Protein–RNA interactions for Protein: Q3U319

Rnf40, E3 ubiquitin-protein ligase BRE1B, mousemouse

Predictions only

Length 1,001 aa.

Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Rnf40Q3U319 Gm28180-201ENSMUST00000189608 722 ntBASIC13.31□□□□□ -0.28
Rnf40Q3U319 Gm18692-201ENSMUST00000193047 511 ntBASIC13.31□□□□□ -0.28
Rnf40Q3U319 Gm44945-201ENSMUST00000206764 1187 ntBASIC13.31□□□□□ -0.28
Rnf40Q3U319 Higd1b-201ENSMUST00000021302 735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.31□□□□□ -0.28
Rnf40Q3U319 AC153968.2-201ENSMUST00000215579 1140 ntBASIC13.31□□□□□ -0.28
Rnf40Q3U319 Taldo1-201ENSMUST00000026576 1229 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.31□□□□□ -0.28
Rnf40Q3U319 Ccdc54-201ENSMUST00000062439 1296 ntAPPRIS P1 BASIC13.31□□□□□ -0.28
Rnf40Q3U319 Tas2r121-201ENSMUST00000095395 918 ntAPPRIS P1 BASIC13.31□□□□□ -0.28
Rnf40Q3U319 Sema3f-201ENSMUST00000080560 3395 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.31□□□□□ -0.28
Rnf40Q3U319 Lrriq1-203ENSMUST00000166240 5232 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.31□□□□□ -0.28
Rnf40Q3U319 Chodl-203ENSMUST00000114216 1550 ntTSL 1 (best) BASIC13.31□□□□□ -0.28
Rnf40Q3U319 Map3k2-201ENSMUST00000096575 10791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.31□□□□□ -0.28
Rnf40Q3U319 Mmachc-201ENSMUST00000030453 2106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.31□□□□□ -0.28
Rnf40Q3U319 Rcor3-201ENSMUST00000073279 3748 ntTSL 1 (best) BASIC13.31□□□□□ -0.28
Rnf40Q3U319 E2f3-201ENSMUST00000102948 5097 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.31□□□□□ -0.28
Rnf40Q3U319 Gm44831-201ENSMUST00000208469 2989 ntBASIC13.31□□□□□ -0.28
Rnf40Q3U319 Dcaf1-202ENSMUST00000159645 4945 ntTSL 1 (best) BASIC13.31□□□□□ -0.28
Rnf40Q3U319 Olfr1171-ps1-202ENSMUST00000150178 1398 ntTSL 3 BASIC13.31□□□□□ -0.28
Rnf40Q3U319 1700047I17Rik2-201ENSMUST00000177978 3863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.31□□□□□ -0.28
Rnf40Q3U319 Col14a1-202ENSMUST00000110217 6457 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC13.31□□□□□ -0.28
Rnf40Q3U319 Prrt3-204ENSMUST00000205075 1956 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.31□□□□□ -0.28
Rnf40Q3U319 Cyth2-208ENSMUST00000211783 1983 ntTSL 5 BASIC13.31□□□□□ -0.28
Rnf40Q3U319 Mylip-202ENSMUST00000222178 1954 ntTSL 1 (best) BASIC13.31□□□□□ -0.28
Rnf40Q3U319 Tmem132a-201ENSMUST00000025645 3657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.31□□□□□ -0.28
Rnf40Q3U319 Fam172a-203ENSMUST00000163257 1436 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC13.3□□□□□ -0.28
Rnf40Q3U319 Tgfbr1-202ENSMUST00000044234 2861 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.3□□□□□ -0.28
Rnf40Q3U319 Mthfd1l-201ENSMUST00000043735 3535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.3□□□□□ -0.28
Rnf40Q3U319 Igfbp4-201ENSMUST00000017637 3831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.3□□□□□ -0.28
Rnf40Q3U319 Creb3l2-201ENSMUST00000041093 7082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.3□□□□□ -0.28
Rnf40Q3U319 Dis3l-208ENSMUST00000168844 3575 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.3□□□□□ -0.28
Rnf40Q3U319 Zfand2a-202ENSMUST00000110851 3121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.3□□□□□ -0.28
Rnf40Q3U319 Ddb2-201ENSMUST00000028696 1557 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.3□□□□□ -0.28
Rnf40Q3U319 Thpo-201ENSMUST00000076422 1587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.3□□□□□ -0.28
