Protein–RNA interactions for Protein: Q3U319

Rnf40, E3 ubiquitin-protein ligase BRE1B, mousemouse

Predictions only

Length 1,001 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Rnf40Q3U319 Mprip-204ENSMUST00000116371 8766 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
Rnf40Q3U319 Xkr6-201ENSMUST00000119973 2963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
Rnf40Q3U319 Gm24970-201ENSMUST00000175582 82 ntBASIC22.2■■□□□ 1.14
Rnf40Q3U319 Pdpk1-203ENSMUST00000115407 1730 ntTSL 5 BASIC22.2■■□□□ 1.14
Rnf40Q3U319 Whamm-201ENSMUST00000165460 3069 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
Rnf40Q3U319 Rell2-210ENSMUST00000176104 2150 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.19■■□□□ 1.14
Rnf40Q3U319 Riox1-201ENSMUST00000053744 2344 ntAPPRIS P1 BASIC22.19■■□□□ 1.14
Rnf40Q3U319 Gm34220-201ENSMUST00000223001 2709 ntBASIC22.19■■□□□ 1.14
Rnf40Q3U319 Kifc3-201ENSMUST00000034240 3277 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
Rnf40Q3U319 Gm15043-201ENSMUST00000118843 1543 ntBASIC22.19■■□□□ 1.14
Rnf40Q3U319 Gm26533-201ENSMUST00000180550 1790 ntTSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
Rnf40Q3U319 Gorasp2-201ENSMUST00000028509 2238 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
Rnf40Q3U319 B430319F04Rik-201ENSMUST00000209731 2669 ntBASIC22.18■■□□□ 1.14
Rnf40Q3U319 Ift57-201ENSMUST00000046777 2601 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
Rnf40Q3U319 Txnrd2-216ENSMUST00000206606 1809 ntTSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
Rnf40Q3U319 Smad2-205ENSMUST00000168423 2857 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
Rnf40Q3U319 Amdhd1-201ENSMUST00000016034 2421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
Rnf40Q3U319 Nkx2-2-201ENSMUST00000067075 2120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
Rnf40Q3U319 Tbc1d2b-201ENSMUST00000041767 5956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
Rnf40Q3U319 Tinagl1-203ENSMUST00000105999 1952 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
Rnf40Q3U319 Ccnd3-201ENSMUST00000037333 1999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
Rnf40Q3U319 Galr2-201ENSMUST00000055872 1940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
Rnf40Q3U319 Gm10125-201ENSMUST00000074702 2286 ntTSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
Rnf40Q3U319 Eif2ak3-204ENSMUST00000162950 927 ntTSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
Rnf40Q3U319 Ccdc61-201ENSMUST00000098780 2022 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
Rnf40Q3U319 Prmt8-201ENSMUST00000032500 2724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
Rnf40Q3U319 Atp2b2-208ENSMUST00000205052 5658 ntTSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
Rnf40Q3U319 E4f1-201ENSMUST00000056032 2574 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
Rnf40Q3U319 Gm9817-201ENSMUST00000054395 2531 ntAPPRIS P1 BASIC22.16■■□□□ 1.14
Rnf40Q3U319 Srsf9-201ENSMUST00000031513 1162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
Rnf40Q3U319 Hs2st1-201ENSMUST00000043325 6177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
Rnf40Q3U319 Fbxw2-204ENSMUST00000113077 1670 ntTSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
Rnf40Q3U319 Stub1-201ENSMUST00000044911 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
Rnf40Q3U319 P2rx2-202ENSMUST00000112478 1632 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
Rnf40Q3U319 Sephs1-202ENSMUST00000115019 2933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
Rnf40Q3U319 Cyp4f15-201ENSMUST00000008801 2095 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
Rnf40Q3U319 Map4k3-202ENSMUST00000112389 4231 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.14
Rnf40Q3U319 Fbxw2-201ENSMUST00000028220 2030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
Rnf40Q3U319 Tmem200b-201ENSMUST00000094666 1370 ntAPPRIS P1 BASIC22.14■■□□□ 1.14
Rnf40Q3U319 Macrod2-207ENSMUST00000110067 4730 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.14
Rnf40Q3U319 Tmem243-201ENSMUST00000115365 1040 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.13
Rnf40Q3U319 Atp5j-201ENSMUST00000023608 809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
Rnf40Q3U319 Ccnh-201ENSMUST00000022030 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
Rnf40Q3U319 Zbtb4-203ENSMUST00000108640 4067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
Rnf40Q3U319 Gm9934-201ENSMUST00000098303 2077 ntTSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
Rnf40Q3U319 Siah1a-201ENSMUST00000045296 1968 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
Rnf40Q3U319 Zfp821-201ENSMUST00000034163 2127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
Rnf40Q3U319 Git2-214ENSMUST00000155908 2338 ntTSL 5 BASIC22.13■■□□□ 1.13
Rnf40Q3U319 Fpgs-201ENSMUST00000028148 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
