Protein–RNA interactions for Protein: Q9ER60

Scn4a, Sodium channel protein type 4 subunit alpha, mousemouse

Predictions only

Length 1,841 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Scn4aQ9ER60 Sdsl-201ENSMUST00000031594 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.68■■■□□ 2.34
Scn4aQ9ER60 Spr-202ENSMUST00000174286 775 ntTSL 2 BASIC29.68■■■□□ 2.34
Scn4aQ9ER60 Arhgap9-203ENSMUST00000219026 1946 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.67■■■□□ 2.34
Scn4aQ9ER60 Borcs6-201ENSMUST00000051888 1862 ntAPPRIS P1 BASIC29.67■■■□□ 2.34
Scn4aQ9ER60 Gm28050-202ENSMUST00000131029 663 ntTSL 1 (best) BASIC29.66■■■□□ 2.34
Scn4aQ9ER60 Krtcap3-205ENSMUST00000201625 902 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.66■■■□□ 2.34
Scn4aQ9ER60 Erh-205ENSMUST00000218740 981 ntTSL 2 BASIC29.66■■■□□ 2.34
Scn4aQ9ER60 Sap18b-201ENSMUST00000074053 789 ntAPPRIS P1 BASIC29.66■■■□□ 2.34
Scn4aQ9ER60 4933431K14Rik-201ENSMUST00000195799 1352 ntBASIC29.66■■■□□ 2.34
Scn4aQ9ER60 Hsd11b2-201ENSMUST00000034363 1840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.66■■■□□ 2.34
Scn4aQ9ER60 Dtnb-203ENSMUST00000164578 2355 ntTSL 1 (best) BASIC29.66■■■□□ 2.34
Scn4aQ9ER60 Csrp1-201ENSMUST00000027677 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.66■■■□□ 2.34
Scn4aQ9ER60 Csrp1-202ENSMUST00000097561 1828 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.66■■■□□ 2.34
Scn4aQ9ER60 Map2k2-202ENSMUST00000105331 1556 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC29.65■■■□□ 2.34
Scn4aQ9ER60 Gm14486-201ENSMUST00000144704 644 ntTSL 3 BASIC29.65■■■□□ 2.34
Scn4aQ9ER60 Rabac1-203ENSMUST00000205871 986 ntTSL 1 (best) BASIC29.65■■■□□ 2.34
Scn4aQ9ER60 Amer2-203ENSMUST00000225247 2662 ntBASIC29.65■■■□□ 2.34
Scn4aQ9ER60 Eda-204ENSMUST00000113777 1056 ntTSL 5 BASIC29.64■■■□□ 2.34
Scn4aQ9ER60 Gm9922-201ENSMUST00000066461 435 ntAPPRIS P1 BASIC29.64■■■□□ 2.34
Scn4aQ9ER60 Eda-201ENSMUST00000071453 1152 ntTSL 1 (best) BASIC29.64■■■□□ 2.34
Scn4aQ9ER60 Slc25a3-203ENSMUST00000164505 1483 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC29.64■■■□□ 2.34
Scn4aQ9ER60 Gtf2h2-202ENSMUST00000066984 1656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.64■■■□□ 2.33
Scn4aQ9ER60 Anapc1-202ENSMUST00000110332 1214 ntTSL 1 (best) BASIC29.64■■■□□ 2.33
Scn4aQ9ER60 Stac3-202ENSMUST00000160019 1581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.64■■■□□ 2.33
Scn4aQ9ER60 Btbd17-201ENSMUST00000000206 1717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.64■■■□□ 2.33
Scn4aQ9ER60 1810010K12Rik-201ENSMUST00000070378 1324 ntBASIC29.63■■■□□ 2.33
Scn4aQ9ER60 Prdx5-201ENSMUST00000025904 1262 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.63■■■□□ 2.33
Scn4aQ9ER60 Gm27151-202ENSMUST00000185015 1145 ntTSL 5 BASIC29.62■■■□□ 2.33
Scn4aQ9ER60 Mypop-203ENSMUST00000131087 1951 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.62■■■□□ 2.33
Scn4aQ9ER60 Nfix-201ENSMUST00000076715 1403 ntTSL 1 (best) BASIC29.62■■■□□ 2.33
Scn4aQ9ER60 C1qtnf5-202ENSMUST00000114816 1259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.61■■■□□ 2.33
Scn4aQ9ER60 Gm12441-201ENSMUST00000121806 588 ntBASIC29.61■■■□□ 2.33
