Protein–RNA interactions for Protein: Q62318

Trim28, Transcription intermediary factor 1-beta, mousemouse

Predictions only

Length 834 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Trim28Q62318 1110065P20Rik-206ENSMUST00000185036 1223 ntTSL 2 BASIC27.7■■■□□ 2.02
Trim28Q62318 Kctd8-202ENSMUST00000087231 1860 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.7■■■□□ 2.02
Trim28Q62318 Setd6-201ENSMUST00000034096 1707 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.7■■■□□ 2.02
Trim28Q62318 Fam220a-204ENSMUST00000119488 2202 ntTSL 1 (best) BASIC27.69■■■□□ 2.02
Trim28Q62318 Fam220a-209ENSMUST00000200267 2202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.69■■■□□ 2.02
Trim28Q62318 Prpsap2-204ENSMUST00000168115 1771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.69■■■□□ 2.02
Trim28Q62318 Zfp963-202ENSMUST00000154063 640 ntTSL 3 BASIC27.69■■■□□ 2.02
Trim28Q62318 Slc9a7-202ENSMUST00000115393 2152 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.69■■■□□ 2.02
Trim28Q62318 Dus1l-209ENSMUST00000167023 1909 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.69■■■□□ 2.02
Trim28Q62318 Dus1l-201ENSMUST00000026151 1930 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.69■■■□□ 2.02
Trim28Q62318 Amh-201ENSMUST00000036016 1670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.68■■■□□ 2.02
Trim28Q62318 Acsl6-209ENSMUST00000108904 2594 ntTSL 1 (best) BASIC27.68■■■□□ 2.02
Trim28Q62318 Ube2e3-201ENSMUST00000028398 2249 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.68■■■□□ 2.02
Trim28Q62318 Mcoln1-201ENSMUST00000004683 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.68■■■□□ 2.02
Trim28Q62318 Mageb3-201ENSMUST00000104936 2341 ntAPPRIS P1 BASIC27.68■■■□□ 2.02
Trim28Q62318 Mid2-201ENSMUST00000112988 2525 ntTSL 5 BASIC27.68■■■□□ 2.02
Trim28Q62318 AC164550.2-201ENSMUST00000219127 2086 ntTSL 5 BASIC27.68■■■□□ 2.02
Trim28Q62318 2810025M15Rik-201ENSMUST00000061537 1194 ntTSL 1 (best) BASIC27.67■■■□□ 2.02
Trim28Q62318 Ubtd1-201ENSMUST00000026170 1527 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.67■■■□□ 2.02
Trim28Q62318 Gm14424-201ENSMUST00000143191 895 ntTSL 1 (best) BASIC27.66■■■□□ 2.02
Trim28Q62318 Ppp1r18os-201ENSMUST00000145804 784 ntTSL 1 (best) BASIC27.66■■■□□ 2.02
Trim28Q62318 Gm9870-201ENSMUST00000063874 645 ntBASIC27.66■■■□□ 2.02
Trim28Q62318 Tle1-205ENSMUST00000107337 2067 ntTSL 1 (best) BASIC27.66■■■□□ 2.02
Trim28Q62318 Kmt5b-201ENSMUST00000005518 1283 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.65■■■□□ 2.02
Trim28Q62318 Gm4430-201ENSMUST00000192413 1943 ntBASIC27.65■■■□□ 2.02
Trim28Q62318 Btbd2-202ENSMUST00000126980 2449 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.64■■■□□ 2.02
Trim28Q62318 Mapk1-201ENSMUST00000023462 2390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.64■■■□□ 2.01
Trim28Q62318 Pdgfb-201ENSMUST00000000500 2918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.64■■■□□ 2.01
Trim28Q62318 Morf4l1-201ENSMUST00000085248 1882 ntTSL 1 (best) BASIC27.64■■■□□ 2.01
Trim28Q62318 Rab28-201ENSMUST00000031011 1635 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.63■■■□□ 2.01
Trim28Q62318 Kif1bp-206ENSMUST00000162525 2311 ntTSL 5 BASIC27.63■■■□□ 2.01
Trim28Q62318 Gm13001-201ENSMUST00000154285 774 ntTSL 2 BASIC27.63■■■□□ 2.01
