Protein–RNA interactions for Protein: Q8C9S8

Atg4a, Cysteine protease ATG4A, mousemouse

Predictions only

Length 396 aa.

Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
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Atg4aQ8C9S8 Rph3a-203ENSMUST00000202326 2621 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
Atg4aQ8C9S8 B3galnt2-201ENSMUST00000099747 3892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
Atg4aQ8C9S8 Zfp207-206ENSMUST00000165565 2311 ntTSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
Atg4aQ8C9S8 Atp9a-204ENSMUST00000109177 3456 ntTSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
Atg4aQ8C9S8 Mrpl44-201ENSMUST00000027464 1424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
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Atg4aQ8C9S8 Brms1-201ENSMUST00000116567 1338 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
Atg4aQ8C9S8 Vps29-208ENSMUST00000155671 2716 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
Atg4aQ8C9S8 Dennd4c-201ENSMUST00000045512 5648 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.17■□□□□ 0.18
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Atg4aQ8C9S8 Duoxa2-201ENSMUST00000028656 1592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
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