Protein–RNA interactions for Protein: Q3U319

Rnf40, E3 ubiquitin-protein ligase BRE1B, mousemouse

Predictions only

Length 1,001 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Rnf40Q3U319 Sys1-202ENSMUST00000109352 2001 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.48■■□□□ 1.03
Rnf40Q3U319 Map4k3-201ENSMUST00000025089 4225 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.47■■□□□ 1.03
Rnf40Q3U319 5730507C01Rik-201ENSMUST00000063216 2431 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
Rnf40Q3U319 Gm44949-201ENSMUST00000206423 1450 ntBASIC21.47■■□□□ 1.03
Rnf40Q3U319 B3galnt1-201ENSMUST00000061826 2028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
Rnf40Q3U319 Cotl1-202ENSMUST00000168698 1520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
Rnf40Q3U319 Dnajb2-207ENSMUST00000188290 1855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
Rnf40Q3U319 AC152827.1-201ENSMUST00000221143 2189 ntBASIC21.47■■□□□ 1.03
Rnf40Q3U319 Brsk2-205ENSMUST00000172652 2501 ntTSL 5 BASIC21.47■■□□□ 1.03
Rnf40Q3U319 Psip1-202ENSMUST00000107214 1973 ntTSL 5 BASIC21.47■■□□□ 1.03
Rnf40Q3U319 Tal1-204ENSMUST00000162489 2894 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
Rnf40Q3U319 Gdf11-201ENSMUST00000026408 4062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
Rnf40Q3U319 Otulin-201ENSMUST00000059662 1491 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
Rnf40Q3U319 Snx5-202ENSMUST00000110030 2512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
Rnf40Q3U319 Nrxn2-205ENSMUST00000113462 6667 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
Rnf40Q3U319 Cdkl3-202ENSMUST00000063321 2008 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
Rnf40Q3U319 Nectin1-201ENSMUST00000034510 5653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
Rnf40Q3U319 Ptf1a-201ENSMUST00000028068 1508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
Rnf40Q3U319 Ksr1-202ENSMUST00000108264 2748 ntTSL 5 BASIC21.45■■□□□ 1.02
Rnf40Q3U319 Magi2-202ENSMUST00000101558 6530 ntTSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
Rnf40Q3U319 Hck-202ENSMUST00000109799 2092 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
Rnf40Q3U319 Pick1-204ENSMUST00000163571 2054 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.45■■□□□ 1.02
Rnf40Q3U319 Hck-203ENSMUST00000189688 2090 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
Rnf40Q3U319 Hck-201ENSMUST00000003370 2092 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
Rnf40Q3U319 Gm28052-201ENSMUST00000150388 380 ntTSL 3 BASIC21.45■■□□□ 1.02
Rnf40Q3U319 Gm26837-201ENSMUST00000180821 2110 ntTSL 5 BASIC21.45■■□□□ 1.02
Rnf40Q3U319 Gm9812-201ENSMUST00000061934 968 ntBASIC21.45■■□□□ 1.02
Rnf40Q3U319 D11Wsu47e-201ENSMUST00000042227 2196 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
Rnf40Q3U319 Tada1-201ENSMUST00000027846 2215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
Rnf40Q3U319 4933431K14Rik-201ENSMUST00000195799 1352 ntBASIC21.45■■□□□ 1.02
Rnf40Q3U319 Mex3d-201ENSMUST00000105350 3266 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
Rnf40Q3U319 Kirrel3-202ENSMUST00000115148 2851 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.45■■□□□ 1.02
Rnf40Q3U319 Ubl3-202ENSMUST00000164904 2001 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
Rnf40Q3U319 Cldnd1-204ENSMUST00000162057 1540 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.45■■□□□ 1.02
Rnf40Q3U319 Cradd-205ENSMUST00000220279 1613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
Rnf40Q3U319 Picalm-215ENSMUST00000209068 3511 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.44■■□□□ 1.02
Rnf40Q3U319 Rell2-201ENSMUST00000070709 1767 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
Rnf40Q3U319 Rcor1-201ENSMUST00000084968 5684 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
Rnf40Q3U319 Gm15156-201ENSMUST00000148217 417 ntTSL 3 BASIC21.44■■□□□ 1.02
Rnf40Q3U319 Slc30a4-201ENSMUST00000005952 5458 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
Rnf40Q3U319 Dusp22-203ENSMUST00000110310 2319 ntTSL 2 BASIC21.44■■□□□ 1.02
Rnf40Q3U319 Rab5c-201ENSMUST00000019317 1967 ntTSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
Rnf40Q3U319 Trp73os-201ENSMUST00000143429 2192 ntTSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
Rnf40Q3U319 Socs2-214ENSMUST00000172070 2153 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.43■■□□□ 1.02
Rnf40Q3U319 Krt5-201ENSMUST00000023709 2190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
Rnf40Q3U319 Chpt1-204ENSMUST00000117579 1043 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
Rnf40Q3U319 Gls2-201ENSMUST00000044776 2573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
Rnf40Q3U319 Stk35-201ENSMUST00000165413 2882 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
Rnf40Q3U319 Rab26-201ENSMUST00000035797 1575 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
