Protein–RNA interactions for Protein: P08121

Col3a1, Collagen alpha-1(III) chain, mousemouse

Predictions only

Length 1,464 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Col3a1P08121 Zfp318-201ENSMUST00000113481 7850 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC15.62■□□□□ 0.09
Col3a1P08121 Gpnmb-203ENSMUST00000204260 2430 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
Col3a1P08121 Slc25a5-ps-202ENSMUST00000223716 1786 ntBASIC15.62■□□□□ 0.09
Col3a1P08121 4933431M02Rik-201ENSMUST00000203905 1432 ntTSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
Col3a1P08121 Tbc1d22b-201ENSMUST00000048677 3592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
Col3a1P08121 Ankrd17-203ENSMUST00000168058 9311 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.61■□□□□ 0.09
Col3a1P08121 Cggbp1-201ENSMUST00000067744 4425 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
Col3a1P08121 Adad1-203ENSMUST00000144629 3101 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
Col3a1P08121 Ift52-201ENSMUST00000018002 2248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
Col3a1P08121 Espnl-201ENSMUST00000088904 5445 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
Col3a1P08121 Ankrd42-202ENSMUST00000118157 2782 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
Col3a1P08121 Slc22a15-207ENSMUST00000190824 3010 ntTSL 5 BASIC15.61■□□□□ 0.09
Col3a1P08121 6030468B19Rik-201ENSMUST00000106331 1071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
Col3a1P08121 Mrpl2-202ENSMUST00000113429 998 ntTSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
Col3a1P08121 Rbm3-204ENSMUST00000115617 1152 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
Col3a1P08121 Egfl7-209ENSMUST00000150404 892 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC15.61■□□□□ 0.09
Col3a1P08121 Gm2383-201ENSMUST00000181461 807 ntBASIC15.61■□□□□ 0.09
Col3a1P08121 1700065D16Rik-203ENSMUST00000189279 393 ntTSL 2 BASIC15.61■□□□□ 0.09
Col3a1P08121 1700023F06Rik-201ENSMUST00000021323 1199 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.61■□□□□ 0.09
Col3a1P08121 Prss39-201ENSMUST00000027299 1267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
Col3a1P08121 BC049730-201ENSMUST00000051714 1172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
Col3a1P08121 Mrps21-201ENSMUST00000067298 488 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
Col3a1P08121 Mir339-201ENSMUST00000083659 96 ntBASIC15.61■□□□□ 0.09
Col3a1P08121 Mir433-201ENSMUST00000093564 124 ntBASIC15.61■□□□□ 0.09
Col3a1P08121 Gm38391-201ENSMUST00000191720 4069 ntBASIC15.61■□□□□ 0.09
Col3a1P08121 Spg20-204ENSMUST00000118118 3981 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
Col3a1P08121 Pias3-202ENSMUST00000107076 2858 ntTSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
Col3a1P08121 Rps6ka4-202ENSMUST00000170516 3105 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
Col3a1P08121 Rps6ka4-201ENSMUST00000025903 3105 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
Col3a1P08121 Ly9-202ENSMUST00000068878 2488 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
Col3a1P08121 Gm6992-201ENSMUST00000217973 1607 ntBASIC15.61■□□□□ 0.09
Col3a1P08121 Rnf38-202ENSMUST00000098098 5061 ntTSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
Col3a1P08121 Capn15-205ENSMUST00000212520 5216 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
Col3a1P08121 Asic3-202ENSMUST00000196296 1593 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.6■□□□□ 0.09
Col3a1P08121 Nfasc-208ENSMUST00000188307 3049 ntTSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
Col3a1P08121 2810402E24Rik-201ENSMUST00000190699 3040 ntBASIC15.6■□□□□ 0.09
Col3a1P08121 Gm20683-201ENSMUST00000176751 2790 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.6■□□□□ 0.09
Col3a1P08121 Sumf2-204ENSMUST00000171300 2264 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
Col3a1P08121 Mfge8-202ENSMUST00000107409 2008 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
Col3a1P08121 Ube2g1-203ENSMUST00000138247 3931 ntTSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
Col3a1P08121 Abra-201ENSMUST00000054742 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
Col3a1P08121 Urgcp-206ENSMUST00000170116 5528 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.6■□□□□ 0.09
Col3a1P08121 Gm15395-201ENSMUST00000153724 702 ntTSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
Col3a1P08121 Nme9-202ENSMUST00000163199 1196 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.6■□□□□ 0.09
Col3a1P08121 Gm8018-201ENSMUST00000173536 789 ntBASIC15.6■□□□□ 0.09
Col3a1P08121 Zc3h18-201ENSMUST00000017622 3810 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
Col3a1P08121 Gm26973-201ENSMUST00000182105 696 ntTSL 3 BASIC15.6■□□□□ 0.09
Col3a1P08121 Psmb2-201ENSMUST00000030642 859 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
