Protein–RNA interactions for Protein: Q62318

Trim28, Transcription intermediary factor 1-beta, mousemouse

Predictions only

Length 834 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Trim28Q62318 Styxl1-201ENSMUST00000053906 1582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
Trim28Q62318 Ntn4-201ENSMUST00000020204 3646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
Trim28Q62318 Ssr1-203ENSMUST00000225246 1825 ntBASIC16.48■□□□□ 0.23
Trim28Q62318 Gm4909-201ENSMUST00000118749 794 ntBASIC16.48■□□□□ 0.23
Trim28Q62318 Gm10863-201ENSMUST00000130745 438 ntTSL 3 BASIC16.48■□□□□ 0.23
Trim28Q62318 4930589O11Rik-201ENSMUST00000200768 920 ntBASIC16.48■□□□□ 0.23
Trim28Q62318 Gm44958-201ENSMUST00000203734 736 ntBASIC16.48■□□□□ 0.23
Trim28Q62318 Gm7619-201ENSMUST00000210649 1282 ntBASIC16.48■□□□□ 0.23
Trim28Q62318 Bet1l-207ENSMUST00000211527 298 ntTSL 5 BASIC16.48■□□□□ 0.23
Trim28Q62318 1700112L15Rik-201ENSMUST00000212067 510 ntBASIC16.48■□□□□ 0.23
Trim28Q62318 Tm2d3-201ENSMUST00000032726 908 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
Trim28Q62318 Rab13-201ENSMUST00000065418 1107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
Trim28Q62318 Elovl1-202ENSMUST00000067896 1137 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
Trim28Q62318 Ifi47-201ENSMUST00000046704 1690 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
Trim28Q62318 Rbbp5-207ENSMUST00000190997 2856 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
Trim28Q62318 Wiz-201ENSMUST00000064694 2871 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
Trim28Q62318 Npc2-201ENSMUST00000021668 3299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
Trim28Q62318 Asb10-201ENSMUST00000048302 2327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
Trim28Q62318 Zfp1-203ENSMUST00000212072 1930 ntTSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
Trim28Q62318 Rcan2-202ENSMUST00000044895 3363 ntTSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
Trim28Q62318 Sstr5-202ENSMUST00000165183 2581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
Trim28Q62318 Neurl3-201ENSMUST00000056946 2598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
Trim28Q62318 Cux2-210ENSMUST00000168288 4697 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.48■□□□□ 0.23
Trim28Q62318 Gm5580-201ENSMUST00000122096 1362 ntAPPRIS P1 BASIC16.48■□□□□ 0.23
Trim28Q62318 Tmem110-201ENSMUST00000006701 3742 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
Trim28Q62318 Fancc-218ENSMUST00000220684 2006 ntTSL 5 BASIC16.48■□□□□ 0.23
Trim28Q62318 Slit1-202ENSMUST00000166496 4556 ntTSL 5 BASIC16.48■□□□□ 0.23
Trim28Q62318 Gm20721-201ENSMUST00000168292 1484 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.48■□□□□ 0.23
Trim28Q62318 Znfx1-201ENSMUST00000048988 7218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
Trim28Q62318 Ces2e-202ENSMUST00000109410 1999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
Trim28Q62318 Golim4-201ENSMUST00000038563 5546 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
Trim28Q62318 Ptprj-204ENSMUST00000168621 7634 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
Trim28Q62318 AC091764.2-201ENSMUST00000218190 1590 ntTSL 5 BASIC16.47■□□□□ 0.23
Trim28Q62318 D330041H03Rik-205ENSMUST00000181014 1903 ntTSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
Trim28Q62318 Serpinb12-201ENSMUST00000081277 1689 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
Trim28Q62318 Gm18626-201ENSMUST00000221512 1409 ntBASIC16.47■□□□□ 0.23
Trim28Q62318 Pitpnb-201ENSMUST00000086635 2761 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
Trim28Q62318 Pax5-204ENSMUST00000107826 1228 ntTSL 5 BASIC16.47■□□□□ 0.23
Trim28Q62318 Gm6890-201ENSMUST00000114117 776 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.47■□□□□ 0.23
Trim28Q62318 Gm7857-201ENSMUST00000117957 358 ntBASIC16.47■□□□□ 0.23
Trim28Q62318 Lypd1-203ENSMUST00000159529 989 ntTSL 2 BASIC16.47■□□□□ 0.23
Trim28Q62318 Gm3625-201ENSMUST00000170816 102 ntAPPRIS P1 BASIC16.47■□□□□ 0.23
Trim28Q62318 Mir3102-201ENSMUST00000175555 104 ntBASIC16.47■□□□□ 0.23
Trim28Q62318 2410015M20Rik-201ENSMUST00000052832 755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
Trim28Q62318 Gm9996-201ENSMUST00000070359 913 ntBASIC16.47■□□□□ 0.23
Trim28Q62318 Spaca4-201ENSMUST00000094424 707 ntAPPRIS P1 BASIC16.47■□□□□ 0.23
Trim28Q62318 Trp53bp2-201ENSMUST00000117245 4361 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.47■□□□□ 0.23
Trim28Q62318 A630076J17Rik-201ENSMUST00000179399 1358 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
Trim28Q62318 Gm12968-201ENSMUST00000138291 1454 ntTSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
Trim28Q62318 Celf4-207ENSMUST00000225477 2626 ntAPPRIS P3 BASIC16.47■□□□□ 0.23
Trim28Q62318 Lins1-202ENSMUST00000077967 2647 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.47■□□□□ 0.23
