Protein–RNA interactions for Protein: P35123

Usp4, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 4, mousemouse

Predictions only

Length 962 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Usp4P35123 Vsir-201ENSMUST00000020301 4846 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC12.86□□□□□ -0.35
Usp4P35123 Lrp1-203ENSMUST00000121829 2887 ntTSL 1 (best) BASIC12.86□□□□□ -0.35
Usp4P35123 Gm19692-201ENSMUST00000203856 2084 ntBASIC12.86□□□□□ -0.35
Usp4P35123 Ahsa2-202ENSMUST00000109539 3583 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.86□□□□□ -0.35
Usp4P35123 Pcsk7-209ENSMUST00000216672 3599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.86□□□□□ -0.35
Usp4P35123 Txn2-202ENSMUST00000100486 676 ntTSL 1 (best) BASIC12.86□□□□□ -0.35
Usp4P35123 Gm23931-201ENSMUST00000103842 109 ntBASIC12.86□□□□□ -0.35
Usp4P35123 Gm11618-201ENSMUST00000117946 267 ntBASIC12.86□□□□□ -0.35
Usp4P35123 Gm12050-201ENSMUST00000127483 615 ntTSL 1 (best) BASIC12.86□□□□□ -0.35
Usp4P35123 Pla2g10os-201ENSMUST00000141172 174 ntTSL 5 BASIC12.86□□□□□ -0.35
Usp4P35123 Zdhhc4-208ENSMUST00000161915 1216 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC12.86□□□□□ -0.35
Usp4P35123 Mad2l1bp-201ENSMUST00000171172 1269 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.86□□□□□ -0.35
Usp4P35123 Gm28139-201ENSMUST00000189480 643 ntTSL 5 BASIC12.86□□□□□ -0.35
Usp4P35123 Gm38266-201ENSMUST00000194931 421 ntBASIC12.86□□□□□ -0.35
Usp4P35123 Gm3961-201ENSMUST00000204425 994 ntBASIC12.86□□□□□ -0.35
Usp4P35123 Aprt-203ENSMUST00000211823 590 ntTSL 3 BASIC12.86□□□□□ -0.35
Usp4P35123 Fkbp7-201ENSMUST00000002809 860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.86□□□□□ -0.35
Usp4P35123 Lim2-201ENSMUST00000004732 884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.86□□□□□ -0.35
Usp4P35123 Trpt1-201ENSMUST00000088223 1142 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.86□□□□□ -0.35
Usp4P35123 Sufu-201ENSMUST00000039922 4522 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC12.86□□□□□ -0.35
Usp4P35123 6330537M06Rik-201ENSMUST00000212384 1642 ntBASIC12.86□□□□□ -0.35
Usp4P35123 Lyar-202ENSMUST00000114106 1504 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC12.86□□□□□ -0.35
Usp4P35123 Cyp2t4-202ENSMUST00000164093 1512 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC12.86□□□□□ -0.35
Usp4P35123 Orc5-201ENSMUST00000030872 2103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.86□□□□□ -0.35
Usp4P35123 Stat3-203ENSMUST00000127638 4516 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC12.86□□□□□ -0.35
Usp4P35123 Kalrn-209ENSMUST00000114963 3207 ntTSL 5 BASIC12.86□□□□□ -0.35
Usp4P35123 Rgma-202ENSMUST00000119206 3481 ntTSL 1 (best) BASIC12.86□□□□□ -0.35
Usp4P35123 Rcor3-201ENSMUST00000073279 3748 ntTSL 1 (best) BASIC12.86□□□□□ -0.35
Usp4P35123 Slc2a4-201ENSMUST00000018710 2524 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.86□□□□□ -0.35
Usp4P35123 Fn3krp-201ENSMUST00000038096 2520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.86□□□□□ -0.35
Usp4P35123 A630075F10Rik-201ENSMUST00000180895 1913 ntTSL 1 (best) BASIC12.86□□□□□ -0.35
Usp4P35123 Setd1a-202ENSMUST00000047157 5927 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC12.86□□□□□ -0.35