Rnf40Q3U319 Lypla1-201ENSMUST00000027036 2507 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.3□□□□□ -0.28
Rnf40Q3U319 Extl3-203ENSMUST00000225633 6013 ntAPPRIS P1 BASIC13.3□□□□□ -0.28
Rnf40Q3U319 Rab15-204ENSMUST00000122419 856 ntTSL 5 BASIC13.3□□□□□ -0.28
Rnf40Q3U319 Ptpa-208ENSMUST00000131476 989 ntTSL 2 BASIC13.3□□□□□ -0.28
Rnf40Q3U319 Csn3-201ENSMUST00000001667 991 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.3□□□□□ -0.28
Rnf40Q3U319 Gm20821-201ENSMUST00000179829 1153 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.3□□□□□ -0.28
Rnf40Q3U319 Ndufaf8-202ENSMUST00000185558 427 ntTSL 5 BASIC13.3□□□□□ -0.28
Rnf40Q3U319 Gm37440-202ENSMUST00000195572 1227 ntTSL 5 BASIC13.3□□□□□ -0.28
Rnf40Q3U319 AC153899.1-201ENSMUST00000214092 1117 ntBASIC13.3□□□□□ -0.28
Rnf40Q3U319 AC160060.2-201ENSMUST00000220151 811 ntTSL 5 BASIC13.3□□□□□ -0.28
Rnf40Q3U319 Tspan18-201ENSMUST00000028646 1203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.3□□□□□ -0.28
Rnf40Q3U319 Pabpn1l-201ENSMUST00000093059 1148 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.3□□□□□ -0.28
Rnf40Q3U319 Acad8-201ENSMUST00000060513 2859 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.3□□□□□ -0.28
Rnf40Q3U319 Jph2-202ENSMUST00000109425 4155 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.3□□□□□ -0.28
Rnf40Q3U319 Ptcd3-201ENSMUST00000082094 2581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.3□□□□□ -0.28
Rnf40Q3U319 Tram1l1-201ENSMUST00000058994 3889 ntAPPRIS P1 BASIC13.3□□□□□ -0.28
Rnf40Q3U319 Ahsa2-202ENSMUST00000109539 3583 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.3□□□□□ -0.28
Rnf40Q3U319 Dnajc14-207ENSMUST00000219508 2298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.3□□□□□ -0.28
Rnf40Q3U319 Zfp335-201ENSMUST00000041361 4587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.3□□□□□ -0.28
Rnf40Q3U319 Nhlrc2-201ENSMUST00000071423 3934 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.3□□□□□ -0.28
Rnf40Q3U319 Spata20-201ENSMUST00000041705 2627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.3□□□□□ -0.28
Rnf40Q3U319 4933412A08Rik-201ENSMUST00000061046 1343 ntBASIC13.3□□□□□ -0.28
Rnf40Q3U319 Arhgap39-201ENSMUST00000036176 4500 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.3□□□□□ -0.28
Rnf40Q3U319 Bin3-201ENSMUST00000022680 1767 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.3□□□□□ -0.28
Rnf40Q3U319 Rubcn-202ENSMUST00000089684 5311 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.3□□□□□ -0.28
Rnf40Q3U319 Smco1-201ENSMUST00000093183 1408 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.3□□□□□ -0.28
Rnf40Q3U319 Cacna1g-205ENSMUST00000107786 7984 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.3□□□□□ -0.28
Rnf40Q3U319 Rpap1-203ENSMUST00000110793 5458 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.29□□□□□ -0.28
Rnf40Q3U319 Ces2f-201ENSMUST00000076384 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.29□□□□□ -0.28
Rnf40Q3U319 Gm44286-201ENSMUST00000204098 1487 ntBASIC13.29□□□□□ -0.28
Rnf40Q3U319 Fzd6-201ENSMUST00000022906 4081 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.29□□□□□ -0.28
Rnf40Q3U319 Umod-201ENSMUST00000033263 2625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.29□□□□□ -0.28
Rnf40Q3U319 Neat1-202ENSMUST00000174287 3004 ntTSL 1 (best) BASIC13.29□□□□□ -0.28
Rnf40Q3U319 Stx17-201ENSMUST00000064765 1531 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.29□□□□□ -0.28
