Protein–RNA interactions for Protein: Q61069

Usf1, Upstream stimulatory factor 1, mousemouse

Predictions only

Length 310 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Usf1Q61069 Stau2-214ENSMUST00000162007 2964 ntTSL 1 (best) BASIC11.28□□□□□ -0.6
Usf1Q61069 Klk1b16-201ENSMUST00000005933 1387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.28□□□□□ -0.6
Usf1Q61069 Smarcb1-202ENSMUST00000121304 1622 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC11.27□□□□□ -0.6
Usf1Q61069 Pgpep1-201ENSMUST00000070173 4883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.27□□□□□ -0.6
Usf1Q61069 Grin1-201ENSMUST00000028335 4238 ntTSL 1 (best) BASIC11.27□□□□□ -0.6
Usf1Q61069 Epha5-204ENSMUST00000113401 5158 ntTSL 1 (best) BASIC11.27□□□□□ -0.6
Usf1Q61069 Polr3g-201ENSMUST00000048993 3054 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.27□□□□□ -0.6
Usf1Q61069 Abca7-203ENSMUST00000171637 6638 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.27□□□□□ -0.6
Usf1Q61069 Gm36855-203ENSMUST00000216660 1406 ntTSL 5 BASIC11.27□□□□□ -0.6
Usf1Q61069 Pja1-204ENSMUST00000113797 1676 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC11.27□□□□□ -0.6
Usf1Q61069 Tctn3-203ENSMUST00000135795 1686 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.27□□□□□ -0.6
Usf1Q61069 Rps6ka4-202ENSMUST00000170516 3105 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.27□□□□□ -0.6
Usf1Q61069 Rps6ka4-201ENSMUST00000025903 3105 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.27□□□□□ -0.6
Usf1Q61069 Ube2c-201ENSMUST00000001439 2191 ntTSL 1 (best) BASIC11.27□□□□□ -0.6
Usf1Q61069 Zfp169-203ENSMUST00000176176 2162 ntTSL 1 (best) BASIC11.27□□□□□ -0.6
Usf1Q61069 Spock1-202ENSMUST00000185502 4614 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC11.27□□□□□ -0.6
Usf1Q61069 Camsap3-202ENSMUST00000171962 3925 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.27□□□□□ -0.6
Usf1Q61069 Gsg1l-201ENSMUST00000073935 3923 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.27□□□□□ -0.6
Usf1Q61069 Gnrhr-202ENSMUST00000094654 1475 ntTSL 1 (best) BASIC11.27□□□□□ -0.6
Usf1Q61069 Gm7049-201ENSMUST00000223520 1712 ntBASIC11.27□□□□□ -0.61
Usf1Q61069 Tfe3-206ENSMUST00000115679 3239 ntTSL 1 (best) BASIC11.27□□□□□ -0.61
Usf1Q61069 Tbr1-201ENSMUST00000048934 3977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.27□□□□□ -0.61
Usf1Q61069 Glis3-202ENSMUST00000112612 3016 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.27□□□□□ -0.61
Usf1Q61069 Gm11340-201ENSMUST00000119226 412 ntBASIC11.27□□□□□ -0.61
Usf1Q61069 Gm4726-201ENSMUST00000135604 736 ntBASIC11.27□□□□□ -0.61
Usf1Q61069 Gm6019-201ENSMUST00000148369 736 ntBASIC11.27□□□□□ -0.61
Usf1Q61069 D630008O14Rik-202ENSMUST00000149909 1043 ntTSL 1 (best) BASIC11.27□□□□□ -0.61
Usf1Q61069 Cldn16-202ENSMUST00000161053 1173 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.27□□□□□ -0.61
Usf1Q61069 Tlx1-202ENSMUST00000174617 806 ntTSL 5 BASIC11.27□□□□□ -0.61
Usf1Q61069 Gm23153-201ENSMUST00000175323 313 ntBASIC11.27□□□□□ -0.61
Usf1Q61069 Gm28760-202ENSMUST00000190376 481 ntTSL 5 BASIC11.27□□□□□ -0.61
Usf1Q61069 A630035G10Rik-202ENSMUST00000194468 1065 ntTSL 1 (best) BASIC11.27□□□□□ -0.61
Usf1Q61069 Gm18893-201ENSMUST00000198416 943 ntBASIC11.27□□□□□ -0.61
