54Q9ERP3 Dysf-216ENSMUST00000204987 6474 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.09□□□□□ -0.31
Trim54Q9ERP3 Creb3l2-201ENSMUST00000041093 7082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.09□□□□□ -0.31
Trim54Q9ERP3 Gm24891-201ENSMUST00000104391 136 ntBASIC13.09□□□□□ -0.31
Trim54Q9ERP3 Fam227a-202ENSMUST00000109646 1896 ntTSL 5 BASIC13.09□□□□□ -0.31
Trim54Q9ERP3 Snx29-202ENSMUST00000115814 1125 ntTSL 5 BASIC13.09□□□□□ -0.31
Trim54Q9ERP3 Sec11a-204ENSMUST00000120285 875 ntTSL 3 BASIC13.09□□□□□ -0.31
Trim54Q9ERP3 Gm12714-201ENSMUST00000143391 669 ntTSL 3 BASIC13.09□□□□□ -0.31
Trim54Q9ERP3 Gm16036-201ENSMUST00000150385 1112 ntTSL 1 (best) BASIC13.09□□□□□ -0.31
Trim54Q9ERP3 AA672651-201ENSMUST00000151550 489 ntTSL 2 BASIC13.09□□□□□ -0.31
Trim54Q9ERP3 Gm8100-201ENSMUST00000182906 988 ntBASIC13.09□□□□□ -0.31
Trim54Q9ERP3 A630035G10Rik-202ENSMUST00000194468 1065 ntTSL 1 (best) BASIC13.09□□□□□ -0.31
Trim54Q9ERP3 Gm42629-201ENSMUST00000199063 1102 ntBASIC13.09□□□□□ -0.31
Trim54Q9ERP3 Gm2511-202ENSMUST00000206158 455 ntTSL 1 (best) BASIC13.09□□□□□ -0.31
Trim54Q9ERP3 AC166992.1-201ENSMUST00000216356 565 ntBASIC13.09□□□□□ -0.31
Trim54Q9ERP3 Foxd4-201ENSMUST00000058600 2345 ntAPPRIS P1 BASIC13.09□□□□□ -0.31
Trim54Q9ERP3 4930550L24Rik-201ENSMUST00000062542 1572 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.09□□□□□ -0.31
Trim54Q9ERP3 Crtc1-201ENSMUST00000076615 5683 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.09□□□□□ -0.31
Trim54Q9ERP3 Dll1-201ENSMUST00000014917 3581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.09□□□□□ -0.31
Trim54Q9ERP3 Psap-204ENSMUST00000177779 2657 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.09□□□□□ -0.31
Trim54Q9ERP3 Psap-205ENSMUST00000179238 2657 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC13.09□□□□□ -0.31
Trim54Q9ERP3 Psap-201ENSMUST00000004316 2654 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.09□□□□□ -0.31
Trim54Q9ERP3 M6pr-202ENSMUST00000112610 2539 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.09□□□□□ -0.31
Trim54Q9ERP3 M6pr-201ENSMUST00000007602 2515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.09□□□□□ -0.31
Trim54Q9ERP3 Zscan10-202ENSMUST00000115509 2368 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.09□□□□□ -0.31
Trim54Q9ERP3 Gpatch4-203ENSMUST00000193398 2210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.09□□□□□ -0.31
Trim54Q9ERP3 Cdc42ep2-201ENSMUST00000055458 1491 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.09□□□□□ -0.31
Trim54Q9ERP3 Krtap10-10-201ENSMUST00000218843 1306 ntAPPRIS P1 BASIC13.09□□□□□ -0.31
Trim54Q9ERP3 Gm36635-201ENSMUST00000221152 1332 ntTSL 5 BASIC13.09□□□□□ -0.31
Trim54Q9ERP3 Acer1-201ENSMUST00000056113 2429 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.09□□□□□ -0.31
Trim54Q9ERP3 Add2-208ENSMUST00000203786 2289 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.09□□□□□ -0.31
Trim54Q9ERP3 Cdc45-201ENSMUST00000000028 2143 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.09□□□□□ -0.31
Trim54Q9ERP3 4930588K23Rik-201ENSMUST00000156827 1963 ntTSL 1 (best) BASIC13.09□□□□□ -0.31
Trim54Q9ERP3 Dysf-205ENSMUST00000113823 6578 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.09□□□□□ -0.31
Trim54Q9ERP3 Lsp1-201ENSMUST00000018963 1695 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.08□□□□□ -0.31
Trim54Q9ERP3 Ncln-201ENSMUST00000020463 3118 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.08□□□□□ -0.31
Trim54Q9ERP3 Gm9361-201ENSMUST00000198695 1507 ntBASIC13.08□□□□□ -0.31
Trim54Q9ERP3 Abcb6-201ENSMUST00000027396 2966 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.08□□□□□ -0.31
Trim54Q9ERP3 Acly-203ENSMUST00000107389 4426 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.08□□□□□ -0.31
Trim54Q9ERP3 Bckdhb-205ENSMUST00000190166 1398 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.08□□□□□ -0.31
Trim54Q9ERP3 Zcchc18-202ENSMUST00000101227 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.08□□□□□ -0.31
Trim54Q9ERP3 Slc5a11-207ENSMUST00000167299 2022 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.08□□□□□ -0.31
Trim54Q9ERP3 Rnf224-201ENSMUST00000091318 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.08□□□□□ -0.31
Trim54Q9ERP3 Gpat3-201ENSMUST00000031255 2884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.08□□□□□ -0.32
Trim54Q9ERP3 Aldh6a1-201ENSMUST00000085192 3399 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.08□□□□□ -0.32
Trim54Q9ERP3 Cngb1-202ENSMUST00000119870 6189 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.08□□□□□ -0.32
Trim54Q9ERP3 Ahi1-201ENSMUST00000105525 4851 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.08□□□□□ -0.32
Trim54Q9ERP3 AC154671.1-201ENSMUST00000228617 1578 ntBASIC13.08□□□□□ -0.32
Trim54Q9ERP3 Arhgap22-202ENSMUST00000111956 2596 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.08□□□□□ -0.32
Trim54Q9ERP3 Pla2g15-204ENSMUST00000212963 2578 ntTSL 1 (best) BASIC13.08□□□□□ -0.32
Trim54Q9ERP3 Nyap1-202ENSMUST00000118326 4565 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.08□□□□□ -0.32
Trim54Q9ERP3 Arhgap10-202ENSMUST00000210519 2295 ntTSL 1 (best) BASIC13.08□□□□□ -0.32
Trim54Q9ERP3 Gm5592-202ENSMUST00000206490 2623 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.08□□□□□ -0.32
Trim54Q9ERP3 Timm10b-204ENSMUST00000106784 494 ntTSL 3 BASIC13.08□□□□□ -0.32
Trim54Q9ERP3 Cd63-ps-202ENSMUST00000154992 717 ntBASIC13.08□□□□□ -0.32
Trim54Q9ERP3 Dusp13-211ENSMUST00000183943 779 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.08□□□□□ -0.32
Trim54Q9ERP3 Lgals4-207ENSMUST00000208971 1298 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.08□□□□□ -0.32
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 52.6 ms