Protein–RNA interactions for Protein: Q5I043

Usp28, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 28, mousemouse

Predictions only

Length 1,051 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Usp28Q5I043 Serpinh1-202ENSMUST00000169437 2274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
Usp28Q5I043 Ezh2-203ENSMUST00000114616 2670 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.81■■□□□ 1.4
Usp28Q5I043 Krt1-201ENSMUST00000023790 2445 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
Usp28Q5I043 Fance-202ENSMUST00000114801 1751 ntTSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
Usp28Q5I043 Morf4l1-202ENSMUST00000169860 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
Usp28Q5I043 9130213A22Rik-201ENSMUST00000180487 1581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
Usp28Q5I043 Setd6-201ENSMUST00000034096 1707 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
Usp28Q5I043 Cbx3-201ENSMUST00000031862 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
Usp28Q5I043 Dtnb-210ENSMUST00000173199 2820 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.8■■□□□ 1.4
Usp28Q5I043 Stbd1-201ENSMUST00000050952 1985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
Usp28Q5I043 Ybx2-205ENSMUST00000149194 1235 ntTSL 5 BASIC23.8■■□□□ 1.4
Usp28Q5I043 Becn1-216ENSMUST00000170502 725 ntTSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
Usp28Q5I043 Ntsr2-201ENSMUST00000111064 1524 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
Usp28Q5I043 Snhg20-203ENSMUST00000182811 2153 ntBASIC23.79■■□□□ 1.4
Usp28Q5I043 Gm10125-201ENSMUST00000074702 2286 ntTSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
Usp28Q5I043 Fgfbp3-201ENSMUST00000057337 1772 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
Usp28Q5I043 Abhd11-201ENSMUST00000046999 1493 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
Usp28Q5I043 Ccr10-201ENSMUST00000062759 1726 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
Usp28Q5I043 Rtca-201ENSMUST00000000348 1594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
Usp28Q5I043 Cacng7-201ENSMUST00000092891 2212 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
Usp28Q5I043 Btf3l4-203ENSMUST00000102741 1033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
Usp28Q5I043 Erf-202ENSMUST00000116343 690 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.78■■□□□ 1.4
Usp28Q5I043 AC116713.1-201ENSMUST00000215074 430 ntBASIC23.78■■□□□ 1.4
Usp28Q5I043 Jtb-201ENSMUST00000029546 1101 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
Usp28Q5I043 Fbxw2-203ENSMUST00000113075 2260 ntTSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
Usp28Q5I043 Slc39a7-203ENSMUST00000169397 2107 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.78■■□□□ 1.4
Usp28Q5I043 Rbfox3-204ENSMUST00000106278 1542 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
Usp28Q5I043 Shc4-202ENSMUST00000110477 1988 ntTSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
Usp28Q5I043 3110053B16Rik-202ENSMUST00000140360 2004 ntTSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
Usp28Q5I043 Slc12a8-204ENSMUST00000121925 2656 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.77■■□□□ 1.4
Usp28Q5I043 Kcnn2-203ENSMUST00000169783 1625 ntTSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
Usp28Q5I043 Sel1l3-201ENSMUST00000031090 4512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
Usp28Q5I043 Mapk11-201ENSMUST00000088823 2440 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
Usp28Q5I043 Skor2-201ENSMUST00000166956 3141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
Usp28Q5I043 Ndfip1-201ENSMUST00000025293 930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
Usp28Q5I043 Ccnd3-201ENSMUST00000037333 1999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
Usp28Q5I043 C1qtnf5-203ENSMUST00000114818 1337 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.77■■□□□ 1.4
Usp28Q5I043 Fam92a-208ENSMUST00000177837 1325 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.77■■□□□ 1.4
Usp28Q5I043 Gbx2-201ENSMUST00000036954 2135 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
Usp28Q5I043 Hes7-201ENSMUST00000024543 1809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
Usp28Q5I043 AC161180.1-201ENSMUST00000223439 933 ntAPPRIS P1 BASIC23.76■■□□□ 1.39
Usp28Q5I043 Eml2-202ENSMUST00000117338 2765 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.76■■□□□ 1.39
Usp28Q5I043 Ntf5-201ENSMUST00000058879 1963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
Usp28Q5I043 Pth1r-201ENSMUST00000006005 2307 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
Usp28Q5I043 Olfm1-204ENSMUST00000113920 2513 ntTSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
Usp28Q5I043 Kazald1-202ENSMUST00000111948 1625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
Usp28Q5I043 Atp8a1-203ENSMUST00000113651 808 ntTSL 5 BASIC23.75■■□□□ 1.39
Usp28Q5I043 B3galnt1-201ENSMUST00000061826 2028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