Col3a1P08121 Hrg-201ENSMUST00000023590 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
Col3a1P08121 Gtf2f1-201ENSMUST00000002733 1717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
Col3a1P08121 Slc6a7-201ENSMUST00000025520 3342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
Col3a1P08121 Raf1-201ENSMUST00000000451 3070 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
Col3a1P08121 Rab9b-201ENSMUST00000058814 3980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
Col3a1P08121 Rpsa-201ENSMUST00000035105 1938 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
Col3a1P08121 Dnm1-201ENSMUST00000078352 3246 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
Col3a1P08121 Galnt6-203ENSMUST00000161514 2746 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
Col3a1P08121 Adtrp-202ENSMUST00000121404 1602 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
Col3a1P08121 Gm37795-201ENSMUST00000194216 2459 ntBASIC15.6■□□□□ 0.09
Col3a1P08121 Hsd3b7-201ENSMUST00000046863 1828 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
Col3a1P08121 Atxn7-201ENSMUST00000022257 6853 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
Col3a1P08121 Neurl1a-201ENSMUST00000111807 3679 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
Col3a1P08121 Thpo-201ENSMUST00000076422 1587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
Col3a1P08121 Slc6a21-206ENSMUST00000210861 2838 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.6■□□□□ 0.09
Col3a1P08121 Nfe2l1-201ENSMUST00000081775 4654 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
Col3a1P08121 Mapk8ip3-201ENSMUST00000088345 5543 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
Col3a1P08121 Irak3-201ENSMUST00000020448 3097 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
Col3a1P08121 Bhmt-201ENSMUST00000099309 2490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
Col3a1P08121 Btrc-202ENSMUST00000111936 2064 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
Col3a1P08121 Gm2606-201ENSMUST00000100754 1002 ntBASIC15.59■□□□□ 0.09
Col3a1P08121 Gm20470-201ENSMUST00000174654 331 ntTSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
Col3a1P08121 Gm28139-201ENSMUST00000189480 643 ntTSL 5 BASIC15.59■□□□□ 0.09
Col3a1P08121 Gm7293-201ENSMUST00000216682 1007 ntBASIC15.59■□□□□ 0.09
Col3a1P08121 AC166095.1-201ENSMUST00000223731 1241 ntBASIC15.59■□□□□ 0.09
Col3a1P08121 Asb8-201ENSMUST00000059112 1049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
Col3a1P08121 Ndufa3-201ENSMUST00000076657 515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
Col3a1P08121 Vmn1r217-201ENSMUST00000091721 897 ntAPPRIS P1 BASIC15.59■□□□□ 0.09
Col3a1P08121 Arhgef2-208ENSMUST00000175911 2030 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.59■□□□□ 0.09
Col3a1P08121 Kbtbd6-201ENSMUST00000100359 2982 ntAPPRIS ALT2 BASIC15.59■□□□□ 0.09
Col3a1P08121 Kbtbd6-202ENSMUST00000226192 2984 ntAPPRIS P2 BASIC15.59■□□□□ 0.09
Col3a1P08121 Snx30-201ENSMUST00000030080 7314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
Col3a1P08121 Rnf11-201ENSMUST00000030284 4061 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
Col3a1P08121 Usf1-208ENSMUST00000161241 2167 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
Col3a1P08121 Prex1-201ENSMUST00000036719 6533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
Col3a1P08121 Wdr36-202ENSMUST00000166214 2942 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
Col3a1P08121 Gm8206-201ENSMUST00000164139 1956 ntTSL 5 BASIC15.59■□□□□ 0.09
Col3a1P08121 Pax7-202ENSMUST00000174681 1725 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.59■□□□□ 0.09
Col3a1P08121 CT030684.3-201ENSMUST00000227308 2445 ntBASIC15.59■□□□□ 0.09
Col3a1P08121 Gm9920-204ENSMUST00000148544 2752 ntTSL 2 BASIC15.59■□□□□ 0.09
Col3a1P08121 4632404H12Rik-201ENSMUST00000038450 2791 ntTSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
Col3a1P08121 Saa3-202ENSMUST00000210913 2200 ntTSL 3 BASIC15.59■□□□□ 0.09
Col3a1P08121 Dnajb4-201ENSMUST00000029669 1497 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.59■□□□□ 0.09
Col3a1P08121 Kcnd3-203ENSMUST00000118360 2668 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC15.59■□□□□ 0.09
Col3a1P08121 Fen1-201ENSMUST00000025651 2341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
Col3a1P08121 Gm23270-201ENSMUST00000104055 131 ntBASIC15.59■□□□□ 0.09
Col3a1P08121 1810043G02Rik-202ENSMUST00000105398 899 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
Col3a1P08121 Igfbp2-202ENSMUST00000120564 991 ntTSL 3 BASIC15.59■□□□□ 0.09
Col3a1P08121 Zfp629-204ENSMUST00000128731 823 ntTSL 3 BASIC15.59■□□□□ 0.09
Col3a1P08121 Gm25043-201ENSMUST00000158604 212 ntBASIC15.59■□□□□ 0.09
Col3a1P08121 Fundc1-204ENSMUST00000176638 448 ntTSL 3 BASIC15.59■□□□□ 0.09
Col3a1P08121 Gm38317-201ENSMUST00000195564 343 ntBASIC15.59■□□□□ 0.09
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 31.2 ms