Protein–RNA interactions for Protein: Q4QRL3

Ccdc88b, Coiled-coil domain-containing protein 88B, mousemouse

Predictions only

Length 1,481 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Ccdc88bQ4QRL3 Ggnbp2-202ENSMUST00000100686 2275 ntTSL 5 BASIC34.77■■■■□ 3.16
Ccdc88bQ4QRL3 Nsun2-208ENSMUST00000176485 2408 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC34.77■■■■□ 3.16
Ccdc88bQ4QRL3 Amh-201ENSMUST00000036016 1670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.77■■■■□ 3.16
Ccdc88bQ4QRL3 Jagn1-201ENSMUST00000101070 1201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.77■■■■□ 3.16
Ccdc88bQ4QRL3 Josd2-211ENSMUST00000134398 563 ntTSL 5 BASIC34.77■■■■□ 3.16
Ccdc88bQ4QRL3 Rab42-201ENSMUST00000040411 761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.77■■■■□ 3.16
Ccdc88bQ4QRL3 Mmadhc-201ENSMUST00000102769 1342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.76■■■■□ 3.16
Ccdc88bQ4QRL3 Hs6st3-201ENSMUST00000065904 1708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.76■■■■□ 3.15
Ccdc88bQ4QRL3 C1ql2-201ENSMUST00000037286 2000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.76■■■■□ 3.15
Ccdc88bQ4QRL3 Uchl5-206ENSMUST00000189936 1696 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC34.75■■■■□ 3.15
Ccdc88bQ4QRL3 Klf2-201ENSMUST00000067912 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.75■■■■□ 3.15
Ccdc88bQ4QRL3 Gm12821-201ENSMUST00000120022 600 ntBASIC34.75■■■■□ 3.15
Ccdc88bQ4QRL3 Sox2-201ENSMUST00000099151 2057 ntAPPRIS P1 BASIC34.74■■■■□ 3.15
Ccdc88bQ4QRL3 Spata33-201ENSMUST00000060133 491 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC34.74■■■■□ 3.15
Ccdc88bQ4QRL3 Elf2-204ENSMUST00000108053 2611 ntTSL 1 (best) BASIC34.73■■■■□ 3.15
Ccdc88bQ4QRL3 9530036O11Rik-201ENSMUST00000180878 876 ntTSL 1 (best) BASIC34.73■■■■□ 3.15
Ccdc88bQ4QRL3 Kcnk15-201ENSMUST00000044798 1199 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC34.73■■■■□ 3.15
Ccdc88bQ4QRL3 Apaf1-205ENSMUST00000160788 1596 ntTSL 1 (best) BASIC34.73■■■■□ 3.15
Ccdc88bQ4QRL3 0610039K10Rik-202ENSMUST00000184724 952 ntBASIC34.72■■■■□ 3.15
Ccdc88bQ4QRL3 Trafd1-201ENSMUST00000042312 2503 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC34.72■■■■□ 3.15
Ccdc88bQ4QRL3 Gm4430-201ENSMUST00000192413 1943 ntBASIC34.72■■■■□ 3.15
Ccdc88bQ4QRL3 Gm9870-201ENSMUST00000063874 645 ntBASIC34.71■■■■□ 3.15
Ccdc88bQ4QRL3 6330562C20Rik-201ENSMUST00000098867 784 ntTSL 1 (best) BASIC34.71■■■■□ 3.15
Ccdc88bQ4QRL3 4930507D05Rik-201ENSMUST00000181110 1834 ntAPPRIS P1 BASIC34.71■■■■□ 3.15
Ccdc88bQ4QRL3 Actr3b-201ENSMUST00000088244 1712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.71■■■■□ 3.15
Ccdc88bQ4QRL3 Oser1-201ENSMUST00000046908 1620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.71■■■■□ 3.15
Ccdc88bQ4QRL3 Wnt5b-204ENSMUST00000178696 2371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.71■■■■□ 3.15
Ccdc88bQ4QRL3 Cdr2-201ENSMUST00000033169 2525 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.71■■■■□ 3.15
Ccdc88bQ4QRL3 Gm13001-201ENSMUST00000154285 774 ntTSL 2 BASIC34.71■■■■□ 3.15
Ccdc88bQ4QRL3 Ccsap-202ENSMUST00000122421 2673 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.7■■■■□ 3.15
Ccdc88bQ4QRL3 Arhgap27os2-201ENSMUST00000123812 1390 ntTSL 1 (best) BASIC34.7■■■■□ 3.15
Ccdc88bQ4QRL3 Siglec15-201ENSMUST00000170760 1156 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.7■■■■□ 3.15
Ccdc88bQ4QRL3 Rnf44-208ENSMUST00000128257 1689 ntTSL 5 BASIC34.7■■■■□ 3.14
