Protein–RNA interactions for Protein: Q3U319

Rnf40, E3 ubiquitin-protein ligase BRE1B, mousemouse

Predictions only

Length 1,001 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Rnf40Q3U319 Wnt5b-204ENSMUST00000178696 2371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
Rnf40Q3U319 Dgat1-201ENSMUST00000023214 1888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
Rnf40Q3U319 Spint1-201ENSMUST00000028783 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
Rnf40Q3U319 Zfp105-201ENSMUST00000051667 2010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
Rnf40Q3U319 Timm50-201ENSMUST00000081946 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
Rnf40Q3U319 Ankrd60-202ENSMUST00000119453 1084 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
Rnf40Q3U319 Trak1-208ENSMUST00000210636 2197 ntTSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
Rnf40Q3U319 Qsox2-201ENSMUST00000036187 2559 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.03■■□□□ 1.12
Rnf40Q3U319 5031439G07Rik-203ENSMUST00000165743 5032 ntTSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
Rnf40Q3U319 Cers1-203ENSMUST00000165819 2728 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
Rnf40Q3U319 Mroh6-201ENSMUST00000184858 2216 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.03■■□□□ 1.12
Rnf40Q3U319 Gm45869-201ENSMUST00000210335 1704 ntTSL 5 BASIC22.03■■□□□ 1.12
Rnf40Q3U319 Zdhhc14-201ENSMUST00000089185 3115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
Rnf40Q3U319 Selenoo-201ENSMUST00000082439 2383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
Rnf40Q3U319 Pds5a-209ENSMUST00000201948 8934 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.02■■□□□ 1.12
Rnf40Q3U319 Crtc2-201ENSMUST00000029545 2747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
Rnf40Q3U319 Mpz-201ENSMUST00000070758 2002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
Rnf40Q3U319 Hcn4-201ENSMUST00000034889 6118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
Rnf40Q3U319 Pde6d-201ENSMUST00000027444 1159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
Rnf40Q3U319 Btbd6-201ENSMUST00000002880 2057 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
Rnf40Q3U319 Kmt2b-202ENSMUST00000108154 8454 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
Rnf40Q3U319 Slbp-201ENSMUST00000057551 1906 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
Rnf40Q3U319 6430628N08Rik-201ENSMUST00000132221 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
Rnf40Q3U319 Gm10642-201ENSMUST00000098589 1610 ntAPPRIS P1 BASIC22.01■■□□□ 1.11
Rnf40Q3U319 P2ry2-202ENSMUST00000178340 2137 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
Rnf40Q3U319 Lrp8-204ENSMUST00000106733 3332 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.01■■□□□ 1.11
Rnf40Q3U319 Fank1-204ENSMUST00000209511 1392 ntTSL 5 BASIC22■■□□□ 1.11
Rnf40Q3U319 Plpp2-204ENSMUST00000166804 1566 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
Rnf40Q3U319 4930526A20Rik-202ENSMUST00000142461 1628 ntBASIC22■■□□□ 1.11
Rnf40Q3U319 1700016A09Rik-201ENSMUST00000192004 835 ntBASIC22■■□□□ 1.11
Rnf40Q3U319 Dut-202ENSMUST00000082122 1020 ntTSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
Rnf40Q3U319 F930015N05Rik-201ENSMUST00000177999 1498 ntAPPRIS P1 BASIC22■■□□□ 1.11
Rnf40Q3U319 Kctd6-201ENSMUST00000022272 1650 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
Rnf40Q3U319 Kctd20-201ENSMUST00000057174 2368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
Rnf40Q3U319 Ythdf1-201ENSMUST00000037299 3184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
Rnf40Q3U319 Cdkl3-204ENSMUST00000109077 2605 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.99■■□□□ 1.11
Rnf40Q3U319 Rfng-201ENSMUST00000026156 2118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
Rnf40Q3U319 3110053B16Rik-202ENSMUST00000140360 2004 ntTSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
Rnf40Q3U319 Btbd19-209ENSMUST00000183310 1620 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.98■■□□□ 1.11
Rnf40Q3U319 Rcor3-206ENSMUST00000192491 1623 ntTSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
Rnf40Q3U319 Wrnip1-201ENSMUST00000021832 2633 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
Rnf40Q3U319 Runx2-207ENSMUST00000160673 1791 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
Rnf40Q3U319 1810026B05Rik-202ENSMUST00000184554 782 ntTSL 3 BASIC21.98■■□□□ 1.11
Rnf40Q3U319 Zfp777-202ENSMUST00000114583 3111 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.98■■□□□ 1.11
Rnf40Q3U319 Pi4kb-207ENSMUST00000167008 1962 ntTSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
Rnf40Q3U319 B4galt1-202ENSMUST00000108096 1413 ntTSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
Rnf40Q3U319 Slc16a11-207ENSMUST00000136328 1403 ntTSL 5 BASIC21.97■■□□□ 1.11
Rnf40Q3U319 Rcor3-207ENSMUST00000192866 1844 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.97■■□□□ 1.11
Rnf40Q3U319 Lpar3-201ENSMUST00000039164 2464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
