Protein–RNA interactions for Protein: Q5NCC9

Trim58, E3 ubiquitin-protein ligase TRIM58, mousemouse

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Length 485 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Trim58Q5NCC9 Ttc23l-201ENSMUST00000022857 1931 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
Trim58Q5NCC9 Dlk1-202ENSMUST00000109841 879 ntTSL 5 BASIC16.73■□□□□ 0.27
Trim58Q5NCC9 Boll-202ENSMUST00000114423 1106 ntTSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
Trim58Q5NCC9 Rhox2d-201ENSMUST00000115179 685 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.73■□□□□ 0.27
Trim58Q5NCC9 Gm11978-201ENSMUST00000122315 466 ntBASIC16.73■□□□□ 0.27
Trim58Q5NCC9 Gm14224-201ENSMUST00000147187 864 ntTSL 3 BASIC16.73■□□□□ 0.27
Trim58Q5NCC9 Gstt4-202ENSMUST00000160211 964 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
Trim58Q5NCC9 Atp5j2-202ENSMUST00000161741 955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
Trim58Q5NCC9 9230020A06Rik-204ENSMUST00000215201 1116 ntTSL 5 BASIC16.73■□□□□ 0.27
Trim58Q5NCC9 Gm7446-201ENSMUST00000221035 1240 ntBASIC16.73■□□□□ 0.27
Trim58Q5NCC9 AC173210.1-201ENSMUST00000222341 1131 ntBASIC16.73■□□□□ 0.27
Trim58Q5NCC9 Itm2b-204ENSMUST00000228637 783 ntBASIC16.73■□□□□ 0.27
Trim58Q5NCC9 Lyzl4-201ENSMUST00000077706 996 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
Trim58Q5NCC9 Rb1cc1-201ENSMUST00000027040 7607 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
Trim58Q5NCC9 Mark2-215ENSMUST00000168872 2124 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.73■□□□□ 0.27
Trim58Q5NCC9 Trim26-210ENSMUST00000179968 3203 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.73■□□□□ 0.27
Trim58Q5NCC9 4930453N24Rik-201ENSMUST00000076991 5522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
Trim58Q5NCC9 Afmid-201ENSMUST00000073388 2327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
Trim58Q5NCC9 Ispd-205ENSMUST00000221895 4022 ntTSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
Trim58Q5NCC9 Sh3bp2-207ENSMUST00000179943 2935 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
Trim58Q5NCC9 Begain-204ENSMUST00000209829 3272 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.72■□□□□ 0.27
Trim58Q5NCC9 Acoxl-202ENSMUST00000110344 1573 ntTSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
Trim58Q5NCC9 Gm42688-201ENSMUST00000101253 3628 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.72■□□□□ 0.27
Trim58Q5NCC9 Txlng-203ENSMUST00000112315 2525 ntTSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
Trim58Q5NCC9 Ubap2l-202ENSMUST00000064639 4073 ntTSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
Trim58Q5NCC9 Tmc6-201ENSMUST00000026659 2865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
Trim58Q5NCC9 Ildr1-202ENSMUST00000089618 2850 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
Trim58Q5NCC9 Lamb2-201ENSMUST00000065014 5629 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
Trim58Q5NCC9 Chia1-201ENSMUST00000079132 1681 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
Trim58Q5NCC9 Oraov1-201ENSMUST00000033388 2015 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
Trim58Q5NCC9 Rasgef1b-209ENSMUST00000168092 2987 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
Trim58Q5NCC9 Rasgef1b-201ENSMUST00000031276 2990 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
Trim58Q5NCC9 Efr3a-205ENSMUST00000173858 2848 ntTSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
Trim58Q5NCC9 Prkce-201ENSMUST00000097274 3161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
Trim58Q5NCC9 Etfrf1-205ENSMUST00000111724 1618 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
Trim58Q5NCC9 Gm11638-201ENSMUST00000153672 1615 ntTSL 2 BASIC16.72■□□□□ 0.27
Trim58Q5NCC9 Gm13134-202ENSMUST00000144347 387 ntTSL 2 BASIC16.72■□□□□ 0.27
Trim58Q5NCC9 Ift27-201ENSMUST00000016781 1012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
Trim58Q5NCC9 Gm5866-201ENSMUST00000177881 973 ntBASIC16.72■□□□□ 0.27
Trim58Q5NCC9 Gm2495-201ENSMUST00000191160 466 ntBASIC16.72■□□□□ 0.27
Trim58Q5NCC9 Gm4129-201ENSMUST00000220083 625 ntTSL 3 BASIC16.72■□□□□ 0.27
Trim58Q5NCC9 Ceacam10-201ENSMUST00000038069 1048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
Trim58Q5NCC9 Ccl24-201ENSMUST00000004936 1295 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
Trim58Q5NCC9 Fthl17c-201ENSMUST00000075792 850 ntAPPRIS P1 BASIC16.72■□□□□ 0.27
Trim58Q5NCC9 Sema6c-202ENSMUST00000090823 4029 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
