Protein–RNA interactions for Protein: Q9CQ56

Use1, Vesicle transport protein USE1, mousemouse

Predictions only

Length 270 aa.

Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Use1Q9CQ56 Foxp1-205ENSMUST00000113324 2121 ntTSL 5 BASIC11.9□□□□□ -0.5
Use1Q9CQ56 Foxp1-207ENSMUST00000113328 2121 ntTSL 1 (best) BASIC11.9□□□□□ -0.5
Use1Q9CQ56 Foxp1-228ENSMUST00000177307 2121 ntTSL 1 (best) BASIC11.9□□□□□ -0.5
Use1Q9CQ56 CT009713.10-201ENSMUST00000225013 1986 ntBASIC11.9□□□□□ -0.5
Use1Q9CQ56 Gm12132-201ENSMUST00000130945 1391 ntTSL 1 (best) BASIC11.9□□□□□ -0.5
Use1Q9CQ56 Cpped1-202ENSMUST00000096272 2663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.9□□□□□ -0.5
Use1Q9CQ56 Opcml-201ENSMUST00000073822 2378 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC11.9□□□□□ -0.51
Use1Q9CQ56 Gm13722-201ENSMUST00000117964 3066 ntBASIC11.9□□□□□ -0.51
Use1Q9CQ56 Gm42706-201ENSMUST00000199733 1910 ntBASIC11.9□□□□□ -0.51
Use1Q9CQ56 Ints6-202ENSMUST00000223585 10883 ntAPPRIS P1 BASIC11.9□□□□□ -0.51
Use1Q9CQ56 Gm43721-201ENSMUST00000199677 2313 ntBASIC11.89□□□□□ -0.51
Use1Q9CQ56 AF529169-201ENSMUST00000044491 7202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.89□□□□□ -0.51
Use1Q9CQ56 CT025624.1-201ENSMUST00000224007 2700 ntBASIC11.89□□□□□ -0.51
Use1Q9CQ56 Nxph1-201ENSMUST00000060369 2578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.89□□□□□ -0.51
Use1Q9CQ56 Pla2g3-202ENSMUST00000064265 2566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.89□□□□□ -0.51
Use1Q9CQ56 Drc3-202ENSMUST00000094140 2438 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.89□□□□□ -0.51
Use1Q9CQ56 Kank4-201ENSMUST00000102790 4795 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.89□□□□□ -0.51
Use1Q9CQ56 Catsper4-201ENSMUST00000055892 1725 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.89□□□□□ -0.51
Use1Q9CQ56 Tfe3-205ENSMUST00000115678 2658 ntTSL 5 BASIC11.89□□□□□ -0.51
Use1Q9CQ56 Gm45684-201ENSMUST00000210244 1571 ntBASIC11.89□□□□□ -0.51
Use1Q9CQ56 Podn-202ENSMUST00000106708 2947 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.89□□□□□ -0.51
Use1Q9CQ56 Setd3-202ENSMUST00000109879 2387 ntTSL 3 BASIC11.89□□□□□ -0.51
Use1Q9CQ56 Gm5780-201ENSMUST00000217774 1834 ntBASIC11.89□□□□□ -0.51
Use1Q9CQ56 AL645783.1-201ENSMUST00000221416 1832 ntBASIC11.89□□□□□ -0.51
Use1Q9CQ56 Entpd4-206ENSMUST00000184973 3589 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.89□□□□□ -0.51
Use1Q9CQ56 Entpd4b-204ENSMUST00000185072 3589 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.89□□□□□ -0.51
Use1Q9CQ56 Hnrnpr-201ENSMUST00000084219 2647 ntTSL 1 (best) BASIC11.89□□□□□ -0.51
Use1Q9CQ56 Cald1-205ENSMUST00000115027 4777 ntTSL 5 BASIC11.89□□□□□ -0.51
Use1Q9CQ56 Agbl3-202ENSMUST00000115012 790 ntTSL 3 BASIC11.89□□□□□ -0.51
Use1Q9CQ56 Agbl3-203ENSMUST00000115014 805 ntTSL 1 (best) BASIC11.89□□□□□ -0.51
Use1Q9CQ56 Gm8805-201ENSMUST00000117848 313 ntBASIC11.89□□□□□ -0.51
Use1Q9CQ56 Tpd52-206ENSMUST00000121038 849 ntTSL 5 BASIC11.89□□□□□ -0.51
Use1Q9CQ56 Gm16229-201ENSMUST00000133270 1232 ntTSL 1 (best) BASIC11.89□□□□□ -0.51
Use1Q9CQ56 Stk19-ps1-201ENSMUST00000174597 517 ntBASIC11.89□□□□□ -0.51
Use1Q9CQ56 Gm19184-201ENSMUST00000196798 928 ntBASIC11.89□□□□□ -0.51
