Protein–RNA interactions for Protein: P08121

Col3a1, Collagen alpha-1(III) chain, mousemouse

Predictions only

Length 1,464 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Col3a1P08121 Eri3-201ENSMUST00000037127 1719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
Col3a1P08121 Porcn-203ENSMUST00000089402 1839 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
Col3a1P08121 Stard4-203ENSMUST00000119991 941 ntTSL 5 BASIC25.79■■□□□ 1.72
Col3a1P08121 Spr-203ENSMUST00000174769 1029 ntTSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
Col3a1P08121 Ccdc74a-201ENSMUST00000056962 1273 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.79■■□□□ 1.72
Col3a1P08121 Smim19-202ENSMUST00000163774 1435 ntTSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
Col3a1P08121 Specc1-206ENSMUST00000201015 1789 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.79■■□□□ 1.72
Col3a1P08121 Cep97-205ENSMUST00000121703 609 ntTSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
Col3a1P08121 Snrpa1-206ENSMUST00000153609 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
Col3a1P08121 Rem2-201ENSMUST00000164697 1194 ntTSL 5 BASIC25.79■■□□□ 1.72
Col3a1P08121 Endod1-203ENSMUST00000214236 419 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC25.79■■□□□ 1.72
Col3a1P08121 Pbx1-201ENSMUST00000064438 1020 ntTSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
Col3a1P08121 E130311K13Rik-201ENSMUST00000061706 1640 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
Col3a1P08121 Psmd11-214ENSMUST00000173938 1626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
Col3a1P08121 Vamp4-204ENSMUST00000135241 1461 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
Col3a1P08121 Dusp15-202ENSMUST00000109811 753 ntTSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
Col3a1P08121 Bag1-201ENSMUST00000030125 1295 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
Col3a1P08121 Tcte2-201ENSMUST00000053376 1105 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
Col3a1P08121 Htra2-201ENSMUST00000089645 1725 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
Col3a1P08121 AC158990.1-201ENSMUST00000221450 2016 ntBASIC25.77■■□□□ 1.72
Col3a1P08121 Tinagl1-209ENSMUST00000175992 1847 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.76■■□□□ 1.71
Col3a1P08121 Fam220a-204ENSMUST00000119488 2202 ntTSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
Col3a1P08121 Fam220a-209ENSMUST00000200267 2202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
Col3a1P08121 0610010K14Rik-209ENSMUST00000108579 667 ntTSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
Col3a1P08121 Zfp346-202ENSMUST00000159147 1146 ntTSL 5 BASIC25.76■■□□□ 1.71
Col3a1P08121 H3f3aos-201ENSMUST00000097448 2905 ntBASIC25.75■■□□□ 1.71
Col3a1P08121 Sdccag3-201ENSMUST00000028293 2031 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
Col3a1P08121 Pkp2-203ENSMUST00000162150 1959 ntTSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
Col3a1P08121 Ost4-202ENSMUST00000132253 1144 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
Col3a1P08121 Ankrd11-207ENSMUST00000212937 943 ntTSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
Col3a1P08121 Smim19-201ENSMUST00000033935 1402 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
Col3a1P08121 Psip1-202ENSMUST00000107214 1973 ntTSL 5 BASIC25.74■■□□□ 1.71
Col3a1P08121 Osbpl10-207ENSMUST00000183104 2477 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.73■■□□□ 1.71
Col3a1P08121 Timmdc1-201ENSMUST00000002925 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
Col3a1P08121 Ooep-201ENSMUST00000034900 2138 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
Col3a1P08121 Gm9780-202ENSMUST00000184915 1394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
Col3a1P08121 Elf2-204ENSMUST00000108053 2611 ntTSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
Col3a1P08121 Chml-203ENSMUST00000210367 1324 ntTSL 5 BASIC25.73■■□□□ 1.71
Col3a1P08121 Kcnk1-202ENSMUST00000212831 1309 ntTSL 5 BASIC25.73■■□□□ 1.71
Col3a1P08121 Peli3-201ENSMUST00000025834 1971 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
Col3a1P08121 Gm20548-204ENSMUST00000174528 791 ntTSL 3 BASIC25.72■■□□□ 1.71
Col3a1P08121 Ttc14-206ENSMUST00000196975 1711 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
Col3a1P08121 Ndufs2-201ENSMUST00000013737 1623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
Col3a1P08121 5930403N24Rik-204ENSMUST00000217338 337 ntTSL 2 BASIC25.72■■□□□ 1.71
Col3a1P08121 Sdccag3-203ENSMUST00000114100 2099 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.71■■□□□ 1.71
Col3a1P08121 Ildr2-203ENSMUST00000192638 2587 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
Col3a1P08121 Xbp1-201ENSMUST00000063084 2129 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
Col3a1P08121 Lrrfip2-205ENSMUST00000196981 1839 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.71■■□□□ 1.71
Col3a1P08121 Armc10-201ENSMUST00000072896 2221 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
Col3a1P08121 Gm15202-201ENSMUST00000154188 393 ntTSL 3 BASIC25.71■■□□□ 1.71