Trim58Q5NCC9 Slc13a5-201ENSMUST00000021161 3329 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
Trim58Q5NCC9 Syngap1-201ENSMUST00000081285 4315 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.72■□□□□ 0.27
Trim58Q5NCC9 Armc7-201ENSMUST00000035240 2260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
Trim58Q5NCC9 Tspan13-201ENSMUST00000020896 1932 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
Trim58Q5NCC9 Adarb1-201ENSMUST00000020496 6549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
Trim58Q5NCC9 Irf1-202ENSMUST00000108920 2137 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
Trim58Q5NCC9 Ptgr2-208ENSMUST00000147363 1869 ntTSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
Trim58Q5NCC9 Gm12462-201ENSMUST00000140826 3056 ntTSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
Trim58Q5NCC9 Copb2-201ENSMUST00000035033 3050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
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Trim58Q5NCC9 Chfr-202ENSMUST00000112519 3159 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
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Trim58Q5NCC9 Ccdc160-201ENSMUST00000101588 1536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
Trim58Q5NCC9 Bbof1-201ENSMUST00000081828 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
Trim58Q5NCC9 Ccdc22-201ENSMUST00000033483 2353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
Trim58Q5NCC9 Gm10392-201ENSMUST00000100807 1732 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.71■□□□□ 0.27
Trim58Q5NCC9 Stim1-201ENSMUST00000033289 4085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
Trim58Q5NCC9 Sec23b-201ENSMUST00000028916 2779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
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Trim58Q5NCC9 Lcn5-202ENSMUST00000100312 660 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
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Trim58Q5NCC9 Bphl-201ENSMUST00000040656 1253 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
Trim58Q5NCC9 Ttc3-201ENSMUST00000117648 7417 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.71■□□□□ 0.27
Trim58Q5NCC9 Rnps1-201ENSMUST00000088512 1798 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
Trim58Q5NCC9 Secisbp2-201ENSMUST00000040117 3328 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
Trim58Q5NCC9 Chd4-203ENSMUST00000112392 6652 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.71■□□□□ 0.26
Trim58Q5NCC9 AC154747.3-201ENSMUST00000224471 3470 ntBASIC16.71■□□□□ 0.26
Trim58Q5NCC9 Gif-201ENSMUST00000025585 1537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
Trim58Q5NCC9 Ccdc163-201ENSMUST00000030452 1524 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.7■□□□□ 0.26
Trim58Q5NCC9 Saa3-202ENSMUST00000210913 2200 ntTSL 3 BASIC16.7■□□□□ 0.26
Trim58Q5NCC9 Ermard-203ENSMUST00000097393 2535 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
Trim58Q5NCC9 Spock3-201ENSMUST00000093480 3024 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.7■□□□□ 0.26
Trim58Q5NCC9 Tfe3-206ENSMUST00000115679 3239 ntTSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
Trim58Q5NCC9 Mob1a-202ENSMUST00000055261 4412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
Trim58Q5NCC9 Timp3-201ENSMUST00000020234 4722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
Trim58Q5NCC9 Espn-213ENSMUST00000105659 3595 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.7■□□□□ 0.26
Trim58Q5NCC9 Arhgap10-202ENSMUST00000210519 2295 ntTSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
Trim58Q5NCC9 Fnbp1-206ENSMUST00000113555 1776 ntTSL 5 BASIC16.7■□□□□ 0.26
Trim58Q5NCC9 Gm11724-201ENSMUST00000125577 472 ntTSL 2 BASIC16.7■□□□□ 0.26
Trim58Q5NCC9 1700121C08Rik-201ENSMUST00000137546 677 ntTSL 3 BASIC16.7■□□□□ 0.26
Trim58Q5NCC9 Rab40c-203ENSMUST00000164982 789 ntTSL 5 BASIC16.7■□□□□ 0.26
Trim58Q5NCC9 Rims3-204ENSMUST00000171363 977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
Trim58Q5NCC9 Ly6g6e-203ENSMUST00000172678 750 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC16.7■□□□□ 0.26
Trim58Q5NCC9 Gm42921-201ENSMUST00000196670 655 ntTSL 2 BASIC16.7■□□□□ 0.26
Trim58Q5NCC9 Mpv17-207ENSMUST00000201491 923 ntTSL 2 BASIC16.7■□□□□ 0.26
Trim58Q5NCC9 Gm31816-201ENSMUST00000209388 1294 ntTSL 5 BASIC16.7■□□□□ 0.26
Trim58Q5NCC9 AC122305.4-201ENSMUST00000216159 1206 ntBASIC16.7■□□□□ 0.26
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 39.1 ms