Use1Q9CQ56 Timm9-206ENSMUST00000221367 836 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC11.89□□□□□ -0.51
Use1Q9CQ56 Gm36264-202ENSMUST00000221989 1142 ntTSL 5 BASIC11.89□□□□□ -0.51
Use1Q9CQ56 AC150560.1-201ENSMUST00000227731 1187 ntBASIC11.89□□□□□ -0.51
Use1Q9CQ56 Gm815-201ENSMUST00000099536 610 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.89□□□□□ -0.51
Use1Q9CQ56 Pin1rt1-201ENSMUST00000099659 1172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.89□□□□□ -0.51
Use1Q9CQ56 Fnbp1-203ENSMUST00000100207 1680 ntTSL 5 BASIC11.89□□□□□ -0.51
Use1Q9CQ56 Plet1-201ENSMUST00000114474 1689 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC11.89□□□□□ -0.51
Use1Q9CQ56 Gm26677-201ENSMUST00000180553 1672 ntTSL 5 BASIC11.89□□□□□ -0.51
Use1Q9CQ56 Il2rg-201ENSMUST00000033664 1670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.89□□□□□ -0.51
Use1Q9CQ56 Slamf8-201ENSMUST00000065679 1659 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.89□□□□□ -0.51
Use1Q9CQ56 Oit3-201ENSMUST00000009798 2717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.89□□□□□ -0.51
Use1Q9CQ56 Cd163l1-204ENSMUST00000209637 3210 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC11.89□□□□□ -0.51
Use1Q9CQ56 Ube2j2-204ENSMUST00000105582 1394 ntTSL 1 (best) BASIC11.89□□□□□ -0.51
Use1Q9CQ56 Klk6-203ENSMUST00000107968 1394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.89□□□□□ -0.51
Use1Q9CQ56 Pde7b-206ENSMUST00000170265 1380 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC11.89□□□□□ -0.51
Use1Q9CQ56 Hook2-204ENSMUST00000210326 3080 ntTSL 1 (best) BASIC11.89□□□□□ -0.51
Use1Q9CQ56 Tfe3-204ENSMUST00000115677 2943 ntTSL 1 (best) BASIC11.89□□□□□ -0.51
Use1Q9CQ56 Dnmt1-201ENSMUST00000004202 5367 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC11.89□□□□□ -0.51
Use1Q9CQ56 Nrf1-207ENSMUST00000115206 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.89□□□□□ -0.51
Use1Q9CQ56 Gm9866-202ENSMUST00000182473 1882 ntTSL 1 (best) BASIC11.89□□□□□ -0.51
Use1Q9CQ56 Ppm1b-204ENSMUST00000112307 1499 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.89□□□□□ -0.51
Use1Q9CQ56 Rfx7-203ENSMUST00000183372 1457 ntTSL 1 (best) BASIC11.89□□□□□ -0.51
Use1Q9CQ56 Acvrl1-205ENSMUST00000120754 3506 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC11.89□□□□□ -0.51
Use1Q9CQ56 Kif28-202ENSMUST00000211943 2643 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC11.89□□□□□ -0.51
Use1Q9CQ56 Lmbr1-201ENSMUST00000055195 4926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.89□□□□□ -0.51
Use1Q9CQ56 Plxdc1-201ENSMUST00000017561 2881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.89□□□□□ -0.51
Use1Q9CQ56 Itgb4-204ENSMUST00000106460 5919 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC11.88□□□□□ -0.51
Use1Q9CQ56 Serpinb2-202ENSMUST00000064916 1996 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.88□□□□□ -0.51
Use1Q9CQ56 Prkar1b-202ENSMUST00000110889 2457 ntTSL 5 BASIC11.88□□□□□ -0.51
Use1Q9CQ56 Capn8-202ENSMUST00000168514 2483 ntTSL 1 (best) BASIC11.88□□□□□ -0.51
Use1Q9CQ56 Folr1-204ENSMUST00000106985 1313 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC11.88□□□□□ -0.51
