Protein–RNA interactions for Protein: Q8C9S8

Atg4a, Cysteine protease ATG4A, mousemouse

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Length 396 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Atg4aQ8C9S8 Rab28-201ENSMUST00000031011 1635 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.73
Atg4aQ8C9S8 Barhl1-202ENSMUST00000113847 2160 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.73
Atg4aQ8C9S8 Mrgbp-201ENSMUST00000029085 1510 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.72
Atg4aQ8C9S8 Tex30-208ENSMUST00000147571 1360 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
Atg4aQ8C9S8 Zswim6-201ENSMUST00000105097 5456 ntTSL 5 BASIC25.82■■□□□ 1.72
Atg4aQ8C9S8 Gm43403-201ENSMUST00000198011 1786 ntBASIC25.82■■□□□ 1.72
Atg4aQ8C9S8 AC116713.1-201ENSMUST00000215074 430 ntBASIC25.82■■□□□ 1.72
Atg4aQ8C9S8 Klf1-201ENSMUST00000067060 1530 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
Atg4aQ8C9S8 Rhob-201ENSMUST00000067384 2349 ntAPPRIS P1 BASIC25.81■■□□□ 1.72
Atg4aQ8C9S8 Gimap1-201ENSMUST00000054368 1493 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
Atg4aQ8C9S8 Ugp2-201ENSMUST00000060895 2044 ntTSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
Atg4aQ8C9S8 Rps19-202ENSMUST00000108429 633 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.8■■□□□ 1.72
Atg4aQ8C9S8 Tmub1-202ENSMUST00000115033 1598 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.8■■□□□ 1.72
Atg4aQ8C9S8 Prdm11-205ENSMUST00000178666 1870 ntTSL 5 BASIC25.8■■□□□ 1.72
Atg4aQ8C9S8 1810010H24Rik-202ENSMUST00000140447 1677 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.8■■□□□ 1.72
Atg4aQ8C9S8 Tmem74b-202ENSMUST00000109872 1399 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
Atg4aQ8C9S8 AC164883.3-201ENSMUST00000227396 1774 ntBASIC25.79■■□□□ 1.72
Atg4aQ8C9S8 Atpaf1-203ENSMUST00000176047 2330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
Atg4aQ8C9S8 Slc30a2-203ENSMUST00000105873 1224 ntTSL 5 BASIC25.79■■□□□ 1.72
Atg4aQ8C9S8 Pdgfa-204ENSMUST00000110897 1287 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.79■■□□□ 1.72
Atg4aQ8C9S8 Pgam1-201ENSMUST00000011896 1831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
Atg4aQ8C9S8 Prss50-201ENSMUST00000051097 1456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
Atg4aQ8C9S8 Retreg2-208ENSMUST00000190240 2438 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
Atg4aQ8C9S8 Abhd12-201ENSMUST00000056149 1999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
Atg4aQ8C9S8 Alkal2-201ENSMUST00000067087 1509 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
Atg4aQ8C9S8 Fbxo4-201ENSMUST00000022791 1565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
Atg4aQ8C9S8 Slc27a3-201ENSMUST00000029541 2259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
Atg4aQ8C9S8 Ihh-201ENSMUST00000164097 2468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
Atg4aQ8C9S8 Best2-202ENSMUST00000209322 1944 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
Atg4aQ8C9S8 Ankrd54-201ENSMUST00000040676 1904 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
Atg4aQ8C9S8 Cers5-201ENSMUST00000023762 2096 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
Atg4aQ8C9S8 AC102554.1-201ENSMUST00000216236 537 ntTSL 5 BASIC25.77■■□□□ 1.72
Atg4aQ8C9S8 Rpl34-201ENSMUST00000062601 624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
Atg4aQ8C9S8 Cotl1-201ENSMUST00000034285 1596 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
Atg4aQ8C9S8 Cpeb3-205ENSMUST00000126781 2095 ntTSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
Atg4aQ8C9S8 Kif1bp-201ENSMUST00000065887 2472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
Atg4aQ8C9S8 H2-Q5-202ENSMUST00000172979 998 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.76■■□□□ 1.71
Atg4aQ8C9S8 Tmem238-201ENSMUST00000168578 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
Atg4aQ8C9S8 Tarbp2-201ENSMUST00000023813 1523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
Atg4aQ8C9S8 Atxn7l2-201ENSMUST00000102633 3044 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
Atg4aQ8C9S8 Homer1-207ENSMUST00000109494 2468 ntTSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
Atg4aQ8C9S8 H2afj-201ENSMUST00000074556 1831 ntAPPRIS P2 BASIC25.75■■□□□ 1.71
Atg4aQ8C9S8 Zfand2b-201ENSMUST00000027394 1316 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
Atg4aQ8C9S8 Phf2os1-201ENSMUST00000123212 498 ntTSL 3 BASIC25.75■■□□□ 1.71
Atg4aQ8C9S8 Srcap-202ENSMUST00000098025 1257 ntTSL 5 BASIC25.75■■□□□ 1.71
Atg4aQ8C9S8 Mbnl3-203ENSMUST00000114876 2243 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
Atg4aQ8C9S8 Gm12504-201ENSMUST00000120860 2231 ntBASIC25.75■■□□□ 1.71
Atg4aQ8C9S8 Tsc22d1-204ENSMUST00000110888 4999 ntTSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
Atg4aQ8C9S8 March8-204ENSMUST00000123405 2102 ntTSL 5 BASIC25.75■■□□□ 1.71
Atg4aQ8C9S8 Snapin-203ENSMUST00000149884 1928 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