Trim28Q62318 Grm2-203ENSMUST00000201681 2111 ntTSL 1 (best) BASIC27.63■■■□□ 2.01
Trim28Q62318 Alad-201ENSMUST00000030090 1206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.63■■■□□ 2.01
Trim28Q62318 Slc15a4-201ENSMUST00000031367 2732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.63■■■□□ 2.01
Trim28Q62318 C1ql4-201ENSMUST00000064462 874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.62■■■□□ 2.01
Trim28Q62318 Spire2-201ENSMUST00000010298 2330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.62■■■□□ 2.01
Trim28Q62318 Maf1-201ENSMUST00000023212 1686 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.62■■■□□ 2.01
Trim28Q62318 Rgs6-202ENSMUST00000161801 2141 ntTSL 1 (best) BASIC27.61■■■□□ 2.01
Trim28Q62318 AC140930.3-201ENSMUST00000222935 274 ntBASIC27.61■■■□□ 2.01
Trim28Q62318 Bcl2l10-201ENSMUST00000034709 1220 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.61■■■□□ 2.01
Trim28Q62318 Gm14205-201ENSMUST00000138427 739 ntTSL 3 BASIC27.6■■■□□ 2.01
Trim28Q62318 Dvl1-208ENSMUST00000168552 2776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.6■■■□□ 2.01
Trim28Q62318 Cuta-201ENSMUST00000025027 639 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.59■■■□□ 2.01
Trim28Q62318 Kcnk15-201ENSMUST00000044798 1199 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.59■■■□□ 2.01
Trim28Q62318 Terf2-204ENSMUST00000133925 2666 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.58■■■□□ 2.01
Trim28Q62318 Zfp36l1-204ENSMUST00000219642 545 ntTSL 3 BASIC27.58■■■□□ 2.01
Trim28Q62318 Dleu2-203ENSMUST00000182259 1437 ntTSL 1 (best) BASIC27.58■■■□□ 2
Trim28Q62318 Rims1-209ENSMUST00000218140 1434 ntTSL 5 BASIC27.58■■■□□ 2
Trim28Q62318 4930507D05Rik-201ENSMUST00000181110 1834 ntAPPRIS P1 BASIC27.57■■■□□ 2
Trim28Q62318 Fastk-201ENSMUST00000030800 1893 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.57■■■□□ 2
Trim28Q62318 Dhrs13os-201ENSMUST00000150471 2429 ntTSL 1 (best) BASIC27.57■■■□□ 2
Trim28Q62318 E130307A14Rik-201ENSMUST00000129191 2011 ntTSL 3 BASIC27.57■■■□□ 2
Trim28Q62318 Tmem59-202ENSMUST00000106753 1148 ntTSL 5 BASIC27.57■■■□□ 2
Trim28Q62318 Gm44866-201ENSMUST00000208774 391 ntTSL 2 BASIC27.57■■■□□ 2
Trim28Q62318 E130208F15Rik-201ENSMUST00000098585 1733 ntAPPRIS P1 BASIC27.57■■■□□ 2
Trim28Q62318 AC164883.3-201ENSMUST00000227396 1774 ntBASIC27.57■■■□□ 2
Trim28Q62318 Scarb1-202ENSMUST00000111390 2367 ntTSL 1 (best) BASIC27.57■■■□□ 2
Trim28Q62318 Sox8-202ENSMUST00000173447 928 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.56■■■□□ 2
Trim28Q62318 Mapkapk3-208ENSMUST00000192054 944 ntTSL 1 (best) BASIC27.56■■■□□ 2
Trim28Q62318 2310022A10Rik-205ENSMUST00000187960 1989 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.56■■■□□ 2
Trim28Q62318 Ppp5c-201ENSMUST00000003183 2072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.56■■■□□ 2
Trim28Q62318 Slc35e2-203ENSMUST00000118607 2166 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.56■■■□□ 2
Trim28Q62318 Zfp618-201ENSMUST00000030043 1582 ntTSL 1 (best) BASIC27.56■■■□□ 2
Trim28Q62318 Zfp287-205ENSMUST00000150336 1605 ntTSL 1 (best) BASIC27.56■■■□□ 2
Trim28Q62318 Gm21988-202ENSMUST00000176268 1621 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC27.56■■■□□ 2
Trim28Q62318 Fbxl14-201ENSMUST00000032094 2963 ntAPPRIS P1 BASIC27.55■■■□□ 2
