Protein–RNA interactions for Protein: Q5I043

Usp28, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 28, mousemouse

Predictions only

Length 1,051 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Usp28Q5I043 Gm11847-201ENSMUST00000125165 1119 ntBASIC23.68■■□□□ 1.38
Usp28Q5I043 Hnrnpa3-201ENSMUST00000090792 1140 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.68■■□□□ 1.38
Usp28Q5I043 Cbln2-201ENSMUST00000068423 2475 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
Usp28Q5I043 Gab2-202ENSMUST00000206791 2065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
Usp28Q5I043 Strn3-201ENSMUST00000013130 3046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
Usp28Q5I043 Gabbr1-209ENSMUST00000174456 1595 ntTSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
Usp28Q5I043 Snx21-203ENSMUST00000152471 1243 ntTSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
Usp28Q5I043 Cbr3-201ENSMUST00000039620 1170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
Usp28Q5I043 Smad6-201ENSMUST00000041029 2971 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
Usp28Q5I043 Nkx2-5-201ENSMUST00000015723 1525 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
Usp28Q5I043 Dennd5a-201ENSMUST00000080437 5004 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
Usp28Q5I043 Fastk-202ENSMUST00000115041 1399 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.66■■□□□ 1.38
Usp28Q5I043 Fbxw2-202ENSMUST00000091020 1838 ntTSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
Usp28Q5I043 Socs2-201ENSMUST00000020215 2222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
Usp28Q5I043 Lsm14a-201ENSMUST00000085585 2944 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
Usp28Q5I043 Map2k1-201ENSMUST00000005066 2436 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
Usp28Q5I043 Gm10612-201ENSMUST00000162198 1681 ntTSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
Usp28Q5I043 Ankrd13d-201ENSMUST00000056888 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
Usp28Q5I043 Hsf1-205ENSMUST00000227478 2084 ntAPPRIS P1 BASIC23.65■■□□□ 1.38
Usp28Q5I043 Zfp346-203ENSMUST00000159278 1253 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.65■■□□□ 1.38
Usp28Q5I043 4833418N17Rik-201ENSMUST00000064826 615 ntBASIC23.65■■□□□ 1.38
Usp28Q5I043 Crtc2-201ENSMUST00000029545 2747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
Usp28Q5I043 Eml4-202ENSMUST00000096766 5445 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
Usp28Q5I043 Acsl3-203ENSMUST00000134566 2492 ntTSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
Usp28Q5I043 Pkmyt1-201ENSMUST00000024701 2039 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.38
Usp28Q5I043 Six5-201ENSMUST00000049454 3007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.38
Usp28Q5I043 Ubxn2a-203ENSMUST00000142867 2146 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.37
Usp28Q5I043 Fam168b-204ENSMUST00000170092 941 ntTSL 5 BASIC23.64■■□□□ 1.37
Usp28Q5I043 Tm2d2-201ENSMUST00000033961 1281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.37
Usp28Q5I043 Stk19-201ENSMUST00000077477 1120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.37
Usp28Q5I043 Tead4-202ENSMUST00000112157 1909 ntTSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.37
Usp28Q5I043 Ankrd33b-203ENSMUST00000110410 2070 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.37
Usp28Q5I043 Sephs2-201ENSMUST00000082428 2177 ntAPPRIS P1 BASIC23.64■■□□□ 1.37
Usp28Q5I043 Nphp1-202ENSMUST00000110357 2296 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
Usp28Q5I043 Emc6-201ENSMUST00000054952 1332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
Usp28Q5I043 Avl9-203ENSMUST00000177249 1614 ntTSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
Usp28Q5I043 Krtap28-10-201ENSMUST00000188323 957 ntAPPRIS P1 BASIC23.63■■□□□ 1.37
Usp28Q5I043 Tmem147-203ENSMUST00000207296 875 ntTSL 3 BASIC23.63■■□□□ 1.37
Usp28Q5I043 Cav2-201ENSMUST00000000058 2733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
Usp28Q5I043 Tex30-208ENSMUST00000147571 1360 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
Usp28Q5I043 Notumos-201ENSMUST00000151998 2659 ntBASIC23.63■■□□□ 1.37
Usp28Q5I043 Bhlhe23-201ENSMUST00000108878 2520 ntAPPRIS P1 BASIC23.63■■□□□ 1.37
Usp28Q5I043 Slc26a10-201ENSMUST00000095270 2215 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.63■■□□□ 1.37
Usp28Q5I043 Kcnk15-202ENSMUST00000109396 1921 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
Usp28Q5I043 Alx3-201ENSMUST00000014747 1874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
Usp28Q5I043 Gm27040-201ENSMUST00000181984 504 ntTSL 2 BASIC23.62■■□□□ 1.37
Usp28Q5I043 Gm44957-202ENSMUST00000205137 448 ntTSL 3 BASIC23.62■■□□□ 1.37
Usp28Q5I043 Tmem192-203ENSMUST00000209852 1193 ntTSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
Usp28Q5I043 Tmem55b-209ENSMUST00000162957 1465 ntTSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