Atg4aQ8C9S8 Tfg-201ENSMUST00000065515 1945 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
Atg4aQ8C9S8 Tpm1-211ENSMUST00000113695 1607 ntTSL 3 BASIC25.74■■□□□ 1.71
Atg4aQ8C9S8 Nfkbil1-201ENSMUST00000048994 1447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
Atg4aQ8C9S8 Hopx-203ENSMUST00000120827 1217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
Atg4aQ8C9S8 Nab1-201ENSMUST00000069792 3874 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
Atg4aQ8C9S8 Sec22c-202ENSMUST00000111560 2669 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
Atg4aQ8C9S8 Mpv17l2-201ENSMUST00000038626 980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
Atg4aQ8C9S8 Prdm13-201ENSMUST00000076206 2993 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.73■■□□□ 1.71
Atg4aQ8C9S8 Gsr-201ENSMUST00000033992 2673 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
Atg4aQ8C9S8 Shisa8-201ENSMUST00000179269 1804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
Atg4aQ8C9S8 Tmem45b-201ENSMUST00000048050 1799 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
Atg4aQ8C9S8 Fam216a-201ENSMUST00000031419 1388 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
Atg4aQ8C9S8 1700034P13Rik-201ENSMUST00000181358 1343 ntTSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
Atg4aQ8C9S8 Cdkn2d-203ENSMUST00000215619 1423 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
Atg4aQ8C9S8 Cnnm1-202ENSMUST00000223787 2931 ntAPPRIS ALT2 BASIC25.71■■□□□ 1.71
Atg4aQ8C9S8 Mau2-206ENSMUST00000212451 1931 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
Atg4aQ8C9S8 Phf12-202ENSMUST00000108360 3047 ntTSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
Atg4aQ8C9S8 Bpifb4-202ENSMUST00000109757 2420 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC25.71■■□□□ 1.71
Atg4aQ8C9S8 Nkx2-2-201ENSMUST00000067075 2120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.71
Atg4aQ8C9S8 Rsrc1-202ENSMUST00000065047 2736 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.7
Atg4aQ8C9S8 Prrt2-206ENSMUST00000202045 429 ntTSL 5 BASIC25.7■■□□□ 1.7
Atg4aQ8C9S8 Rp9-203ENSMUST00000215715 1499 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.7
Atg4aQ8C9S8 Plk5-202ENSMUST00000105351 2100 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.7
Atg4aQ8C9S8 Sh3rf1-201ENSMUST00000034060 5479 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.7
Atg4aQ8C9S8 Uap1-201ENSMUST00000027981 2283 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.7
Atg4aQ8C9S8 Hes7-201ENSMUST00000024543 1809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.7
Atg4aQ8C9S8 Setd6-201ENSMUST00000034096 1707 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
Atg4aQ8C9S8 BC037034-205ENSMUST00000159649 2093 ntTSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
Atg4aQ8C9S8 Psmg1-202ENSMUST00000117044 807 ntTSL 5 BASIC25.69■■□□□ 1.7
Atg4aQ8C9S8 Eif5a-213ENSMUST00000164359 1281 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.69■■□□□ 1.7
Atg4aQ8C9S8 Fam98c-209ENSMUST00000164589 1293 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.69■■□□□ 1.7
Atg4aQ8C9S8 Hrh3-205ENSMUST00000165762 1368 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.69■■□□□ 1.7
Atg4aQ8C9S8 Dleu2-201ENSMUST00000180377 1165 ntTSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
Atg4aQ8C9S8 Fndc5-201ENSMUST00000102600 2763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
Atg4aQ8C9S8 Hnrnpab-201ENSMUST00000074669 2370 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
Atg4aQ8C9S8 Vwc2-201ENSMUST00000056344 1350 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
Atg4aQ8C9S8 Tk2-205ENSMUST00000212275 1507 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.68■■□□□ 1.7
Atg4aQ8C9S8 Gm16286-205ENSMUST00000127234 1755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.67■■□□□ 1.7
Atg4aQ8C9S8 Gorasp2-201ENSMUST00000028509 2238 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.67■■□□□ 1.7
Atg4aQ8C9S8 Sec24d-208ENSMUST00000200333 307 ntTSL 1 (best) BASIC25.67■■□□□ 1.7
Atg4aQ8C9S8 Gm9767-201ENSMUST00000041011 1193 ntAPPRIS P1 BASIC25.67■■□□□ 1.7
Atg4aQ8C9S8 Gm10232-201ENSMUST00000089221 720 ntBASIC25.67■■□□□ 1.7
Atg4aQ8C9S8 Txnl4a-204ENSMUST00000145963 1756 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.67■■□□□ 1.7
Atg4aQ8C9S8 Slc35a2-201ENSMUST00000096514 1757 ntTSL 5 BASIC25.67■■□□□ 1.7
Atg4aQ8C9S8 Epb41l4b-201ENSMUST00000030142 3247 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
Atg4aQ8C9S8 Fance-204ENSMUST00000114804 1842 ntTSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
Atg4aQ8C9S8 Porcn-203ENSMUST00000089402 1839 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
Atg4aQ8C9S8 D130020L05Rik-203ENSMUST00000221044 803 ntTSL 2 BASIC25.66■■□□□ 1.7
Atg4aQ8C9S8 Kcnip2-201ENSMUST00000026247 1203 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.66■■□□□ 1.7
Atg4aQ8C9S8 Rab42-201ENSMUST00000040411 761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
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