Usf1Q61069 Gm17831-201ENSMUST00000205579 900 ntBASIC11.27□□□□□ -0.61
Usf1Q61069 AC153505.1-201ENSMUST00000218819 1071 ntBASIC11.27□□□□□ -0.61
Usf1Q61069 Ms4a8a-201ENSMUST00000025636 1081 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.27□□□□□ -0.61
Usf1Q61069 Cox6a2-201ENSMUST00000033049 680 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.27□□□□□ -0.61
Usf1Q61069 Gprc5a-201ENSMUST00000050104 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.27□□□□□ -0.61
Usf1Q61069 Nfatc2ip-201ENSMUST00000075671 3388 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.27□□□□□ -0.61
Usf1Q61069 Tmem51os1-204ENSMUST00000153023 3440 ntTSL 1 (best) BASIC11.27□□□□□ -0.61
Usf1Q61069 Myh13-202ENSMUST00000108684 6062 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC11.27□□□□□ -0.61
Usf1Q61069 Pja1-202ENSMUST00000113790 2108 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC11.27□□□□□ -0.61
Usf1Q61069 Fam198a-204ENSMUST00000215990 2149 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.27□□□□□ -0.61
Usf1Q61069 Sufu-203ENSMUST00000118440 2663 ntTSL 5 BASIC11.27□□□□□ -0.61
Usf1Q61069 Mfsd4b4-202ENSMUST00000178563 3523 ntTSL 5 BASIC11.27□□□□□ -0.61
Usf1Q61069 Ccr4-202ENSMUST00000215425 1382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.27□□□□□ -0.61
Usf1Q61069 Agpat4-201ENSMUST00000024594 1915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.27□□□□□ -0.61
Usf1Q61069 Sppl2a-201ENSMUST00000028844 5616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.27□□□□□ -0.61
Usf1Q61069 Gm16853-201ENSMUST00000181812 1986 ntTSL 1 (best) BASIC11.27□□□□□ -0.61
Usf1Q61069 1300017J02Rik-201ENSMUST00000035163 2284 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.26□□□□□ -0.61
Usf1Q61069 Armcx1-202ENSMUST00000051256 2253 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.26□□□□□ -0.61
Usf1Q61069 Stox2-209ENSMUST00000211882 9696 ntTSL 5 BASIC11.26□□□□□ -0.61
Usf1Q61069 Irs4-201ENSMUST00000067841 6294 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.26□□□□□ -0.61
Usf1Q61069 Cobl-208ENSMUST00000172919 2566 ntTSL 1 (best) BASIC11.26□□□□□ -0.61
Usf1Q61069 Pdlim5-208ENSMUST00000196220 1725 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.26□□□□□ -0.61
Usf1Q61069 Lca5-202ENSMUST00000034793 2001 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.26□□□□□ -0.61
Usf1Q61069 Gm30238-201ENSMUST00000195528 2603 ntBASIC11.26□□□□□ -0.61
Usf1Q61069 Rtn4rl1-201ENSMUST00000102514 3525 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.26□□□□□ -0.61
Usf1Q61069 Pdgfc-201ENSMUST00000029652 3521 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.26□□□□□ -0.61
Usf1Q61069 Fnbp1-202ENSMUST00000075326 1761 ntTSL 5 BASIC11.26□□□□□ -0.61
Usf1Q61069 Kif16b-201ENSMUST00000043589 6383 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC11.26□□□□□ -0.61
Usf1Q61069 Ggt6-201ENSMUST00000076443 1818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.26□□□□□ -0.61
Usf1Q61069 Rbbp5-206ENSMUST00000190825 2456 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC11.26□□□□□ -0.61
Usf1Q61069 Creb3-201ENSMUST00000102944 1884 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC11.26□□□□□ -0.61
Usf1Q61069 Slc7a6-201ENSMUST00000034378 3750 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.26□□□□□ -0.61
Usf1Q61069 Gm10785-201ENSMUST00000156242 1583 ntTSL 1 (best) BASIC11.26□□□□□ -0.61
