Protein–RNA interactions for Protein: E9PWQ3

Col6a3, Collagen, type VI, alpha 3, mousemouse

Predictions only

Length 3,284 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Col6a3E9PWQ3 AC135963.1-201ENSMUST00000211640 717 ntBASIC22.23■■□□□ 1.15
Col6a3E9PWQ3 March5-201ENSMUST00000024078 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
Col6a3E9PWQ3 Ap1ar-210ENSMUST00000200409 2580 ntTSL 5 BASIC22.23■■□□□ 1.15
Col6a3E9PWQ3 Tspan17-201ENSMUST00000026993 1585 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
Col6a3E9PWQ3 Cgrrf1-201ENSMUST00000068532 1324 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
Col6a3E9PWQ3 Rnaseh1-201ENSMUST00000020959 1455 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
Col6a3E9PWQ3 Gm20208-202ENSMUST00000219905 1528 ntTSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
Col6a3E9PWQ3 Tex30-212ENSMUST00000152239 1046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
Col6a3E9PWQ3 AC099934.2-201ENSMUST00000196389 70 ntBASIC22.21■■□□□ 1.15
Col6a3E9PWQ3 AC156953.1-201ENSMUST00000196953 70 ntBASIC22.21■■□□□ 1.15
Col6a3E9PWQ3 AC157822.2-201ENSMUST00000200291 70 ntBASIC22.21■■□□□ 1.15
Col6a3E9PWQ3 Acbd6-202ENSMUST00000080138 993 ntTSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
Col6a3E9PWQ3 Tmeff1-201ENSMUST00000030032 2461 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
Col6a3E9PWQ3 Gal3st1-202ENSMUST00000078757 1749 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
Col6a3E9PWQ3 Hyi-201ENSMUST00000006562 910 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.21■■□□□ 1.15
Col6a3E9PWQ3 Gxylt1-202ENSMUST00000057896 1891 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.2■■□□□ 1.14
Col6a3E9PWQ3 Gm4419-202ENSMUST00000226239 1431 ntBASIC22.2■■□□□ 1.14
Col6a3E9PWQ3 Arhgap8-207ENSMUST00000172307 1544 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.2■■□□□ 1.14
Col6a3E9PWQ3 Rp9-203ENSMUST00000215715 1499 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
Col6a3E9PWQ3 Bex4-201ENSMUST00000116527 837 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
Col6a3E9PWQ3 Gm38165-201ENSMUST00000191654 486 ntTSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
Col6a3E9PWQ3 Fance-201ENSMUST00000088007 1581 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.19■■□□□ 1.14
Col6a3E9PWQ3 Kazald1-201ENSMUST00000026234 1380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
Col6a3E9PWQ3 Rem1-201ENSMUST00000000369 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
Col6a3E9PWQ3 Wasl-202ENSMUST00000041737 1298 ntTSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
Col6a3E9PWQ3 Prr29-201ENSMUST00000009354 1112 ntTSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
Col6a3E9PWQ3 Khk-204ENSMUST00000201621 1583 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
Col6a3E9PWQ3 Nsmf-213ENSMUST00000140737 862 ntTSL 5 BASIC22.18■■□□□ 1.14
Col6a3E9PWQ3 Gm15867-201ENSMUST00000159407 388 ntTSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
Col6a3E9PWQ3 AC164433.2-201ENSMUST00000226346 1701 ntBASIC22.18■■□□□ 1.14
Col6a3E9PWQ3 Fbxo6-202ENSMUST00000056965 1163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
Col6a3E9PWQ3 Pdcd4-203ENSMUST00000165617 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
Col6a3E9PWQ3 Olfm2-203ENSMUST00000215999 1895 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC22.17■■□□□ 1.14
Col6a3E9PWQ3 Usf2-211ENSMUST00000172417 648 ntTSL 5 BASIC22.17■■□□□ 1.14
Col6a3E9PWQ3 Kcnd3os-201ENSMUST00000130683 1091 ntTSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
Col6a3E9PWQ3 Gm45894-201ENSMUST00000211940 651 ntTSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
Col6a3E9PWQ3 4930426I24Rik-202ENSMUST00000217797 1232 ntBASIC22.17■■□□□ 1.14
Col6a3E9PWQ3 Fitm1-201ENSMUST00000022826 971 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
Col6a3E9PWQ3 Pnkd-204ENSMUST00000113805 740 ntTSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
Col6a3E9PWQ3 Mpzl1-210ENSMUST00000194437 643 ntTSL 3 BASIC22.16■■□□□ 1.14
Col6a3E9PWQ3 Gm43173-201ENSMUST00000202246 593 ntBASIC22.16■■□□□ 1.14
Col6a3E9PWQ3 Gm3558-201ENSMUST00000163790 2055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
Col6a3E9PWQ3 Fam220a-206ENSMUST00000196487 2278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
Col6a3E9PWQ3 Gipc1-201ENSMUST00000019577 1522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
Col6a3E9PWQ3 Fbxo4-201ENSMUST00000022791 1565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
Col6a3E9PWQ3 Gm15298-201ENSMUST00000145916 1212 ntTSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
Col6a3E9PWQ3 B230217C12Rik-201ENSMUST00000054783 1189 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
Col6a3E9PWQ3 St7-202ENSMUST00000052113 2046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
Col6a3E9PWQ3 Mppe1-201ENSMUST00000073054 2007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