Usp4P35123 Gm19385-201ENSMUST00000214714 1813 ntTSL 1 (best) BASIC12.85□□□□□ -0.35
Usp4P35123 Gfra1-201ENSMUST00000026076 4641 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.85□□□□□ -0.35
Usp4P35123 Prkag3-201ENSMUST00000081636 2341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.85□□□□□ -0.35
Usp4P35123 Pcca-201ENSMUST00000038374 2592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.85□□□□□ -0.35
Usp4P35123 Ttc7-202ENSMUST00000125875 3917 ntTSL 2 BASIC12.85□□□□□ -0.35
Usp4P35123 Mettl17-206ENSMUST00000164902 1461 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC12.85□□□□□ -0.35
Usp4P35123 Gpr19-203ENSMUST00000111932 1711 ntTSL 1 (best) BASIC12.85□□□□□ -0.35
Usp4P35123 Trip4-201ENSMUST00000117083 1999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.85□□□□□ -0.35
Usp4P35123 Adamts16-202ENSMUST00000109694 3378 ntTSL 1 (best) BASIC12.85□□□□□ -0.35
Usp4P35123 Gm28047-201ENSMUST00000184772 1611 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC12.85□□□□□ -0.35
Usp4P35123 Rab3c-202ENSMUST00000223922 2398 ntBASIC12.85□□□□□ -0.35
Usp4P35123 Pop4-201ENSMUST00000032585 2113 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.85□□□□□ -0.35
Usp4P35123 Coa4-201ENSMUST00000054310 1391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.85□□□□□ -0.35
Usp4P35123 Ptprm-203ENSMUST00000224091 3773 ntBASIC12.85□□□□□ -0.35
Usp4P35123 Rbm20-204ENSMUST00000164202 6592 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC12.85□□□□□ -0.35
Usp4P35123 Src-201ENSMUST00000029175 3906 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC12.85□□□□□ -0.35
Usp4P35123 Slitrk5-201ENSMUST00000042767 4831 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC12.85□□□□□ -0.35
Usp4P35123 Cngb1-201ENSMUST00000093268 1512 ntTSL 1 (best) BASIC12.85□□□□□ -0.35
Usp4P35123 Smc4-201ENSMUST00000042901 4316 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.85□□□□□ -0.35
Usp4P35123 Ighv7-3-201ENSMUST00000103461 361 ntAPPRIS P1 BASIC12.85□□□□□ -0.35
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Usp4P35123 Polr3c-202ENSMUST00000125183 923 ntTSL 1 (best) BASIC12.85□□□□□ -0.35
Usp4P35123 Pelp1-202ENSMUST00000135148 562 ntTSL 1 (best) BASIC12.85□□□□□ -0.35
Usp4P35123 Ccdc103-202ENSMUST00000159834 1156 ntTSL 1 (best) BASIC12.85□□□□□ -0.35
Usp4P35123 Abhd14b-202ENSMUST00000185347 1200 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC12.85□□□□□ -0.35
Usp4P35123 Gm44882-201ENSMUST00000205702 802 ntBASIC12.85□□□□□ -0.35
Usp4P35123 Tpd52l1-205ENSMUST00000215515 857 ntTSL 2 BASIC12.85□□□□□ -0.35
Usp4P35123 CU024892.2-201ENSMUST00000224608 832 ntBASIC12.85□□□□□ -0.35
Usp4P35123 4930447A16Rik-201ENSMUST00000022897 587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.85□□□□□ -0.35
Usp4P35123 Comt-201ENSMUST00000000335 1178 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.85□□□□□ -0.35
Usp4P35123 Upk2-201ENSMUST00000047740 1083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.85□□□□□ -0.35
Usp4P35123 Fxyd1-202ENSMUST00000071697 522 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC12.85□□□□□ -0.35
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Usp4P35123 H2afv-201ENSMUST00000093346 519 ntTSL 1 (best) BASIC12.85□□□□□ -0.35
