Protein–RNA interactions for Protein: Q69ZI1

Sh3rf1, E3 ubiquitin-protein ligase SH3RF1, mousemouse

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Length 892 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Sh3rf1Q69ZI1 Rbl1-201ENSMUST00000029170 4862 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.56□□□□□ -0.24
Sh3rf1Q69ZI1 Rap1gap2-202ENSMUST00000102521 6565 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.56□□□□□ -0.24
Sh3rf1Q69ZI1 Snph-202ENSMUST00000094456 4607 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.56□□□□□ -0.24
Sh3rf1Q69ZI1 Gm10327-201ENSMUST00000105222 1002 ntBASIC13.56□□□□□ -0.24
Sh3rf1Q69ZI1 E130201H02Rik-201ENSMUST00000123576 851 ntBASIC13.56□□□□□ -0.24
Sh3rf1Q69ZI1 1600025M17Rik-202ENSMUST00000151426 547 ntTSL 1 (best) BASIC13.56□□□□□ -0.24
Sh3rf1Q69ZI1 Gm28760-201ENSMUST00000185995 736 ntBASIC13.56□□□□□ -0.24
Sh3rf1Q69ZI1 Ilkap-208ENSMUST00000187306 377 ntTSL 5 BASIC13.56□□□□□ -0.24
Sh3rf1Q69ZI1 Gm5069-202ENSMUST00000192714 1011 ntBASIC13.56□□□□□ -0.24
Sh3rf1Q69ZI1 Gm10766-202ENSMUST00000194123 606 ntBASIC13.56□□□□□ -0.24
Sh3rf1Q69ZI1 Gm37917-201ENSMUST00000194711 392 ntBASIC13.56□□□□□ -0.24
Sh3rf1Q69ZI1 Gm18018-201ENSMUST00000198273 408 ntBASIC13.56□□□□□ -0.24
Sh3rf1Q69ZI1 Gm19265-201ENSMUST00000201818 894 ntTSL 3 BASIC13.56□□□□□ -0.24
Sh3rf1Q69ZI1 Gm6916-202ENSMUST00000205523 195 ntBASIC13.56□□□□□ -0.24
Sh3rf1Q69ZI1 Gm45384-201ENSMUST00000210451 277 ntBASIC13.56□□□□□ -0.24
Sh3rf1Q69ZI1 Gm9908-201ENSMUST00000211534 448 ntBASIC13.56□□□□□ -0.24
Sh3rf1Q69ZI1 AC153937.4-201ENSMUST00000218479 661 ntTSL 3 BASIC13.56□□□□□ -0.24
Sh3rf1Q69ZI1 AC165157.4-201ENSMUST00000220587 139 ntBASIC13.56□□□□□ -0.24
Sh3rf1Q69ZI1 AC156016.3-201ENSMUST00000228623 344 ntBASIC13.56□□□□□ -0.24
Sh3rf1Q69ZI1 Rps11-201ENSMUST00000003521 661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.56□□□□□ -0.24
Sh3rf1Q69ZI1 Gm9797-201ENSMUST00000052902 613 ntBASIC13.56□□□□□ -0.24
Sh3rf1Q69ZI1 Uqcr10-201ENSMUST00000058407 434 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.56□□□□□ -0.24
Sh3rf1Q69ZI1 Mrps21-202ENSMUST00000072587 405 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.56□□□□□ -0.24
Sh3rf1Q69ZI1 1700128E19Rik-201ENSMUST00000134409 2439 ntTSL 1 (best) BASIC13.56□□□□□ -0.24
Sh3rf1Q69ZI1 Gm38355-201ENSMUST00000192514 1570 ntBASIC13.56□□□□□ -0.24
Sh3rf1Q69ZI1 Gm14379-201ENSMUST00000128858 1878 ntTSL 1 (best) BASIC13.56□□□□□ -0.24
Sh3rf1Q69ZI1 Prrt3-205ENSMUST00000205170 1903 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.56□□□□□ -0.24
Sh3rf1Q69ZI1 Atat1-201ENSMUST00000056034 1930 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.56□□□□□ -0.24
Sh3rf1Q69ZI1 Spock1-206ENSMUST00000189373 3128 ntTSL 5 BASIC13.56□□□□□ -0.24
Sh3rf1Q69ZI1 Sumf2-204ENSMUST00000171300 2264 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.56□□□□□ -0.24
Sh3rf1Q69ZI1 Srsf1-205ENSMUST00000139129 5362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.56□□□□□ -0.24
Sh3rf1Q69ZI1 Cdyl-202ENSMUST00000163595 3575 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.56□□□□□ -0.24
Sh3rf1Q69ZI1 Ahcyl2-205ENSMUST00000125911 2039 ntTSL 5 BASIC13.56□□□□□ -0.24
Sh3rf1Q69ZI1 Hid1-202ENSMUST00000106542 3276 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.56□□□□□ -0.24
