Protein–RNA interactions for Protein: P39428

Traf1, TNF receptor-associated factor 1, mousemouse

Predictions only

Length 409 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Traf1P39428 Qtrt1-201ENSMUST00000002902 1316 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
Traf1P39428 Eva1b-201ENSMUST00000052876 1689 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
Traf1P39428 Timm8a1-201ENSMUST00000054213 1421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
Traf1P39428 Ankrd11-207ENSMUST00000212937 943 ntTSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
Traf1P39428 Pbx1-201ENSMUST00000064438 1020 ntTSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
Traf1P39428 Whrn-202ENSMUST00000063672 2804 ntTSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
Traf1P39428 Mgrn1-201ENSMUST00000023159 3293 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
Traf1P39428 Mgrn1-202ENSMUST00000070658 3290 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
Traf1P39428 Peli3-201ENSMUST00000025834 1971 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
Traf1P39428 4930526A20Rik-202ENSMUST00000142461 1628 ntBASIC24.36■■□□□ 1.49
Traf1P39428 Rfx5-204ENSMUST00000107255 2350 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.36■■□□□ 1.49
Traf1P39428 Snrpb-201ENSMUST00000103199 1161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
Traf1P39428 Ostc-201ENSMUST00000043937 1067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
Traf1P39428 Xpa-202ENSMUST00000058232 1241 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
Traf1P39428 Gm13241-201ENSMUST00000094493 780 ntBASIC24.36■■□□□ 1.49
Traf1P39428 Agps-202ENSMUST00000111952 2589 ntTSL 2 BASIC24.36■■□□□ 1.49
Traf1P39428 Tk2-205ENSMUST00000212275 1507 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.35■■□□□ 1.49
Traf1P39428 Snrnp40-201ENSMUST00000105994 1584 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
Traf1P39428 Dynlt1f-201ENSMUST00000179554 807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
Traf1P39428 Atp6v1f-201ENSMUST00000004396 703 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
Traf1P39428 Gm10620-201ENSMUST00000098379 1332 ntBASIC24.35■■□□□ 1.49
Traf1P39428 Tusc2-201ENSMUST00000010198 1665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
Traf1P39428 Rcc1l-201ENSMUST00000076228 2321 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
Traf1P39428 A730098A19Rik-201ENSMUST00000188193 978 ntTSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
Traf1P39428 AC161180.2-201ENSMUST00000222567 1015 ntAPPRIS P1 BASIC24.34■■□□□ 1.49
Traf1P39428 Gm10642-201ENSMUST00000098589 1610 ntAPPRIS P1 BASIC24.34■■□□□ 1.49
Traf1P39428 Notum-202ENSMUST00000106177 2212 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.34■■□□□ 1.49
Traf1P39428 Gsx1-201ENSMUST00000065382 1773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
Traf1P39428 Slc25a1-201ENSMUST00000003622 1678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
Traf1P39428 Cep97-205ENSMUST00000121703 609 ntTSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
Traf1P39428 Snrpa1-206ENSMUST00000153609 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
Traf1P39428 Gm17324-201ENSMUST00000165499 922 ntAPPRIS P1 BASIC24.33■■□□□ 1.49
Traf1P39428 Gm9847-201ENSMUST00000052528 599 ntBASIC24.33■■□□□ 1.49
Traf1P39428 Hnrnpab-202ENSMUST00000101249 2013 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
Traf1P39428 Clta-204ENSMUST00000107849 1099 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
Traf1P39428 Clta-205ENSMUST00000107851 1135 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC24.32■■□□□ 1.48
Traf1P39428 Polr1d-201ENSMUST00000050970 1196 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
Traf1P39428 Htra2-201ENSMUST00000089645 1725 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
Traf1P39428 Sucla2-201ENSMUST00000022706 1545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
Traf1P39428 Fbxw2-204ENSMUST00000113077 1670 ntTSL 5 BASIC24.31■■□□□ 1.48
Traf1P39428 Ssr2-201ENSMUST00000035785 1189 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
Traf1P39428 Txnrd2-213ENSMUST00000178093 1785 ntTSL 5 BASIC24.31■■□□□ 1.48
Traf1P39428 Kti12-201ENSMUST00000102738 1629 ntAPPRIS P1 BASIC24.31■■□□□ 1.48
Traf1P39428 Pitx2-202ENSMUST00000042587 2271 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
Traf1P39428 A230087F16Rik-201ENSMUST00000181055 2098 ntTSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
Traf1P39428 Gpn2-202ENSMUST00000105899 996 ntTSL 5 BASIC24.3■■□□□ 1.48
Traf1P39428 Gm12922-201ENSMUST00000120626 809 ntBASIC24.3■■□□□ 1.48
Traf1P39428 AC122379.1-201ENSMUST00000220658 355 ntTSL 3 BASIC24.3■■□□□ 1.48
Traf1P39428 Hoxb7-201ENSMUST00000049352 1291 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
Traf1P39428 Dhrs13-201ENSMUST00000021187 1779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