Rnf40Q3U319 Inafm1-201ENSMUST00000169612 1605 ntAPPRIS P1 BASIC21.43■■□□□ 1.02
Rnf40Q3U319 Fndc5-201ENSMUST00000102600 2763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
Rnf40Q3U319 Unc5b-201ENSMUST00000077925 5869 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
Rnf40Q3U319 Ankrd40-203ENSMUST00000107818 3487 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.42■■□□□ 1.02
Rnf40Q3U319 Phf14-201ENSMUST00000090632 3985 ntTSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
Rnf40Q3U319 Spg7-211ENSMUST00000153285 2481 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.42■■□□□ 1.02
Rnf40Q3U319 1700001C19Rik-201ENSMUST00000061885 1622 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
Rnf40Q3U319 Fbxw2-202ENSMUST00000091020 1838 ntTSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
Rnf40Q3U319 Tmem164-205ENSMUST00000112891 1654 ntTSL 5 BASIC21.41■■□□□ 1.02
Rnf40Q3U319 D030056L22Rik-202ENSMUST00000062753 1677 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
Rnf40Q3U319 Mbd3-201ENSMUST00000092295 1662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
Rnf40Q3U319 Lrig1-202ENSMUST00000101126 4951 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
Rnf40Q3U319 Gm21988-202ENSMUST00000176268 1621 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC21.41■■□□□ 1.02
Rnf40Q3U319 Brd1-201ENSMUST00000088911 4702 ntTSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
Rnf40Q3U319 Med16-204ENSMUST00000165684 2950 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
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Rnf40Q3U319 AC122317.2-201ENSMUST00000218708 1248 ntBASIC21.41■■□□□ 1.02
Rnf40Q3U319 Nrtn-201ENSMUST00000044752 1023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
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Rnf40Q3U319 Mtfr1l-201ENSMUST00000102550 2025 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
Rnf40Q3U319 Hunk-201ENSMUST00000065856 5009 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
Rnf40Q3U319 Tbc1d25-201ENSMUST00000039892 2648 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
Rnf40Q3U319 Mgat2-201ENSMUST00000060579 2614 ntAPPRIS P1 BASIC21.41■■□□□ 1.02
Rnf40Q3U319 1700008J07Rik-201ENSMUST00000185351 2432 ntBASIC21.4■■□□□ 1.02
Rnf40Q3U319 Fah-201ENSMUST00000032865 1585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
Rnf40Q3U319 Nudt19-201ENSMUST00000040962 2298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
Rnf40Q3U319 Hoxd3-201ENSMUST00000047830 2292 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.4■■□□□ 1.02
Rnf40Q3U319 Prpf19-201ENSMUST00000025642 2134 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
Rnf40Q3U319 Sox2-201ENSMUST00000099151 2057 ntAPPRIS P1 BASIC21.4■■□□□ 1.02
Rnf40Q3U319 Ak2-202ENSMUST00000102604 1781 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
Rnf40Q3U319 Ehmt2-201ENSMUST00000013931 4026 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
Rnf40Q3U319 Catsper2-201ENSMUST00000038073 2247 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
Rnf40Q3U319 Cdk2ap1-201ENSMUST00000031341 1315 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
Rnf40Q3U319 Mxra7-202ENSMUST00000047715 757 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
Rnf40Q3U319 Lrfn4-202ENSMUST00000113822 2918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
Rnf40Q3U319 Scube1-202ENSMUST00000043634 5161 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
Rnf40Q3U319 Slc35a3-201ENSMUST00000029569 5725 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
Rnf40Q3U319 Sybu-208ENSMUST00000228057 3026 ntAPPRIS ALT2 BASIC21.39■■□□□ 1.01
Rnf40Q3U319 Fez1-201ENSMUST00000034630 1794 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
Rnf40Q3U319 Aspscr1-203ENSMUST00000106158 1690 ntTSL 5 BASIC21.38■■□□□ 1.01
Rnf40Q3U319 Man2c1os-201ENSMUST00000125333 1910 ntTSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
Rnf40Q3U319 Slc35b2-205ENSMUST00000224905 1906 ntAPPRIS P1 BASIC21.38■■□□□ 1.01
Rnf40Q3U319 4932443I19Rik-201ENSMUST00000166277 799 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
Rnf40Q3U319 Gm42809-201ENSMUST00000198429 1138 ntBASIC21.38■■□□□ 1.01
Rnf40Q3U319 Gatad1-201ENSMUST00000007559 2545 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
Rnf40Q3U319 Adamts18-201ENSMUST00000093113 5642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
Rnf40Q3U319 Dlg3-202ENSMUST00000087984 4956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
Rnf40Q3U319 Rnpep-201ENSMUST00000074357 2171 ntTSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
Rnf40Q3U319 Uba5-201ENSMUST00000035166 2404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
Rnf40Q3U319 Tfap2e-201ENSMUST00000048194 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
Rnf40Q3U319 Gga2-201ENSMUST00000033160 4915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
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