Col6a3E9PWQ3 Gm12063-201ENSMUST00000148087 715 ntTSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
Col6a3E9PWQ3 Gm44949-201ENSMUST00000206423 1450 ntBASIC22.14■■□□□ 1.14
Col6a3E9PWQ3 Gm10129-202ENSMUST00000193100 1316 ntBASIC22.14■■□□□ 1.13
Col6a3E9PWQ3 Otud3-201ENSMUST00000097830 1668 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.13
Col6a3E9PWQ3 Gabbr1-209ENSMUST00000174456 1595 ntTSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
Col6a3E9PWQ3 Gm8493-201ENSMUST00000196881 489 ntBASIC22.14■■□□□ 1.13
Col6a3E9PWQ3 Krtap5-4-201ENSMUST00000061403 1046 ntAPPRIS P1 BASIC22.14■■□□□ 1.13
Col6a3E9PWQ3 Foxb2-201ENSMUST00000072915 1515 ntAPPRIS P1 BASIC22.13■■□□□ 1.13
Col6a3E9PWQ3 Npas1-201ENSMUST00000002053 2091 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.13■■□□□ 1.13
Col6a3E9PWQ3 Gm3448-202ENSMUST00000097400 747 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.13■■□□□ 1.13
Col6a3E9PWQ3 Tmem74b-202ENSMUST00000109872 1399 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
Col6a3E9PWQ3 Sox3-201ENSMUST00000135107 2065 ntAPPRIS P1 BASIC22.12■■□□□ 1.13
Col6a3E9PWQ3 Mapk15-201ENSMUST00000089669 1929 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
Col6a3E9PWQ3 Gsc-201ENSMUST00000021513 1268 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
Col6a3E9PWQ3 Dhps-201ENSMUST00000078665 1333 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
Col6a3E9PWQ3 Bend7-202ENSMUST00000115022 1945 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
Col6a3E9PWQ3 Gm30085-201ENSMUST00000209694 594 ntTSL 3 BASIC22.11■■□□□ 1.13
Col6a3E9PWQ3 Emc9-201ENSMUST00000022828 855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
Col6a3E9PWQ3 Mettl24-201ENSMUST00000058747 1529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
Col6a3E9PWQ3 Creb1-204ENSMUST00000185594 1569 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
Col6a3E9PWQ3 Gm4553-201ENSMUST00000168049 714 ntAPPRIS ALT2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
Col6a3E9PWQ3 Kcnma1-215ENSMUST00000190339 890 ntTSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
Col6a3E9PWQ3 Ppp1r14c-202ENSMUST00000217573 2013 ntTSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
Col6a3E9PWQ3 4930412O13Rik-201ENSMUST00000026889 1187 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
Col6a3E9PWQ3 Kdm2a-203ENSMUST00000116571 2413 ntTSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
Col6a3E9PWQ3 Prcd-205ENSMUST00000178875 1227 ntTSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
Col6a3E9PWQ3 Stx6-209ENSMUST00000195302 955 ntTSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
Col6a3E9PWQ3 Gm8093-201ENSMUST00000128935 1892 ntBASIC22.08■■□□□ 1.13
Col6a3E9PWQ3 Dok6-201ENSMUST00000097495 1441 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
Col6a3E9PWQ3 Preb-209ENSMUST00000202567 1869 ntTSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
Col6a3E9PWQ3 Gm27151-202ENSMUST00000185015 1145 ntTSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.12
Col6a3E9PWQ3 Ppp1r14a-202ENSMUST00000207714 755 ntTSL 3 BASIC22.07■■□□□ 1.12
Col6a3E9PWQ3 Hist1h2bp-201ENSMUST00000102982 469 ntAPPRIS P1 BASIC22.07■■□□□ 1.12
Col6a3E9PWQ3 Gm6569-201ENSMUST00000154520 811 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.07■■□□□ 1.12
Col6a3E9PWQ3 Lrrc10b-201ENSMUST00000171400 2077 ntAPPRIS P1 BASIC22.07■■□□□ 1.12
Col6a3E9PWQ3 Rtca-201ENSMUST00000000348 1594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
Col6a3E9PWQ3 Btbd6-204ENSMUST00000221104 2085 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
Col6a3E9PWQ3 Letm2-209ENSMUST00000210810 1538 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
Col6a3E9PWQ3 Gm10653-202ENSMUST00000139570 835 ntBASIC22.05■■□□□ 1.12
Col6a3E9PWQ3 Gm44899-202ENSMUST00000209433 511 ntTSL 5 BASIC22.05■■□□□ 1.12
Col6a3E9PWQ3 Kcne1l-201ENSMUST00000134825 1543 ntAPPRIS P1 BASIC22.05■■□□□ 1.12
Col6a3E9PWQ3 Dleu2-211ENSMUST00000183066 788 ntTSL 3 BASIC22.05■■□□□ 1.12
Col6a3E9PWQ3 Gm15270-201ENSMUST00000125158 870 ntTSL 3 BASIC22.05■■□□□ 1.12
Col6a3E9PWQ3 Cdc34b-202ENSMUST00000188741 1252 ntBASIC22.05■■□□□ 1.12
Col6a3E9PWQ3 Snx16-203ENSMUST00000195822 1084 ntTSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
Col6a3E9PWQ3 Cdc34b-201ENSMUST00000021240 1233 ntAPPRIS P1 BASIC22.05■■□□□ 1.12
Col6a3E9PWQ3 Gm3448-203ENSMUST00000179539 787 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
Col6a3E9PWQ3 C230062I16Rik-202ENSMUST00000207746 1022 ntTSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
Col6a3E9PWQ3 Gm3448-201ENSMUST00000097399 787 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
Col6a3E9PWQ3 Gng12-204ENSMUST00000114225 1876 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
Col6a3E9PWQ3 Dgcr6-209ENSMUST00000155387 1415 ntTSL 3 BASIC22.04■■□□□ 1.12
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 21.7 ms