Protein–RNA interactions for Protein: P39061

Col18a1, Collagen alpha-1(XVIII) chain, mousemouse

Predictions only

Length 1,774 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Col18a1P39061 Ccl21a-201ENSMUST00000095114 870 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
Col18a1P39061 Ccnj-202ENSMUST00000119316 3763 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.09■□□□□ 0.17
Col18a1P39061 Zc3hc1-202ENSMUST00000102992 1865 ntTSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
Col18a1P39061 Rad51ap1-202ENSMUST00000112221 1871 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
Col18a1P39061 Calcr-204ENSMUST00000170266 2175 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
Col18a1P39061 Atg7-210ENSMUST00000182793 2459 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
Col18a1P39061 Ccnj-203ENSMUST00000120057 3783 ntTSL 5 BASIC16.09■□□□□ 0.17
Col18a1P39061 Dpt-201ENSMUST00000027861 1724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
Col18a1P39061 Arhgef1-202ENSMUST00000098683 3375 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
Col18a1P39061 Minos1-203ENSMUST00000143971 2549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
Col18a1P39061 Clrn1-203ENSMUST00000072551 1662 ntTSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
Col18a1P39061 Capn5-202ENSMUST00000107112 2232 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
Col18a1P39061 Cap2-202ENSMUST00000119341 2454 ntTSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
Col18a1P39061 C1qtnf9-201ENSMUST00000025940 1903 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
Col18a1P39061 Hid1-201ENSMUST00000044152 3236 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.17
Col18a1P39061 Sec61g-203ENSMUST00000109643 1862 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.17
Col18a1P39061 Pxn-202ENSMUST00000086523 2667 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.17
Col18a1P39061 Pald1-201ENSMUST00000020289 4282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.17
Col18a1P39061 Zfp839-201ENSMUST00000170060 3723 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.17
Col18a1P39061 9430015G10Rik-202ENSMUST00000105576 1329 ntTSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.17
Col18a1P39061 Leng8-203ENSMUST00000121270 3620 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.17
Col18a1P39061 Unc13a-208ENSMUST00000177517 5654 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.17
Col18a1P39061 Gm16459-201ENSMUST00000121443 686 ntBASIC16.08■□□□□ 0.17
Col18a1P39061 7420461P10Rik-201ENSMUST00000169439 781 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.17
Col18a1P39061 Gm5267-201ENSMUST00000191574 1045 ntBASIC16.08■□□□□ 0.17
Col18a1P39061 Use1-201ENSMUST00000019169 854 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.17
Col18a1P39061 AC123694.1-201ENSMUST00000219525 644 ntTSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.17
Col18a1P39061 AC170597.1-201ENSMUST00000221956 440 ntTSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.17
Col18a1P39061 AC154305.2-201ENSMUST00000225813 901 ntBASIC16.08■□□□□ 0.17
Col18a1P39061 1500015O10Rik-201ENSMUST00000027217 902 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.17
Col18a1P39061 Gm8181-201ENSMUST00000062242 669 ntBASIC16.08■□□□□ 0.17
Col18a1P39061 Olfr372-201ENSMUST00000093434 1016 ntAPPRIS P1 BASIC16.08■□□□□ 0.17
Col18a1P39061 Cflar-204ENSMUST00000114309 2010 ntTSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.17
Col18a1P39061 Large1-204ENSMUST00000212459 4746 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.17
Col18a1P39061 Ino80c-204ENSMUST00000153360 2498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.17
Col18a1P39061 Gm15997-201ENSMUST00000202188 1491 ntTSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
Col18a1P39061 Smok4a-201ENSMUST00000074512 1455 ntBASIC16.08■□□□□ 0.16
Col18a1P39061 Lypd6-201ENSMUST00000053208 3620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
Col18a1P39061 AC166574.4-201ENSMUST00000227165 1937 ntBASIC16.08■□□□□ 0.16
Col18a1P39061 Rpl15-202ENSMUST00000080281 1922 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
Col18a1P39061 Vps53-201ENSMUST00000056601 2833 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
Col18a1P39061 Jph1-201ENSMUST00000038382 4809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
Col18a1P39061 Zc3hc1-201ENSMUST00000080812 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
Col18a1P39061 Trpv4-204ENSMUST00000112222 2475 ntTSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.16
Col18a1P39061 Gm5385-201ENSMUST00000118988 1559 ntBASIC16.08■□□□□ 0.16
Col18a1P39061 Slc6a18-208ENSMUST00000222029 2005 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
Col18a1P39061 Casc3-201ENSMUST00000017384 3963 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.16
Col18a1P39061 Lrrfip2-201ENSMUST00000035078 3260 ntTSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.16
Col18a1P39061 Anapc2-201ENSMUST00000028341 3004 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
