Protein–RNA interactions for Protein: Q3U319

Rnf40, E3 ubiquitin-protein ligase BRE1B, mousemouse

Predictions only

Length 1,001 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Rnf40Q3U319 Slc38a6-206ENSMUST00000140523 3032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.53□□□□□ -0.24
Rnf40Q3U319 Usp5-202ENSMUST00000122110 3076 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.53□□□□□ -0.24
Rnf40Q3U319 Galc-201ENSMUST00000021390 3832 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.53□□□□□ -0.24
Rnf40Q3U319 Pparg-204ENSMUST00000203732 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.53□□□□□ -0.24
Rnf40Q3U319 Chrna9-201ENSMUST00000031108 1843 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.53□□□□□ -0.24
Rnf40Q3U319 Pdp1-205ENSMUST00000108301 2635 ntTSL 1 (best) BASIC13.53□□□□□ -0.24
Rnf40Q3U319 Fads1-201ENSMUST00000010807 3456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.53□□□□□ -0.24
Rnf40Q3U319 Tcf25-201ENSMUST00000057934 2738 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.53□□□□□ -0.24
Rnf40Q3U319 Nrd1-201ENSMUST00000065977 4311 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.53□□□□□ -0.24
Rnf40Q3U319 Farp2-202ENSMUST00000122402 2816 ntTSL 1 (best) BASIC13.53□□□□□ -0.24
Rnf40Q3U319 Cdc42se1-201ENSMUST00000053872 2805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.53□□□□□ -0.24
Rnf40Q3U319 Mettl13-201ENSMUST00000028017 4541 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.53□□□□□ -0.24
Rnf40Q3U319 Psd2-201ENSMUST00000115716 4607 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.53□□□□□ -0.24
Rnf40Q3U319 Ftl2-ps-201ENSMUST00000118517 552 ntBASIC13.53□□□□□ -0.24
Rnf40Q3U319 Gm28308-201ENSMUST00000128102 752 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC13.53□□□□□ -0.24
Rnf40Q3U319 Gm15966-201ENSMUST00000136853 480 ntTSL 3 BASIC13.53□□□□□ -0.24
Rnf40Q3U319 Tnnt2-205ENSMUST00000178204 1172 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.53□□□□□ -0.24
Rnf40Q3U319 Tnnt2-207ENSMUST00000179863 1097 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC13.53□□□□□ -0.24
Rnf40Q3U319 Rab10os-206ENSMUST00000179908 746 ntTSL 5 BASIC13.53□□□□□ -0.24
Rnf40Q3U319 Tnnt2-209ENSMUST00000188028 1200 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC13.53□□□□□ -0.24
Rnf40Q3U319 Gm17968-201ENSMUST00000194902 784 ntBASIC13.53□□□□□ -0.24
Rnf40Q3U319 Gm40332-201ENSMUST00000199847 938 ntBASIC13.53□□□□□ -0.24
Rnf40Q3U319 Gm42802-201ENSMUST00000202475 456 ntTSL 2 BASIC13.53□□□□□ -0.24
Rnf40Q3U319 Gm18195-201ENSMUST00000207604 706 ntBASIC13.53□□□□□ -0.24
Rnf40Q3U319 Gm33054-201ENSMUST00000216588 313 ntTSL 5 BASIC13.53□□□□□ -0.24
Rnf40Q3U319 AC165260.3-202ENSMUST00000224550 1031 ntBASIC13.53□□□□□ -0.24
Rnf40Q3U319 Pop4-201ENSMUST00000032585 2113 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.53□□□□□ -0.24
Rnf40Q3U319 Gm15590-201ENSMUST00000078419 552 ntBASIC13.53□□□□□ -0.24
Rnf40Q3U319 Zfp82-201ENSMUST00000080834 2181 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC13.53□□□□□ -0.24
Rnf40Q3U319 Gm11611-201ENSMUST00000134289 1326 ntTSL 3 BASIC13.53□□□□□ -0.24
Rnf40Q3U319 Fmo2-202ENSMUST00000111510 2260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.53□□□□□ -0.24
Rnf40Q3U319 Gm44975-201ENSMUST00000207435 1390 ntBASIC13.53□□□□□ -0.24
Rnf40Q3U319 Wdyhv1-201ENSMUST00000067563 1383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.53□□□□□ -0.24
