Protein–RNA interactions for Protein: Q9ER60

Scn4a, Sodium channel protein type 4 subunit alpha, mousemouse

Predictions only

Length 1,841 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Scn4aQ9ER60 Gm9828-202ENSMUST00000126622 1446 ntTSL 3 BASIC30.14■■■□□ 2.41
Scn4aQ9ER60 Cys1-207ENSMUST00000186602 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.14■■■□□ 2.41
Scn4aQ9ER60 Rasgef1c-203ENSMUST00000093142 2216 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC30.13■■■□□ 2.41
Scn4aQ9ER60 Emid1-208ENSMUST00000163299 1923 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC30.13■■■□□ 2.41
Scn4aQ9ER60 Klhl35-201ENSMUST00000037359 1954 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.13■■■□□ 2.41
Scn4aQ9ER60 Lypla1-208ENSMUST00000150971 877 ntTSL 1 (best) BASIC30.13■■■□□ 2.41
Scn4aQ9ER60 Krt8-ps-201ENSMUST00000208495 945 ntBASIC30.13■■■□□ 2.41
Scn4aQ9ER60 1700056E22Rik-201ENSMUST00000050306 967 ntAPPRIS P1 BASIC30.13■■■□□ 2.41
Scn4aQ9ER60 Gm15298-201ENSMUST00000145916 1212 ntTSL 5 BASIC30.12■■■□□ 2.41
Scn4aQ9ER60 Bag1-202ENSMUST00000108089 1336 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.12■■■□□ 2.41
Scn4aQ9ER60 Ntsr2-201ENSMUST00000111064 1524 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.12■■■□□ 2.41
Scn4aQ9ER60 Tmem9b-201ENSMUST00000033333 1703 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.12■■■□□ 2.41
Scn4aQ9ER60 Aktip-205ENSMUST00000125257 2079 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.11■■■□□ 2.41
Scn4aQ9ER60 Gfra4-205ENSMUST00000110239 810 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.11■■■□□ 2.41
Scn4aQ9ER60 Gm22325-201ENSMUST00000158904 308 ntBASIC30.11■■■□□ 2.41
Scn4aQ9ER60 Gm40848-201ENSMUST00000221998 324 ntBASIC30.11■■■□□ 2.41
Scn4aQ9ER60 Nfkbil1-201ENSMUST00000048994 1447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.1■■■□□ 2.41
Scn4aQ9ER60 Vamp5-201ENSMUST00000074231 553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.1■■■□□ 2.41
Scn4aQ9ER60 Tk2-205ENSMUST00000212275 1507 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC30.09■■■□□ 2.41
Scn4aQ9ER60 4930500M09Rik-202ENSMUST00000194988 1563 ntBASIC30.09■■■□□ 2.41
Scn4aQ9ER60 Cirbp-202ENSMUST00000105365 1321 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.08■■■□□ 2.41
Scn4aQ9ER60 Dusp28-201ENSMUST00000060913 1314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.08■■■□□ 2.41
Scn4aQ9ER60 Gm10499-202ENSMUST00000174778 1698 ntTSL 1 (best) BASIC30.08■■■□□ 2.41
Scn4aQ9ER60 Gm43060-201ENSMUST00000200621 289 ntBASIC30.08■■■□□ 2.41
Scn4aQ9ER60 Tmbim4-201ENSMUST00000020446 904 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.08■■■□□ 2.41
Scn4aQ9ER60 Gm9870-201ENSMUST00000063874 645 ntBASIC30.08■■■□□ 2.41
Scn4aQ9ER60 Ankrd9-207ENSMUST00000148765 1431 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC30.08■■■□□ 2.41
Scn4aQ9ER60 Ppa1-201ENSMUST00000020286 1364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.08■■■□□ 2.41
Scn4aQ9ER60 Porcn-203ENSMUST00000089402 1839 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC30.08■■■□□ 2.41
Scn4aQ9ER60 Tusc2-201ENSMUST00000010198 1665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.07■■■□□ 2.4
Scn4aQ9ER60 Emid1-201ENSMUST00000062821 1947 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.07■■■□□ 2.4
