Protein–RNA interactions for Protein: Q3U319

Rnf40, E3 ubiquitin-protein ligase BRE1B, mousemouse

Predictions only

Length 1,001 aa.

Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Rnf40Q3U319 4933403O08Rik-201ENSMUST00000132037 999 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.39□□□□□ -0.27
Rnf40Q3U319 Gm15130-201ENSMUST00000132464 663 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC13.39□□□□□ -0.27
Rnf40Q3U319 Gm11723-201ENSMUST00000155505 466 ntTSL 3 BASIC13.39□□□□□ -0.27
Rnf40Q3U319 Gm16112-201ENSMUST00000159075 382 ntBASIC13.39□□□□□ -0.27
Rnf40Q3U319 Hnrnpa3-207ENSMUST00000164947 1074 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.39□□□□□ -0.27
Rnf40Q3U319 Gm6254-201ENSMUST00000168178 1072 ntBASIC13.39□□□□□ -0.27
Rnf40Q3U319 Gm6153-201ENSMUST00000172004 1058 ntBASIC13.39□□□□□ -0.27
Rnf40Q3U319 Vhl-ps1-201ENSMUST00000174813 597 ntBASIC13.39□□□□□ -0.27
Rnf40Q3U319 Gm9242-201ENSMUST00000177820 1074 ntAPPRIS P1 BASIC13.39□□□□□ -0.27
Rnf40Q3U319 Rpf2-206ENSMUST00000183309 1296 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.39□□□□□ -0.27
Rnf40Q3U319 Fis1-201ENSMUST00000019198 786 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.39□□□□□ -0.27
Rnf40Q3U319 Ackr1-202ENSMUST00000194046 1122 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.39□□□□□ -0.27
Rnf40Q3U319 Gm42912-201ENSMUST00000197195 716 ntTSL 1 (best) BASIC13.39□□□□□ -0.27
Rnf40Q3U319 Gm5641-202ENSMUST00000198699 1080 ntBASIC13.39□□□□□ -0.27
Rnf40Q3U319 Klrg2-202ENSMUST00000201345 1225 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.39□□□□□ -0.27
Rnf40Q3U319 Sar1b-201ENSMUST00000020653 1201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.39□□□□□ -0.27
Rnf40Q3U319 Pard6a-204ENSMUST00000212352 1234 ntTSL 2 BASIC13.39□□□□□ -0.27
Rnf40Q3U319 CT573086.1-201ENSMUST00000227202 1074 ntBASIC13.39□□□□□ -0.27
Rnf40Q3U319 Upk2-201ENSMUST00000047740 1083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.39□□□□□ -0.27
Rnf40Q3U319 Prss38-201ENSMUST00000061481 1243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.39□□□□□ -0.27
Rnf40Q3U319 Cox6b1-201ENSMUST00000075738 618 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.39□□□□□ -0.27
Rnf40Q3U319 S100a7a-201ENSMUST00000079286 1280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.39□□□□□ -0.27
Rnf40Q3U319 Tacc2-201ENSMUST00000033141 3940 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.39□□□□□ -0.27
Rnf40Q3U319 Gm17705-201ENSMUST00000172285 1555 ntTSL 1 (best) BASIC13.39□□□□□ -0.27
Rnf40Q3U319 Gimap5-201ENSMUST00000055558 1953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.39□□□□□ -0.27
Rnf40Q3U319 Nup205-201ENSMUST00000043815 6412 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.39□□□□□ -0.27
Rnf40Q3U319 Oxnad1-201ENSMUST00000022462 2376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.39□□□□□ -0.27
Rnf40Q3U319 Sdc4-201ENSMUST00000017153 2458 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.39□□□□□ -0.27
Rnf40Q3U319 Gm45053-201ENSMUST00000206112 2499 ntBASIC13.39□□□□□ -0.27
Rnf40Q3U319 Ciz1-204ENSMUST00000113334 2871 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC13.39□□□□□ -0.27
Rnf40Q3U319 Drd1-202ENSMUST00000221470 3576 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.39□□□□□ -0.27
Rnf40Q3U319 Fbf1-202ENSMUST00000106435 4651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.39□□□□□ -0.27
