Protein–RNA interactions for Protein: Q3U319

Rnf40, E3 ubiquitin-protein ligase BRE1B, mousemouse

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Length 1,001 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Rnf40Q3U319 Mamdc4-202ENSMUST00000114223 3998 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.55□□□□□ -0.24
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Rnf40Q3U319 Eif4enif1-204ENSMUST00000120721 2952 ntTSL 5 BASIC13.55□□□□□ -0.24
Rnf40Q3U319 Adamtsl3-204ENSMUST00000173828 2292 ntTSL 5 BASIC13.55□□□□□ -0.24
Rnf40Q3U319 Prom2-201ENSMUST00000028855 4796 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.55□□□□□ -0.24
Rnf40Q3U319 Ppp2r1b-202ENSMUST00000114437 3430 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.55□□□□□ -0.24
Rnf40Q3U319 Mvk-202ENSMUST00000112239 1602 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.55□□□□□ -0.24
Rnf40Q3U319 Aire-207ENSMUST00000140636 1615 ntTSL 1 (best) BASIC13.55□□□□□ -0.24
Rnf40Q3U319 Rad52-201ENSMUST00000032269 1617 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.55□□□□□ -0.24
Rnf40Q3U319 Arfrp1-202ENSMUST00000108808 1133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.55□□□□□ -0.24
Rnf40Q3U319 Gm14301-201ENSMUST00000120181 324 ntBASIC13.55□□□□□ -0.24
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Rnf40Q3U319 Gm11491-201ENSMUST00000129441 1118 ntTSL 1 (best) BASIC13.55□□□□□ -0.24
Rnf40Q3U319 Rhox13-201ENSMUST00000152730 876 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.55□□□□□ -0.24
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Rnf40Q3U319 Dleu2-205ENSMUST00000182325 463 ntTSL 1 (best) BASIC13.55□□□□□ -0.24
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Rnf40Q3U319 Gm45669-201ENSMUST00000209808 459 ntTSL 1 (best) BASIC13.55□□□□□ -0.24
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Rnf40Q3U319 Tac4-201ENSMUST00000021242 1251 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.55□□□□□ -0.24
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Rnf40Q3U319 Clps-201ENSMUST00000025062 550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.55□□□□□ -0.24
Rnf40Q3U319 Rgp1-201ENSMUST00000030190 1292 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.55□□□□□ -0.24
Rnf40Q3U319 Tmem116-201ENSMUST00000031405 1288 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.55□□□□□ -0.24
Rnf40Q3U319 Calcb-201ENSMUST00000032902 962 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.55□□□□□ -0.24
Rnf40Q3U319 Eef1akmt2-201ENSMUST00000033257 1107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.55□□□□□ -0.24
Rnf40Q3U319 Myl12b-201ENSMUST00000038446 1253 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.55□□□□□ -0.24
Rnf40Q3U319 Selenow-201ENSMUST00000044355 736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.55□□□□□ -0.24
Rnf40Q3U319 H2bfm-201ENSMUST00000059808 1052 ntAPPRIS P1 BASIC13.55□□□□□ -0.24
Rnf40Q3U319 Mtus2-201ENSMUST00000071878 1211 ntTSL 1 (best) BASIC13.55□□□□□ -0.24
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Rnf40Q3U319 Hcls1-201ENSMUST00000023531 2016 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.55□□□□□ -0.24
Rnf40Q3U319 Krt32-201ENSMUST00000107419 1664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.55□□□□□ -0.24
Rnf40Q3U319 Pfkfb3-213ENSMUST00000171188 2058 ntTSL 5 BASIC13.55□□□□□ -0.24
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Rnf40Q3U319 Pfn4-204ENSMUST00000219503 4775 ntTSL 1 (best) BASIC13.55□□□□□ -0.24
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Rnf40Q3U319 Usp19-210ENSMUST00000193678 4517 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.55□□□□□ -0.24
Rnf40Q3U319 Nox3-201ENSMUST00000115800 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.55□□□□□ -0.24
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Rnf40Q3U319 Wasf2-202ENSMUST00000105912 2236 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.55□□□□□ -0.24
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Rnf40Q3U319 Mrps26-202ENSMUST00000145614 4278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.55□□□□□ -0.24
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Rnf40Q3U319 Tspan32-202ENSMUST00000075172 1876 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.55□□□□□ -0.24
Rnf40Q3U319 Slc52a2-201ENSMUST00000023220 2700 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.55□□□□□ -0.24
Rnf40Q3U319 Cant1-203ENSMUST00000106287 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.55□□□□□ -0.24
Rnf40Q3U319 Lat2-205ENSMUST00000200998 1481 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.55□□□□□ -0.24
Rnf40Q3U319 Clec10a-209ENSMUST00000178945 2332 ntTSL 1 (best) BASIC13.55□□□□□ -0.24
Rnf40Q3U319 Atxn10-201ENSMUST00000163242 2425 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.54□□□□□ -0.24
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Rnf40Q3U319 4930593A02Rik-202ENSMUST00000203879 938 ntTSL 5 BASIC13.54□□□□□ -0.24
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Rnf40Q3U319 Zfp747-202ENSMUST00000205832 618 ntTSL 3 BASIC13.54□□□□□ -0.24
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Rnf40Q3U319 Tpd52l1-202ENSMUST00000213528 969 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.54□□□□□ -0.24
Rnf40Q3U319 Gins1-201ENSMUST00000028948 1087 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.54□□□□□ -0.24
Rnf40Q3U319 Lce3c-201ENSMUST00000055375 567 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.54□□□□□ -0.24
Rnf40Q3U319 Olfr1447-201ENSMUST00000071484 1113 ntAPPRIS P1 BASIC13.54□□□□□ -0.24
Rnf40Q3U319 Olfr1446-201ENSMUST00000081236 1044 ntAPPRIS P1 BASIC13.54□□□□□ -0.24
Rnf40Q3U319 Man1a2-201ENSMUST00000008907 7969 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.54□□□□□ -0.24
Rnf40Q3U319 Galnt11-202ENSMUST00000114950 2493 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.54□□□□□ -0.24
Rnf40Q3U319 Gm16278-201ENSMUST00000148064 2071 ntTSL 1 (best) BASIC13.54□□□□□ -0.24
Rnf40Q3U319 Ldb3-201ENSMUST00000022327 5119 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC13.54□□□□□ -0.24
Rnf40Q3U319 Trim46-202ENSMUST00000090924 2721 ntTSL 1 (best) BASIC13.54□□□□□ -0.24
Rnf40Q3U319 Rph3al-204ENSMUST00000121287 2199 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.54□□□□□ -0.24
Rnf40Q3U319 Hsf4-206ENSMUST00000173859 1576 ntTSL 1 (best) BASIC13.54□□□□□ -0.24
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Rnf40Q3U319 St6galnac6-202ENSMUST00000081879 2345 ntTSL 1 (best) BASIC13.53□□□□□ -0.24
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