Protein–RNA interactions for Protein: Q9CWT6

Ddx28, Probable ATP-dependent RNA helicase DDX28, mousemouse

Known RBP Predictions only

Length 540 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Ddx28Q9CWT6 Fen1-202ENSMUST00000116542 2100 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.86□□□□□ -0.51
Ddx28Q9CWT6 Ccdc81-201ENSMUST00000041195 2439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.86□□□□□ -0.51
Ddx28Q9CWT6 Gm43860-201ENSMUST00000201742 2705 ntBASIC11.86□□□□□ -0.51
Ddx28Q9CWT6 Hist1h2ae-201ENSMUST00000102969 704 ntAPPRIS P1 BASIC11.86□□□□□ -0.51
Ddx28Q9CWT6 Far2os1-201ENSMUST00000162391 555 ntTSL 2 BASIC11.86□□□□□ -0.51
Ddx28Q9CWT6 Tnfrsf12a-202ENSMUST00000167059 858 ntTSL 2 BASIC11.86□□□□□ -0.51
Ddx28Q9CWT6 Ly6g6e-203ENSMUST00000172678 750 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC11.86□□□□□ -0.51
Ddx28Q9CWT6 Carmn-202ENSMUST00000182244 988 ntTSL 2 BASIC11.86□□□□□ -0.51
Ddx28Q9CWT6 Gm42921-201ENSMUST00000196670 655 ntTSL 2 BASIC11.86□□□□□ -0.51
Ddx28Q9CWT6 Gm19931-201ENSMUST00000198920 368 ntBASIC11.86□□□□□ -0.51
Ddx28Q9CWT6 Mpv17-207ENSMUST00000201491 923 ntTSL 2 BASIC11.86□□□□□ -0.51
Ddx28Q9CWT6 Gabarapl1-204ENSMUST00000204956 539 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC11.86□□□□□ -0.51
Ddx28Q9CWT6 AC087891.2-201ENSMUST00000219293 658 ntTSL 5 BASIC11.86□□□□□ -0.51
Ddx28Q9CWT6 AC154276.1-201ENSMUST00000228874 1299 ntBASIC11.86□□□□□ -0.51
Ddx28Q9CWT6 Tnfrsf12a-201ENSMUST00000024698 963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.86□□□□□ -0.51
Ddx28Q9CWT6 Gm6180-201ENSMUST00000065243 498 ntBASIC11.86□□□□□ -0.51
Ddx28Q9CWT6 Ppil3-201ENSMUST00000081677 896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.86□□□□□ -0.51
Ddx28Q9CWT6 Hist1h2ah-201ENSMUST00000091742 405 ntAPPRIS P1 BASIC11.86□□□□□ -0.51
Ddx28Q9CWT6 Mapt-201ENSMUST00000100347 1362 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC11.86□□□□□ -0.51
Ddx28Q9CWT6 Xkr8-201ENSMUST00000045550 4245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.86□□□□□ -0.51
Ddx28Q9CWT6 Nsd3-206ENSMUST00000142395 10105 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC11.86□□□□□ -0.51
Ddx28Q9CWT6 Agrn-201ENSMUST00000071248 4831 ntTSL 5 BASIC11.86□□□□□ -0.51
Ddx28Q9CWT6 Rab39-201ENSMUST00000068449 2971 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.86□□□□□ -0.51
Ddx28Q9CWT6 Kcnh7-203ENSMUST00000112454 3073 ntTSL 1 (best) BASIC11.86□□□□□ -0.51
Ddx28Q9CWT6 Nyap1-202ENSMUST00000118326 4565 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.86□□□□□ -0.51
Ddx28Q9CWT6 Ndc1-204ENSMUST00000139560 4584 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.86□□□□□ -0.51
Ddx28Q9CWT6 Kdm4a-202ENSMUST00000097911 4550 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.86□□□□□ -0.51
Ddx28Q9CWT6 Arhgef28-201ENSMUST00000109426 5387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.86□□□□□ -0.51
Ddx28Q9CWT6 Hspa4l-201ENSMUST00000108086 2744 ntTSL 1 (best) BASIC11.86□□□□□ -0.51
Ddx28Q9CWT6 Rnf43-203ENSMUST00000121782 2640 ntTSL 5 BASIC11.86□□□□□ -0.51
Ddx28Q9CWT6 Apbb1-201ENSMUST00000081165 2530 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC11.86□□□□□ -0.51
Ddx28Q9CWT6 Apol7c-201ENSMUST00000062562 2044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.86□□□□□ -0.51
Ddx28Q9CWT6 Rit2-203ENSMUST00000153060 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.86□□□□□ -0.51
Ddx28Q9CWT6 Cd80-201ENSMUST00000099816 1701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.86□□□□□ -0.51
Ddx28Q9CWT6 Met-202ENSMUST00000115442 4663 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC11.86□□□□□ -0.51
Ddx28Q9CWT6 Gfm1-201ENSMUST00000077271 4078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.86□□□□□ -0.51
Ddx28Q9CWT6 Armcx2-201ENSMUST00000035559 3384 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.85□□□□□ -0.51
Ddx28Q9CWT6 Mtmr10-201ENSMUST00000032736 5205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.85□□□□□ -0.51