Trim28Q62318 Inpp5a-202ENSMUST00000097975 2301 ntTSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
Trim28Q62318 Mlh1-201ENSMUST00000035079 2754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
Trim28Q62318 Ikzf1-201ENSMUST00000018798 1542 ntTSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
Trim28Q62318 Chmp5-201ENSMUST00000030128 1519 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
Trim28Q62318 Tmeff2-201ENSMUST00000081851 3343 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
Trim28Q62318 Sall2-202ENSMUST00000135523 4773 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
Trim28Q62318 B4galnt3-203ENSMUST00000212457 2958 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.46■□□□□ 0.23
Trim28Q62318 Dusp19-201ENSMUST00000028384 1632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
Trim28Q62318 Zbtb49-202ENSMUST00000114113 2645 ntTSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
Trim28Q62318 Gm26635-201ENSMUST00000181077 3199 ntTSL 5 BASIC16.46■□□□□ 0.23
Trim28Q62318 Gm12286-201ENSMUST00000119246 1002 ntBASIC16.46■□□□□ 0.23
Trim28Q62318 A430060F13Rik-201ENSMUST00000124176 378 ntBASIC16.46■□□□□ 0.23
Trim28Q62318 Gm16099-202ENSMUST00000151873 660 ntTSL 5 BASIC16.46■□□□□ 0.23
Trim28Q62318 Magohb-205ENSMUST00000173837 897 ntTSL 5 BASIC16.46■□□□□ 0.23
Trim28Q62318 Gm10308-201ENSMUST00000095183 742 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.46■□□□□ 0.23
Trim28Q62318 Aldh9a1-201ENSMUST00000028004 2835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
Trim28Q62318 Mmgt2-203ENSMUST00000129162 1828 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.46■□□□□ 0.23
Trim28Q62318 Tmem132e-202ENSMUST00000092852 4105 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.46■□□□□ 0.23
Trim28Q62318 Pank3-201ENSMUST00000018990 7376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
Trim28Q62318 Ttc7-201ENSMUST00000041110 4614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
Trim28Q62318 Hvcn1-201ENSMUST00000072602 2790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
Trim28Q62318 Fam110a-203ENSMUST00000109864 1591 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
Trim28Q62318 Fut11-201ENSMUST00000048016 4163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
Trim28Q62318 Pja1-204ENSMUST00000113797 1676 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.46■□□□□ 0.23
Trim28Q62318 Cldn15-201ENSMUST00000001790 1850 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.22
Trim28Q62318 Cdkn2aip-201ENSMUST00000038738 3464 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.22
Trim28Q62318 Spock3-201ENSMUST00000093480 3024 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.45■□□□□ 0.22
Trim28Q62318 Scyl3-207ENSMUST00000170359 4288 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.45■□□□□ 0.22
Trim28Q62318 Cct6a-202ENSMUST00000201414 2454 ntTSL 5 BASIC16.45■□□□□ 0.22
Trim28Q62318 Cdk11b-201ENSMUST00000067081 2595 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
Trim28Q62318 Sema6b-202ENSMUST00000167545 3847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
Trim28Q62318 Sipa1l1-202ENSMUST00000166429 8215 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
Trim28Q62318 Clca2-203ENSMUST00000198993 2774 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
Trim28Q62318 Aatk-202ENSMUST00000103019 5177 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
Trim28Q62318 Fam155a-201ENSMUST00000110969 3388 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
Trim28Q62318 Atp9a-204ENSMUST00000109177 3456 ntTSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
Trim28Q62318 Igdcc4-202ENSMUST00000077696 6361 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.45■□□□□ 0.22
Trim28Q62318 Sec14l5-201ENSMUST00000165810 2337 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
Trim28Q62318 Angel2-202ENSMUST00000066632 3714 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
Trim28Q62318 Cryge-202ENSMUST00000161960 690 ntTSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
Trim28Q62318 1810008B01Rik-201ENSMUST00000162325 829 ntTSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
Trim28Q62318 Pmvk-203ENSMUST00000184515 1156 ntTSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
Trim28Q62318 Gm35368-201ENSMUST00000209554 1244 ntTSL 5 BASIC16.45■□□□□ 0.22
Trim28Q62318 Vmo1-201ENSMUST00000021179 672 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.45■□□□□ 0.22
Trim28Q62318 AC156504.2-201ENSMUST00000213800 711 ntTSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
Trim28Q62318 Mpzl2-205ENSMUST00000217097 1175 ntTSL 5 BASIC16.45■□□□□ 0.22
Trim28Q62318 Ppp1r2-ps3-201ENSMUST00000078012 627 ntBASIC16.45■□□□□ 0.22
Trim28Q62318 Tspan32-201ENSMUST00000009396 1582 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
Trim28Q62318 Gm44929-202ENSMUST00000209134 1653 ntTSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 50.4 ms