Usp4P35123 Tfr2-204ENSMUST00000196471 2839 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.85□□□□□ -0.35
Usp4P35123 Phyhd1-212ENSMUST00000154647 1678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.85□□□□□ -0.35
Usp4P35123 Gm38157-201ENSMUST00000194178 1698 ntBASIC12.85□□□□□ -0.35
Usp4P35123 Myo10-202ENSMUST00000110457 8125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.85□□□□□ -0.35
Usp4P35123 Brwd1-202ENSMUST00000099502 8547 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC12.85□□□□□ -0.35
Usp4P35123 Zbtb1-201ENSMUST00000042779 12190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.85□□□□□ -0.35
Usp4P35123 Tfdp2-204ENSMUST00000179065 2213 ntTSL 1 (best) BASIC12.85□□□□□ -0.35
Usp4P35123 Cad-201ENSMUST00000013773 7137 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.85□□□□□ -0.35
Usp4P35123 Paqr5-201ENSMUST00000034817 3566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.85□□□□□ -0.35
Usp4P35123 Gm26872-201ENSMUST00000180862 2261 ntTSL 1 (best) BASIC12.85□□□□□ -0.35
Usp4P35123 Scrn3-202ENSMUST00000112050 1897 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.85□□□□□ -0.35
Usp4P35123 Ntng2-202ENSMUST00000071201 1881 ntTSL 5 BASIC12.85□□□□□ -0.35
Usp4P35123 Smpd3-201ENSMUST00000067512 5148 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.84□□□□□ -0.35
Usp4P35123 Smim1-208ENSMUST00000143047 3373 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.84□□□□□ -0.35
Usp4P35123 Ddx46-202ENSMUST00000172272 5676 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC12.84□□□□□ -0.35
Usp4P35123 Lhcgr-201ENSMUST00000024916 2553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.84□□□□□ -0.35
Usp4P35123 Chtop-201ENSMUST00000001043 3257 ntTSL 1 (best) BASIC12.84□□□□□ -0.35
Usp4P35123 Tardbp-204ENSMUST00000105699 1904 ntTSL 1 (best) BASIC12.84□□□□□ -0.35
Usp4P35123 Ppip5k1-202ENSMUST00000110625 5226 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC12.84□□□□□ -0.35
Usp4P35123 Pafah2-201ENSMUST00000105869 2248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.84□□□□□ -0.35
Usp4P35123 2410131K14Rik-201ENSMUST00000049138 5649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.84□□□□□ -0.35
Usp4P35123 Gpc5-203ENSMUST00000176912 2837 ntTSL 1 (best) BASIC12.84□□□□□ -0.35
Usp4P35123 Snord83b-201ENSMUST00000104546 94 ntBASIC12.84□□□□□ -0.35
Usp4P35123 Fgf8-203ENSMUST00000111924 630 ntTSL 5 BASIC12.84□□□□□ -0.35
Usp4P35123 Fen1-202ENSMUST00000116542 2100 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.84□□□□□ -0.35
Usp4P35123 Gm8805-201ENSMUST00000117848 313 ntBASIC12.84□□□□□ -0.35
Usp4P35123 Gm5863-201ENSMUST00000121760 1008 ntBASIC12.84□□□□□ -0.35
Usp4P35123 Gm13123-201ENSMUST00000122173 492 ntBASIC12.84□□□□□ -0.35
Usp4P35123 Hspb9-201ENSMUST00000017976 652 ntAPPRIS ALT2 BASIC12.84□□□□□ -0.35
Usp4P35123 Myl10-203ENSMUST00000196436 598 ntTSL 3 BASIC12.84□□□□□ -0.35
Usp4P35123 Gm42627-201ENSMUST00000197347 224 ntBASIC12.84□□□□□ -0.35
Usp4P35123 Serpinh1-203ENSMUST00000207849 2128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.84□□□□□ -0.35
Usp4P35123 Mymx-204ENSMUST00000208801 437 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC12.84□□□□□ -0.35
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 64.8 ms