Rnf40Q3U319 Hormad1-203ENSMUST00000107154 1444 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.53□□□□□ -0.24
Rnf40Q3U319 4930425O10Rik-201ENSMUST00000197761 1418 ntTSL 1 (best) BASIC13.53□□□□□ -0.24
Rnf40Q3U319 Clpx-201ENSMUST00000015501 2885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.53□□□□□ -0.24
Rnf40Q3U319 Cyb561d1-201ENSMUST00000065664 4058 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.53□□□□□ -0.24
Rnf40Q3U319 Lgi1-204ENSMUST00000196090 1789 ntTSL 5 BASIC13.53□□□□□ -0.24
Rnf40Q3U319 Grm5-202ENSMUST00000125009 8047 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC13.53□□□□□ -0.24
Rnf40Q3U319 Dsp-201ENSMUST00000124830 9592 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC13.53□□□□□ -0.24
Rnf40Q3U319 Plcb1-202ENSMUST00000110116 7003 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.53□□□□□ -0.24
Rnf40Q3U319 Arhgap1-202ENSMUST00000111329 3201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.52□□□□□ -0.24
Rnf40Q3U319 Agxt2-204ENSMUST00000110542 2198 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.52□□□□□ -0.24
Rnf40Q3U319 Taf6-201ENSMUST00000048698 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.52□□□□□ -0.24
Rnf40Q3U319 Clcnkb-201ENSMUST00000006378 2370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.52□□□□□ -0.24
Rnf40Q3U319 Usp14-201ENSMUST00000092096 2360 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.52□□□□□ -0.24
Rnf40Q3U319 Rhox9-202ENSMUST00000170643 2422 ntTSL 1 (best) BASIC13.52□□□□□ -0.24
Rnf40Q3U319 Pdhx-201ENSMUST00000011058 2506 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.52□□□□□ -0.24
Rnf40Q3U319 Adcy9-201ENSMUST00000005719 4457 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.52□□□□□ -0.24
Rnf40Q3U319 R3hdm2-210ENSMUST00000164831 2937 ntTSL 5 BASIC13.52□□□□□ -0.24
Rnf40Q3U319 Aimp2-202ENSMUST00000100483 1073 ntTSL 1 (best) BASIC13.52□□□□□ -0.25
Rnf40Q3U319 Dusp14-203ENSMUST00000108101 1082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.52□□□□□ -0.25
Rnf40Q3U319 1700020A23Rik-202ENSMUST00000110281 521 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC13.52□□□□□ -0.25
Rnf40Q3U319 Gm14321-202ENSMUST00000139927 351 ntTSL 5 BASIC13.52□□□□□ -0.25
Rnf40Q3U319 Prr3-202ENSMUST00000165613 767 ntTSL 1 (best) BASIC13.52□□□□□ -0.25
Rnf40Q3U319 Csrp3-202ENSMUST00000167786 899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.52□□□□□ -0.25
Rnf40Q3U319 0610005C13Rik-202ENSMUST00000209510 671 ntTSL 3 BASIC13.52□□□□□ -0.25
Rnf40Q3U319 Gm38948-201ENSMUST00000210035 688 ntTSL 3 BASIC13.52□□□□□ -0.25
Rnf40Q3U319 Gm36495-201ENSMUST00000221201 684 ntTSL 5 BASIC13.52□□□□□ -0.25
Rnf40Q3U319 AC159635.2-201ENSMUST00000223092 817 ntTSL 5 BASIC13.52□□□□□ -0.25
Rnf40Q3U319 Txn1-201ENSMUST00000030051 1051 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.52□□□□□ -0.25
Rnf40Q3U319 Il31-201ENSMUST00000031389 806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.52□□□□□ -0.25
Rnf40Q3U319 Aimp2-201ENSMUST00000031613 1185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.52□□□□□ -0.25
Rnf40Q3U319 Ndufv3-202ENSMUST00000064798 485 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.52□□□□□ -0.25
Rnf40Q3U319 Cacnb2-203ENSMUST00000114723 3945 ntTSL 1 (best) BASIC13.52□□□□□ -0.25
Rnf40Q3U319 Gm42466-201ENSMUST00000202099 1301 ntBASIC13.52□□□□□ -0.25