Ccdc88bQ4QRL3 Btbd19-209ENSMUST00000183310 1620 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC34.69■■■■□ 3.14
Ccdc88bQ4QRL3 Ier3ip1-201ENSMUST00000026487 1395 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.69■■■■□ 3.14
Ccdc88bQ4QRL3 Arx-202ENSMUST00000113947 2454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.69■■■■□ 3.14
Ccdc88bQ4QRL3 Dlx2-201ENSMUST00000024159 2473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.69■■■■□ 3.14
Ccdc88bQ4QRL3 N4bp2os-203ENSMUST00000202673 699 ntTSL 1 (best) BASIC34.69■■■■□ 3.14
Ccdc88bQ4QRL3 Shisa8-201ENSMUST00000179269 1804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.69■■■■□ 3.14
Ccdc88bQ4QRL3 Pus1-202ENSMUST00000031483 1814 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC34.69■■■■□ 3.14
Ccdc88bQ4QRL3 Hsd17b3-202ENSMUST00000166224 1286 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC34.68■■■■□ 3.14
Ccdc88bQ4QRL3 Rnf187-202ENSMUST00000217262 711 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC34.68■■■■□ 3.14
Ccdc88bQ4QRL3 Htra2-202ENSMUST00000113962 1305 ntTSL 5 BASIC34.68■■■■□ 3.14
Ccdc88bQ4QRL3 Setd6-201ENSMUST00000034096 1707 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.67■■■■□ 3.14
Ccdc88bQ4QRL3 Eef1a2-201ENSMUST00000055990 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.67■■■■□ 3.14
Ccdc88bQ4QRL3 Mrpl38-201ENSMUST00000106439 1411 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.66■■■■□ 3.14
Ccdc88bQ4QRL3 Krt8-ps-201ENSMUST00000208495 945 ntBASIC34.66■■■■□ 3.14
Ccdc88bQ4QRL3 Bag1-204ENSMUST00000215842 1068 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC34.66■■■■□ 3.14
Ccdc88bQ4QRL3 Cuta-201ENSMUST00000025027 639 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC34.66■■■■□ 3.14
Ccdc88bQ4QRL3 Gm21988-202ENSMUST00000176268 1621 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC34.66■■■■□ 3.14
Ccdc88bQ4QRL3 Luc7l3-203ENSMUST00000107821 2050 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC34.66■■■■□ 3.14
Ccdc88bQ4QRL3 Lsm14b-201ENSMUST00000055485 2534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.66■■■■□ 3.14
Ccdc88bQ4QRL3 Sc5d-202ENSMUST00000169609 1677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.66■■■■□ 3.14
Ccdc88bQ4QRL3 Gm13620-201ENSMUST00000131198 511 ntTSL 3 BASIC34.65■■■■□ 3.14
Ccdc88bQ4QRL3 Twist2-201ENSMUST00000007949 1329 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.64■■■■□ 3.14
Ccdc88bQ4QRL3 Cadm1-202ENSMUST00000085909 2126 ntTSL 1 (best) BASIC34.64■■■■□ 3.14
Ccdc88bQ4QRL3 Cdkl3-205ENSMUST00000109078 2216 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC34.64■■■■□ 3.14
Ccdc88bQ4QRL3 Gm10657-201ENSMUST00000193528 1031 ntBASIC34.64■■■■□ 3.14
Ccdc88bQ4QRL3 Dcun1d5-202ENSMUST00000215683 2421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.64■■■■□ 3.14
Ccdc88bQ4QRL3 Dnpep-201ENSMUST00000066668 2488 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC34.64■■■■□ 3.14
Ccdc88bQ4QRL3 P4ha3-201ENSMUST00000057023 2361 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.63■■■■□ 3.13
Ccdc88bQ4QRL3 Gm15908-201ENSMUST00000154345 1091 ntTSL 1 (best) BASIC34.63■■■■□ 3.13
Ccdc88bQ4QRL3 Cdv3-ps-201ENSMUST00000169632 827 ntBASIC34.63■■■■□ 3.13
Ccdc88bQ4QRL3 1700064M15Rik-201ENSMUST00000185726 645 ntTSL 1 (best) BASIC34.63■■■■□ 3.13
Ccdc88bQ4QRL3 Ppp2r2c-203ENSMUST00000201156 461 ntTSL 5 BASIC34.63■■■■□ 3.13
Ccdc88bQ4QRL3 Gpx4-201ENSMUST00000097227 995 ntTSL 1 (best) BASIC34.63■■■■□ 3.13
Ccdc88bQ4QRL3 Armc10-201ENSMUST00000072896 2221 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.62■■■■□ 3.13