Scn4aQ9ER60 Arhgap27os2-201ENSMUST00000123812 1390 ntTSL 1 (best) BASIC30.07■■■□□ 2.4
Scn4aQ9ER60 Pla2g12a-201ENSMUST00000029629 1561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.07■■■□□ 2.4
Scn4aQ9ER60 Gm17098-201ENSMUST00000166507 628 ntTSL 5 BASIC30.07■■■□□ 2.4
Scn4aQ9ER60 Cpe-201ENSMUST00000048967 2117 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.07■■■□□ 2.4
Scn4aQ9ER60 Coq10a-201ENSMUST00000043211 1421 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC30.07■■■□□ 2.4
Scn4aQ9ER60 Timmdc1-201ENSMUST00000002925 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.07■■■□□ 2.4
Scn4aQ9ER60 Arl2bp-202ENSMUST00000109527 1133 ntTSL 1 (best) BASIC30.06■■■□□ 2.4
Scn4aQ9ER60 Grifin-201ENSMUST00000042993 613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.06■■■□□ 2.4
Scn4aQ9ER60 Cadm1-209ENSMUST00000152459 1784 ntTSL 1 (best) BASIC30.06■■■□□ 2.4
Scn4aQ9ER60 Ndufb2-202ENSMUST00000119379 455 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.06■■■□□ 2.4
Scn4aQ9ER60 Gm18671-201ENSMUST00000214826 683 ntBASIC30.06■■■□□ 2.4
Scn4aQ9ER60 Apoe-206ENSMUST00000174064 1408 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.05■■■□□ 2.4
Scn4aQ9ER60 Fbxo6-202ENSMUST00000056965 1163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.05■■■□□ 2.4
Scn4aQ9ER60 Camk1-201ENSMUST00000032409 1496 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.04■■■□□ 2.4
Scn4aQ9ER60 Dnajb2-207ENSMUST00000188290 1855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.04■■■□□ 2.4
Scn4aQ9ER60 Snx12-204ENSMUST00000156473 1114 ntTSL 1 (best) BASIC30.04■■■□□ 2.4
Scn4aQ9ER60 Serbp1-211ENSMUST00000204293 1336 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.04■■■□□ 2.4
Scn4aQ9ER60 Prcd-205ENSMUST00000178875 1227 ntTSL 5 BASIC30.03■■■□□ 2.4
Scn4aQ9ER60 Cystm1-201ENSMUST00000050584 831 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.03■■■□□ 2.4
Scn4aQ9ER60 D830025C05Rik-201ENSMUST00000059474 976 ntBASIC30.03■■■□□ 2.4
Scn4aQ9ER60 Porcn-201ENSMUST00000077595 1872 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC30.03■■■□□ 2.4
Scn4aQ9ER60 Ick-201ENSMUST00000009972 873 ntTSL 1 (best) BASIC30.03■■■□□ 2.4
Scn4aQ9ER60 Gsk3a-202ENSMUST00000108411 2248 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC30.03■■■□□ 2.4
Scn4aQ9ER60 Stmn4-204ENSMUST00000121955 1361 ntTSL 5 BASIC30.02■■■□□ 2.4
Scn4aQ9ER60 Gm3558-201ENSMUST00000163790 2055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.02■■■□□ 2.4
Scn4aQ9ER60 Gpx7-201ENSMUST00000030332 1289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.01■■■□□ 2.4
Scn4aQ9ER60 Mvb12a-201ENSMUST00000034272 1062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.01■■■□□ 2.4
Scn4aQ9ER60 Actr3b-201ENSMUST00000088244 1712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.01■■■□□ 2.39
Scn4aQ9ER60 AV356131-201ENSMUST00000206201 750 ntBASIC30.01■■■□□ 2.39
Scn4aQ9ER60 Gm45168-202ENSMUST00000206461 1069 ntTSL 5 BASIC30.01■■■□□ 2.39
Scn4aQ9ER60 Slc35a2-209ENSMUST00000208397 1374 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC30■■■□□ 2.39
Scn4aQ9ER60 Htr7-201ENSMUST00000099505 1606 ntTSL 5 BASIC30■■■□□ 2.39
Scn4aQ9ER60 Khk-204ENSMUST00000201621 1583 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.99■■■□□ 2.39
Scn4aQ9ER60 Smim1-209ENSMUST00000145527 562 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.99■■■□□ 2.39
