Protein–RNA interactions for Protein: Q04857

Col6a1, Collagen alpha-1(VI) chain, mousemouse

Predictions only

Length 1,025 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Col6a1Q04857 Tmem150a-201ENSMUST00000069695 1546 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
Col6a1Q04857 Fance-203ENSMUST00000114803 1980 ntTSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
Col6a1Q04857 Lsm14b-201ENSMUST00000055485 2534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
Col6a1Q04857 Neurl4-201ENSMUST00000061837 5188 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.41■■□□□ 1.34
Col6a1Q04857 Gm28731-201ENSMUST00000185564 1569 ntBASIC23.41■■□□□ 1.34
Col6a1Q04857 Fbxo4-201ENSMUST00000022791 1565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
Col6a1Q04857 Dnajc19-203ENSMUST00000117223 1695 ntTSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
Col6a1Q04857 Gm10499-202ENSMUST00000174778 1698 ntTSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
Col6a1Q04857 Gm8093-201ENSMUST00000128935 1892 ntBASIC23.41■■□□□ 1.34
Col6a1Q04857 Dnajc21-201ENSMUST00000136591 2060 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.4■■□□□ 1.34
Col6a1Q04857 Gm9780-202ENSMUST00000184915 1394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
Col6a1Q04857 Prcd-201ENSMUST00000106381 724 ntTSL 3 BASIC23.4■■□□□ 1.34
Col6a1Q04857 Snrpa1-206ENSMUST00000153609 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
Col6a1Q04857 Ppp1cc-202ENSMUST00000102528 2384 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
Col6a1Q04857 Paip2-204ENSMUST00000115736 857 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.39■■□□□ 1.33
Col6a1Q04857 Gm20522-201ENSMUST00000173576 784 ntTSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
Col6a1Q04857 Gm26881-201ENSMUST00000180426 593 ntTSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
Col6a1Q04857 Gm27253-201ENSMUST00000183670 367 ntTSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
Col6a1Q04857 C1ql4-201ENSMUST00000064462 874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
Col6a1Q04857 Lsr-201ENSMUST00000001279 2167 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
Col6a1Q04857 Rnf166-201ENSMUST00000014614 1783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
Col6a1Q04857 Ddx43-201ENSMUST00000113367 2207 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.39■■□□□ 1.33
Col6a1Q04857 Letm2-209ENSMUST00000210810 1538 ntTSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
Col6a1Q04857 Arpc2-202ENSMUST00000113819 1313 ntTSL 5 BASIC23.38■■□□□ 1.33
Col6a1Q04857 Mblac1-201ENSMUST00000057773 1308 ntAPPRIS P1 BASIC23.38■■□□□ 1.33
Col6a1Q04857 Kcnc3-206ENSMUST00000208651 2728 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.38■■□□□ 1.33
Col6a1Q04857 Tmem59-202ENSMUST00000106753 1148 ntTSL 5 BASIC23.38■■□□□ 1.33
Col6a1Q04857 Rhod-201ENSMUST00000048197 1344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
Col6a1Q04857 1810022K09Rik-201ENSMUST00000108365 559 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
Col6a1Q04857 Lmo1-202ENSMUST00000207178 912 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC23.37■■□□□ 1.33
Col6a1Q04857 Rbp4-201ENSMUST00000025951 1243 ntTSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
Col6a1Q04857 Tcte2-201ENSMUST00000053376 1105 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
Col6a1Q04857 Gm9833-201ENSMUST00000061419 1830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
Col6a1Q04857 Zfp768-202ENSMUST00000205266 2513 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.37■■□□□ 1.33
Col6a1Q04857 Ildr2-203ENSMUST00000192638 2587 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
Col6a1Q04857 Eif5a-209ENSMUST00000108612 1259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
Col6a1Q04857 Gm11586-201ENSMUST00000123060 566 ntTSL 2 BASIC23.36■■□□□ 1.33
Col6a1Q04857 Pkig-204ENSMUST00000126182 762 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.36■■□□□ 1.33
Col6a1Q04857 0610039K10Rik-202ENSMUST00000184724 952 ntBASIC23.36■■□□□ 1.33
Col6a1Q04857 Gng12-202ENSMUST00000114222 1354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
Col6a1Q04857 Rasgef1c-203ENSMUST00000093142 2216 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
Col6a1Q04857 Micu2-201ENSMUST00000022543 2329 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
Col6a1Q04857 Pbx1-201ENSMUST00000064438 1020 ntTSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
Col6a1Q04857 Phax-202ENSMUST00000130163 1386 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
Col6a1Q04857 Gm5784-202ENSMUST00000220896 2016 ntTSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
Col6a1Q04857 Gm42699-201ENSMUST00000198104 1657 ntBASIC23.35■■□□□ 1.33
Col6a1Q04857 Dbndd2-202ENSMUST00000069385 1658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
Col6a1Q04857 Gm11542-201ENSMUST00000126480 1511 ntTSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