Ddx28Q9CWT6 Gm39822-201ENSMUST00000212253 2284 ntTSL 5 BASIC11.85□□□□□ -0.51
Ddx28Q9CWT6 Tmem104-202ENSMUST00000100235 4561 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC11.85□□□□□ -0.51
Ddx28Q9CWT6 Tmem104-201ENSMUST00000061450 4564 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC11.85□□□□□ -0.51
Ddx28Q9CWT6 Usp33-209ENSMUST00000197748 4183 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.85□□□□□ -0.51
Ddx28Q9CWT6 Setd1a-201ENSMUST00000047075 6487 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC11.85□□□□□ -0.51
Ddx28Q9CWT6 Rtn3-202ENSMUST00000065304 5030 ntTSL 1 (best) BASIC11.85□□□□□ -0.51
Ddx28Q9CWT6 Nde1-203ENSMUST00000117958 1551 ntTSL 1 (best) BASIC11.85□□□□□ -0.51
Ddx28Q9CWT6 Klhl22-208ENSMUST00000165790 2616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.85□□□□□ -0.51
Ddx28Q9CWT6 Kifc5b-201ENSMUST00000078961 2627 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC11.85□□□□□ -0.51
Ddx28Q9CWT6 Rcan2-202ENSMUST00000044895 3363 ntTSL 1 (best) BASIC11.85□□□□□ -0.51
Ddx28Q9CWT6 Extl3-203ENSMUST00000225633 6013 ntAPPRIS P1 BASIC11.85□□□□□ -0.51
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Ddx28Q9CWT6 2310040G24Rik-202ENSMUST00000189386 775 ntTSL 1 (best) BASIC11.85□□□□□ -0.51
Ddx28Q9CWT6 Gm2495-201ENSMUST00000191160 466 ntBASIC11.85□□□□□ -0.51
Ddx28Q9CWT6 Blvra-201ENSMUST00000002064 1160 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.85□□□□□ -0.51
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Ddx28Q9CWT6 Zeb2-201ENSMUST00000028229 5335 ntTSL 1 (best) BASIC11.84□□□□□ -0.51
Ddx28Q9CWT6 Cops4-201ENSMUST00000045993 1755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.84□□□□□ -0.51
Ddx28Q9CWT6 Gm10686-201ENSMUST00000215389 3247 ntBASIC11.84□□□□□ -0.51
Ddx28Q9CWT6 Wasf2-202ENSMUST00000105912 2236 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.84□□□□□ -0.51
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Ddx28Q9CWT6 Slx4ip-201ENSMUST00000028737 2556 ntTSL 1 (best) BASIC11.84□□□□□ -0.51
Ddx28Q9CWT6 Ptprt-203ENSMUST00000109443 12112 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.84□□□□□ -0.51
Ddx28Q9CWT6 Celrr-202ENSMUST00000181433 1561 ntTSL 1 (best) BASIC11.84□□□□□ -0.51
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Ddx28Q9CWT6 Kirrel2-201ENSMUST00000045817 3352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.84□□□□□ -0.51
Ddx28Q9CWT6 Tfr2-204ENSMUST00000196471 2839 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.84□□□□□ -0.51
Ddx28Q9CWT6 Hdac7-205ENSMUST00000118294 4069 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.84□□□□□ -0.51
Ddx28Q9CWT6 Dag1-204ENSMUST00000191899 5662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.84□□□□□ -0.51
Ddx28Q9CWT6 Oit3-201ENSMUST00000009798 2717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.84□□□□□ -0.51
Ddx28Q9CWT6 Dnajc14-207ENSMUST00000219508 2298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.84□□□□□ -0.51
Ddx28Q9CWT6 Iqsec2-201ENSMUST00000096275 5252 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC11.84□□□□□ -0.51
Ddx28Q9CWT6 Ece1-201ENSMUST00000102518 4816 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.84□□□□□ -0.51
Ddx28Q9CWT6 Tenm3-206ENSMUST00000190840 8663 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC11.84□□□□□ -0.51
Ddx28Q9CWT6 Pabpc4-204ENSMUST00000106243 3111 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC11.84□□□□□ -0.51
Ddx28Q9CWT6 Fcnb-202ENSMUST00000117486 873 ntTSL 1 (best) BASIC11.84□□□□□ -0.51
Ddx28Q9CWT6 Gm11918-201ENSMUST00000121660 179 ntBASIC11.84□□□□□ -0.51
Ddx28Q9CWT6 Gm14224-201ENSMUST00000147187 864 ntTSL 3 BASIC11.84□□□□□ -0.51
Ddx28Q9CWT6 Gm9908-201ENSMUST00000211534 448 ntBASIC11.84□□□□□ -0.51
Ddx28Q9CWT6 9230020A06Rik-204ENSMUST00000215201 1116 ntTSL 5 BASIC11.84□□□□□ -0.51
Ddx28Q9CWT6 AC155252.1-201ENSMUST00000226462 1208 ntBASIC11.84□□□□□ -0.51
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 46.8 ms