Protein–RNA interactions for Protein: Q02788

Col6a2, Collagen alpha-2(VI) chain, mousemouse

Predictions only

Length 1,034 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Col6a2Q02788 Sdccag3-201ENSMUST00000028293 2031 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
Col6a2Q02788 4930527J03Rik-201ENSMUST00000094270 543 ntBASIC21.31■■□□□ 1
Col6a2Q02788 Bend7-202ENSMUST00000115022 1945 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
Col6a2Q02788 D030056L22Rik-202ENSMUST00000062753 1677 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
Col6a2Q02788 Kansl1l-202ENSMUST00000113987 2342 ntTSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
Col6a2Q02788 1700034P13Rik-201ENSMUST00000181358 1343 ntTSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
Col6a2Q02788 Gm5131-201ENSMUST00000212776 1238 ntBASIC21.3■■□□□ 1
Col6a2Q02788 Tmem74b-202ENSMUST00000109872 1399 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
Col6a2Q02788 Pwwp2b-202ENSMUST00000172136 2543 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
Col6a2Q02788 Kcnc3-202ENSMUST00000107907 5281 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.3■■□□□ 1
Col6a2Q02788 Hoxa11-201ENSMUST00000048026 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
Col6a2Q02788 Foxj3-206ENSMUST00000138845 1530 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
Col6a2Q02788 Sugct-201ENSMUST00000068545 1701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
Col6a2Q02788 Tgfbrap1-202ENSMUST00000186694 5385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
Col6a2Q02788 Tmem120a-201ENSMUST00000043378 1559 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
Col6a2Q02788 Csnk1a1-201ENSMUST00000115246 1484 ntTSL 5 BASIC21.29■■□□□ 1
Col6a2Q02788 Gadd45a-207ENSMUST00000204369 716 ntTSL 5 BASIC21.29■■□□□ 1
Col6a2Q02788 A730035I17Rik-205ENSMUST00000205851 684 ntBASIC21.29■■□□□ 1
Col6a2Q02788 Zfp513-201ENSMUST00000031562 2213 ntTSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
Col6a2Q02788 Ccnh-201ENSMUST00000022030 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
Col6a2Q02788 2010300C02Rik-203ENSMUST00000162875 4634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
Col6a2Q02788 Bbc3-201ENSMUST00000002152 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
Col6a2Q02788 B4galt1-202ENSMUST00000108096 1413 ntTSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
Col6a2Q02788 Fam216a-201ENSMUST00000031419 1388 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
Col6a2Q02788 Atf5-201ENSMUST00000047356 1816 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
Col6a2Q02788 Bloc1s5-202ENSMUST00000224115 1020 ntBASIC21.28■■□□□ 1
Col6a2Q02788 Gm10645-201ENSMUST00000098605 1090 ntAPPRIS P1 BASIC21.28■■□□□ 1
Col6a2Q02788 Tmem230-201ENSMUST00000028816 1612 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
Col6a2Q02788 Specc1-206ENSMUST00000201015 1789 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.28■■□□□ 1
Col6a2Q02788 Cept1-203ENSMUST00000121231 2121 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.27■■□□□ 1
Col6a2Q02788 Acbd6-203ENSMUST00000097529 1255 ntTSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
Col6a2Q02788 Hnrnpab-202ENSMUST00000101249 2013 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
Col6a2Q02788 Fam204a-201ENSMUST00000065286 2035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
Col6a2Q02788 Qk-201ENSMUST00000042296 6718 ntTSL 1 (best) BASIC21.27■□□□□ 0.99
Col6a2Q02788 Mapk12-201ENSMUST00000088827 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
Col6a2Q02788 Usp48-205ENSMUST00000105840 5741 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.26■□□□□ 0.99
Col6a2Q02788 Rap1a-202ENSMUST00000197094 782 ntTSL 3 BASIC21.26■□□□□ 0.99
Col6a2Q02788 Sec61a2-201ENSMUST00000026926 756 ntTSL 5 BASIC21.26■□□□□ 0.99
Col6a2Q02788 Cdc42ep5-201ENSMUST00000076831 1025 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
Col6a2Q02788 Eri3-201ENSMUST00000037127 1719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
Col6a2Q02788 Neurl4-211ENSMUST00000177138 4886 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
Col6a2Q02788 2210011C24Rik-204ENSMUST00000190457 1351 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
Col6a2Q02788 Fam168b-203ENSMUST00000167518 5058 ntTSL 5 BASIC21.25■□□□□ 0.99
Col6a2Q02788 Msrb1-201ENSMUST00000101800 1211 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
Col6a2Q02788 Mpnd-204ENSMUST00000149441 1701 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
Col6a2Q02788 Prrt2-206ENSMUST00000202045 429 ntTSL 5 BASIC21.25■□□□□ 0.99
Col6a2Q02788 Gm18190-203ENSMUST00000209944 389 ntTSL 2 BASIC21.25■□□□□ 0.99
Col6a2Q02788 Fbxo4-201ENSMUST00000022791 1565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
Col6a2Q02788 Rhbdl1-201ENSMUST00000026831 1711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