Traf1P39428 Sdccag3-204ENSMUST00000114102 2193 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
Traf1P39428 Cdkn2aipnl-201ENSMUST00000102763 1832 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
Traf1P39428 Sdccag3-201ENSMUST00000028293 2031 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
Traf1P39428 0610010K14Rik-209ENSMUST00000108579 667 ntTSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
Traf1P39428 Pawr-202ENSMUST00000218332 870 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
Traf1P39428 Eml4-202ENSMUST00000096766 5445 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
Traf1P39428 Pou2f2-204ENSMUST00000108416 1754 ntTSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
Traf1P39428 Adora2b-201ENSMUST00000018644 1845 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
Traf1P39428 Tcte2-202ENSMUST00000127032 1875 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
Traf1P39428 Heca-201ENSMUST00000037879 5098 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
Traf1P39428 Nsmf-213ENSMUST00000140737 862 ntTSL 5 BASIC24.28■■□□□ 1.48
Traf1P39428 1700026D11Rik-201ENSMUST00000126910 2033 ntTSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
Traf1P39428 Arglu1-201ENSMUST00000048545 3197 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.28■■□□□ 1.48
Traf1P39428 Hand2-201ENSMUST00000040104 2351 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
Traf1P39428 Gm13429-202ENSMUST00000128242 692 ntTSL 3 BASIC24.27■■□□□ 1.48
Traf1P39428 Hebp2-202ENSMUST00000213153 968 ntTSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
Traf1P39428 Endod1-203ENSMUST00000214236 419 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC24.27■■□□□ 1.48
Traf1P39428 Xbp1-201ENSMUST00000063084 2129 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
Traf1P39428 Alkal2-201ENSMUST00000067087 1509 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
Traf1P39428 Lypla2-201ENSMUST00000067567 1626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
Traf1P39428 D130020L05Rik-203ENSMUST00000221044 803 ntTSL 2 BASIC24.26■■□□□ 1.47
Traf1P39428 Tcte2-201ENSMUST00000053376 1105 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
Traf1P39428 Dmrt3-201ENSMUST00000048935 2390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
Traf1P39428 Pom121-201ENSMUST00000111171 5580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
Traf1P39428 Smim19-202ENSMUST00000163774 1435 ntTSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
Traf1P39428 Hoxa11-201ENSMUST00000048026 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
Traf1P39428 Cept1-203ENSMUST00000121231 2121 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC24.25■■□□□ 1.47
Traf1P39428 Man1a-201ENSMUST00000003843 5137 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
Traf1P39428 Specc1-206ENSMUST00000201015 1789 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.25■■□□□ 1.47
Traf1P39428 2900079G21Rik-201ENSMUST00000139552 1139 ntTSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
Traf1P39428 Ankra2-205ENSMUST00000150916 1028 ntTSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
Traf1P39428 Spire2-201ENSMUST00000010298 2330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
Traf1P39428 Mapk12-201ENSMUST00000088827 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
Traf1P39428 Slc22a17-208ENSMUST00000228119 2348 ntAPPRIS P1 BASIC24.24■■□□□ 1.47
Traf1P39428 Pstpip1-201ENSMUST00000059206 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
Traf1P39428 Zfp346-202ENSMUST00000159147 1146 ntTSL 5 BASIC24.24■■□□□ 1.47
Traf1P39428 Ccdc85c-201ENSMUST00000136175 1302 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.24■■□□□ 1.47
Traf1P39428 Gm9780-202ENSMUST00000184915 1394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
Traf1P39428 Gm43034-201ENSMUST00000198678 1364 ntBASIC24.24■■□□□ 1.47
Traf1P39428 Rab26-201ENSMUST00000035797 1575 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
Traf1P39428 Hif1a-203ENSMUST00000110464 1759 ntTSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
Traf1P39428 Fip1l1-202ENSMUST00000113534 2140 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
Traf1P39428 E130311K13Rik-201ENSMUST00000061706 1640 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
Traf1P39428 Eri3-201ENSMUST00000037127 1719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
Traf1P39428 Tinagl1-209ENSMUST00000175992 1847 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.21■■□□□ 1.47
Traf1P39428 Tmem230-202ENSMUST00000110163 1551 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.21■■□□□ 1.47
Traf1P39428 Timmdc1-201ENSMUST00000002925 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
Traf1P39428 8430432A02Rik-201ENSMUST00000039080 1248 ntBASIC24.21■■□□□ 1.47
Traf1P39428 AC164550.2-201ENSMUST00000219127 2086 ntTSL 5 BASIC24.21■■□□□ 1.47
Traf1P39428 Dmtn-209ENSMUST00000228295 2572 ntBASIC24.21■■□□□ 1.47
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 17.8 ms