Scn4aQ9ER60 Tifa-202ENSMUST00000163775 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.61■■■□□ 2.33
Scn4aQ9ER60 Tmem158-201ENSMUST00000068140 1712 ntAPPRIS P1 BASIC29.61■■■□□ 2.33
Scn4aQ9ER60 Txnrd2-213ENSMUST00000178093 1785 ntTSL 5 BASIC29.61■■■□□ 2.33
Scn4aQ9ER60 Sds-201ENSMUST00000066540 1207 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.61■■■□□ 2.33
Scn4aQ9ER60 Gm6206-201ENSMUST00000133472 2199 ntBASIC29.61■■■□□ 2.33
Scn4aQ9ER60 1700051O22Rik-202ENSMUST00000195451 638 ntBASIC29.6■■■□□ 2.33
Scn4aQ9ER60 Tmem53-201ENSMUST00000062824 991 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.6■■■□□ 2.33
Scn4aQ9ER60 Foxa2-202ENSMUST00000109964 2070 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.59■■■□□ 2.33
Scn4aQ9ER60 Ypel3-204ENSMUST00000106359 469 ntTSL 5 BASIC29.59■■■□□ 2.33
Scn4aQ9ER60 Smad6-203ENSMUST00000179458 273 ntBASIC29.59■■■□□ 2.33
Scn4aQ9ER60 D130020L05Rik-203ENSMUST00000221044 803 ntTSL 2 BASIC29.59■■■□□ 2.33
Scn4aQ9ER60 1700081N11Rik-202ENSMUST00000221447 569 ntTSL 3 BASIC29.59■■■□□ 2.33
Scn4aQ9ER60 AC158538.1-201ENSMUST00000225870 294 ntBASIC29.59■■■□□ 2.33
Scn4aQ9ER60 Cisd1-201ENSMUST00000045887 1084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.59■■■□□ 2.33
Scn4aQ9ER60 Gm13448-201ENSMUST00000143469 1847 ntTSL 1 (best) BASIC29.59■■■□□ 2.33
Scn4aQ9ER60 Sqstm1-205ENSMUST00000143379 1266 ntTSL 5 BASIC29.59■■■□□ 2.33
Scn4aQ9ER60 Plac9b-203ENSMUST00000184142 1040 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.59■■■□□ 2.33
Scn4aQ9ER60 Hspb1-201ENSMUST00000005077 903 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.59■■■□□ 2.33
Scn4aQ9ER60 Csnk1g2-201ENSMUST00000079773 2348 ntTSL 1 (best) BASIC29.58■■■□□ 2.33
Scn4aQ9ER60 Mpnd-204ENSMUST00000149441 1701 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.58■■■□□ 2.33
Scn4aQ9ER60 Pianp-204ENSMUST00000160704 1116 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.58■■■□□ 2.33
Scn4aQ9ER60 Nr2c2ap-201ENSMUST00000095273 1161 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.58■■■□□ 2.33
Scn4aQ9ER60 Paip2-203ENSMUST00000115735 1521 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.58■■■□□ 2.33
Scn4aQ9ER60 St7-209ENSMUST00000115420 2094 ntTSL 5 BASIC29.57■■■□□ 2.32
Scn4aQ9ER60 Ctf1-204ENSMUST00000206506 784 ntTSL 2 BASIC29.57■■■□□ 2.32
Scn4aQ9ER60 Pitx3-201ENSMUST00000026259 1380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.57■■■□□ 2.32
Scn4aQ9ER60 Mecp2-201ENSMUST00000033770 1739 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC29.57■■■□□ 2.32
Scn4aQ9ER60 Hist1h2ag-201ENSMUST00000091741 485 ntAPPRIS P1 BASIC29.57■■■□□ 2.32
Scn4aQ9ER60 8430422M14Rik-201ENSMUST00000199608 822 ntBASIC29.57■■■□□ 2.32
Scn4aQ9ER60 Tceanc2-201ENSMUST00000030362 935 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC29.57■■■□□ 2.32
Scn4aQ9ER60 Rxrb-203ENSMUST00000173354 1743 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.56■■■□□ 2.32
Scn4aQ9ER60 Gm4881-201ENSMUST00000206705 1152 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.56■■■□□ 2.32
Scn4aQ9ER60 D830036C21Rik-201ENSMUST00000207444 453 ntTSL 3 BASIC29.56■■■□□ 2.32
Scn4aQ9ER60 Mgll-205ENSMUST00000150180 1312 ntTSL 1 (best) BASIC29.55■■■□□ 2.32
Scn4aQ9ER60 Wdr41-208ENSMUST00000222995 1112 ntTSL 5 BASIC29.55■■■□□ 2.32