Rnf40Q3U319 Triml2-203ENSMUST00000209872 1395 ntTSL 1 (best) BASIC13.52□□□□□ -0.25
Rnf40Q3U319 Rfx1-201ENSMUST00000005600 4172 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.52□□□□□ -0.25
Rnf40Q3U319 Inip-202ENSMUST00000107526 1438 ntTSL 1 (best) BASIC13.52□□□□□ -0.25
Rnf40Q3U319 Gm6871-201ENSMUST00000073410 1430 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.52□□□□□ -0.25
Rnf40Q3U319 Pltp-203ENSMUST00000109317 1575 ntTSL 5 BASIC13.52□□□□□ -0.25
Rnf40Q3U319 Terb2-201ENSMUST00000028661 2115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.52□□□□□ -0.25
Rnf40Q3U319 Dysf-210ENSMUST00000153860 6525 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.52□□□□□ -0.25
Rnf40Q3U319 Gng5-202ENSMUST00000118280 2419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.52□□□□□ -0.25
Rnf40Q3U319 Golga4-201ENSMUST00000084820 7583 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.52□□□□□ -0.25
Rnf40Q3U319 Pygo2-202ENSMUST00000107413 2911 ntTSL 1 (best) BASIC13.52□□□□□ -0.25
Rnf40Q3U319 Rnf223-201ENSMUST00000209248 2908 ntAPPRIS P1 BASIC13.52□□□□□ -0.25
Rnf40Q3U319 Bub1-201ENSMUST00000028858 3421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.52□□□□□ -0.25
Rnf40Q3U319 Pak6-202ENSMUST00000110853 3677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.52□□□□□ -0.25
Rnf40Q3U319 Oxr1-203ENSMUST00000090096 4515 ntTSL 5 BASIC13.52□□□□□ -0.25
Rnf40Q3U319 Madd-209ENSMUST00000111371 5816 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.52□□□□□ -0.25
Rnf40Q3U319 Madd-210ENSMUST00000111372 5813 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.52□□□□□ -0.25
Rnf40Q3U319 Spcs3-201ENSMUST00000067476 3466 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.51□□□□□ -0.25
Rnf40Q3U319 Arhgef3-204ENSMUST00000225949 3198 ntBASIC13.51□□□□□ -0.25
Rnf40Q3U319 Cdip1-203ENSMUST00000118703 2554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.51□□□□□ -0.25
Rnf40Q3U319 Olfr742-202ENSMUST00000213935 2117 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.51□□□□□ -0.25
Rnf40Q3U319 Fam161a-203ENSMUST00000109557 1947 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.51□□□□□ -0.25
Rnf40Q3U319 Gm6210-201ENSMUST00000204734 1942 ntBASIC13.51□□□□□ -0.25
Rnf40Q3U319 Zfp108-201ENSMUST00000072713 1929 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.51□□□□□ -0.25
Rnf40Q3U319 Slc39a9-208ENSMUST00000219706 5427 ntTSL 1 (best) BASIC13.51□□□□□ -0.25
Rnf40Q3U319 Poc1b-203ENSMUST00000159228 1799 ntTSL 1 (best) BASIC13.51□□□□□ -0.25
Rnf40Q3U319 Krt35-201ENSMUST00000103127 1722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.51□□□□□ -0.25
Rnf40Q3U319 Usp17le-201ENSMUST00000053464 1626 ntTSL 5 BASIC13.51□□□□□ -0.25
Rnf40Q3U319 2600006K01Rik-201ENSMUST00000047607 1406 ntTSL 1 (best) BASIC13.51□□□□□ -0.25
Rnf40Q3U319 Ilkap-201ENSMUST00000027534 1368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.51□□□□□ -0.25
Rnf40Q3U319 Asb11-201ENSMUST00000033755 1369 ntTSL 1 (best) BASIC13.51□□□□□ -0.25
Rnf40Q3U319 Arl4a-201ENSMUST00000101472 1200 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.51□□□□□ -0.25
Rnf40Q3U319 Vmn1r3-201ENSMUST00000105159 1011 ntAPPRIS P1 BASIC13.51□□□□□ -0.25
Rnf40Q3U319 Mbd3-202ENSMUST00000105347 914 ntTSL 2 BASIC13.51□□□□□ -0.25
Rnf40Q3U319 Sec22b-202ENSMUST00000122288 1177 ntTSL 1 (best) BASIC13.51□□□□□ -0.25
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 29 ms