Rnf40Q3U319 Gm26584-201ENSMUST00000180551 3216 ntTSL 5 BASIC13.39□□□□□ -0.27
Rnf40Q3U319 Gm29151-201ENSMUST00000196669 2513 ntTSL 5 BASIC13.39□□□□□ -0.27
Rnf40Q3U319 Bbs4-201ENSMUST00000026265 2518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.39□□□□□ -0.27
Rnf40Q3U319 Fn3krp-201ENSMUST00000038096 2520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.39□□□□□ -0.27
Rnf40Q3U319 Poll-201ENSMUST00000026239 2324 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.39□□□□□ -0.27
Rnf40Q3U319 Ccdc151-202ENSMUST00000115336 2103 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.39□□□□□ -0.27
Rnf40Q3U319 Hnrnpf-201ENSMUST00000035493 2147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.39□□□□□ -0.27
Rnf40Q3U319 Tcf4-234ENSMUST00000201410 1915 ntTSL 5 BASIC13.39□□□□□ -0.27
Rnf40Q3U319 Tcf4-243ENSMUST00000202057 1941 ntTSL 5 BASIC13.39□□□□□ -0.27
Rnf40Q3U319 Milr1-202ENSMUST00000106794 1514 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.39□□□□□ -0.27
Rnf40Q3U319 Tk1-201ENSMUST00000026661 1440 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.39□□□□□ -0.27
Rnf40Q3U319 Etaa1-201ENSMUST00000076661 4185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.39□□□□□ -0.27
Rnf40Q3U319 Gbgt1-203ENSMUST00000163121 1335 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.39□□□□□ -0.27
Rnf40Q3U319 Dpysl5-201ENSMUST00000088081 5022 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.38□□□□□ -0.27
Rnf40Q3U319 Bcas3-202ENSMUST00000092821 2769 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.38□□□□□ -0.27
Rnf40Q3U319 Ddx46-202ENSMUST00000172272 5676 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC13.38□□□□□ -0.27
Rnf40Q3U319 Traf7-201ENSMUST00000070777 2384 ntTSL 5 BASIC13.38□□□□□ -0.27
Rnf40Q3U319 Gatad2a-201ENSMUST00000065169 3812 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.38□□□□□ -0.27
Rnf40Q3U319 Mixl1-201ENSMUST00000027778 2294 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.38□□□□□ -0.27
Rnf40Q3U319 Adamts14-202ENSMUST00000120336 3645 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.38□□□□□ -0.27
Rnf40Q3U319 Slc23a4-201ENSMUST00000044387 2175 ntTSL 1 (best) BASIC13.38□□□□□ -0.27
Rnf40Q3U319 Ggt1-201ENSMUST00000006508 2167 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.38□□□□□ -0.27
Rnf40Q3U319 Gm37849-201ENSMUST00000194722 1881 ntBASIC13.38□□□□□ -0.27
Rnf40Q3U319 6030458C11Rik-201ENSMUST00000057256 3966 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.38□□□□□ -0.27
Rnf40Q3U319 4833422C13Rik-202ENSMUST00000160385 2828 ntTSL 1 (best) BASIC13.38□□□□□ -0.27
Rnf40Q3U319 Fosb-202ENSMUST00000207334 3664 ntTSL 5 BASIC13.38□□□□□ -0.27
Rnf40Q3U319 Zic4-204ENSMUST00000172646 2535 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.38□□□□□ -0.27
Rnf40Q3U319 Gm10419-202ENSMUST00000196693 2530 ntTSL 1 (best) BASIC13.38□□□□□ -0.27
Rnf40Q3U319 Gm43321-201ENSMUST00000198897 2409 ntBASIC13.38□□□□□ -0.27
Rnf40Q3U319 Kcnj5-203ENSMUST00000216033 2440 ntTSL 1 (best) BASIC13.38□□□□□ -0.27
Rnf40Q3U319 BC017643-201ENSMUST00000038709 2417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.38□□□□□ -0.27
Rnf40Q3U319 Pdcd4-202ENSMUST00000074371 2418 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.38□□□□□ -0.27
Rnf40Q3U319 Eif4a2-223ENSMUST00000168891 2203 ntTSL 1 (best) BASIC13.38□□□□□ -0.27