Col6a1Q04857 Abhd17b-201ENSMUST00000052556 2475 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.34■■□□□ 1.33
Col6a1Q04857 Dynll1-201ENSMUST00000009157 2030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
Col6a1Q04857 Serbp1-216ENSMUST00000205106 1288 ntTSL 5 BASIC23.34■■□□□ 1.33
Col6a1Q04857 AC164629.5-201ENSMUST00000220387 632 ntBASIC23.34■■□□□ 1.33
Col6a1Q04857 Hoxb9-201ENSMUST00000000010 2574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
Col6a1Q04857 Rnf19b-206ENSMUST00000168461 2532 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.33■■□□□ 1.33
Col6a1Q04857 Gm6139-201ENSMUST00000079261 882 ntBASIC23.33■■□□□ 1.33
Col6a1Q04857 Hrk-201ENSMUST00000054836 5382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.32
Col6a1Q04857 Gorasp2-205ENSMUST00000133432 1941 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
Col6a1Q04857 Gm14424-201ENSMUST00000143191 895 ntTSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
Col6a1Q04857 Ypel3-210ENSMUST00000170882 1050 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.32■■□□□ 1.32
Col6a1Q04857 Ctdspl-201ENSMUST00000073109 4589 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
Col6a1Q04857 Slc1a5-201ENSMUST00000108496 2764 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
Col6a1Q04857 F930015N05Rik-201ENSMUST00000177999 1498 ntAPPRIS P1 BASIC23.31■■□□□ 1.32
Col6a1Q04857 Tuba1b-201ENSMUST00000077577 1743 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
Col6a1Q04857 Armc10-201ENSMUST00000072896 2221 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
Col6a1Q04857 Gpx4-201ENSMUST00000097227 995 ntTSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
Col6a1Q04857 Traf3ip1-203ENSMUST00000189341 2257 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.31■■□□□ 1.32
Col6a1Q04857 Strn3-202ENSMUST00000169503 2791 ntTSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
Col6a1Q04857 Nxph3-201ENSMUST00000058866 2099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
Col6a1Q04857 Nfu1-202ENSMUST00000117583 950 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
Col6a1Q04857 Gm4285-201ENSMUST00000131222 902 ntTSL 2 BASIC23.3■■□□□ 1.32
Col6a1Q04857 Gm9207-201ENSMUST00000198773 1115 ntBASIC23.3■■□□□ 1.32
Col6a1Q04857 Pop7-201ENSMUST00000031728 881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
Col6a1Q04857 Gm21964-202ENSMUST00000213641 1649 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.3■■□□□ 1.32
Col6a1Q04857 Gm10642-201ENSMUST00000098589 1610 ntAPPRIS P1 BASIC23.3■■□□□ 1.32
Col6a1Q04857 AC061963.1-201ENSMUST00000213180 1765 ntTSL 5 BASIC23.29■■□□□ 1.32
Col6a1Q04857 Gm17641-201ENSMUST00000166328 2350 ntBASIC23.29■■□□□ 1.32
Col6a1Q04857 Gtpbp2-201ENSMUST00000024748 2966 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
Col6a1Q04857 Rem2-201ENSMUST00000164697 1194 ntTSL 5 BASIC23.29■■□□□ 1.32
Col6a1Q04857 Frmd5-201ENSMUST00000110592 2222 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.29■■□□□ 1.32
Col6a1Q04857 AC153524.1-201ENSMUST00000220436 1935 ntBASIC23.29■■□□□ 1.32
Col6a1Q04857 Gm26646-201ENSMUST00000180715 1490 ntTSL 5 BASIC23.29■■□□□ 1.32
Col6a1Q04857 6330403L08Rik-202ENSMUST00000187923 5522 ntBASIC23.29■■□□□ 1.32
Col6a1Q04857 Kras-201ENSMUST00000032399 4678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
Col6a1Q04857 Thap8-201ENSMUST00000014072 1182 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.28■■□□□ 1.32
Col6a1Q04857 Gm4553-202ENSMUST00000210925 1044 ntAPPRIS P5 BASIC23.28■■□□□ 1.32
Col6a1Q04857 Fdx1-201ENSMUST00000034552 875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
Col6a1Q04857 Spata33-201ENSMUST00000060133 491 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
Col6a1Q04857 Srcap-210ENSMUST00000188124 2048 ntTSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
Col6a1Q04857 Camsap1-212ENSMUST00000183461 5090 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.28■■□□□ 1.32
Col6a1Q04857 Vkorc1l1-201ENSMUST00000051758 3112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
Col6a1Q04857 Dvl1-208ENSMUST00000168552 2776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
Col6a1Q04857 Tcf4-246ENSMUST00000202116 2986 ntTSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
Col6a1Q04857 Pgbd5-204ENSMUST00000140012 3222 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.27■■□□□ 1.32
Col6a1Q04857 E130218I03Rik-201ENSMUST00000122952 943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
Col6a1Q04857 Polr3gl-204ENSMUST00000145001 607 ntTSL 3 BASIC23.27■■□□□ 1.32
Col6a1Q04857 Gm17324-201ENSMUST00000165499 922 ntAPPRIS P1 BASIC23.27■■□□□ 1.32
Col6a1Q04857 Rps2-208ENSMUST00000170715 998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
Col6a1Q04857 Kiss1-204ENSMUST00000194044 583 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.27■■□□□ 1.32
Col6a1Q04857 Kiss1-205ENSMUST00000195286 656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
Col6a1Q04857 Gm21168-201ENSMUST00000199646 1096 ntBASIC23.27■■□□□ 1.32
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 59.8 ms