Col6a2Q02788 Mecp2-201ENSMUST00000033770 1739 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
Col6a2Q02788 Pgp-201ENSMUST00000053024 1027 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
Col6a2Q02788 Hpca-209ENSMUST00000164649 1626 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.25■□□□□ 0.99
Col6a2Q02788 Xbp1-201ENSMUST00000063084 2129 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
Col6a2Q02788 P4htm-201ENSMUST00000006853 1841 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
Col6a2Q02788 Fbxw2-204ENSMUST00000113077 1670 ntTSL 5 BASIC21.24■□□□□ 0.99
Col6a2Q02788 Cntln-202ENSMUST00000102819 2239 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
Col6a2Q02788 D130058E05Rik-201ENSMUST00000173856 1372 ntTSL 2 BASIC21.23■□□□□ 0.99
Col6a2Q02788 Trafd1-201ENSMUST00000042312 2503 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
Col6a2Q02788 Smox-205ENSMUST00000110182 985 ntTSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
Col6a2Q02788 Gemin7-203ENSMUST00000119912 653 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.23■□□□□ 0.99
Col6a2Q02788 Usf2-203ENSMUST00000162228 960 ntTSL 5 BASIC21.23■□□□□ 0.99
Col6a2Q02788 Clta-206ENSMUST00000170241 1079 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
Col6a2Q02788 Get4-201ENSMUST00000026976 2107 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
Col6a2Q02788 Tcte2-202ENSMUST00000127032 1875 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
Col6a2Q02788 Smox-206ENSMUST00000110183 1159 ntTSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
Col6a2Q02788 Nnat-207ENSMUST00000173041 760 ntTSL 5 BASIC21.22■□□□□ 0.99
Col6a2Q02788 Gm7417-201ENSMUST00000192950 473 ntBASIC21.22■□□□□ 0.99
Col6a2Q02788 Gm35065-201ENSMUST00000199206 428 ntTSL 3 BASIC21.22■□□□□ 0.99
Col6a2Q02788 Clec3b-201ENSMUST00000026890 992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
Col6a2Q02788 Adora2b-201ENSMUST00000018644 1845 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
Col6a2Q02788 Onecut3-201ENSMUST00000051773 4776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
Col6a2Q02788 Triobp-201ENSMUST00000109687 2570 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
Col6a2Q02788 March2-210ENSMUST00000186022 2470 ntTSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
Col6a2Q02788 Pkp2-203ENSMUST00000162150 1959 ntTSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
Col6a2Q02788 Msl2-202ENSMUST00000189616 2612 ntTSL 5 BASIC21.21■□□□□ 0.99
Col6a2Q02788 Gpx7-202ENSMUST00000184609 331 ntTSL 3 BASIC21.21■□□□□ 0.99
Col6a2Q02788 Antxr1-204ENSMUST00000204805 2156 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.21■□□□□ 0.99
Col6a2Q02788 AC115037.1-201ENSMUST00000223391 2173 ntBASIC21.21■□□□□ 0.99
Col6a2Q02788 Pdgfb-201ENSMUST00000000500 2918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
Col6a2Q02788 Efna3-201ENSMUST00000029673 2363 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
Col6a2Q02788 Gm26617-201ENSMUST00000180381 4429 ntTSL 3 BASIC21.2■□□□□ 0.98
Col6a2Q02788 Rp9-203ENSMUST00000215715 1499 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
Col6a2Q02788 Gm10642-201ENSMUST00000098589 1610 ntAPPRIS P1 BASIC21.2■□□□□ 0.98
Col6a2Q02788 Lsm14b-201ENSMUST00000055485 2534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
Col6a2Q02788 Cadm1-202ENSMUST00000085909 2126 ntTSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
Col6a2Q02788 Rell2-201ENSMUST00000070709 1767 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
Col6a2Q02788 Gm28417-201ENSMUST00000185218 785 ntTSL 3 BASIC21.19■□□□□ 0.98
Col6a2Q02788 Tshz1-201ENSMUST00000060303 5656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
Col6a2Q02788 Tex30-208ENSMUST00000147571 1360 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
Col6a2Q02788 Rragc-201ENSMUST00000030399 2593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
Col6a2Q02788 Purg-202ENSMUST00000078058 1795 ntTSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
Col6a2Q02788 Cdkn2aipnl-201ENSMUST00000102763 1832 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
Col6a2Q02788 Syce3-201ENSMUST00000109314 448 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
Col6a2Q02788 Arpp19-206ENSMUST00000168301 599 ntTSL 5 BASIC21.18■□□□□ 0.98
Col6a2Q02788 Gm40881-201ENSMUST00000223397 166 ntBASIC21.18■□□□□ 0.98
Col6a2Q02788 Socs1-201ENSMUST00000038099 1220 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
Col6a2Q02788 Lipt2-201ENSMUST00000032967 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
Col6a2Q02788 Fbxl14-201ENSMUST00000032094 2963 ntAPPRIS P1 BASIC21.18■□□□□ 0.98
Col6a2Q02788 Plin1-206ENSMUST00000205915 2817 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
Col6a2Q02788 1700018A14Rik-201ENSMUST00000195587 711 ntBASIC21.17■□□□□ 0.98
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 20.6 ms