Sh3rf1Q69ZI1 Gjb4-202ENSMUST00000106090 1446 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.56□□□□□ -0.24
Sh3rf1Q69ZI1 Fntb-206ENSMUST00000137826 1442 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.56□□□□□ -0.24
Sh3rf1Q69ZI1 Krt18-201ENSMUST00000023803 1400 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.56□□□□□ -0.24
Sh3rf1Q69ZI1 Gjb4-201ENSMUST00000060419 1445 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.56□□□□□ -0.24
Sh3rf1Q69ZI1 Slc12a8-202ENSMUST00000117134 2081 ntTSL 1 (best) BASIC13.55□□□□□ -0.24
Sh3rf1Q69ZI1 Rbm46-201ENSMUST00000048647 1794 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.55□□□□□ -0.24
Sh3rf1Q69ZI1 Eme1-201ENSMUST00000039949 2444 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.55□□□□□ -0.24
Sh3rf1Q69ZI1 Kcnk16-202ENSMUST00000225596 2127 ntBASIC13.55□□□□□ -0.24
Sh3rf1Q69ZI1 Smug1-201ENSMUST00000064067 3281 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.55□□□□□ -0.24
Sh3rf1Q69ZI1 Tbkbp1-204ENSMUST00000107615 3333 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC13.55□□□□□ -0.24
Sh3rf1Q69ZI1 Laptm5-207ENSMUST00000151698 2600 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.55□□□□□ -0.24
Sh3rf1Q69ZI1 Ptpn6-201ENSMUST00000004377 2308 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.55□□□□□ -0.24
Sh3rf1Q69ZI1 Bcat1-202ENSMUST00000048252 1642 ntTSL 1 (best) BASIC13.55□□□□□ -0.24
Sh3rf1Q69ZI1 Zfp647-201ENSMUST00000048854 1608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.55□□□□□ -0.24
Sh3rf1Q69ZI1 Mcf2l-207ENSMUST00000110876 5253 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.55□□□□□ -0.24
Sh3rf1Q69ZI1 Aco1-201ENSMUST00000102973 3832 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.55□□□□□ -0.24
Sh3rf1Q69ZI1 Arfrp1-202ENSMUST00000108808 1133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.55□□□□□ -0.24
Sh3rf1Q69ZI1 Gm11478-201ENSMUST00000117851 599 ntBASIC13.55□□□□□ -0.24
Sh3rf1Q69ZI1 Gm20479-201ENSMUST00000126587 556 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC13.55□□□□□ -0.24
Sh3rf1Q69ZI1 Gm13134-202ENSMUST00000144347 387 ntTSL 2 BASIC13.55□□□□□ -0.24
Sh3rf1Q69ZI1 Gm12446-202ENSMUST00000152069 713 ntTSL 2 BASIC13.55□□□□□ -0.24
Sh3rf1Q69ZI1 Naxd-205ENSMUST00000178721 1108 ntTSL 5 BASIC13.55□□□□□ -0.24
Sh3rf1Q69ZI1 AA619741-201ENSMUST00000195095 646 ntBASIC13.55□□□□□ -0.24
Sh3rf1Q69ZI1 Wdr45-225ENSMUST00000208443 1172 ntTSL 5 BASIC13.55□□□□□ -0.24
Sh3rf1Q69ZI1 Cdk7-205ENSMUST00000225990 1159 ntBASIC13.55□□□□□ -0.24
Sh3rf1Q69ZI1 AC154846.1-201ENSMUST00000226278 862 ntBASIC13.55□□□□□ -0.24
Sh3rf1Q69ZI1 Rpl13a-ps1-201ENSMUST00000071866 612 ntAPPRIS P1 BASIC13.55□□□□□ -0.24
Sh3rf1Q69ZI1 Odf3l2-201ENSMUST00000095464 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.55□□□□□ -0.24
Sh3rf1Q69ZI1 Tbl1xr1-203ENSMUST00000193734 8237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.55□□□□□ -0.24
Sh3rf1Q69ZI1 Ncln-201ENSMUST00000020463 3118 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.55□□□□□ -0.24
Sh3rf1Q69ZI1 Hvcn1-201ENSMUST00000072602 2790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.55□□□□□ -0.24
Sh3rf1Q69ZI1 Endov-202ENSMUST00000106244 5070 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.55□□□□□ -0.24
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Sh3rf1Q69ZI1 Mfsd14b-201ENSMUST00000054730 3251 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.55□□□□□ -0.24