Usp28Q5I043 Cnrip1-201ENSMUST00000058159 1654 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
Usp28Q5I043 Nars2-202ENSMUST00000107159 1777 ntTSL 5 BASIC23.75■■□□□ 1.39
Usp28Q5I043 Rab42-201ENSMUST00000040411 761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
Usp28Q5I043 Tmem74b-201ENSMUST00000060196 1435 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
Usp28Q5I043 Fcho2-201ENSMUST00000040340 5122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
Usp28Q5I043 Mbd3-203ENSMUST00000105348 1222 ntTSL 5 BASIC23.73■■□□□ 1.39
Usp28Q5I043 March8-204ENSMUST00000123405 2102 ntTSL 5 BASIC23.73■■□□□ 1.39
Usp28Q5I043 Shisa6-201ENSMUST00000066679 1578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
Usp28Q5I043 Hpca-209ENSMUST00000164649 1626 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.73■■□□□ 1.39
Usp28Q5I043 Gm21988-202ENSMUST00000176268 1621 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC23.73■■□□□ 1.39
Usp28Q5I043 Shox2-204ENSMUST00000162439 1081 ntTSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
Usp28Q5I043 Cckbr-202ENSMUST00000181339 1326 ntTSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
Usp28Q5I043 Gm5913-201ENSMUST00000119397 1399 ntBASIC23.72■■□□□ 1.39
Usp28Q5I043 Metrnl-201ENSMUST00000036742 1401 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
Usp28Q5I043 Tarbp2-201ENSMUST00000023813 1523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
Usp28Q5I043 1810010H24Rik-202ENSMUST00000140447 1677 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.72■■□□□ 1.39
Usp28Q5I043 Ppp2r5a-201ENSMUST00000067976 3088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
Usp28Q5I043 Dvl1-201ENSMUST00000030948 3358 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
Usp28Q5I043 Usp48-205ENSMUST00000105840 5741 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.72■■□□□ 1.39
Usp28Q5I043 Cdkl3-210ENSMUST00000121591 2387 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
Usp28Q5I043 Ets1-202ENSMUST00000050797 1976 ntTSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
Usp28Q5I043 Gm8093-201ENSMUST00000128935 1892 ntBASIC23.71■■□□□ 1.39
Usp28Q5I043 Tusc2-201ENSMUST00000010198 1665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
Usp28Q5I043 Bsg-201ENSMUST00000067036 1526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
Usp28Q5I043 Alkal2-201ENSMUST00000067087 1509 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
Usp28Q5I043 1700065D16Rik-202ENSMUST00000188975 506 ntTSL 3 BASIC23.71■■□□□ 1.39
Usp28Q5I043 Tmem160-201ENSMUST00000019302 815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
Usp28Q5I043 8430422M14Rik-201ENSMUST00000199608 822 ntBASIC23.71■■□□□ 1.39
Usp28Q5I043 Gm9817-201ENSMUST00000054395 2531 ntAPPRIS P1 BASIC23.71■■□□□ 1.39
Usp28Q5I043 Krt79-201ENSMUST00000023799 2097 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
Usp28Q5I043 2010300C02Rik-203ENSMUST00000162875 4634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
Usp28Q5I043 Hoxa2-201ENSMUST00000014848 1775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.39
Usp28Q5I043 Grin2d-203ENSMUST00000211713 5244 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.7■■□□□ 1.39
Usp28Q5I043 Zfp287-205ENSMUST00000150336 1605 ntTSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.39
Usp28Q5I043 1700001C19Rik-201ENSMUST00000061885 1622 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.39
Usp28Q5I043 Npr3-205ENSMUST00000228603 2437 ntAPPRIS ALT2 BASIC23.7■■□□□ 1.38
Usp28Q5I043 Gm5067-201ENSMUST00000170449 1009 ntBASIC23.7■■□□□ 1.38
Usp28Q5I043 Lin7b-201ENSMUST00000003971 735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
Usp28Q5I043 Wipi1-202ENSMUST00000103060 2050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
Usp28Q5I043 Thap11-201ENSMUST00000040445 1819 ntAPPRIS P1 BASIC23.7■■□□□ 1.38
Usp28Q5I043 Tpm1-211ENSMUST00000113695 1607 ntTSL 3 BASIC23.7■■□□□ 1.38
Usp28Q5I043 Rxrb-201ENSMUST00000044858 2623 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
Usp28Q5I043 Hccs-202ENSMUST00000112115 2473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
Usp28Q5I043 Kctd8-202ENSMUST00000087231 1860 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
Usp28Q5I043 Gm28536-201ENSMUST00000190971 1317 ntBASIC23.69■■□□□ 1.38
Usp28Q5I043 Smad4-201ENSMUST00000025393 3384 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
Usp28Q5I043 Acad9-205ENSMUST00000196648 552 ntTSL 3 BASIC23.69■■□□□ 1.38
Usp28Q5I043 Tead2-201ENSMUST00000033060 2140 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
Usp28Q5I043 Ezh2-201ENSMUST00000081721 2787 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
Usp28Q5I043 Gm2415-201ENSMUST00000128982 1474 ntTSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
Usp28Q5I043 Trak1-208ENSMUST00000210636 2197 ntTSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
Usp28Q5I043 E130208F15Rik-201ENSMUST00000098585 1733 ntAPPRIS P1 BASIC23.68■■□□□ 1.38
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 11.3 ms