Rnf40Q3U319 Kank4-201ENSMUST00000102790 4795 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.38□□□□□ -0.27
Rnf40Q3U319 Tmem254c-202ENSMUST00000100819 1211 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.38□□□□□ -0.27
Rnf40Q3U319 Gm15427-201ENSMUST00000117288 531 ntBASIC13.38□□□□□ -0.27
Rnf40Q3U319 Gm14539-201ENSMUST00000117527 174 ntBASIC13.38□□□□□ -0.27
Rnf40Q3U319 Gm13059-201ENSMUST00000119881 398 ntBASIC13.38□□□□□ -0.27
Rnf40Q3U319 Rpl18-ps1-201ENSMUST00000121555 525 ntBASIC13.38□□□□□ -0.27
Rnf40Q3U319 Gm12017-201ENSMUST00000122453 1003 ntBASIC13.38□□□□□ -0.27
Rnf40Q3U319 Kif16bos-201ENSMUST00000124774 495 ntTSL 1 (best) BASIC13.38□□□□□ -0.27
Rnf40Q3U319 Gm2012-202ENSMUST00000163263 892 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.38□□□□□ -0.27
Rnf40Q3U319 Gm5277-201ENSMUST00000164923 556 ntBASIC13.38□□□□□ -0.27
Rnf40Q3U319 Gm17251-201ENSMUST00000170103 925 ntTSL 1 (best) BASIC13.38□□□□□ -0.27
Rnf40Q3U319 Gstt1-201ENSMUST00000001713 1037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.38□□□□□ -0.27
Rnf40Q3U319 Vmn1r60-201ENSMUST00000173782 1007 ntAPPRIS P1 BASIC13.38□□□□□ -0.27
Rnf40Q3U319 Cd40-201ENSMUST00000017799 2986 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC13.38□□□□□ -0.27
Rnf40Q3U319 4930477E14Rik-201ENSMUST00000181412 621 ntTSL 1 (best) BASIC13.38□□□□□ -0.27
Rnf40Q3U319 Gm28913-201ENSMUST00000186240 364 ntTSL 3 BASIC13.38□□□□□ -0.27
Rnf40Q3U319 Gm38225-201ENSMUST00000194001 393 ntBASIC13.38□□□□□ -0.27
Rnf40Q3U319 4930568A13Rik-201ENSMUST00000199961 1061 ntTSL 1 (best) BASIC13.38□□□□□ -0.27
Rnf40Q3U319 Gm7229-201ENSMUST00000214719 1007 ntBASIC13.38□□□□□ -0.27
Rnf40Q3U319 4930550C14Rik-204ENSMUST00000217318 1055 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.38□□□□□ -0.27
Rnf40Q3U319 Tspyl-ps-201ENSMUST00000220692 1117 ntBASIC13.38□□□□□ -0.27
Rnf40Q3U319 6030408B16Rik-201ENSMUST00000071328 1155 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.38□□□□□ -0.27
Rnf40Q3U319 Gm5145-201ENSMUST00000095633 837 ntAPPRIS P1 BASIC13.38□□□□□ -0.27
Rnf40Q3U319 Smtn-202ENSMUST00000020721 3335 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.38□□□□□ -0.27
Rnf40Q3U319 Lnx1-204ENSMUST00000117388 2564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.38□□□□□ -0.27
Rnf40Q3U319 Epha5-206ENSMUST00000113406 4606 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.38□□□□□ -0.27
Rnf40Q3U319 Usp2-201ENSMUST00000034508 3867 ntTSL 1 (best) BASIC13.38□□□□□ -0.27
Rnf40Q3U319 Qrich1-202ENSMUST00000112155 3040 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.38□□□□□ -0.27
Rnf40Q3U319 March7-203ENSMUST00000102748 3594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.38□□□□□ -0.27
Rnf40Q3U319 Gm45011-201ENSMUST00000207620 2297 ntBASIC13.38□□□□□ -0.27
Rnf40Q3U319 Phactr1-206ENSMUST00000131942 2056 ntTSL 1 (best) BASIC13.38□□□□□ -0.27
Rnf40Q3U319 Ptchd3-201ENSMUST00000036690 3194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.38□□□□□ -0.27
Rnf40Q3U319 Hspa2-202ENSMUST00000219555 2526 ntAPPRIS P1 BASIC13.38□□□□□ -0.27
Rnf40Q3U319 Fggy-202ENSMUST00000079223 1891 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.38□□□□□ -0.27
Rnf40Q3U319 C730045M19Rik-201ENSMUST00000201944 1315 ntBASIC13.38□□□□□ -0.27
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 99.1 ms