Rnf40Q3U319 Bfsp1-202ENSMUST00000099296 2160 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
Rnf40Q3U319 Mylip-201ENSMUST00000038275 3065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
Rnf40Q3U319 Chrna7-201ENSMUST00000032738 2078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
Rnf40Q3U319 Rax-201ENSMUST00000025396 1669 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
Rnf40Q3U319 Lrp3-202ENSMUST00000122409 4147 ntTSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
Rnf40Q3U319 Qrich1-209ENSMUST00000194385 975 ntTSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
Rnf40Q3U319 Ccnd3-218ENSMUST00000183177 2060 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.11■■□□□ 1.13
Rnf40Q3U319 Ndel1-201ENSMUST00000018880 2382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
Rnf40Q3U319 Puf60-202ENSMUST00000100527 1878 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
Rnf40Q3U319 Uap1-202ENSMUST00000111350 2311 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
Rnf40Q3U319 Tmem230-201ENSMUST00000028816 1612 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
Rnf40Q3U319 Podxl2-210ENSMUST00000145944 2065 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
Rnf40Q3U319 Tcte2-202ENSMUST00000127032 1875 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
Rnf40Q3U319 Iqsec1-210ENSMUST00000212100 3500 ntTSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
Rnf40Q3U319 Irx2-201ENSMUST00000074372 2625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
Rnf40Q3U319 Pou3f3-201ENSMUST00000054883 7409 ntAPPRIS P1 BASIC22.1■■□□□ 1.13
Rnf40Q3U319 Hnrnpf-202ENSMUST00000163168 2401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
Rnf40Q3U319 Hs6st3-201ENSMUST00000065904 1708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
Rnf40Q3U319 Nup153-201ENSMUST00000021803 6109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
Rnf40Q3U319 Gprc5b-204ENSMUST00000208394 1416 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
Rnf40Q3U319 Mgat1-213ENSMUST00000167400 3151 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
Rnf40Q3U319 Snapin-203ENSMUST00000149884 1928 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
Rnf40Q3U319 Mark2-207ENSMUST00000165286 2975 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
Rnf40Q3U319 Uba2-201ENSMUST00000102746 2579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
Rnf40Q3U319 E530011L22Rik-202ENSMUST00000216791 2007 ntTSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
Rnf40Q3U319 Dapk2-201ENSMUST00000034944 1772 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
Rnf40Q3U319 Gja3-201ENSMUST00000061614 2766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
Rnf40Q3U319 Gm9397-201ENSMUST00000200125 605 ntBASIC22.06■■□□□ 1.12
Rnf40Q3U319 Bckdhb-206ENSMUST00000190637 1477 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
Rnf40Q3U319 Clip1-205ENSMUST00000111566 6133 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
Rnf40Q3U319 Krt8-201ENSMUST00000023952 1805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
Rnf40Q3U319 Pantr1-205ENSMUST00000177136 1543 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
Rnf40Q3U319 Cenpb-201ENSMUST00000089510 4886 ntAPPRIS P1 BASIC22.05■■□□□ 1.12
Rnf40Q3U319 Dlg3-201ENSMUST00000000901 4885 ntTSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
Rnf40Q3U319 Msx3-202ENSMUST00000172775 2070 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
Rnf40Q3U319 1700069B07Rik-202ENSMUST00000191155 939 ntBASIC22.05■■□□□ 1.12
Rnf40Q3U319 Pard6a-205ENSMUST00000212430 1261 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
Rnf40Q3U319 Ell3-201ENSMUST00000028679 2115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
Rnf40Q3U319 Kdm3b-204ENSMUST00000224715 2032 ntBASIC22.05■■□□□ 1.12
Rnf40Q3U319 Sh3rf3-202ENSMUST00000135526 1940 ntTSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
Rnf40Q3U319 Amn-201ENSMUST00000021707 1701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
Rnf40Q3U319 Dennd6a-202ENSMUST00000203874 2677 ntTSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
Rnf40Q3U319 Gm16286-201ENSMUST00000025463 1650 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
Rnf40Q3U319 Golph3-202ENSMUST00000226517 2359 ntBASIC22.04■■□□□ 1.12
Rnf40Q3U319 Tinagl1-209ENSMUST00000175992 1847 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.04■■□□□ 1.12
Rnf40Q3U319 Mcoln1-201ENSMUST00000004683 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
Rnf40Q3U319 Pcmtd1-201ENSMUST00000061280 5232 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
Rnf40Q3U319 Scarb1-201ENSMUST00000086075 2521 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
Rnf40Q3U319 Lrrc38-201ENSMUST00000052458 2324 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
Rnf40Q3U319 Tmem150a-202ENSMUST00000132243 1478 ntTSL 5 BASIC22.03■■□□□ 1.12
Rnf40Q3U319 Srd5a3-201ENSMUST00000031143 1747 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 58.6 ms