Usp28Q5I043 Crlf3-203ENSMUST00000103233 2230 ntTSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
Usp28Q5I043 Map3k15-201ENSMUST00000033665 4348 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.61■■□□□ 1.37
Usp28Q5I043 Olig1-201ENSMUST00000056882 2162 ntAPPRIS P1 BASIC23.61■■□□□ 1.37
Usp28Q5I043 Hnrnpa3-204ENSMUST00000111964 1654 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
Usp28Q5I043 Uap1-203ENSMUST00000111351 2287 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
Usp28Q5I043 Bspry-201ENSMUST00000030088 1757 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
Usp28Q5I043 Ube2k-204ENSMUST00000201292 1529 ntTSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
Usp28Q5I043 Hoxd11-202ENSMUST00000142312 1111 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
Usp28Q5I043 Dleu2-201ENSMUST00000180377 1165 ntTSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
Usp28Q5I043 Prkab1-201ENSMUST00000031486 2089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
Usp28Q5I043 Tmem178-201ENSMUST00000025092 1696 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
Usp28Q5I043 Phf2-201ENSMUST00000035540 5494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
Usp28Q5I043 Sept5-201ENSMUST00000096987 2127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
Usp28Q5I043 Spsb3-204ENSMUST00000119829 1955 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.6■■□□□ 1.37
Usp28Q5I043 Pcgf6-201ENSMUST00000026032 2098 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
Usp28Q5I043 Gm45051-201ENSMUST00000206838 963 ntTSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
Usp28Q5I043 2410002F23Rik-201ENSMUST00000055858 1982 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
Usp28Q5I043 Smurf2-202ENSMUST00000103067 5290 ntTSL 5 BASIC23.6■■□□□ 1.37
Usp28Q5I043 Cgrrf1-201ENSMUST00000068532 1324 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
Usp28Q5I043 Nfkbil1-201ENSMUST00000048994 1447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
Usp28Q5I043 Htra2-203ENSMUST00000113963 1629 ntTSL 5 BASIC23.59■■□□□ 1.37
Usp28Q5I043 March11-201ENSMUST00000126304 2146 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
Usp28Q5I043 Chst12-201ENSMUST00000043050 2331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
Usp28Q5I043 Inpp5a-203ENSMUST00000106098 2826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
Usp28Q5I043 Tmem240-202ENSMUST00000147721 817 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
Usp28Q5I043 Gm45371-201ENSMUST00000210723 459 ntTSL 3 BASIC23.59■■□□□ 1.37
Usp28Q5I043 Pgls-201ENSMUST00000034264 893 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
Usp28Q5I043 Selenoo-201ENSMUST00000082439 2383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
Usp28Q5I043 Sdhaf1-201ENSMUST00000098586 2490 ntAPPRIS P1 BASIC23.59■■□□□ 1.37
Usp28Q5I043 Dpf1-201ENSMUST00000049977 2309 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
Usp28Q5I043 Tinagl1-202ENSMUST00000105998 1976 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
Usp28Q5I043 Gsx1-201ENSMUST00000065382 1773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
Usp28Q5I043 Rab24-201ENSMUST00000035242 1168 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
Usp28Q5I043 Tgfbrap1-202ENSMUST00000186694 5385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
Usp28Q5I043 Phc2-202ENSMUST00000106079 2535 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.36
Usp28Q5I043 Bcl3-201ENSMUST00000120537 1850 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.36
Usp28Q5I043 Slc35f3-201ENSMUST00000108759 2309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.36
Usp28Q5I043 Uchl5-206ENSMUST00000189936 1696 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
Usp28Q5I043 Tspan17-201ENSMUST00000026993 1585 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
Usp28Q5I043 Tmem80-208ENSMUST00000145184 1805 ntTSL 5 BASIC23.57■■□□□ 1.36
Usp28Q5I043 Rell2-210ENSMUST00000176104 2150 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.57■■□□□ 1.36
Usp28Q5I043 Wipi1-203ENSMUST00000106689 1220 ntTSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
Usp28Q5I043 Papola-211ENSMUST00000166735 1033 ntTSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
Usp28Q5I043 Cap2-205ENSMUST00000225824 1634 ntBASIC23.57■■□□□ 1.36
Usp28Q5I043 Bfsp1-201ENSMUST00000028907 2372 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
Usp28Q5I043 Fah-201ENSMUST00000032865 1585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
Usp28Q5I043 Hck-202ENSMUST00000109799 2092 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
Usp28Q5I043 Hck-203ENSMUST00000189688 2090 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
Usp28Q5I043 Hck-201ENSMUST00000003370 2092 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
Usp28Q5I043 Hfe2-201ENSMUST00000049208 2028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
Usp28Q5I043 Sin3b-202ENSMUST00000109950 1024 ntTSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 11.4 ms