Rnf40Q3U319 Arf4-201ENSMUST00000022429 2165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
Rnf40Q3U319 Tead4-202ENSMUST00000112157 1909 ntTSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
Rnf40Q3U319 Tinagl1-202ENSMUST00000105998 1976 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
Rnf40Q3U319 BC022687-201ENSMUST00000037014 1960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
Rnf40Q3U319 Fzd8-201ENSMUST00000041080 3346 ntAPPRIS P1 BASIC21.97■■□□□ 1.11
Rnf40Q3U319 Trim33-202ENSMUST00000106860 5025 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
Rnf40Q3U319 Hyal2-201ENSMUST00000010191 1893 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
Rnf40Q3U319 Mapkap1-201ENSMUST00000113123 1530 ntTSL 5 BASIC21.96■■□□□ 1.11
Rnf40Q3U319 Suz12-206ENSMUST00000163272 4303 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.96■■□□□ 1.11
Rnf40Q3U319 Ctdsp1-201ENSMUST00000027367 2876 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
Rnf40Q3U319 Slc35f3-201ENSMUST00000108759 2309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
Rnf40Q3U319 En2-201ENSMUST00000036177 3539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
Rnf40Q3U319 Cbfb-204ENSMUST00000109395 2709 ntTSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
Rnf40Q3U319 Endog-201ENSMUST00000015481 1063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
Rnf40Q3U319 Cers5-201ENSMUST00000023762 2096 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
Rnf40Q3U319 Maf1-201ENSMUST00000023212 1686 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
Rnf40Q3U319 Otud3-201ENSMUST00000097830 1668 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.95■■□□□ 1.1
Rnf40Q3U319 Senp6-201ENSMUST00000037484 5111 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
Rnf40Q3U319 K230010J24Rik-204ENSMUST00000187868 1810 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.94■■□□□ 1.1
Rnf40Q3U319 Dlk2-204ENSMUST00000170271 1783 ntTSL 5 BASIC21.94■■□□□ 1.1
Rnf40Q3U319 Tifa-202ENSMUST00000163775 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
Rnf40Q3U319 Clasp2-211ENSMUST00000216817 2234 ntTSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
Rnf40Q3U319 Pkd2-201ENSMUST00000086831 5219 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
Rnf40Q3U319 Cobll1-204ENSMUST00000112430 4917 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
Rnf40Q3U319 Tead1-204ENSMUST00000106638 3047 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
Rnf40Q3U319 Mal2-201ENSMUST00000025356 2950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
Rnf40Q3U319 Fam89b-202ENSMUST00000116558 1189 ntTSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
Rnf40Q3U319 Cdkl3-210ENSMUST00000121591 2387 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
Rnf40Q3U319 Cept1-203ENSMUST00000121231 2121 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.92■■□□□ 1.1
Rnf40Q3U319 Hfe2-201ENSMUST00000049208 2028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
Rnf40Q3U319 Klf2-201ENSMUST00000067912 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
Rnf40Q3U319 Lsr-205ENSMUST00000205961 2021 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
Rnf40Q3U319 Spsb3-204ENSMUST00000119829 1955 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.91■■□□□ 1.1
Rnf40Q3U319 Celf6-203ENSMUST00000118549 2973 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.9■■□□□ 1.1
Rnf40Q3U319 Dcbld1-201ENSMUST00000069004 3024 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
Rnf40Q3U319 Cltb-202ENSMUST00000091609 2186 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.1
Rnf40Q3U319 Pradc1-201ENSMUST00000032080 1038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
Rnf40Q3U319 Col23a1-201ENSMUST00000102765 5658 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.89■■□□□ 1.09
Rnf40Q3U319 Ptov1-201ENSMUST00000046575 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
Rnf40Q3U319 Gjc2-202ENSMUST00000108793 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
Rnf40Q3U319 Nle1-201ENSMUST00000103213 1783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
Rnf40Q3U319 Ppp4c-211ENSMUST00000206570 1400 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
Rnf40Q3U319 Psme4-201ENSMUST00000041231 6491 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
Rnf40Q3U319 Ugp2-201ENSMUST00000060895 2044 ntTSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
Rnf40Q3U319 Wnt10b-203ENSMUST00000226610 2217 ntAPPRIS P1 BASIC21.88■■□□□ 1.09
Rnf40Q3U319 Wnt10b-201ENSMUST00000023732 2226 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.88■■□□□ 1.09
Rnf40Q3U319 Abhd12-201ENSMUST00000056149 1999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
Rnf40Q3U319 Ncoa5-202ENSMUST00000121377 2930 ntTSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
Rnf40Q3U319 Snhg20-203ENSMUST00000182811 2153 ntBASIC21.88■■□□□ 1.09
Rnf40Q3U319 Siah2-201ENSMUST00000070368 2511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
Rnf40Q3U319 Hist2h3c1-201ENSMUST00000176059 1820 ntAPPRIS P1 BASIC21.87■■□□□ 1.09
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 64.9 ms