Ccdc88bQ4QRL3 Gm45869-201ENSMUST00000210335 1704 ntTSL 5 BASIC34.62■■■■□ 3.13
Ccdc88bQ4QRL3 1700056E22Rik-201ENSMUST00000050306 967 ntAPPRIS P1 BASIC34.61■■■■□ 3.13
Ccdc88bQ4QRL3 Pou2f2-204ENSMUST00000108416 1754 ntTSL 1 (best) BASIC34.61■■■■□ 3.13
Ccdc88bQ4QRL3 Susd6-203ENSMUST00000220238 2127 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC34.61■■■■□ 3.13
Ccdc88bQ4QRL3 Tle1-205ENSMUST00000107337 2067 ntTSL 1 (best) BASIC34.6■■■■□ 3.13
Ccdc88bQ4QRL3 Rnf187-201ENSMUST00000094151 1949 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC34.6■■■■□ 3.13
Ccdc88bQ4QRL3 Amn-201ENSMUST00000021707 1701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.6■■■■□ 3.13
Ccdc88bQ4QRL3 A030001D20Rik-201ENSMUST00000211533 1542 ntTSL 1 (best) BASIC34.6■■■■□ 3.13
Ccdc88bQ4QRL3 Gm9207-201ENSMUST00000198773 1115 ntBASIC34.6■■■■□ 3.13
Ccdc88bQ4QRL3 2310022A10Rik-205ENSMUST00000187960 1989 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC34.6■■■■□ 3.13
Ccdc88bQ4QRL3 Gm21964-202ENSMUST00000213641 1649 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC34.6■■■■□ 3.13
Ccdc88bQ4QRL3 Polr3gl-204ENSMUST00000145001 607 ntTSL 3 BASIC34.59■■■■□ 3.13
Ccdc88bQ4QRL3 Gp1bb-201ENSMUST00000051160 645 ntAPPRIS P3 BASIC34.59■■■■□ 3.13
Ccdc88bQ4QRL3 A830035O19Rik-201ENSMUST00000216147 1898 ntBASIC34.59■■■■□ 3.13
Ccdc88bQ4QRL3 Dyrk1b-202ENSMUST00000172467 2523 ntTSL 1 (best) BASIC34.59■■■■□ 3.13
Ccdc88bQ4QRL3 Dyrk1b-201ENSMUST00000085901 2534 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC34.59■■■■□ 3.13
Ccdc88bQ4QRL3 Pnck-202ENSMUST00000114472 1532 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.59■■■■□ 3.13
Ccdc88bQ4QRL3 Ripply3-201ENSMUST00000023660 1531 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.59■■■■□ 3.13
Ccdc88bQ4QRL3 Phf23-202ENSMUST00000101526 1706 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC34.58■■■■□ 3.13
Ccdc88bQ4QRL3 Tcte2-209ENSMUST00000143162 1221 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC34.58■■■■□ 3.13
Ccdc88bQ4QRL3 Ikzf1-202ENSMUST00000048122 911 ntTSL 1 (best) BASIC34.58■■■■□ 3.13
Ccdc88bQ4QRL3 Gltpd2-201ENSMUST00000057685 1216 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC34.58■■■■□ 3.13
Ccdc88bQ4QRL3 Banp-202ENSMUST00000093078 2289 ntTSL 1 (best) BASIC34.57■■■■□ 3.12
Ccdc88bQ4QRL3 Slc9a7-202ENSMUST00000115393 2152 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC34.57■■■■□ 3.12
Ccdc88bQ4QRL3 Mcoln1-201ENSMUST00000004683 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.57■■■■□ 3.12
Ccdc88bQ4QRL3 Ankrd9-207ENSMUST00000148765 1431 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC34.56■■■■□ 3.12
Ccdc88bQ4QRL3 Arrdc2-201ENSMUST00000002989 2355 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.56■■■■□ 3.12
Ccdc88bQ4QRL3 Acsl6-209ENSMUST00000108904 2594 ntTSL 1 (best) BASIC34.56■■■■□ 3.12
Ccdc88bQ4QRL3 A230087F16Rik-201ENSMUST00000181055 2098 ntTSL 1 (best) BASIC34.56■■■■□ 3.12
Ccdc88bQ4QRL3 Pdcd5-201ENSMUST00000118501 684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.56■■■■□ 3.12
Ccdc88bQ4QRL3 Pet117-201ENSMUST00000183618 693 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC34.56■■■■□ 3.12
Ccdc88bQ4QRL3 Erh-201ENSMUST00000021559 1293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.56■■■■□ 3.12
Ccdc88bQ4QRL3 Paqr3-203ENSMUST00000112969 2257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.56■■■■□ 3.12
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 15.5 ms