Usf1Q61069 Mroh1-204ENSMUST00000159218 5085 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC11.26□□□□□ -0.61
Usf1Q61069 Ifitm10-203ENSMUST00000105988 824 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC11.26□□□□□ -0.61
Usf1Q61069 Gm11892-201ENSMUST00000117711 1202 ntBASIC11.26□□□□□ -0.61
Usf1Q61069 Gm11246-201ENSMUST00000120880 345 ntBASIC11.26□□□□□ -0.61
Usf1Q61069 Gm8199-201ENSMUST00000121323 823 ntBASIC11.26□□□□□ -0.61
Usf1Q61069 Rab15-203ENSMUST00000121716 739 ntTSL 3 BASIC11.26□□□□□ -0.61
Usf1Q61069 9430091E24Rik-201ENSMUST00000127301 1067 ntTSL 1 (best) BASIC11.26□□□□□ -0.61
Usf1Q61069 Crhr2-204ENSMUST00000164012 1263 ntTSL 1 (best) BASIC11.26□□□□□ -0.61
Usf1Q61069 Gm8492-201ENSMUST00000182375 987 ntBASIC11.26□□□□□ -0.61
Usf1Q61069 Gm28516-201ENSMUST00000190257 663 ntTSL 1 (best) BASIC11.26□□□□□ -0.61
Usf1Q61069 Gm37905-201ENSMUST00000195310 341 ntBASIC11.26□□□□□ -0.61
Usf1Q61069 AC124457.1-201ENSMUST00000198845 120 ntBASIC11.26□□□□□ -0.61
Usf1Q61069 Gm4607-201ENSMUST00000206649 577 ntBASIC11.26□□□□□ -0.61
Usf1Q61069 Gm6781-201ENSMUST00000038304 1242 ntBASIC11.26□□□□□ -0.61
Usf1Q61069 Emp3-201ENSMUST00000038876 736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.26□□□□□ -0.61
Usf1Q61069 U2af1l4-201ENSMUST00000043273 884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.26□□□□□ -0.61
Usf1Q61069 Gm9873-201ENSMUST00000063891 1097 ntBASIC11.26□□□□□ -0.61
Usf1Q61069 Nxpe5-202ENSMUST00000159798 2568 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC11.26□□□□□ -0.61
Usf1Q61069 Ube3a-216ENSMUST00000202945 3889 ntTSL 1 (best) BASIC11.26□□□□□ -0.61
Usf1Q61069 Creb3l3-201ENSMUST00000117422 2294 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.26□□□□□ -0.61
Usf1Q61069 AC130671.2-201ENSMUST00000227224 1621 ntBASIC11.26□□□□□ -0.61
Usf1Q61069 Dusp19-201ENSMUST00000028384 1632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.26□□□□□ -0.61
Usf1Q61069 Phrf1-201ENSMUST00000106027 5248 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC11.26□□□□□ -0.61
Usf1Q61069 Plekhg6-201ENSMUST00000042647 3299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.26□□□□□ -0.61
Usf1Q61069 P2rx6-201ENSMUST00000023441 2345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.26□□□□□ -0.61
Usf1Q61069 Fyttd1-201ENSMUST00000023489 4312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.26□□□□□ -0.61
Usf1Q61069 Pkp1-201ENSMUST00000027667 4669 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.26□□□□□ -0.61
Usf1Q61069 Sp4-203ENSMUST00000222314 2677 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC11.26□□□□□ -0.61
Usf1Q61069 Bscl2-203ENSMUST00000159634 1684 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.26□□□□□ -0.61
Usf1Q61069 Col20a1-205ENSMUST00000228434 5012 ntAPPRIS P2 BASIC11.26□□□□□ -0.61
Usf1Q61069 Mfge8-202ENSMUST00000107409 2008 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.26□□□□□ -0.61
Usf1Q61069 Epha8-201ENSMUST00000030420 4713 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.26□□□□□ -0.61
Usf1Q61069 Gm26516-201ENSMUST00000180943 1397 ntTSL 1 (best) BASIC11.26□□□□□ -0.61
Usf1Q61069 Sbk1-201ENSMUST00000056028 4109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.26□□□□□ -0.61
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 54.7 ms