Use1Q9CQ56 Nom1-201ENSMUST00000001611 9219 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.88□□□□□ -0.51
Use1Q9CQ56 Nsd3-203ENSMUST00000136107 3818 ntTSL 1 (best) BASIC11.88□□□□□ -0.51
Use1Q9CQ56 Dpysl5-201ENSMUST00000088081 5022 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.88□□□□□ -0.51
Use1Q9CQ56 Col18a1-203ENSMUST00000105409 4791 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC11.88□□□□□ -0.51
Use1Q9CQ56 Epb41l5-201ENSMUST00000027632 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.88□□□□□ -0.51
Use1Q9CQ56 Lef1-204ENSMUST00000106341 3357 ntTSL 1 (best) BASIC11.88□□□□□ -0.51
Use1Q9CQ56 Lef1-202ENSMUST00000066849 3398 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC11.88□□□□□ -0.51
Use1Q9CQ56 Gdf9-201ENSMUST00000018382 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.88□□□□□ -0.51
Use1Q9CQ56 Tdrd9-201ENSMUST00000079009 4809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.88□□□□□ -0.51
Use1Q9CQ56 Usp16-201ENSMUST00000026710 3205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.88□□□□□ -0.51
Use1Q9CQ56 Cox4i2-201ENSMUST00000010020 727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.88□□□□□ -0.51
Use1Q9CQ56 Faap20-202ENSMUST00000105627 710 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC11.88□□□□□ -0.51
Use1Q9CQ56 Mad2l2-203ENSMUST00000105707 949 ntTSL 3 BASIC11.88□□□□□ -0.51
Use1Q9CQ56 Rnd1-202ENSMUST00000109149 1034 ntTSL 1 (best) BASIC11.88□□□□□ -0.51
Use1Q9CQ56 Rhox2d-201ENSMUST00000115179 685 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC11.88□□□□□ -0.51
Use1Q9CQ56 Gm12091-201ENSMUST00000146791 830 ntBASIC11.88□□□□□ -0.51
Use1Q9CQ56 Gm26185-201ENSMUST00000157692 266 ntBASIC11.88□□□□□ -0.51
Use1Q9CQ56 Tnfrsf12a-202ENSMUST00000167059 858 ntTSL 2 BASIC11.88□□□□□ -0.51
Use1Q9CQ56 Gm29152-201ENSMUST00000189284 325 ntTSL 5 BASIC11.88□□□□□ -0.51
Use1Q9CQ56 Gm28198-201ENSMUST00000190938 471 ntTSL 3 BASIC11.88□□□□□ -0.51
Use1Q9CQ56 Gm8515-201ENSMUST00000194852 576 ntBASIC11.88□□□□□ -0.51
Use1Q9CQ56 Pex1-208ENSMUST00000195894 528 ntTSL 3 BASIC11.88□□□□□ -0.51
Use1Q9CQ56 Gm19817-201ENSMUST00000199764 2132 ntBASIC11.88□□□□□ -0.51
Use1Q9CQ56 Gm7287-201ENSMUST00000205267 602 ntBASIC11.88□□□□□ -0.51
Use1Q9CQ56 Tnfrsf12a-201ENSMUST00000024698 963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.88□□□□□ -0.51
Use1Q9CQ56 Mdk-201ENSMUST00000028672 1054 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.88□□□□□ -0.51
Use1Q9CQ56 Atp5d-201ENSMUST00000003156 931 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.88□□□□□ -0.51
Use1Q9CQ56 Nudt22-201ENSMUST00000041686 1000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.88□□□□□ -0.51
Use1Q9CQ56 Vmn1r217-201ENSMUST00000091721 897 ntAPPRIS P1 BASIC11.88□□□□□ -0.51
Use1Q9CQ56 Emd-203ENSMUST00000096424 896 ntTSL 5 BASIC11.88□□□□□ -0.51
Use1Q9CQ56 Rnf17-201ENSMUST00000095793 5264 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.88□□□□□ -0.51
Use1Q9CQ56 Gm27177-202ENSMUST00000183514 2703 ntBASIC11.88□□□□□ -0.51
Use1Q9CQ56 Pggt1b-201ENSMUST00000025354 2736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.88□□□□□ -0.51
Use1Q9CQ56 Ntrk2-202ENSMUST00000109838 6846 ntTSL 1 (best) BASIC11.88□□□□□ -0.51
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 55 ms