Rnf40Q3U319 Crkl-201ENSMUST00000006293 3863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.29□□□□□ -0.28
Rnf40Q3U319 Pcnt-202ENSMUST00000217838 9341 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.29□□□□□ -0.28
Rnf40Q3U319 Gsdma-201ENSMUST00000017348 2726 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.29□□□□□ -0.28
Rnf40Q3U319 Syt16-203ENSMUST00000221220 8156 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.29□□□□□ -0.28
Rnf40Q3U319 E230020A03Rik-201ENSMUST00000194646 2386 ntBASIC13.29□□□□□ -0.28
Rnf40Q3U319 Slc46a2-201ENSMUST00000030081 2833 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.29□□□□□ -0.28
Rnf40Q3U319 Mrpl45-201ENSMUST00000019026 2431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.29□□□□□ -0.28
Rnf40Q3U319 Rgs11-202ENSMUST00000122058 2005 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.29□□□□□ -0.28
Rnf40Q3U319 Sec23a-201ENSMUST00000021375 4109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.29□□□□□ -0.28
Rnf40Q3U319 Hmgcs2-202ENSMUST00000120541 2524 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.29□□□□□ -0.28
Rnf40Q3U319 Olfr1564-201ENSMUST00000112162 1091 ntAPPRIS P2 BASIC13.29□□□□□ -0.28
Rnf40Q3U319 Fen1-202ENSMUST00000116542 2100 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.29□□□□□ -0.28
Rnf40Q3U319 Gm15460-201ENSMUST00000118147 391 ntBASIC13.29□□□□□ -0.28
Rnf40Q3U319 Gm25927-201ENSMUST00000175058 117 ntBASIC13.29□□□□□ -0.28
Rnf40Q3U319 Gm19184-201ENSMUST00000196798 928 ntBASIC13.29□□□□□ -0.28
Rnf40Q3U319 Gm18057-201ENSMUST00000208220 503 ntBASIC13.29□□□□□ -0.28
Rnf40Q3U319 Olfr907-202ENSMUST00000214003 1235 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC13.29□□□□□ -0.28
Rnf40Q3U319 Gm16845-202ENSMUST00000216270 567 ntTSL 2 BASIC13.29□□□□□ -0.28
Rnf40Q3U319 AC154305.4-201ENSMUST00000224520 614 ntBASIC13.29□□□□□ -0.28
Rnf40Q3U319 Hnrnpa1l2-ps2-201ENSMUST00000022493 963 ntBASIC13.29□□□□□ -0.28
Rnf40Q3U319 Msrb2-201ENSMUST00000023856 1196 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.29□□□□□ -0.28
Rnf40Q3U319 Fuom-201ENSMUST00000026539 685 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.29□□□□□ -0.28
Rnf40Q3U319 Olfr907-201ENSMUST00000052901 933 ntAPPRIS P1 BASIC13.29□□□□□ -0.28
Rnf40Q3U319 Olfr370-201ENSMUST00000058609 1096 ntAPPRIS P1 BASIC13.29□□□□□ -0.28
Rnf40Q3U319 Vps33b-201ENSMUST00000032749 2574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.29□□□□□ -0.28
Rnf40Q3U319 Runx1-202ENSMUST00000113956 4738 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.29□□□□□ -0.28
Rnf40Q3U319 Cysltr2-202ENSMUST00000169168 1744 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.29□□□□□ -0.28
Rnf40Q3U319 Fn1-201ENSMUST00000055226 8315 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.29□□□□□ -0.28
Rnf40Q3U319 Snrpa-202ENSMUST00000122202 1336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.29□□□□□ -0.28
Rnf40Q3U319 Mecr-201ENSMUST00000030742 1337 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.29□□□□□ -0.28
Rnf40Q3U319 Pafah2-201ENSMUST00000105869 2248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.29□□□□□ -0.28
Rnf40Q3U319 Dip2a-202ENSMUST00000105417 6383 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.29□□□□□ -0.28
Rnf40Q3U319 Olfr282-203ENSMUST00000213608 1374 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.29□□□□□ -0.28
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 50.7 ms