Col18a1P39061 Hnrnpa2b1-203ENSMUST00000114459 1728 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.16
Col18a1P39061 AC151895.1-201ENSMUST00000219025 1742 ntBASIC16.08■□□□□ 0.16
Col18a1P39061 Commd7-201ENSMUST00000071852 3210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
Col18a1P39061 Hnrnpm-202ENSMUST00000114385 2550 ntTSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.16
Col18a1P39061 Trav10d-201ENSMUST00000103646 406 ntAPPRIS P1 BASIC16.08■□□□□ 0.16
Col18a1P39061 9430093N23Rik-201ENSMUST00000152494 515 ntTSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
Col18a1P39061 Gm25492-201ENSMUST00000157383 129 ntBASIC16.08■□□□□ 0.16
Col18a1P39061 Gm21778-201ENSMUST00000178779 471 ntBASIC16.08■□□□□ 0.16
Col18a1P39061 Gm18035-201ENSMUST00000211962 589 ntBASIC16.08■□□□□ 0.16
Col18a1P39061 1600002K03Rik-201ENSMUST00000041882 678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
Col18a1P39061 Try5-201ENSMUST00000064324 801 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
Col18a1P39061 Gm45218-201ENSMUST00000205533 1678 ntTSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
Col18a1P39061 4732440D04Rik-203ENSMUST00000191825 5428 ntBASIC16.08■□□□□ 0.16
Col18a1P39061 Gm26519-201ENSMUST00000181193 2249 ntTSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
Col18a1P39061 Erfe-201ENSMUST00000086861 2815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
Col18a1P39061 Lexm-202ENSMUST00000106788 1569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
Col18a1P39061 Gm2721-201ENSMUST00000222380 1571 ntTSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
Col18a1P39061 Fbrsl1-202ENSMUST00000069483 4720 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.07■□□□□ 0.16
Col18a1P39061 Sstr2-203ENSMUST00000146390 2143 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.07■□□□□ 0.16
Col18a1P39061 Ttc6-203ENSMUST00000172939 5782 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.07■□□□□ 0.16
Col18a1P39061 Gm33543-203ENSMUST00000211096 1722 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC16.07■□□□□ 0.16
Col18a1P39061 4930520O04Rik-202ENSMUST00000131898 2660 ntTSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
Col18a1P39061 Il2rb-201ENSMUST00000089398 2692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
Col18a1P39061 Pdcd6ip-202ENSMUST00000111861 3223 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
Col18a1P39061 Zbtb49-202ENSMUST00000114113 2645 ntTSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
Col18a1P39061 Serinc2-202ENSMUST00000120126 1452 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.07■□□□□ 0.16
Col18a1P39061 Rara-207ENSMUST00000164748 3129 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
Col18a1P39061 Atad2b-201ENSMUST00000045664 8035 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.07■□□□□ 0.16
Col18a1P39061 Plac8-203ENSMUST00000112910 1224 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.16
Col18a1P39061 Gm13981-201ENSMUST00000122360 447 ntBASIC16.07■□□□□ 0.16
Col18a1P39061 Gm28651-201ENSMUST00000185335 644 ntTSL 3 BASIC16.07■□□□□ 0.16
Col18a1P39061 Gm29208-205ENSMUST00000214517 1056 ntTSL 5 BASIC16.07■□□□□ 0.16
Col18a1P39061 Gm7525-201ENSMUST00000219425 454 ntBASIC16.07■□□□□ 0.16
Col18a1P39061 Krtap4-1-201ENSMUST00000081007 1015 ntAPPRIS P1 BASIC16.07■□□□□ 0.16
Col18a1P39061 Tas1r1-201ENSMUST00000030792 2863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
Col18a1P39061 H2-M3-201ENSMUST00000038580 1438 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
Col18a1P39061 Pla2g5-204ENSMUST00000102513 2289 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.07■□□□□ 0.16
Col18a1P39061 Cfap61-201ENSMUST00000116398 1561 ntTSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
Col18a1P39061 Rbm4-206ENSMUST00000180248 2610 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
Col18a1P39061 Rhox9-202ENSMUST00000170643 2422 ntTSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
Col18a1P39061 Prox1-201ENSMUST00000010319 3285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
Col18a1P39061 Gm45012-201ENSMUST00000208323 1666 ntTSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
Col18a1P39061 Fbxl19-203ENSMUST00000186207 3178 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
Col18a1P39061 Col8a2-201ENSMUST00000070132 4332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
Col18a1P39061 Glyr1-202ENSMUST00000115844 3348 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
Col18a1P39061 Glyr1-201ENSMUST00000023189 3330 ntTSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
Col18a1P39061 Eps8l1-214ENSMUST00000171445 2975 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.06■□□□□ 0.16
Col18a1P39061 Sorbs3-204ENSMUST00000227929 2460 ntBASIC16.06■□□□□ 0.16
Col18a1P39061 Prc1-211ENSMUST00000174199 2128 ntTSL 5 BASIC16.06■□□□□ 0.16
Col18a1P39061 Rad9b-201ENSMUST00000049009 1631 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
Col18a1P39061 Dnajc25-201ENSMUST00000095070 4023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 32 ms