Trim28Q62318 Josd2-211ENSMUST00000134398 563 ntTSL 5 BASIC27.55■■■□□ 2
Trim28Q62318 Proca1-201ENSMUST00000060539 960 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.55■■■□□ 2
Trim28Q62318 Pgam1-201ENSMUST00000011896 1831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.55■■■□□ 2
Trim28Q62318 Gm37415-201ENSMUST00000192265 2054 ntBASIC27.55■■■□□ 2
Trim28Q62318 Dmrt3-201ENSMUST00000048935 2390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.55■■■□□ 2
Trim28Q62318 Tmub1-202ENSMUST00000115033 1598 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.54■■■□□ 2
Trim28Q62318 4933406I18Rik-202ENSMUST00000163996 904 ntTSL 1 (best) BASIC27.54■■■□□ 2
Trim28Q62318 Cox5b-204ENSMUST00000193210 865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.54■■■□□ 2
Trim28Q62318 Hyi-205ENSMUST00000194248 936 ntTSL 1 (best) BASIC27.54■■■□□ 2
Trim28Q62318 Krt8-ps-201ENSMUST00000208495 945 ntBASIC27.54■■■□□ 2
Trim28Q62318 Gm7143-201ENSMUST00000222811 859 ntBASIC27.54■■■□□ 2
Trim28Q62318 Prpsap2-201ENSMUST00000004955 1837 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.54■■■□□ 2
Trim28Q62318 Vkorc1l1-201ENSMUST00000051758 3112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.54■■■□□ 2
Trim28Q62318 Mrpl38-201ENSMUST00000106439 1411 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
Trim28Q62318 Tmem185a-202ENSMUST00000114630 1307 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
Trim28Q62318 Ost4-202ENSMUST00000132253 1144 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
Trim28Q62318 Rps19bp1-201ENSMUST00000052499 830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
Trim28Q62318 Mpzl1-201ENSMUST00000068705 2171 ntTSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
Trim28Q62318 Actr3b-201ENSMUST00000088244 1712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
Trim28Q62318 Scrt2-201ENSMUST00000064061 3395 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.52■■■□□ 2
Trim28Q62318 Fkbp8-201ENSMUST00000075491 1698 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC27.52■■■□□ 2
Trim28Q62318 Igfbp7-202ENSMUST00000163898 1200 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC27.52■■■□□ 2
Trim28Q62318 Wipi1-202ENSMUST00000103060 2050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.52■■■□□ 2
Trim28Q62318 Mapk15-201ENSMUST00000089669 1929 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.51■■■□□ 2
Trim28Q62318 Dusp28-201ENSMUST00000060913 1314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.51■■□□□ 1.99
Trim28Q62318 Ppp1r12b-203ENSMUST00000112163 828 ntTSL 1 (best) BASIC27.51■■□□□ 1.99
Trim28Q62318 Epdr1-204ENSMUST00000221014 692 ntTSL 1 (best) BASIC27.51■■□□□ 1.99
Trim28Q62318 Txn2-204ENSMUST00000109748 2049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.51■■□□□ 1.99
Trim28Q62318 Bdh1-201ENSMUST00000089759 1711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.5■■□□□ 1.99
Trim28Q62318 Tusc3-202ENSMUST00000169034 1262 ntTSL 1 (best) BASIC27.5■■□□□ 1.99
Trim28Q62318 Gm10657-201ENSMUST00000193528 1031 ntBASIC27.5■■□□□ 1.99
Trim28Q62318 1700056E22Rik-201ENSMUST00000050306 967 ntAPPRIS P1 BASIC27.5■■□□□ 1.99
Trim28Q62318 Ltk-201ENSMUST00000028759 3080 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC27.5■■□□□ 1.99
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 18 ms