Col3a1P08121 Luc7l3-203ENSMUST00000107821 2050 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.71■■□□□ 1.71
Col3a1P08121 Tarbp2-201ENSMUST00000023813 1523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
Col3a1P08121 Nsun2-208ENSMUST00000176485 2408 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.71■■□□□ 1.71
Col3a1P08121 Gm43034-201ENSMUST00000198678 1364 ntBASIC25.7■■□□□ 1.7
Col3a1P08121 Phf23-202ENSMUST00000101526 1706 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.7
Col3a1P08121 Wtap-203ENSMUST00000159551 2060 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.7■■□□□ 1.7
Col3a1P08121 Marc1-201ENSMUST00000048462 2039 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
Col3a1P08121 Tpm1-211ENSMUST00000113695 1607 ntTSL 3 BASIC25.69■■□□□ 1.7
Col3a1P08121 Dgcr6-201ENSMUST00000066027 1050 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC25.69■■□□□ 1.7
Col3a1P08121 Lrrc75a-201ENSMUST00000057194 1984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
Col3a1P08121 Antxr1-204ENSMUST00000204805 2156 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.69■■□□□ 1.7
Col3a1P08121 Trafd1-201ENSMUST00000042312 2503 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
Col3a1P08121 4930439D14Rik-201ENSMUST00000186765 359 ntBASIC25.68■■□□□ 1.7
Col3a1P08121 Golgb1-201ENSMUST00000023534 498 ntBASIC25.68■■□□□ 1.7
Col3a1P08121 Sdsl-202ENSMUST00000052258 1225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
Col3a1P08121 Gng12-202ENSMUST00000114222 1354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
Col3a1P08121 Prr7-201ENSMUST00000046533 1359 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
Col3a1P08121 Pithd1-201ENSMUST00000105851 1700 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
Col3a1P08121 Homer2-201ENSMUST00000026922 1736 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
Col3a1P08121 Grb2-201ENSMUST00000021090 2709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.67■■□□□ 1.7
Col3a1P08121 Zfp963-202ENSMUST00000154063 640 ntTSL 3 BASIC25.67■■□□□ 1.7
Col3a1P08121 Slc37a3-211ENSMUST00000202749 434 ntTSL 5 BASIC25.67■■□□□ 1.7
Col3a1P08121 St3gal5-202ENSMUST00000114112 2439 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.67■■□□□ 1.7
Col3a1P08121 Wrap73-201ENSMUST00000030895 1598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.67■■□□□ 1.7
Col3a1P08121 Sumf1-206ENSMUST00000172188 723 ntTSL 5 BASIC25.66■■□□□ 1.7
Col3a1P08121 Brwd1-203ENSMUST00000113827 2382 ntTSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
Col3a1P08121 Lsm14b-201ENSMUST00000055485 2534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
Col3a1P08121 Cntln-202ENSMUST00000102819 2239 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
Col3a1P08121 Dctn3-203ENSMUST00000171641 885 ntTSL 3 BASIC25.66■■□□□ 1.7
Col3a1P08121 A930032L01Rik-201ENSMUST00000195845 957 ntBASIC25.66■■□□□ 1.7
Col3a1P08121 Rem1-201ENSMUST00000000369 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.65■■□□□ 1.7
Col3a1P08121 Tmem230-202ENSMUST00000110163 1551 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.65■■□□□ 1.7
Col3a1P08121 Dusp1-201ENSMUST00000025025 1990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.65■■□□□ 1.7
Col3a1P08121 Get4-201ENSMUST00000026976 2107 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.65■■□□□ 1.7
Col3a1P08121 Rhod-201ENSMUST00000048197 1344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.7
Col3a1P08121 C1qtnf4-201ENSMUST00000111466 1290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.69
Col3a1P08121 Bex1-202ENSMUST00000113118 754 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.64■■□□□ 1.69
Col3a1P08121 Tusc3-202ENSMUST00000169034 1262 ntTSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.69
Col3a1P08121 Bcl2l10-201ENSMUST00000034709 1220 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.69
Col3a1P08121 Eif2b3-203ENSMUST00000106448 1555 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.63■■□□□ 1.69
Col3a1P08121 Nle1-201ENSMUST00000103213 1783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
Col3a1P08121 Ankra2-205ENSMUST00000150916 1028 ntTSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
Col3a1P08121 Gm26558-201ENSMUST00000180559 861 ntAPPRIS P1 BASIC25.63■■□□□ 1.69
Col3a1P08121 Cnot6-201ENSMUST00000020624 2498 ntTSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
Col3a1P08121 Rbm34-203ENSMUST00000212618 1509 ntTSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
Col3a1P08121 Kcnc3-203ENSMUST00000207493 2731 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.62■■□□□ 1.69
Col3a1P08121 Kcnc3-206ENSMUST00000208651 2728 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.62■■□□□ 1.69
Col3a1P08121 Ankrd13c-202ENSMUST00000164582 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.62■■□□□ 1.69
Col3a1P08121 AC115037.1-201ENSMUST00000223391 2173 ntBASIC25.62■■□□□ 1.69
Col3a1P08121 Tsen34-202ENSMUST00000108627 1319 ntTSL 1 (best) BASIC25.62■■□□□ 1.69
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 17.5 ms