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Sh3rf1Q69ZI1 Mmp11-202ENSMUST00000120281 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.55□□□□□ -0.24
Sh3rf1Q69ZI1 AC116503.1-201ENSMUST00000215445 2192 ntBASIC13.55□□□□□ -0.24
Sh3rf1Q69ZI1 Zer1-202ENSMUST00000113677 4189 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.55□□□□□ -0.24
Sh3rf1Q69ZI1 Lmbr1-203ENSMUST00000196321 3422 ntTSL 1 (best) BASIC13.55□□□□□ -0.24
Sh3rf1Q69ZI1 Ncald-211ENSMUST00000168992 3538 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.55□□□□□ -0.24
Sh3rf1Q69ZI1 Fhl4-202ENSMUST00000216889 1860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.55□□□□□ -0.24
Sh3rf1Q69ZI1 Lrrc34-201ENSMUST00000029252 1891 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.55□□□□□ -0.24
Sh3rf1Q69ZI1 Gm29253-201ENSMUST00000185727 5231 ntTSL 5 BASIC13.55□□□□□ -0.24
Sh3rf1Q69ZI1 Ripor3-201ENSMUST00000099073 3580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.55□□□□□ -0.24
Sh3rf1Q69ZI1 Cacna2d1-205ENSMUST00000167946 7436 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC13.55□□□□□ -0.24
Sh3rf1Q69ZI1 Def8-203ENSMUST00000093049 1909 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.54□□□□□ -0.24
Sh3rf1Q69ZI1 Dolpp1-202ENSMUST00000113612 1958 ntTSL 3 BASIC13.54□□□□□ -0.24
Sh3rf1Q69ZI1 Fastkd3-201ENSMUST00000051784 2421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.54□□□□□ -0.24
Sh3rf1Q69ZI1 Sptb-201ENSMUST00000021458 10394 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.54□□□□□ -0.24
Sh3rf1Q69ZI1 Stag1-206ENSMUST00000129269 6186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.54□□□□□ -0.24
Sh3rf1Q69ZI1 Cavin1-201ENSMUST00000060792 3491 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.54□□□□□ -0.24
Sh3rf1Q69ZI1 Gtf2a1l-201ENSMUST00000024970 1621 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.54□□□□□ -0.24
Sh3rf1Q69ZI1 Zfp354a-202ENSMUST00000102766 2592 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.54□□□□□ -0.24
Sh3rf1Q69ZI1 Necab1-202ENSMUST00000108273 2135 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.54□□□□□ -0.24
Sh3rf1Q69ZI1 Hhatl-202ENSMUST00000163981 1744 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.54□□□□□ -0.24
Sh3rf1Q69ZI1 Gm15222-202ENSMUST00000228667 1726 ntBASIC13.54□□□□□ -0.24
Sh3rf1Q69ZI1 Arhgap10-202ENSMUST00000210519 2295 ntTSL 1 (best) BASIC13.54□□□□□ -0.24
Sh3rf1Q69ZI1 Spaca3-202ENSMUST00000103223 947 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.54□□□□□ -0.24
Sh3rf1Q69ZI1 Ggt6-203ENSMUST00000108499 874 ntTSL 1 (best) BASIC13.54□□□□□ -0.24
Sh3rf1Q69ZI1 Etfrf1-206ENSMUST00000111725 872 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.54□□□□□ -0.24
Sh3rf1Q69ZI1 Fcnb-202ENSMUST00000117486 873 ntTSL 1 (best) BASIC13.54□□□□□ -0.24
Sh3rf1Q69ZI1 Gm7820-201ENSMUST00000121012 1052 ntBASIC13.54□□□□□ -0.24
Sh3rf1Q69ZI1 Alms1-ps2-201ENSMUST00000160606 1170 ntTSL 1 (best) BASIC13.54□□□□□ -0.24
Sh3rf1Q69ZI1 Gm29585-201ENSMUST00000185270 514 ntTSL 5 BASIC13.54□□□□□ -0.24
Sh3rf1Q69ZI1 Ighv5-13-201ENSMUST00000193550 290 ntBASIC13.54□□□□□ -0.24
Sh3rf1Q69ZI1 Ighv8-14-201ENSMUST00000196781 358 ntBASIC13.54□□□□□ -0.24
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 34.5 ms