Scn4aQ9ER60 Slc30a3-201ENSMUST00000031037 2089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.99■■■□□ 2.39
Scn4aQ9ER60 Becn1-217ENSMUST00000172233 1493 ntTSL 5 BASIC29.98■■■□□ 2.39
Scn4aQ9ER60 Gabpb1-203ENSMUST00000103226 1338 ntTSL 1 (best) BASIC29.98■■■□□ 2.39
Scn4aQ9ER60 1810010H24Rik-202ENSMUST00000140447 1677 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.98■■■□□ 2.39
Scn4aQ9ER60 C430014B12Rik-202ENSMUST00000186858 657 ntTSL 2 BASIC29.98■■■□□ 2.39
Scn4aQ9ER60 Gm10657-201ENSMUST00000193528 1031 ntBASIC29.98■■■□□ 2.39
Scn4aQ9ER60 A030001D20Rik-201ENSMUST00000211533 1542 ntTSL 1 (best) BASIC29.98■■■□□ 2.39
Scn4aQ9ER60 Gm10653-202ENSMUST00000139570 835 ntBASIC29.97■■■□□ 2.39
Scn4aQ9ER60 Nucks1-203ENSMUST00000189946 2375 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.97■■■□□ 2.39
Scn4aQ9ER60 Pex16-201ENSMUST00000028650 1392 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.96■■■□□ 2.39
Scn4aQ9ER60 1700030C10Rik-201ENSMUST00000110971 1471 ntBASIC29.96■■■□□ 2.39
Scn4aQ9ER60 4930526A20Rik-202ENSMUST00000142461 1628 ntBASIC29.96■■■□□ 2.39
Scn4aQ9ER60 Ltb4r2-201ENSMUST00000044554 1439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.95■■■□□ 2.39
Scn4aQ9ER60 4930413G21Rik-201ENSMUST00000205998 993 ntBASIC29.95■■■□□ 2.39
Scn4aQ9ER60 Npm3-ps1-201ENSMUST00000119728 528 ntBASIC29.94■■■□□ 2.38
Scn4aQ9ER60 Speg-206ENSMUST00000122266 917 ntTSL 1 (best) BASIC29.94■■■□□ 2.38
Scn4aQ9ER60 Mir7071-201ENSMUST00000184847 69 ntBASIC29.94■■■□□ 2.38
Scn4aQ9ER60 Npm3-201ENSMUST00000070215 888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.94■■■□□ 2.38
Scn4aQ9ER60 Dnajb2-206ENSMUST00000187058 1732 ntTSL 1 (best) BASIC29.94■■■□□ 2.38
Scn4aQ9ER60 Gm26776-201ENSMUST00000180479 1872 ntTSL 5 BASIC29.94■■■□□ 2.38
Scn4aQ9ER60 Srcap-211ENSMUST00000189136 1960 ntTSL 1 (best) BASIC29.94■■■□□ 2.38
Scn4aQ9ER60 S100a6-201ENSMUST00000001051 731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.93■■■□□ 2.38
Scn4aQ9ER60 Mrfap1-201ENSMUST00000068795 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.93■■■□□ 2.38
Scn4aQ9ER60 Stx6-209ENSMUST00000195302 955 ntTSL 1 (best) BASIC29.92■■■□□ 2.38
Scn4aQ9ER60 Ddx43-201ENSMUST00000113367 2207 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.92■■■□□ 2.38
Scn4aQ9ER60 Nrg3-202ENSMUST00000168810 2175 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.92■■■□□ 2.38
Scn4aQ9ER60 Gm6085-201ENSMUST00000182774 1470 ntBASIC29.92■■■□□ 2.38
Scn4aQ9ER60 Acot8-202ENSMUST00000103094 1152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.92■■■□□ 2.38
Scn4aQ9ER60 Cnpy3-202ENSMUST00000121671 561 ntTSL 2 BASIC29.92■■■□□ 2.38
Scn4aQ9ER60 Dpyd-204ENSMUST00000149101 531 ntTSL 3 BASIC29.92■■■□□ 2.38
Scn4aQ9ER60 Acot8-201ENSMUST00000017451 1055 ntTSL 1 (best) BASIC29.92■■■□□ 2.38
Scn4aQ9ER60 Cmc1-201ENSMUST00000044220 1169 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.92■■■□□ 2.38
Scn4aQ9ER60 Slc25a38-201ENSMUST00000035106 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.91■■■□□ 2.38
Scn4aQ9ER60 Fam220a-206ENSMUST00000196487 2278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.91■■■□□ 2.38
Scn4aQ9ER60 Cys1-208ENSMUST00000189849 1828 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.91■■■□□ 2.38
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 33.1 ms