Scn4aQ9ER60 1110004F10Rik-201ENSMUST00000032899 1479 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.55■■■□□ 2.32
Scn4aQ9ER60 Arl2bp-201ENSMUST00000034228 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.55■■■□□ 2.32
Scn4aQ9ER60 Gm10830-201ENSMUST00000186379 636 ntTSL 5 BASIC29.55■■■□□ 2.32
Scn4aQ9ER60 Rbks-201ENSMUST00000031018 1042 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.54■■■□□ 2.32
Scn4aQ9ER60 Mxra7-201ENSMUST00000021170 2063 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.53■■■□□ 2.32
Scn4aQ9ER60 Tmem203-201ENSMUST00000104998 854 ntAPPRIS P1 BASIC29.53■■■□□ 2.32
Scn4aQ9ER60 Gm44210-201ENSMUST00000205253 713 ntTSL 3 BASIC29.53■■■□□ 2.32
Scn4aQ9ER60 Ly6h-206ENSMUST00000156032 752 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC29.52■■■□□ 2.32
Scn4aQ9ER60 Kcmf1-206ENSMUST00000206378 544 ntTSL 5 BASIC29.52■■■□□ 2.32
Scn4aQ9ER60 Ly6h-201ENSMUST00000023241 906 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC29.52■■■□□ 2.32
Scn4aQ9ER60 Tfam-203ENSMUST00000121685 899 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC29.52■■■□□ 2.32
Scn4aQ9ER60 Taz-208ENSMUST00000132437 768 ntTSL 3 BASIC29.52■■■□□ 2.32
Scn4aQ9ER60 2310068J16Rik-201ENSMUST00000188271 1124 ntBASIC29.52■■■□□ 2.32
Scn4aQ9ER60 Specc1-215ENSMUST00000202744 674 ntTSL 3 BASIC29.52■■■□□ 2.32
Scn4aQ9ER60 AC130671.1-201ENSMUST00000227384 1237 ntBASIC29.52■■■□□ 2.32
Scn4aQ9ER60 1700028I16Rik-201ENSMUST00000076984 1048 ntTSL 5 BASIC29.52■■■□□ 2.32
Scn4aQ9ER60 Agmat-201ENSMUST00000038161 1407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.52■■■□□ 2.32
Scn4aQ9ER60 Ryk-203ENSMUST00000175883 2505 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.51■■■□□ 2.32
Scn4aQ9ER60 Park7-201ENSMUST00000030805 908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.51■■■□□ 2.31
Scn4aQ9ER60 Gng3-201ENSMUST00000096259 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.51■■■□□ 2.31
Scn4aQ9ER60 Vax2os-202ENSMUST00000150233 595 ntTSL 3 BASIC29.5■■■□□ 2.31
Scn4aQ9ER60 AC135963.1-201ENSMUST00000211640 717 ntBASIC29.5■■■□□ 2.31
Scn4aQ9ER60 Prr29-201ENSMUST00000009354 1112 ntTSL 1 (best) BASIC29.5■■■□□ 2.31
Scn4aQ9ER60 Cldnd1-201ENSMUST00000023426 2147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.49■■■□□ 2.31
Scn4aQ9ER60 Arhgap8-201ENSMUST00000006029 1527 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.49■■■□□ 2.31
Scn4aQ9ER60 Gm7143-201ENSMUST00000222811 859 ntBASIC29.49■■■□□ 2.31
Scn4aQ9ER60 Frat2-201ENSMUST00000059231 2161 ntAPPRIS P1 BASIC29.49■■■□□ 2.31
Scn4aQ9ER60 Tarbp2-201ENSMUST00000023813 1523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.49■■■□□ 2.31
Scn4aQ9ER60 Fam174a-201ENSMUST00000059975 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.49■■■□□ 2.31
Scn4aQ9ER60 Pstpip1-201ENSMUST00000059206 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.48■■■□□ 2.31
Scn4aQ9ER60 Gm7977-201ENSMUST00000193787 748 ntBASIC29.48■■■□□ 2.31
Scn4aQ9ER60 Pts-208ENSMUST00000215416 439 ntTSL 2 BASIC29.48■■■□□ 2.31
Scn4aQ9ER60 Pink1-203ENSMUST00000105817 1711 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.48■■■□□ 2.31
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 8.1 ms